R******d 发帖数: 1436 | 1 各位大牛,请教一个混合模型的问题。大概是这样的:我们这边有一个实验,为了看药
物对相关基因甲基化的影响,连续5周对6只小鼠给药,同时6只对照给安慰剂。每周我
们测量实验组和安慰剂组的100个候选基因的甲基化水平。也就是:week=5,group(
case=6,control=6),gene=100,测定的甲基化程度暂命名为meth
常规的分析,把各时间点分开看,检验每个基因在case/control间的差异
proc mixed data=data;
class group;
model meth = group;
by gene;
where week=1 or 2, 3, 4, 5;
run;
如果想从整体上考虑(比如同时考虑这100个基因,全部的给药时间),到底整体上给
药不给药甲基化是否有差别,下面这么写合适吗?
proc mixed data=data;
class group week individual gene;
model meth = group;
random gene;
repeated week /sub=individual(group);
run;
谢谢。 | m*****s 发帖数: 156 | 2 your first analysis makes more sense. If you want to check the overall
difference, you can use PCA or other similar approaches.
【在 R******d 的大作中提到】 : 各位大牛,请教一个混合模型的问题。大概是这样的:我们这边有一个实验,为了看药 : 物对相关基因甲基化的影响,连续5周对6只小鼠给药,同时6只对照给安慰剂。每周我 : 们测量实验组和安慰剂组的100个候选基因的甲基化水平。也就是:week=5,group( : case=6,control=6),gene=100,测定的甲基化程度暂命名为meth : 常规的分析,把各时间点分开看,检验每个基因在case/control间的差异 : proc mixed data=data; : class group; : model meth = group; : by gene; : where week=1 or 2, 3, 4, 5;
| o**y 发帖数: 1084 | 3 repeated measurement:week,12只老鼠在5周内有重复测量。
fixed effect: group
random effect:每个老鼠身上是随机提取的基因吗?比如第一个老鼠身上提取2个基因
for test, 第二个老鼠身上提取5个基因for test
数据结构可以如下;
mice_id gene week group meth
sas code:
proc mixed data=aaa plots=all;
class mice_id gene group week;
model meth=group|week/ ddfm=kr outpm=predlf;
random intercept/subject=mice_id v vcorr;
repeat week/subject=gene*mice_id type=vc r rcorr;
run;
来自正在找工作的新手哈,仅供参考 | R******d 发帖数: 1436 | |
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