q**********0
发帖数: 335 | 1 Anybody use invitrogen "Quant-iT™ DNA Assay Kit, high sensitivity" (
Cat: Q33120) for the quantitation of dsDNA with concentration <10ng.The kit
is quite expensive, not sure whether it is worthy to buy it under the tight
budget.
Thanks. |
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o***n
发帖数: 2074 | 2 原标题：44城自来水检出消毒副产物 或致消化道癌
由于具有高致癌性、高检出率以及在我国可能被纳入水质检测标准，饮用水中的亚
硝胺类消毒副产物得到了国内外研究人员的空前关注。
“我们从全国23个省、44个大中小城市和城镇、共155个点位采集了164个水样，包
括出厂水、用户龙头水和水源水。研究中测试了当前已知的全部9种亚硝胺类消毒副产
物，其中NDMA(亚硝基二甲胺)的浓度最高。”清华大学环境学院国家环境模拟与污染控
制重点实验室陈超副研究员12日告诉科技日报记者，其课题组今年的一项重点研究工作
就是关于全国饮用水系统中亚硝胺类消毒副产物的普查。该结果已于日前在市政和环境
领域顶尖期刊《水研究》上发表，“饮用水中的亚硝胺问题有紧迫性，需要尽快研究和
进行工程改造！”陈超呼吁。
饮用水亚硝胺检出率不容忽视
在过去三年中，陈超及其团队分别测试了44个城市供水系统中的亚硝胺类消毒副产
物及其前体物。在已检测的全部水样中，出厂水和龙头水中的NDMA平均浓度分别为11ng
/L和13ng/L，水源水中的NDMA生成潜能平均为66ng/L。
他表示，与美国环保局在2012年公开的一项大规模普查数据相... 阅读全帖 |
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b******r
发帖数: 111 | 3 Anyone has experience of inserting 9kb in a 8.4kb vector? 2 months was gone
,but I get nothing. Would
you like to take a look a this protocol and give me some suggestion ?
Thanks a lot
Purpose: Insert 9kb mouse sequence into vector pPNT6.
Vector pPNT6: Its map is at http://www.addgene.org/pgvec1?
f=c&identifier=11072&atqx=pnt6&cmd=findpl . I have inserted 0.9kb DNA in
this vector at XhoI/EcorI
double sites. I should have no problem in cloning short fragment.
Insert DNA is 9kb.I have cloned t... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 2026 | 4 网络世界一直在关注朱令案，对于投毒方式作出各种猜想完全是正常的。不正常的是有
这么一些人，专门以伪造事实杜撰科学理论为手段，造成一个只有与朱令朝夕相处才能
下毒的假象，处心积虑把投毒的罪名安在最接近朱令的人身上。还要编出一个经过专家
鉴定的故事，甚至直接伪装成专业人员用虚假信息误导公众。《朱令铊中毒案真相调查
分析报告》造成的就是这种效果。
《朱令铊中毒案真相调查 分析报告》一度在网络引起轰动。报告自称逐一寻访已分散
在世界各地的重要证人，获得了中、美、法、加等国十余位医学、药理、化学、法律、
犯罪心理学等专业人士的帮助。核实澄清上百个重要问题，堪称世界历史上最强大的犯
罪调查。调查结论，朱令铊中毒的第一渠道：隐型眼镜盒。专门研究铊的毒理学家证实
：由于铊是一种强烈神经毒物，可以损害人的视觉神经，如果人的眼睛接触了铊，就会
出现视力模煳、甚至失明的症状。
尼罗河的专业不是眼科，眼科的知识只有大学本科水平。但是也决不会闹出在隐形眼镜
盒里下毒的笑话来。简单做一个角色扮演。如果我想用铊盐使一个人失明，应该把毒药
下在眼睛里还是鼻子里。当然不是眼睛里。下面就告诉你为什么。
首先，铊盐的毒性是... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 2026 | 5 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: nile (nile), 信区: WaterWorld
标 题: 清华投毒案——眼科问题，科学求证。
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Feb 15 17:13:09 2016, 美东)
