A*********u
发帖数: 8976 | 1 我的宗教观之三,进化与神创
进化论的创立是人类认知史上的一件大事.也使得宗教权威受到了
史上最严厉的挑战.到现在许多教会仍然坚持不承认进化论,仍然
在用一点少的可怜的所谓"疑点"试图对进化论进行否定,而不愿
承认进化论已被无数化石,胚胎证据以及遗传学,基因学不断证实
的事实.
正如否定进化论者所说,进化论在建立之初的确是猜想多过理论.
当时遗传学刚刚建立,化石和胚胎证据也很少,人们完全不知道DNA
是什么.但进化论自从被建立就不断的被化石,胚胎和遗传学证据
证实.到了二十世纪五十年代,DNA被发现是生命遗传信息的承载物
质之后,"不定向突变,定向选择"的理论有了分子生物学的基础.
我们不禁感叹达尔文的伟大思想和远见.同时也感叹生命组成形式
的复杂和生命进化过程的巧妙和偶然.可以说,从有机物的产生,
到核酸,蛋白质的产生,到细胞,再到复杂的植物动物,最后到意识
思维的产生是一系列小概率事件的延续,而地球表面的环境变化
在进化的每一环节都恰当的适应着进化的需要.
热力学第二定律告诉我们,一个封闭体系总是向熵增的方向发展,
也就是说,体系内的复杂程度在不断降低最后到达一个完全平衡
无起伏的状 |
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s***o
发帖数: 1189 | 2 您好,非常感激这个回帖,信息量很大,谈的也是相对healthcare来说,很新的应用
biotech的领域.很多地方跳跃过去,我理解跟不上,相信板上其它朋友也有疑问.
诚恳希望您对一下几点展开一些.
1. "Novozyme是业界最close的公司。外人一般不知道他们的技术进展，他们也不和其
他大学合作。招人绝大多数是从丹麦DTU定向找人。"
Novozymes的运作的确很不透明;但是从雇佣上,至少在美国这边在北卡的site我接触过
几个local雇员.其中有一个还是市场部的,他们都对Novozymes在酶市场的占有率不清楚
(也可以理解他们不愿意告诉我);您之前说Novozymes的Market Share到 60%, Genencor
有 30%,我十分感兴趣,这个数据是从哪里来的.
如果您这边有行业报告,不知道可不可以share一下;
实在不方便,请指点报告的出处,我这边愿意从正式渠道购买.
2 "DuPont是真投钱到生物化工领域了。主要是他们有美国政府给他们撑腰，押宝生物
能源。除了酶处理，下游化工等技术难题以外。关键是他们这样的大公司才能搞定广大
中西部数个州的农民给他们提... 阅读全帖 |
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s***o
发帖数: 1189 | 3 您好,非常感激这个回帖,信息量很大,谈的也是相对healthcare来说,很新的应用
biotech的领域.很多地方跳跃过去,我理解跟不上,相信板上其它朋友也有疑问.
诚恳希望您对一下几点展开一些.
1. "Novozyme是业界最close的公司。外人一般不知道他们的技术进展，他们也不和其
他大学合作。招人绝大多数是从丹麦DTU定向找人。"
Novozymes的运作的确很不透明;但是从雇佣上,至少在美国这边在北卡的site我接触过
几个local雇员.其中有一个还是市场部的,他们都对Novozymes在酶市场的占有率不清楚
(也可以理解他们不愿意告诉我);您之前说Novozymes的Market Share到 60%, Genencor
有 30%,我十分感兴趣,这个数据是从哪里来的.
如果您这边有行业报告,不知道可不可以share一下;
实在不方便,请指点报告的出处,我这边愿意从正式渠道购买.
