R******d
发帖数: 1436 | 1 各位大牛，请教一个混合模型的问题。大概是这样的：我们这边有一个实验，为了看药
物对相关基因甲基化的影响，连续5周对6只小鼠给药，同时6只对照给安慰剂。每周我
们测量实验组和安慰剂组的100个候选基因的甲基化水平。也就是：week=5，group(
case=6，control=6)，gene=100，测定的甲基化程度暂命名为meth
常规的分析，把各时间点分开看，检验每个基因在case/control间的差异
proc mixed data=data;
class group;
model meth = group;
by gene;
where week=1 or 2, 3, 4, 5;
run;
如果想从整体上考虑（比如同时考虑这100个基因，全部的给药时间），到底整体上给
药不给药甲基化是否有差别，下面这么写合适吗？
proc mixed data=data;
class group week individual gene;
model meth = group;
random gene;
repeated week /sub=individual(group);
run;
谢谢。 | m*****s
发帖数: 156 | 2 your first analysis makes more sense. If you want to check the overall
difference, you can use PCA or other similar approaches.
【在 R******d 的大作中提到】
: 各位大牛，请教一个混合模型的问题。大概是这样的：我们这边有一个实验，为了看药
: 物对相关基因甲基化的影响，连续5周对6只小鼠给药，同时6只对照给安慰剂。每周我
: 们测量实验组和安慰剂组的100个候选基因的甲基化水平。也就是：week=5，group(
: case=6，control=6)，gene=100，测定的甲基化程度暂命名为meth
: 常规的分析，把各时间点分开看，检验每个基因在case/control间的差异
: proc mixed data=data;
: class group;
: model meth = group;
: by gene;
: where week=1 or 2, 3, 4, 5;
| o**y
发帖数: 1084 | 3 repeated measurement:week,12只老鼠在5周内有重复测量。
fixed effect: group
random effect:每个老鼠身上是随机提取的基因吗？比如第一个老鼠身上提取2个基因
for test, 第二个老鼠身上提取5个基因for test
数据结构可以如下;
mice_id gene week group meth
sas code:
proc mixed data=aaa plots=all;
class mice_id gene group week;
model meth=group|week/ ddfm=kr outpm=predlf;
random intercept/subject=mice_id v vcorr;
repeat week/subject=gene*mice_id type=vc r rcorr;
run;
来自正在找工作的新手哈，仅供参考 | R******d
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