a***r
发帖数: 420 | 1 这个是染色体上的SNP的密度图示，如果我有所有SNP的position，要如何画出这样的图
呢？
我的大致思路是：
raw data是每个SNP的position编号，
由此建立一个覆盖整个染色体的，一定长度的小片段密度的dataset
画出密度图
我的问题是，
1. 这些小片段是否需要overlap each other
2. 在SAS/R里什么package/function画heatmap比较好?R的heatmap? 我没用过，但我看
他画出来的都是方的，要把23条染色体像这个图这样美型地line-up要怎么做呢？
谢谢大家~:) |
p**n
发帖数: 1437 | |
f*****r
发帖数: 70 | 3 gplot2 with heatmap function with tweak
ggplot2 with a lot manually tweak
lattice can do this too, but I am not very familar with.
For this heat map, you need at least:
length of chrome
segment info
density of each seg
【在 a***r 的大作中提到】
: 这个是染色体上的SNP的密度图示，如果我有所有SNP的position，要如何画出这样的图
: 呢？
: 我的大致思路是：
: raw data是每个SNP的position编号，
: 由此建立一个覆盖整个染色体的，一定长度的小片段密度的dataset
: 画出密度图
: 我的问题是，
: 1. 这些小片段是否需要overlap each other
: 2. 在SAS/R里什么package/function画heatmap比较好?R的heatmap? 我没用过，但我看
: 他画出来的都是方的，要把23条染色体像这个图这样美型地line-up要怎么做呢？
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c****n
发帖数: 11 | 4 This map is plotted by matlab. You could also plot it by R.
Instead of using heatmap function in R or matlab, treat it as 23 wide lines
with numerious blocks, each of which is filled by the color dependent on the
SNP density.
Good luck.
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s*****w
发帖数: 90 | 5 i believe proc gmap can do something similar
【在 a***r 的大作中提到】
: 这个是染色体上的SNP的密度图示，如果我有所有SNP的position，要如何画出这样的图
: 呢？
: 我的大致思路是：
: raw data是每个SNP的position编号，
: 由此建立一个覆盖整个染色体的，一定长度的小片段密度的dataset
: 画出密度图
: 我的问题是，
: 1. 这些小片段是否需要overlap each other
: 2. 在SAS/R里什么package/function画heatmap比较好?R的heatmap? 我没用过，但我看
: 他画出来的都是方的，要把23条染色体像这个图这样美型地line-up要怎么做呢？
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a***r
发帖数: 420 | 6 画好了，似乎还能看，谢谢~
搞了本use R 的ggplot2的电子书学习了下，好牛！
回报社会，路过的大家需要书的话可站内我：）
【在 f*****r 的大作中提到】
: gplot2 with heatmap function with tweak
: ggplot2 with a lot manually tweak
: lattice can do this too, but I am not very familar with.
: For this heat map, you need at least:
: length of chrome
: segment info
: density of each seg
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a***r
发帖数: 420 | 7 这个网站真不错，谢谢~！
【在 p**n 的大作中提到】
: 这个很好画啊，要现成的function的话这里自己找找吧
: http://rgm2.lab.nig.ac.jp/RGM2/images.php?show=all
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a***r
发帖数: 420 | 8 3x：）
lines
the
【在 c****n 的大作中提到】
: This map is plotted by matlab. You could also plot it by R.
: Instead of using heatmap function in R or matlab, treat it as 23 wide lines
: with numerious blocks, each of which is filled by the color dependent on the
: SNP density.
: Good luck.
:
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a***r
发帖数: 420 | 9 I’ll try， 3x~
【在 s*****w 的大作中提到】
: i believe proc gmap can do something similar
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j******o
发帖数: 127 | |