2 "DuPont是真投钱到生物化工领域了。主要是他们有美国政府给他们撑腰，押宝生物
能源。除了酶处理，下游化工等技术难题以外。关键是他们这样的大公司才能搞定广大
中西部数个州的农民给他们提... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 4 今年的化学奖就是半颁给这个 局部 进化领域。只不过现在 新一轮的工作要把之前的
体外化学的步骤全放进体内，这样的好处是进化的效率大大提高。所以我把炸药奖工作
称为定向进化1.0，而现在我想参与解决的问题称为 定向进化2.0
：你们聊得太技术了
： |
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D*****r
发帖数: 6791 | 5 美国科学院、美国医学科学院 著
晓实 译
（美国科学院出版社2008年1月出版）
序言
科学技术的进展对人类生活有深远的影响。在19世纪，大多数家庭都可能由
于疾病失去一个或更多的孩子。今天，在美国和其它发达国家，儿童死于疾病的
事情已经不多见了。我们每天都依赖应用科学的知识和方法创造的技术。我们日
常使用的计算机和移动电话，我们旅行乘坐的汽车和飞机，我们服用的药物，以
及我们吃的许多食物都部分是基于科研成果创造出来的。科学改善了我们的生活
标准，使人类能够飞入地球的轨道，登上月球，使我们以新的方式来思考自己和
宇宙。
进化生物学一直是，而且将继续是现代科学的奠基石。这本小册子记载了进
化论的知识为人类福祉做出的一些重要贡献，包括预防和治疗人类疾病、开发新
的农业产品和进行工业创新等。广义说来，进化论是生物学中的基本概念，它既
研究过去的生命形态，也探讨今天的生物之间的相互关联和多样性。目前，生命
科学和医学研究的进展都很迅速，这主要归功于进化论知识中所蕴含的原则。这
些知识不仅通过研究日益增多的化石记录得到，现代生物学及分子生物学技术也
为进化的研究做出了同等重要的贡献。当然，像所有... 阅读全帖 |
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t*******d
发帖数: 2570 | 6 ☆─────────────────────────────────────☆
Judy123 (大肥猫) 于 (Mon Apr 2 00:26:57 2012, 美东) 提到:
序言
科学技术的进展对人类生活有深远的影响。在19世纪，大多数家庭都可能由于疾病
失去一个或更多的孩子。今天，在美国和其它发达国家，儿童死于疾病的事情已经不多
见了。我们每天都依赖应用科学的知识和方法创造的技术。我们日常使用的计算机和移
动电话，我们旅行乘坐的汽车和飞机，我们服用的药物，以及我们吃的许多食物都部分
是基于科研成果创造出来的。科学改善了我们的生活标准，使人类能够飞入地球的轨道
，登上月球，使我们以新的方式来思考自己和宇宙。
进化生物学一直是，而且将继续是现代科学的奠基石。这本小册子记载了进化论的
知识为人类福祉做出的一些重要贡献，包括预防和治疗人类疾病、开发新的农业产品和
进行工业创新等。广义说来，进化论是生物学中的基本概念，它既研究过去的生命形态
，也探讨今天的生物之间的相互关联和多样性。目前，生命科学和医学研究的进展都很
迅速，这主要归功于进化论知识中所蕴含的原则。这些知识不仅通... 阅读全帖 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 7 问：进化又一次受到了攻击。进化的有效性有任何问题吗？
道金斯：有人常说由于进化发生在过去，而我们没有看到它的发生，所以进化没有直接
的证据。这当然是胡说。这更像一位侦探来到犯罪现场——显然是在犯罪发生之后——
然后通过查看遗留的线索，找出哪些事情必然发生了。对于进化而言，这样的线索不计
其数。
进化的线索来自分佈在整个动植物界DNA代码、蛋白质序列和已经得到了非常详细的分
析的形态学特徵。每件事都符合一个观念，即存在一个简单的分枝（进化）树。如果进
化是一个事实，你会发现全世界岛屿和大陆上物种的分佈正是符合进化论的。如果进化
是一个事实，你会发现化石的时空分佈正是符合进化论的。无数事实全都指向同一个方
向，没有任何一个事实指向错误的方向。
有人曾问英国科学家JBS霍尔丹哪些证据可以否定进化论，他的回答很着名：「前寒武
纪的兔子化石。」从来没有发现过前寒武纪的兔子化石。从没发现过类似情况的化石。
如果存在这样的证据，进化论早就被否定了。但是人们发现的所有化石都出现在正确的
地方。当然，化石记录有很多缺口。这毫无问题。为什么要没有缺口？我们发现化石根
本是走运。但是没有在任何错误的地方发现... 阅读全帖 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 8 第4章 结论
科学及以科学为基础的技术改变了现代人类的生活。它们卓有成效地改善了我们的
生活水准、公共福利、健康状况和安全条件等。它们改变了我们关于宇宙的概念，使我
们重新思考自己，用新的目光来看待我们周围的世界。
生物进化论是现代科学中最重要的理论之一。许多不同领域的科学研究都为进化论
提供了大量的支持证据。它是现代生物学各分支的基础，包括生物医学，在其它许多科
学和工程领域都有广泛的应用潜力。
作为个人和整体社会，我们现在做出的决定将对我们的子孙后代有深远的影响。我
们需要保护地球上的植物、动物和自然环境等，但我们怎样才能维持此需要和其他社会
紧迫问题之间的平衡？为了后代的幸福着想，我们应该改变使用矿物燃料和其他自然资
源的习惯吗？我们应该在何种程度上应用分子生物学方面的新知识去改变生物的性状？
不仔细地考虑生物进化论，我们无法明智地回答任何一个问题。人们需要理解生物
进化论，了解它在广义的科学范畴里面所扮演的角色，清楚它在今天某些最为紧迫的社
会、文化和政治争端里面至关重要的作用。
科学技术广泛深入现代社会的各个方面，学生越来越需要对于科学的基本概念、应
用和本质得到健全的教育。... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 9 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Biology
标 题: 化学奖发得很奇快
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 3 09:39:35 2018, 美东)
定向进化 和 噬菌体展示。
虽然一个突变、一个筛选，加在一起实现了大分子进化， 但两个技术完全不一样啊，
而且各自有各自并不交集的应用。
特别是噬菌体展示技术同类的酵母展示，在抗体开发里其实用得比噬菌体展示可能还多
。完全应该两个展示技术一起拿一个专门给展示的奖。
而定向进化在蛋白质工程里的应用就太广了。单独拿个奖没有问题。 |
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D*****r
发帖数: 6791 | 10 谁跟你达成共识了？因为人类目前观测到的突变都是不定向的，而且从各种类型突变的
机制上来分析，也可以得到不定向的结论，所以在分析时默认突变是不定向的是常理，
和现实世界已知规律相容的假设。在没有相反证据时，就应该这么做。如果你能实验证
实突变有现在还未知的定向发生规律，显然你会得诺贝尔奖。但你没有证据就胡乱假设
，就是扯淡。
你还可以假设火星旁边有个巨大的不可见littletshirt的人形模型在推动火星自转，我
假设火星旁边没这个无聊的玩意儿。然后你说我们达成共识，只是假设不同。这不是开
玩笑么？
才需
cause
theory
are
and
get
not trained in this subject. |
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x****6
发帖数: 4339 | 11 在基础研究领域吃了亏以后，我目前湘张锋学习，做的东西要是sexy end of the
practical，去他大爷的基础研究。
几天钱诺奖发给 “定向进化”，这就是我现在领域，不过我试图开发 定向进化2.0的
先进技术，解决1.0无法触及的问题。
哦耶！ |
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l*********1
发帖数: 351 | 12 欧洲水博第四年,做定向进化的,开始考虑工作的事情了.