《朱令铊中毒案真相调查分析报告》自称逐一寻访已分散在世界各地的重要证人，获得
了中、美、法、加等国十余位医学、药理、化学、法律、犯罪心理学等专业人士的帮助
。核实澄清上百个重要问题，堪称世界历史上最强大的犯罪调查。调查结论，朱令铊中
毒的第一渠道：隐型眼镜盒。专门研究铊的毒理学家证实：由于铊是一种强烈神经毒物
，可以损害人的视觉神经，如果人的眼睛接触了铊，就会出现视力模煳、甚至失明的症
状。
尼罗河的专业不是眼科，眼科的知识只有大学本科水平。但是也决不会闹出在隐形眼镜
盒里下毒的笑话来。简单做一个角色扮演。如果我想用铊盐使一个人失明，应该把毒药
下在眼睛里还是鼻子里。当然不是眼睛里。下面就告诉你为什么。
首先，铊盐的毒性是针对视网膜和视神经而非眼睛的光学系统（角膜、晶状体和玻璃体
）。铊盐需要通过血流才能与视网膜接触。而外眼除了结... 阅读全帖 |
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l***j
发帖数: 3977 | 6 这个小孩吹牛吹太大了
说检测的cutoff是 10ng/mL 他的方法能测到 0.15 比传统方法灵敏300倍还是500倍忘了
也就是说传统方法测不到cutoff这个级别 就是测谁都是没有病
纯属胡扯淡 |
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l*h
发帖数: 4124 | 7 what is his purpose of biopsy? 10ng/ml is not too high even though in the
past some suggested 4 as the cutoff value. now it is agreed that at about
this level, the absolute value is not important. the more important thing is
the trend.
if fear of prostate cancer, proper imaging studies should be done before
considering biopsy.
。
。 |
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x*******i
发帖数: 54 | 8 我爸现在国内。被查出前列腺癌, PSA=10ng/mL. biopsy Gleason=3+3, no capsular
invasion. organ confined.
然后做微创腹膜外前列腺移除术。出院书上写biopsy Gleason=3+3, Capsule (
probably inside) and perineural invasion is observed. No apparent sign of
vascular invasion.
术后我让爸妈问医生surgical margin怎么样。医生说由于手术是周日，病理室不开门
，没有做。
我很无语。不开门就不做。我们实验室小老鼠的organ保存好久都可以拿出来做。而且
出院书上不是写了biopsy结果了吗？
现在想请教大家，现在距手术已经有24天。如果这个前列腺还在医院某个角落的话，还
可以拿出来做surgical margin吗？
跪谢！ |
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x*******a
发帖数: 11067 | 9 12周的B超唐筛结果很好，但15周(应该是16周,我去早了)的ＡＦＰ检查结果很不好，检
查结果是217ng/ml. Risk 1:14。
网上查了一些资料，这个值是高了。
孕期时间计算应该没问题，也不是双胞胎。就是因为有个大肌瘤在宝宝附近，一直有出血，不知道胎盘会不会有问题，而这个问题会不会影响结果。
下周去做Level II Sonogram，希望不要做羊穿。
怀孕期间一直不爱吃青菜，现在很后悔很后悔。
放一份最全的资料在这了。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
孕期准妈妈甲胎蛋白（AFP）不同孕周的参考值(正常值)
AFP是血清中一种α球蛋白，分子量68000，从妊娠6周开始由卵黄囊和胎儿肝产生
，13周达到高峰，胎儿出生后3个月至第二年逐渐降至成孕人水平并保持终身。主要起
免疫抑制作用。它不仅是胎儿宫内发育状态的重要监测指标，同时又是肿瘤组织产生的
肿瘤标志物之一，因此在围产保健和肿瘤诊治方面有重要作用，并已列常规检查。AFP
放免定量克服了普通的AFP定性的使用局限性和单一片面性，以确切的数值形式，表达
血液中AFP实际水平，客观反映机体变化状态，对病情的... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 2026 | 10 【 以下文字转载自 Detective 讨论区 】
