R******d
发帖数: 1436 | 1 有这样一个问题：
某个疾病的发生可能与多个基因有关，每个基因有个OR值（不同基因的OR值方向还可能
不同）
，用什么方法把多个基因的OR值combine到一起，给一个综合的该疾病的risk评价？
谢谢。 |
m******r
发帖数: 1033 | |
R******d
发帖数: 1436 | 3 这样是不是太简单了，与实际情况不符。
【在 m******r 的大作中提到】
: 取最大值， 或者前三个最大值，怎么样 ？
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m******r
发帖数: 1033 | |
R******d
发帖数: 1436 | 5 实际情况是啥我也不知道，每种病不一样吧。
可能是几个OR的和，也可能是几个OR的积，或者更复杂。
【在 m******r 的大作中提到】
: 实际情况是个啥？
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B******y
发帖数: 9065 | 6 你这个combined OR有什么实际意义呢？啥叫综合的该疾病的risk评价？
【在 R******d 的大作中提到】
: 有这样一个问题：
: 某个疾病的发生可能与多个基因有关，每个基因有个OR值（不同基因的OR值方向还可能
: 不同）
: ，用什么方法把多个基因的OR值combine到一起，给一个综合的该疾病的risk评价？
: 谢谢。
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R******d
发帖数: 1436 | 7 就是说如果某人携带多个和某种疾病患病有风险的allele，需要给出个体总的患病风险
【在 B******y 的大作中提到】
: 你这个combined OR有什么实际意义呢？啥叫综合的该疾病的risk评价？
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B******y
发帖数: 9065 | 8 那你得换个思路了。举个例子，男性和女性在肥胖的情况下有中风的可能性，可以分别
得到各自的OR，那么不分男女，也就是一个人在肥胖的情况下有中风的可能性所得到OR
，是无法从两个性别的OR "combine"而来，但在数据分析上，是将男女数据合并在一起
求得OR的。这个例子容易理解，因为男女是互相排斥但共同构成人的合集的。
但如果你有多个基因，我们尚且不明白你选择的基因是否构成了一个完备的集合，但假
设答案是，也就是你说的等位基因。就这个等位基因，你就可以计算出一个新的OR，这
个OR和各自基因的OR没有统计上的联系，虽然在数据来源上存在某种联系（譬如上例的
男女和人）。所以应该是不存在"combine"的方法。要是你认为这个完备的集合不存在
，或是等位基因无法代表个体基因（就像你说的各自OR甚至有不同的方向），那这个总
体的OR实际上是没有意义的。
【在 R******d 的大作中提到】
: 就是说如果某人携带多个和某种疾病患病有风险的allele，需要给出个体总的患病风险
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R******6
发帖数: 609 | 9 Mantel-Haenszel?
【在 R******d 的大作中提到】
: 有这样一个问题：
: 某个疾病的发生可能与多个基因有关，每个基因有个OR值（不同基因的OR值方向还可能
: 不同）
: ，用什么方法把多个基因的OR值combine到一起，给一个综合的该疾病的risk评价？
: 谢谢。
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R******d
发帖数: 1436 | 10 你的意思是无法从多个单等位基因位点的OR值得到多个位点联合的OR值？
唯一的办法是不是用原始数据从新算一遍？
OR
【在 B******y 的大作中提到】
: 那你得换个思路了。举个例子，男性和女性在肥胖的情况下有中风的可能性，可以分别
: 得到各自的OR，那么不分男女，也就是一个人在肥胖的情况下有中风的可能性所得到OR
: ，是无法从两个性别的OR "combine"而来，但在数据分析上，是将男女数据合并在一起
: 求得OR的。这个例子容易理解，因为男女是互相排斥但共同构成人的合集的。
: 但如果你有多个基因，我们尚且不明白你选择的基因是否构成了一个完备的集合，但假
: 设答案是，也就是你说的等位基因。就这个等位基因，你就可以计算出一个新的OR，这
: 个OR和各自基因的OR没有统计上的联系，虽然在数据来源上存在某种联系（譬如上例的
: 男女和人）。所以应该是不存在"combine"的方法。要是你认为这个完备的集合不存在
: ，或是等位基因无法代表个体基因（就像你说的各自OR甚至有不同的方向），那这个总
: 体的OR实际上是没有意义的。
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B******y
发帖数: 9065 | 11 对，基本上就是这个意思。
但即使重算也得是符合实际意义的OR，单靠一个模型可以出任何东西，但可能是毫无意
义的结果。
【在 R******d 的大作中提到】
: 你的意思是无法从多个单等位基因位点的OR值得到多个位点联合的OR值？
: 唯一的办法是不是用原始数据从新算一遍？
:
: OR
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R******6
发帖数: 609 | 12 What is 疾病位点?
I'm thinking of a logistic regression including all of your genes. After
finding OR of each gene, what is your next question?
【在 R******d 的大作中提到】
: 有这样一个问题：
: 某个疾病的发生可能与多个基因有关，每个基因有个OR值（不同基因的OR值方向还可能
: 不同）
: ，用什么方法把多个基因的OR值combine到一起，给一个综合的该疾病的risk评价？
: 谢谢。
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R******d
发帖数: 1436 | 13 这里的疾病位点指染色体上的单个碱基位点，通常一个位点有两个allele，如果一个是
正常的，一个是risk allele，那么带risk allele的位点就是疾病位点。
是的，可以用logistic regression找出单个risk allele（如果OR大于某个阈值），以
及该位点对应的基因。但是如果疾病有两个或者更多位点都能致病，那么不仅仅是要看
单个位点的致病风险，还想看一下几个位点的risk allele同时出现的时候的得病的风
险。由于组合数很多，不可能在logistic regression模型里都包括进去，只能挑几个
你想看的。
【在 R******6 的大作中提到】
: What is 疾病位点?
: I'm thinking of a logistic regression including all of your genes. After
: finding OR of each gene, what is your next question?
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R******6
发帖数: 609 | 14 Look at the ROC and use the predicted probability? |
R******d
发帖数: 1436 | 15 可以啊，现在的问题是ROC也得重新算，因为不能用几个单位点的ROC得到多个位点联合
的ROC
【在 R******6 的大作中提到】
: Look at the ROC and use the predicted probability?
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r*****o
发帖数: 140 | |