monster上看了一下,发现enzyme engineering/enzymology的位置并不多,而且大多是
non-phd的职位.而且PhD的位置所要求的技能似乎比较多.
如果去不了好的实验室,就准备回国转行了.
另外请教一下以下的研究方向:
1. 酶工程,特别是定向进化. FHA这两年似乎没有什么重大突破.当然人还是很牛的,前
两年她的组有个中国大哥三篇Nature子刊最后找到一个业界位置,这样的成功几乎不可
复制.
2. 抗体工程(binder protein).老板的意思是技术很成熟了,不值得跳进去.不是太清楚
这个领域.
3. 代谢工程.看着Keasling的工作很漂亮.觉得很多时候是信息的整合,园创新的东西不
多,但是毕竟有产品做出来.貌似现在还是猎奇的状态,业界的机会好像不是很多.
从大方向来看,这三个领域就业前景如何.求指点,谢谢. |
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l*********1
发帖数: 351 | 13 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: langren0101 (nichen), 信区: Biology
标 题: 做酶工程的,能找到业界工作吗?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 5 07:42:17 2010, 美东)
欧洲水博第四年,做定向进化的,开始考虑工作的事情了.
monster上看了一下,发现enzyme engineering/enzymology的位置并不多,而且大多是
non-phd的职位.而且PhD的位置所要求的技能似乎比较多.
如果去不了好的实验室,就准备回国转行了.
另外请教一下以下的研究方向:
1. 酶工程,特别是定向进化. FHA这两年似乎没有什么重大突破.当然人还是很牛的,前
两年她的组有个中国大哥三篇Nature子刊最后找到一个业界位置,这样的成功几乎不可
复制.
2. 抗体工程(binder protein).老板的意思是技术很成熟了,不值得跳进去.不是太清楚
这个领域.
3. 代谢工程.看着Keasling的工作很漂亮.觉得很多时候是信息的整合,园创新的东西不
多,但是毕竟有产品做出来.貌似现在还是猎奇的状态, |
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h******1
发帖数: 16295 | 14 进化在隔离群中的作用是很明显的,比如Galapagos的鸟嘴,被达尔文观察到了,并有助于
进化理论的形成.
但进化本身并不是所谓用进废退,更多的是自然选择的结果.突变可能并不是定向的,后
来的选择使某些适应的突变固定了下来.
在没有海洋阻隔的欧亚大陆,某种特定突变被稀释的可能就很大,所谓自然选择的结果就
不那么明显,进化的"速度"也就会慢一些.所谓进化中的"缺环",可能并不像我们想象的
那么明显.几次灭绝的瓶颈之后,还有所谓的物种"爆发",可能真用不了太长的时间,特别
是我们以地质历史的角度来衡量. |
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G**********g
发帖数: 146 | 15 我觉得化石资料丰富，但是并不支持进化论。因为没有大量的种间过渡类型的化石。进
化论强调适者生存，不是跨越进化，必需建立在许多不定向的突变和变异，引生出
许多种间半成品，但化石不能提供支持。
另外，如果您支持（不见得是相信）进化论，是否可以帮助解释一下眼睛从结构到视觉
神经成像的进化？ |
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发帖数: 1 | 16 任职资格
1.结构生物学，生物信息学或相关专业的博士，有美国博后经历者优先；
2. 具有酶的定点突变和体外定向进化，酶结构与功能研究相关研究背景。精通现代
分子生物学，蛋白质工程学的各项操作技术，尤其熟练掌握对生物大分子基因进化涉及
的DNA，RNA分离纯化，质粒提取，构建，PCR操作，载体改造等技能，擅长运用定点突
变，DNA Shuffling, error-prone PCR进行生物酶进化；精通运用原核表达系统，酵母
表达系统进行生物酶表达并且掌握相应的纯化技能和功能检测方法
3. 有用相关软件完成蛋白质三维结构同源模拟，分子对接，分子动力学模拟经验；
4. 优秀的英语交流能力，勤奋，对本领域感兴趣 |
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o****u
发帖数: 214 | 17 Novozyme是业界最close的公司。外人一般不知道他们的技术进展，他们也不和其他大
学合作。招人绝大多数是从丹麦DTU定向找人。
DuPont是真投钱到生物化工领域了。主要是他们有美国政府给他们撑腰，押宝生物能源
。除了酶处理，下游化工等技术难题以外。关键是他们这样的大公司才能搞定广大中西
部数个州的农民给他们提供生产二代生物燃料的原料。
BASF目前还是属于玩票的。不要看新闻里面，今天一个研发中心，明天一个创新基地什
么的，都是PR的宣传。真正的生物化工部门就是100人左右。里面科学家只有20多个，
技术员还有50，60人的样子。BASF其实生物化工搞得不怎么样。中国生物化工现在起来