发信人: nile (nile), 信区: Detective
标 题: 尼罗河朱令案系列之七，眼科求证。
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 12 19:58:13 2014, 美东)
网络世界一直在关注朱令案，对于投毒方式作出各种猜想完全是正常的。不正常的是有
这么一些人，专门以伪造事实杜撰科学理论为手段，造成一个只有与朱令朝夕相处才能
下毒的假象，处心积虑把投毒的罪名安在最接近朱令的人身上。还要编出一个经过专家
鉴定的故事，甚至直接伪装成专业人员用虚假信息误导公众。《朱令铊中毒案真相调查
分析报告》造成的就是这种效果。
《朱令铊中毒案真相调查 分析报告》一度在网络引起轰动。报告自称逐一寻访已分散
在世界各地的重要证人，获得了中、美、法、加等国十余位医学、药理、化学、法律、
犯罪心理学等专业人士的帮助。核实澄清上百个重要问题，堪称世界历史上最强大的犯
罪调查。调查结论，朱令铊中毒的第一渠道：隐型眼镜盒。专门研究铊的毒理学家证实
：由于铊是一种强烈神经毒物，可以损害人的视觉神经，如果人的眼睛接触了铊，就会
出现视力模煳... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 2026 | 11 《朱令铊中毒案真相调查分析报告》自称逐一寻访已分散在世界各地的重要证人，获得
了中、美、法、加等国十余位医学、药理、化学、法律、犯罪心理学等专业人士的帮助
。核实澄清上百个重要问题，堪称世界历史上最强大的犯罪调查。调查结论，朱令铊中
毒的第一渠道：隐型眼镜盒。专门研究铊的毒理学家证实：由于铊是一种强烈神经毒物
，可以损害人的视觉神经，如果人的眼睛接触了铊，就会出现视力模煳、甚至失明的症
状。
尼罗河的专业不是眼科，眼科的知识只有大学本科水平。但是也决不会闹出在隐形眼镜
盒里下毒的笑话来。简单做一个角色扮演。如果我想用铊盐使一个人失明，应该把毒药
下在眼睛里还是鼻子里。当然不是眼睛里。下面就告诉你为什么。
首先，铊盐的毒性是针对视网膜和视神经而非眼睛的光学系统（角膜、晶状体和玻璃体
）。铊盐需要通过血流才能与视网膜接触。而外眼除了结膜有血供，角膜，晶状体，玻
璃体都不依靠血液供应养分，它们靠的是房水循环。所以尼罗河要叫你变成睁眼瞎，一
定不会把铊盐放到你的眼睛里。而是放到鼻子里。通过粘膜弥散进入，通过血流带到视
神经。这比放到眼睛里有效得多。
有人说通过血流扩散并非唯一途径。铊毒可以直接... 阅读全帖 |
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s*****o
发帖数: 2490 | 12 河豚毒素，沙林毒气，肉毒杆菌毒素这些都比氰化钾，砒霜这些毒得多了，尤其是肉毒
杆菌毒素Botulinum toxin，是已知的毒性最高的毒素，而且吸入就能致死，吸入的
LD50大概是10ng/kg体重 |
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a******k
发帖数: 1190 | 13 砒霜根本不算厉害。
各种氰化物可能是最有名的剧毒了，但其实毒性可能还比不上毒鼠强
毒鼠强主要成分是四亚甲基二砜四胺（TETS, DSTA）
尼古丁致死量应该在这两者之间，
相思子毒素（Abrin）名气虽大，但连氰化物都比不上，楼上各位大侠肯定看不上
蓖麻毒素（Ricin）确实比较毒，大概比TETS强一百倍以上，各位以后注意收集蓖麻种子
海葵毒素（Palytoxin）与Ricin在伯仲之间，大约比河豚毒素（Tetrodotoxin，TTX）
略强
但他们都远远比不上刺尾鱼毒素（Maitotoxin，MTX）
鼎鼎大名的沙林（Sarin）和这些毒素的强度仿佛
在这之上是“勇闯夺命岛”里面提到的VX毒素，以及名气更大的炭疽毒素（Anthrax
toxin）
王者开始出现，肉杆菌毒素（Botulinum toxin）可以查到的LD50数字是1~10ng/kg，
也就是说一个成年人的致死量在60~600ng, 也就是说一克可以杀死1百多万到1千多万人
不过有人提到铊，这些放射性元素比如钋的毒性就不好衡量了。。。 |
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m**o
发帖数: 13 | 14 Whether or not the probe is excessive basically depends on the level of the
targetting DNA. Generally I believe the concentration of your probe should be
enough for the detecting because 10ng/ml of a 16mer oligo aproximately equals
to 1.5nM by molar concentration, which could capture 1.5pmol targetting DNA if
it bound at a ratio of 1 to 1.
