y***i
发帖数: 11639 | 1 新的project要求我分析microarray data 做 quality control 筛去坏的array。我
在网上找不到好的文章系统的介绍怎么分析，用什么标准。请问大侠一般怎么做，有哪
些标准，有没有好的参考文献？多谢！ | Y****a
发帖数: 243 | 2 我以前工作的组专门做这个
不过首先声明我不是做这个的，而且我也确实不太懂，只能说个大概
抛砖引玉吧
我理解的，他们的标准是，“blind” quality control，既
不考虑试验设计，sample，只看array
summarize array data, look at a few critical values, 很抱歉，因为我不懂，他
们总结出来那几个变量我一个也没记住，而且即使记住了我也不能说，毕竟和公司有保
密协定
当然还要看array的image，曾经有几次，他们有经验的人但从array image上就看出了
问题 | w*****n
发帖数: 375 | 3 Set filter for each probe set: Max intensity, CV(sd/mean * 100),..., and
only use several thousands probe sets instead of 22K or 54K.
Check image plot to see whether there are scratch lines
Generate MvA plots for each chip
Do Principle Component Analysis plot to see whether there are outliers.
【在 y***i 的大作中提到】
: 新的project要求我分析microarray data 做 quality control 筛去坏的array。我
: 在网上找不到好的文章系统的介绍怎么分析，用什么标准。请问大侠一般怎么做，有哪
: 些标准，有没有好的参考文献？多谢！
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