以后，根本就竞争不过。像赖氨酸啊什么之类的都停产了。
做定向进化酶设计的上游公司也有，像美国的cordexis，德国的celecta,还有国内的
enzyworks等几家公司，算是做得比较大的。这个行业，我说了，关键是要能和大公司
有connection，能接到活。不然你连需要对什么酶进行改造都不知道，就不要说怎么去
做的问题了。
你说的工业酶换供应厂商其实很不是很频繁的。大公司一旦选定了一个酶加... 阅读全帖 |
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o****u
发帖数: 214 | 18 Novozyme是业界最close的公司。外人一般不知道他们的技术进展，他们也不和其他大
学合作。招人绝大多数是从丹麦DTU定向找人。
DuPont是真投钱到生物化工领域了。主要是他们有美国政府给他们撑腰，押宝生物能源
。除了酶处理，下游化工等技术难题以外。关键是他们这样的大公司才能搞定广大中西
部数个州的农民给他们提供生产二代生物燃料的原料。
BASF目前还是属于玩票的。不要看新闻里面，今天一个研发中心，明天一个创新基地什
么的，都是PR的宣传。真正的生物化工部门就是100人左右。里面科学家只有20多个，
技术员还有50，60人的样子。BASF其实生物化工搞得不怎么样。中国生物化工现在起来
以后，根本就竞争不过。像赖氨酸啊什么之类的都停产了。
做定向进化酶设计的上游公司也有，像美国的cordexis，德国的celecta,还有国内的
enzyworks等几家公司，算是做得比较大的。这个行业，我说了，关键是要能和大公司
有connection，能接到活。不然你连需要对什么酶进行改造都不知道，就不要说怎么去
做的问题了。
你说的工业酶换供应厂商其实很不是很频繁的。大公司一旦选定了一个酶加... 阅读全帖 |
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f*****i
发帖数: 143 | 19 随着科技和基础医疗水平的提高，人类短期总体上是在退化，因为突变或者弱势的基因
并不会
迅速淘汰，而是被保留下来。今后如果在基因科学上有了突破，可以定向修补和转接基因
缺陷，那么在物种的进化上会前进一大步。至于跟一千年前的人比智商和情商这样的问
题，
笑笑也就罢了。 |
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J*****3
发帖数: 4298 | 20 给你例子
具有彩色翅膀的果蝇类
夏威夷的果蝇类是“辐射适应”的一个优秀例子，就是说一个祖先物种在相对较短
的时间内产生了大量的新物种。进化生物学家的注意力特别集中于大约100个果蝇类物
种，他们的翅膀大且具有绚丽的彩色斑纹。这组果蝇被称为彩翅果蝇类（picture-
winged drosophilids），它们的遗传物质里令人瞩目地携带着该组果蝇进化史的生物
学记录。
所有果蝇幼虫的唾腺细胞都含有特殊结构的染色体，称为多线染色体。这些多线染
色体很容易用显微镜观察到，它们展示出上百条深度和大小不一的色带。通过这些带型
，非常容易检测到一种称为倒位的染色体重排。有的时候，DNA的复制错误能够导致染
色体片段的翻转。其结果是，染色体中有一段具有特异的深浅带型的片段定向被翻转过
来。不同果蝇种的不同染色体片段都发生过很多这样的倒位重排。
夏威夷群岛上的单个果蝇种辐射成多物种时都伴随有带型变化，研究人员利用染色
体里的带型变化，重新构建现有的果蝇种从旧岛转移到新岛，并产生新物种的顺序。例
如，作为群岛链中最年轻的“大岛” 夏威夷岛，现在共有26个具有彩色翅膀的果蝇类
。通过仔细检查这些物种里... 阅读全帖 |
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r****o
发帖数: 105 | 21 DNA Shuffling 可以归结成一种体外基因重组技术。操作原理其实很简单，比如说如
果
你有一个抗生素分解酶的基因，现在你想引入一些突变使它变得活性更高，但是你并不知
道
应该突变哪些位点以及如何突变，DNA Shuffling 就可以解决这个问题。首先，用"错误
导向
PCR”扩增出这个基因的片断，这个过程中，引入了一定比率的随机突变。然后克隆进载
体，
表达然后用抗生素筛选出有进步的克隆。第二，分离出这些克隆，用DNAse I 随机切成小
片段，
然后退火，进行self-annealing. 这样小片断又重新恢复成一个基因，这里请注意，在这
个
过程中，不同的克隆发生了重组，所以“好”的突变有可能被积累在一个重组克隆里。第
三，
重新引入载体，表达并且筛选，这样往往会拿到更好的克隆，第四重复以上步骤只到找到
最佳
突变体为止。
从以上可知，这种技术实际上是一种靠组合然后筛选逐步找到最优突变体的过程，模
拟了
生物进化的过程，所以又称为“定向进化”(directed evolution). |
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c*********r
发帖数: 1312 | 22 "来寻找只识别带有DNA 5'特殊、人工修饰（比如乙酰化，在生物里不存在）的ssDNA的
突变子，来降低off targeting的风险"
很赞！
这个Natronobacterium本来就是古菌，随着被测序的物种越来越多，在这些奇奇怪怪非