To label or not to label, it depends on the method you used to detect the
targetting. If you use, for example, biotin to lable to probe, then label the
probe |
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C*******e
发帖数: 4348 | 15 ....我原帖都写清楚了吧，mini的很好用，midi的不行
都是P1,P2,N3
本来是因为质粒是low copy number，mini提，3ml只出来10ng/ul*30ul，
所以改用midi，不是现买的，以前实验室走了的人留下来的，但是P1,P2,我用的是Mini的
但是这样提50ml也只出来20ng/ul*100ul的样子
所以一气之下以后都是mini小提好几个，然后乙醇沉淀
就是很疑惑为什么mini好使，midi不好使，所以上来问问大家
另外现在实验室里没有谁midi用起来提得效果好的，都跟我一样的困惑，为什么mini好
用midi不好用 |
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q*****d
发帖数: 445 | 16 最近要做library, 使用这个实验室的方法进行易错PCR
（http://www.msg.ucsf.edu/agard/Protocols/PCR_Random_Mutagenesis.htm），酶
是NEB的Taq,但是效果一直不是很好，35 cycle PCR的浓度还是很低，30cycle特别的少
，请问
大家有什么方法提高产量吗？还是我的方法不够好，谢谢大家。
PCR Random Mutagenesis
Materials
1. Parental plasmid
2. Oligos surrounding region to be mutagenized
3. Error-prone PCR buffer (10x is 100mM Tris-HCl, pH8.3; 500mM KCl,
70mM MgCl2, 0.1% (w/v) gelatin.)
4. 10mM MnCl2 (stock) (make sure there is no brown coloring to
stock soln; if there is it means... 阅读全帖 |
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U*O
发帖数: 99 | 17 不知道sequence所以不能用qpcr
请教一下用什么办法测少于10ng/ul的微量RNA(length, sequence unknown)比较好？
实验室里有人推荐bioanalyzer，但是怎么知道不是DNA contamination呢？ |
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U*O
发帖数: 99 | 18 好像测不到10ng/ul以下的，有没有更加敏感的方法 |
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s******s
发帖数: 13035 | 19 nanodrop 10ng/ul以下就不准了，bioanalyzer大概能有pg的芯片能用。
我最近一个sample, nanodrop给的是负值，bioanalyzer大概50pg/ul |
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C*******e
发帖数: 4348 | 20 顶这个
用bioanalyzer的pico chip
然后同时跑RNase-free DNase treated样品做对照
nanodrop低于10ng/ul就不太准了
不过在测核酸方面省样品，实在是个好东西
这年头我以为已经是标配了呢 |
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i*****i
发帖数: 154 | 21 同问一下，最近做chip 遇到奇怪的问题。
用鼠单抗，似乎非特异性的binding特别多，Negative control 用鼠的IgG也一样，有
非特异性binding。
但是同样的系统，Rabbit的抗体，和Rabbit的IgG就没有任何问题。
希望高手能指教一二。
看了cell signaling的ChIP grade抗体，无论是鼠抗还是兔抗，都是用Normal Rabbit
IgG，如果这样都可以的话，任何位点的chip，我都可以做得到了。
看了一些paper，例如用beta－catenin （BD 鼠抗），也是用Normal Rabbit IgG，这
个似乎就不合理了。另外，我看了同一篇paper里面的ChIP－seq Sample prep，作者说
能chip下来350ng的DNA。我也做了大概五六十个chip－seq的样品了，好的抗体也就能
chip下来10ng左右。
是不是protein G有问题啊？ |
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d****7
发帖数: 109 | 22 IgG本来就不是什么好的control，我们做ChIP时，不仅用IgG，还用negative region
primer做control
对于ChIP下来的DNA，这个跟你的蛋白的表达量，IP的细胞数有关，比如我的TF表达量
很低，我用20碟10cm dish才ChIP下来10ng DNA，如果是histone的话，估计会很多。
对于Protein G，我这有个鼠单抗，是IgG1，与protein G结合的一点也不好，必须用另
一种beads，叫Pan Mouse IgG Dynabeads，这个beads是pre-conjugated human
monoclonal ab to mouse IgG，结合的不错。但让我费解的是，同样是鼠单抗，同样是
IgG1，Flag M2抗体就和Protein G能perfectly结合。
Rabbit |
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w*******i
发帖数: 477 | 23 ChIP 完了，我们用Qubit 2.0 Fluorometer来测浓度。然后用10ng的DNA 做prep，然后
ChIP-Seq. 不能用nanodrop测，确实没有意义，测不准 |
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c********y
发帖数: 25 | 24 I don't know if there are other versions of Nanodrop.
