t**********y
发帖数: 374 | 1 问题1
I try to understand the use of new(), and followed exactly their examples.
为什么会有 error message?
--------------------------------------------
library(methods)
t1 <- new("track", x = seq_along(ydata), y = ydata)
Error in getClass(Class, where = topenv(parent.frame())) :
"track" is not a defined class
------------------------------------------------
问题2
estimateCommonDisp 是一个function的名字， 但里面的.estimateCommonDisp 是什么
意思啊？
-----------------------------------------------------
> estimateCommonDisp
function (object, tol = 1e-06, rowsum.filter = 5)
{
.
.
.
common.dispersion <- .estimateCommonDisp(pseudo.obj, tol = tol)
.
.
.
}
------------------------------------------------------ | t******g
发帖数: 372 | 2 回答见下面，R的文档够简单的了，还是看全了吧
track <- setClass("track",
representation(x="numeric", y="numeric"))
new的例子上面有句话， so ? setClass
## using the definition of class "track" from \link{setClass}
看源文件的话这个函数下面还有一个函数。。。
或者命令行上 .estimateCommonDisp 看代码
另，该升级R和相关的pkg了，至少1年了
【在 t**********y 的大作中提到】
: 问题1
: I try to understand the use of new(), and followed exactly their examples.
: 为什么会有 error message?
: --------------------------------------------
: library(methods)
: t1 <- new("track", x = seq_along(ydata), y = ydata)
: Error in getClass(Class, where = topenv(parent.frame())) :
: "track" is not a defined class
: ------------------------------------------------
: 问题2
| t**********y
发帖数: 374 | 3 非常感谢回复.
我理解你解释的问题1
关于问题2, 你的意思是 estimateCommonDisp 和 .estimateCommonDisp 是两个函数?
如果想看源代码,该怎么操作?
R的文档对我这样的初学者有时是太简单了...:(
【在 t******g 的大作中提到】
: 回答见下面，R的文档够简单的了，还是看全了吧
:
: track <- setClass("track",
: representation(x="numeric", y="numeric"))
: new的例子上面有句话， so ? setClass
: ## using the definition of class "track" from \link{setClass}
: 看源文件的话这个函数下面还有一个函数。。。
: 或者命令行上 .estimateCommonDisp 看代码
: 另，该升级R和相关的pkg了，至少1年了
| t******g
发帖数: 372 | 4 在你使用的这个版本的edgeR里至少在2.4.6以前是存在这么2个函数的
之后的版本合并了，第二个.开头的不存在了。
源代码可以直接从bioc下回来看，或者只读的svn有最近的dev版本，老板可以从
archive里找
http://www.bioconductor.org/packages/2.10/bioc/html/edgeR.html
http://www.bioconductor.org/packages/2.9/bioc/html/edgeR.html
觉得初学者就同时既要了解R的结构和一个复杂算法如edgeR的实现有点over
?
【在 t**********y 的大作中提到】
: 非常感谢回复.
: 我理解你解释的问题1
: 关于问题2, 你的意思是 estimateCommonDisp 和 .estimateCommonDisp 是两个函数?
: 如果想看源代码,该怎么操作?
: R的文档对我这样的初学者有时是太简单了...:(
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