常见的生物里，肯定会有越来越多的新奇的分子、通路被发现，再加上人工改造、筛选
、进化，肯定会有很牛很牛的应用的。做生物的生物信息的一定要联合起来，眼光开阔
一点，肯定有越来越多的有价值的东西被挖掘开发出来。
关于off target，根据你的这点提示，有没有人尝试在一些存在人所不含有的特殊修饰
的动物、植物、细菌、古菌、真菌里找找NgArgonaute的同源或者同功蛋白，看看有没
有哪些有开发价值的。多年做生物的知识积累加上bioinformatics技术，肯定能挖出不
少东西。
如果挖不出来，用你的特长定向进化也是很牛很牛的！ |
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x****6
发帖数: 4339 | 23 要不咱合作一个？
这个Argonaute是一个新方向，这是我见到的第二篇关于它的文章。肯定是潜力巨大。
最有效的工程改造肯定是生物信息(phylogenetics)找到candidate genes, 在模式生物
里构建表达系统，然后定向进化结合高通量筛选，最终进化得到理想的突变子。 |
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L******w
发帖数: 2317 | 24 没那么麻烦。 只要在娘胎里能检测出那些不好的基因， 定向淘汰就行。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 25 这些前辈看来是搞代谢工程的，我是搞微生物的，但是到目前为止都是搞基础微生物，
正在转应用（我目前是博后刚开始，做定向进化的），能否给一些建议？ |
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a*****i
发帖数: 2108 | 26 谈不上是前辈 我倒是经常拜读你的帖子，总是很有营养很有信息。转应用的话要
想出来搞钱，手里还是得有点绝活，比如说一个确定好用的专利，这就需要一段时间的
积累了。我有个师兄在MSU那里也是做定向进化的，文章其实发的都挺好的。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 27 哥，我最近狠狠的研究了一番，那个定向进化2.0的工作 想出了一个靠谱的设计，也许
可以攻克难关。
我现在在考虑要不要回国去实现：好处就是，如果做出来，专利属于国内的单位和我，
相当于给我所在的学校和祖国交投名状。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 28 我没说不走啊，这不是昨天才提上议程吗？
我现在想 通透了，什么机会都去试一试，什么前途都不拒绝：工业界、学界；中国、
美国。
怎么活不是活？留得青山在，不怕没柴烧。只要还有实验室，我就有可能把 定向进化2
。0做出来，管他是在中国还是美国、学校还是公司的实验室做出来的。
只要有逼艹，管她是中国的还是美国的，管她是黑木耳还是小鲜肉。
是这个道理吧，哥？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 29 “一旦解决生命起源问题，癌症问题，老年痴呆症问题，统统迎刃而解。”
扯得没边了。起源搞清楚了跟疾病、癌症有个毛关系。隔了几十亿年的事件，之间已经引
入了无数的contingencies。
向去年的 定向进化、将要得奖的 CRISPR、测序 这些技术才是 生物贡献社会的基础。
解决起源问题，只是满足我们的好奇心。 |
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N*******e
发帖数: 3872 | 30 养殖、运输“野味”的人也有极大概率被感染
根据现有研究，原生病毒确实可能来自蝙蝠，但这跟利用基因工程技术定向“进化”出
具有传人能力的毒株并不矛盾。
特别是这次的新SARS病毒，2019-nCov，跟SARS病毒平均70%多的序列相似性，大约25%
的位点发生变异，但是在5个重要的功能位置上却有4个，即80%发生了变异，这不符合
通常认为的序列变异规律：应该是功能不重要位置的核酸突变率更高。 |
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l***4
发帖数: 228 | 31 一．微生物代谢工程团队介绍
1．团队的研究背景：
快速增长的全球能量需求，日益显著的由于温室气体排放而导致的全球气候变暖以及各
国对进口石油供应的依赖性的增加，使得发展可替代能源变得非常重要。而生物燃料作
为一种清洁的，绿色的再生能源，已经成为各国政府，工业界和学术界的发展, 投资和
研究的新热点。
系统生物学，功能基因组学以及合成生物学的快速发展也在根本上为生物燃料的研究与
开发翻开了新的一页，通过基因工程与微生物代谢调控合成生物燃料也正是面向国家战
略需求与面向世界科学前沿的一个研发领域，目的是解决目前存在的微生物催化转化效
率较低，代谢副产物比例较高等问题，以提高目标产物的品质与产率，以及通过转基因
构建新的微生物代谢途径，从而合成新的更有价值的目标燃料产物。
2．团队的研究定位：
研究方向:微生物合成生物燃料
研究内容:通过微生物代谢网络调控技术定向进化纤维素酶与半纤维素酶的催化能力，
改进木糖发酵菌株的转化效率，增强微生物降解木质素酶系的表达，建立微生物合成生
物燃料的新途径.