For the ones I've used before, the reading could be like 20ng/ul. Yet the
reading from PicoGreen was less than 1ng/ul. For chip-seq library, I
remember 10ng is enough.
Nanodrop could be not that accurate below 100ng/ul. If you trust the
Nanodrop reading, you could start with very low amount of DNA therefore fail
the library making. |
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t**********y
发帖数: 374 | 25 10ng according to our protocol |
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b****r
发帖数: 17995 | 26 我觉得有个地方你没有搞清楚
plasmid几KB就有一个你要扩增的copy，gDNA要几十亿bp里才有一个你的copy
我的经验，一般的PCR条件，gDNA一般少于10ng就不好说能不能扩出来了。0.1ng？good
luck with that
but |
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x*****d
发帖数: 704 | 29 Qubit or Bioanalyzer Pico |
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q**********0
发帖数: 335 | 30 Thanks a lot for the Info. |
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n******d
发帖数: 680 | 31 没有觉得阿，上周刚在楼下的facility测了两个PCR片段，一个700bp一个450bp，单引
物测序，结果都非常不错的阿。
我只用了Qiagen的kit做了一次胶回收纯化，然后用30 ul的dH2O洗脱，最后用乙醇浓缩
了一下下。因为我这里的测序的要求是，PCR产物浓度应该达到10ng/ul。 |
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b*******n
发帖数: 42 | 32 Why do you need to amplify genome DNA? QIAGEN just had a kit to make BS
library with 10ng of genome DNA.
LCM) |
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i*****i
发帖数: 154 | 33 如果你有高浓度的PCR产物的话，可以考虑用nanodrop，或者传统的石英杯子侧浓度。
然后做serial dilution,做标准曲线。
一定要用PCR产物，质粒不可以。用质粒结果极其诡异。
我自己做的library，一般10ng/ul, 总量100-150ng，Bioanalyzer还算准确。
如果能自己用bioanalyzer最好，如果是Core做的话，一定要注意峰的面积是怎么算的
，那个分析软件有时候很crazy。 |
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l*****i
发帖数: 1163 | 34 我也在纳闷，就是这种IgG或者其他Negative Control，理论上是不会有DNA的。怎么收
集到10ng的DNA。
另外有个问题就是如果我的样品有重复（2个生物学重复），Input需要重复么？
大。 |
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C*********m
发帖数: 1 | 35 microdissect的组织，total RNA大概在1-10ng 范围之间
直接RNASeq不够，有没有比较靠普的amplification kit，或者protocol推荐？
万分感谢 |
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k*****n
发帖数: 323 | 36 instruction都比实际的说的要多些。
就如chip的protocol说要10ng，实际上1ng随便做 |
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t******n
发帖数: 33 | 38 Yes, I used E:T=10:1. NK cells=100,000cells/well, target cells=10,000cells/
well in 96-well round bottom plates.
After overnight culture in RPMI1640+GlutaMax+Sodium Pyruvate+10%FCS+10ng/ml
IL-2 at 1.0x10e6cells/ml, I mixed the NK cells with target cells and co-
cultured for 2 hours. I got ~100% killing of target cells even without any
antibodies.
When I removed IL-2 from the medium and cultured NK cells overnight, I got
the same problem:~100% killing after co-culture with target cells for 2
hour... 阅读全帖 |
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a*******g
发帖数: 33 | 39 样品在lysis buffer中可以冻起来，等收集几次之后pool在一起提取，不用扩增的话，
100ng就可以做sequence了。如果你需要测的样品比较多，嫌麻烦的话，10ng可以扩增
的。总体上，人们倾向不扩增。提起少量rna，有life tech的picropure和qigen的
rneasy micro kit,测浓度用life tech的quit,质量用aligent的picro chip。 |
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