m****n
发帖数: 1066 | 1 > genes<- c("ACTB","LACTB", "ACTBCC", "AC-TB", "ACTB$")
> grep("ACTB", genes)
[1] 1 2 3 5
> grep("^ACTB$", genes)
[1] 1 |
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l*******d
发帖数: 101 | 2 Alternatively,
> genes<- c("ACTB","LACTB", "ACTBCC", "AC-TB", "ACTB$")
> which (genes=="ACTB")
[1] 1
> Ctrl = "ACTB"
> which (genes==Ctrl)
[1] 1 |
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m****n
发帖数: 1066 | 3 Thanks, guys. Another question.
....怎么找exact match 呢？....
比如说1000个gene ID, 想找“ACTB", "LACTB"不算match。
# This is not working!!!
应该怎么找exact match呢？ |
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c******d
发帖数: 306 | 4 suppose you have data set, named array.
you want to find all rows, which have gene ID="ACTB"
just array[geneID=="ACTB",] |
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D******n
发帖数: 2836 | 5 grep(paste('^',Ctrl,'$',sep=''),genes)
ACTB |
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y***i
发帖数: 11639 | 6 去他的微博看了一下，好像是他们公司自己发展出来的技术
“我们用Extreme Genome Editing (EGE)系统通过基因敲进的方式，分别跟ACTB（细胞
骨架）和LMNB1（核蛋白）加上GFP标签。可以看到其效率比CRISPR/Cas9高很多倍。而
且，通过各种检测，发现90％以上是同源重组，随机插入很少。现在我们正在做多基因
敲进，这对于研究细胞内蛋白相互作用非常有帮助。”
“这是在两个不同基因上分别敲进了DsRed和DTR-EGFP，并做成融合蛋白。这次敲进不
是用ODN, 而是比较大的DNA片段敲进。看来我们的EGE系统真的非常好用。是不是应该
发一篇文章。” |
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t******k
发帖数: 5617 | 7 We use HPRT-Cre for whole body KO
Some other strain also should be OK like:
ROSA26-Cre
ACTB-Cre
。。。。
If you want to avoid any possible mosaic expression, you should cross the
flox mice with cre mice to generate heterozytous F1. The deletion will also
happened on the sperm and egg of the F1 mice, then you can cross the +/-
mice with +/- mice to get the real global KO mice. |
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