研究切入点:从近期的研究发展来讲，我们将通过对大肠杆菌的基因工程改造, 发展一
种生物技术(宿主) |
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l***4
发帖数: 228 | 32 一．微生物代谢工程团队介绍
1．团队的研究背景：
快速增长的全球能量需求，日益显著的由于温室气体排放而导致的全球气候变暖以及各
国对进口石油供应的依赖性的增加，使得发展可替代能源变得非常重要。而生物燃料作
为一种清洁的，绿色的再生能源，已经成为各国政府，工业界和学术界的发展, 投资和
研究的新热点。
系统生物学，功能基因组学以及合成生物学的快速发展也在根本上为生物燃料的研究与
开发翻开了新的一页，通过基因工程与微生物代谢调控合成生物燃料也正是面向国家战
略需求与面向世界科学前沿的一个研发领域，目的是解决目前存在的微生物催化转化效
率较低，代谢副产物比例较高等问题，以提高目标产物的品质与产率，以及通过转基因
构建新的微生物代谢途径，从而合成新的更有价值的目标燃料产物。
2．团队的研究定位：
研究方向:微生物合成生物燃料
研究内容:通过微生物代谢网络调控技术定向进化纤维素酶与半纤维素酶的催化能力，
改进木糖发酵菌株的转化效率，增强微生物降解木质素酶系的表达，建立微生物合成生
物燃料的新途径.
研究切入点:从近期的研究发展来讲，我们将通过对大肠杆菌的基因工程改造, 发展一
种生物技术(宿主) |
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q****t
发帖数: 3 | 33 生物发酵工程团队招聘启事
岗位需求
团队负责人1名
专业
生物化工；发酵工程；微生物学
基本要求
团队负责人需满足中国科学院“百人计划”条件
具体要求
拟组织成立生物发酵工程团队，领导团队开展发酵菌种选育、发酵过程优化与放大、发
酵工艺与设备、发酵产品分离与提纯等方面的研究。
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现代酶工程团队招聘启事
岗位需求
团队负责人1名
专业
生物化学；酶学；微生物学
基本要求
团队负责人需满足中国科学院“百人计划”条件
具体要求
拟组织成立现代酶工程团队，领导团队开展酶的结构功能关系、酶的基因工程改造与酶
制剂的规模化制备研究，具体包括具有工业化应用前景的关键酶催化剂的高效表达、催
化机理、分子结构、定向进化与工业应用等方面的研究。
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应聘方式
有意者请直接发送简历至 |
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o****u
发帖数: 214 | 34 真心觉得这是偷懒的做法。
不是说你，是指目前的整个科研界。
说白了，搞预测需要研究者同时具有非常强大的物理基础，化学基础和编程能力。普通
生物背景的人玩不转这个的。能同时在这几个领域都是expert的全世界还是能找出几个
人来，但是他们一般不愿意搞这行，收入太低，都去赚其他钱去了。
目前真正能做预测的只有DAVID BAKER。有很多号称搞结构预测的组其实都是噱头而已
，大多是有了结果然后用计算机模拟去解释一下。或者即使预测了一大堆突变，只有一
个运气好的能起点作用，发文章了事。就算是david本人，他的出发点也颇有些问题。
他的算法还是基于反应的transition state的。而从catalytic antibody的整体失败来
看，酶催化的本质可能并不符合这个经典Model。所以他的几个所谓计算机设计的酶，
其实还是要N轮的定向进化后才能用。Hellinga其实也有实力去做这个，但是他的
science撤稿以后，他的科研生涯已经基本宣告结束，现在听说靠卖仪器维持实验室的运
转了。
不过现在计算机越来越快，以前在计算中必须要忽略的东西，现在也可以做了，这个领
域很快会有大突破的。... 阅读全帖 |
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l*********1
发帖数: 351 | 35 是最传统的那种kinetics+reaction mechanism，有没有接触过些定向进化方面的工作
。enzymology 是没啥希望了，除了学界没其他位置。换个方向做蛋白质工程类的，运
气好说不定还能找到工作。
楼主的文章已经很不错了，2篇jbc在蛋白质工程领域算不过的了。Tawfik, Arnold,
Hilvert组的phd都不能保证有这个产出。跟Schultz之类水霸组出来的当然没法比。好运
做enzymology，就是酶催化／动力学什么的。二三流的学校，生物排名也一般。现在有
4篇一作（2篇 jbc，2篇 3.5分方法类期刊），1篇酱油（10分），一篇2分的共同一作。
不bench work，每天就躲在自己的办公室写东西看paper。我的四篇一作都是自己独立
完成，只有我第一作者，然后老板通讯。。。。完全没有和别的组合作和交流。
么牛人也不认识，对自己的研究方向有点失去信心，加上实验室环境很抑郁，研究热情
也慢慢消退了。
没paper的时候，还觉得热情高涨；现在水涉得深了，反而觉得这是个大泥坑，老板AP
5年都没有funding，她也曾是牛校牛组postdoc，来我们学... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 55 | 36 Mark Kay从未离开gene therapy这个领域，而且我也不认为他是什么大牛。
他主要是做AAV的定向进化和RNAi应用方面的一些事情，发了些IF高的文章，但是对这
个领域没什么贡献。 |
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h******y
发帖数: 55 | 37 Mark Kay从未离开gene therapy这个领域，而且我也不认为他是什么大牛。
他主要是做AAV的定向进化和RNAi应用方面的一些事情，发了些IF高的文章，但是对这
个领域没什么贡献。 |
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M***u
发帖数: 165 | 38 大家认为密码子优化到底对基因的高水平表达到底有多大帮助？到底有没有帮助？
盲目地把所有的密码子一味地都用软件替换成高频率使用的非稀有密码子一定是正确的
做法吗？
实际上发现在很多高量表达的基因中也发现存在很多稀有密码子
做定向进化的时候也经常发现表达提高的突变子反而引入了一些稀有密码子
各位有何高见？
谢谢！ |
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o****u
发帖数: 214 | 39 谨慎猜测你们是不是刚开始做de novo design？如果你们是业界大牛，请原谅我的唐突。
de novo design预测出来的结构，最后表达不出来的，或者折叠不了的，可以说是十有
八九。只是这样的nagative result是发不出来文章的，所以外行看了几篇N/S文章，会
有结构预测已经很成熟的错觉。比较稳妥的做法，还是要参考自然中已经存在的蛋白，
最好是结构已经测定的蛋白来做骨架，然后再通过计算修正。100aa的小蛋白或者长多
肽的折叠已经非常复杂，如果没有homologues,几乎不可能直接准确预测。
另外，de novo design很大程度是依靠统计意义的成功。一般要有上百个预测的结构，
然后在实验室做筛选。最终序列还要做上数轮的定向进化修正。只设计一个序列，然后
就运气好爆直接成功的，我是没见过。
如果有公司在1000美元提供高质量（>80%纯度）的100aa的多肽，我建议你们直接定，
这个价格非常便宜。如果你们想继续试生物表达，除了前面的建议外，你还可以试试
Profinity eXact purification kit.这个系统无需添加额外蛋白酶，加tag表达，... 阅读全帖 |
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r*****g
发帖数: 6 | 40 no offense。novozymes,genencore一堆定向进化牛组毕业的学生，codexis也能做。可
能也就只能针对国内的某些特殊行业的商家，你又怎么说服别人呢？ |
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o****u
发帖数: 214 | 41 novozyme,genecore架子大，一般小活做定向进化的他们不接。市场就是这么出来的。
说好听点呢，叫niche market. 说不好听呢，就是总有别人剩下的渣子可以捡的。hehe. |
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r*****g
发帖数: 6 | 42 no offense。novozymes,genencore一堆定向进化牛组毕业的学生，codexis也能做。可
能也就只能针对国内的某些特殊行业的商家，你又怎么说服别人呢？ |
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o****u
发帖数: 214 | 43 novozyme,genecore架子大，一般小活做定向进化的他们不接。市场就是这么出来的。
说好听点呢，叫niche market. 说不好听呢，就是总有别人剩下的渣子可以捡的。hehe. |
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x****6
发帖数: 4339 | 44 你那是上世纪的技术了，不过现在还是主流的方法。
但是近20年已经发展出几个alternative,成本更低，有可能更有效.
比如phage display, yeast display，particle display。基本思路都是一样，在体外
通过“定向进化”对抗体进行 突变-抗原筛选 的循环，几个循环下来一般能找到对抗
原亲和力达到picomole甚至fetomole量级的抗体。因为是在动物体外，利用微生物和生
物化学来实现，成本、时间周期要比传统方法低很多，而结果可控性要高一些。
如果没记错的话，目前市场上的单克隆抗体药有几乎一半是通过新方法开发出拉的。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 45 1）我觉得现在来讲临床应用有点太早，就算是已经被MIT,伯克利这种顶级学院研究了
几年的crispr/cas9都还没有奢望临床应用。
更何况，就如同crispr/cas9现在正在被修改、优化，这个系统也可以被修改和优化。
我自己对蛋白质定向进化比较熟悉，完全可以设想对这个蛋白进行大规模突变，来寻找
只识别带有DNA 5'特殊、人工修饰（比如乙酰化，在生物里不存在）的ssDNA的突变子
，来降低off targeting的风险。
2）关于iPS的意义我和你的理解不太一样。我认为主要不在理论，而在于实现的结果。
据我一个听过山中申弥讲座的朋友介绍，当时有人问他怎么找到那四个TF的，他说完全
是试出来的，试了N多，最后运气好，出来了。就是到现在也没有一个convincing的理
论来解释。那么既然是结果重要，那么这个工作的意义在于1）为研究发育提供了技术
平台，比如james thomson现在基本该行去做老板，开了个cellular dynamics,专门卖
ips的细胞系；2）对于再生医学的临床应用的潜在意义：用病人自己的组织诱导培养出
脏器，移植给自己。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 46 定向进化如果有高效的筛选（抗体正好是这样），那肯定比结构辅助设计靠谱得多。
target |
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l*********1
发帖数: 351 | 47 我是做传统enzymology+定向进化.手上的技术么,无非
1. UV/Vis/ fluorescence spectroscopy, CD spectroscopy & stopped-flow
spectroscopy
2. AKTA FPLC & Biacore(这个完全不是砖家级别,只会简单应用...)
3. ELISA, Western blot, FACS, HPLC, GC & LC-MS
看monster的广告发现好像没有什么phd level的职位.隔壁有做spr inhibitor
screening的,感觉药厂需求也不是很大.
博士最后一年了, 现在完全是一片混沌.
做enzymology的转biomarker发现好像不大现实.转HTS倒是有那么点靠谱,但还是不确定
市场需求.
诚心请教大侠,酶学的如果需要做postdoc转那个方向比较合适.谢谢. |
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d*******r
发帖数: 3875 | 48 【 以下文字转载自 ChineseMed 讨论区 】
发信人: dancooper (诚能见可欲而思谦冲以自牧), 信区: ChineseMed
标 题: .经络本质被认识 （转载）
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jan 1 05:11:53 2011, 美东)
原地址：
http://njzxhx.blog.163.com/blog/static/10527031720092605857104/
我们认为，经络没有独立具体的解剖结构，它是以其它相关组织结构共同合成而为结构
的。这就像河流一样，是水流的结果，自己本身没有什么河道，碰到黄土，黄土就是河
道的边界，遇见岩石，则岩石就是河道的边界。但共同组成经络结构的相关组织具有一
定的要求，那就是网膜状组织。《内经》经常谓经穴在“分肉之间”，其意非指皮肤与
肌肉之间，而是特指肌肉与肌肉之间的组织，在解剖学的层面上，这些组织中医称作筋
膜，而西医则谓之结缔组织，准确地讲是“固有结缔组织”。结缔组织在体内分布最广
，由组织液、纤维、基质和细胞组成。这些就是构成经络结构的物质。
但是，我们却不能反过来说这些物质就是经络，因... 阅读全帖 |
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d*******r
发帖数: 3875 | 49 原地址：
http://njzxhx.blog.163.com/blog/static/10527031720092605857104/
我们认为，经络没有独立具体的解剖结构，它是以其它相关组织结构共同合成而为结构
的。这就像河流一样，是水流的结果，自己本身没有什么河道，碰到黄土，黄土就是河
道的边界，遇见岩石，则岩石就是河道的边界。但共同组成经络结构的相关组织具有一
定的要求，那就是网膜状组织。《内经》经常谓经穴在“分肉之间”，其意非指皮肤与
肌肉之间，而是特指肌肉与肌肉之间的组织，在解剖学的层面上，这些组织中医称作筋
膜，而西医则谓之结缔组织，准确地讲是“固有结缔组织”。结缔组织在体内分布最广
，由组织液、纤维、基质和细胞组成。这些就是构成经络结构的物质。
但是，我们却不能反过来说这些物质就是经络，因为经络的存在方式主要是属于能
量层次的。经络与人体的关系，就像电能与计算机之间的关系。我们可以通过计算机上
所显示的图象文字等来认识电的作用，但如果你单纯从解剖学的角度来将计算机分解，
哪怕你用再高倍的显微镜也不可能看得到计算机里面的图象与文字。
也就是说，经络具有明显... 阅读全帖 |
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o***1
发帖数: 592 | 50 第3章 神创论者的观点
神创论者的观点拒绝科学的发现和方法
那些鼓吹总称为“神创论”，最近又称为“智能设计神创论”的人们实际上
持有各种不同的观念。广义地说，“神创论者”是指那些拒绝对已知宇宙作出自
然的科学解释，而相信超自然实体的特别创造的人。形形色色的神创论的宗旨并
不是信仰上帝，正如前所述，许多信仰者以及很多主流的宗教派别都接受科学发
现，接受进化论。神创论也不一定代表对《圣经》进行字面释义的基督教。有些
非基督教的宗教信仰者同样企图取代科学，用他们超自然的宗教教义来解释自然
现象。
在美国，各种面目的神创论通常是由规模不大的政治利益团体所鼓吹的。这
些团体通常由活跃的原教旨主义者组成，他们相信，唯一只有超自然的实体能够
解释宇宙的自然变化，和地球上生命的生物多样性。但即使这样的神创论者的观
点也彼此冲突。有一种称为“年轻地球说”的神创论者相信圣经对宇宙和地球起
源的解释，它们只是在几千年以前产生的。这种形式的神创论的拥戴者们相信，
包括人类在内的所有生物都是在短暂的时间里创造出来的，创造伊始就基本上具
有今天存在的样子。另一批称为“古老地球说”的神创论者接受地球年龄非常古... 阅读全帖 |
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