s***e
发帖数: 911 | 1 TOPO II催化的系统1997年发现不到达平衡态, 可见TOPO II 对系统作了功,影响
了实验的方向. 我们去年发表了一个模型可以解释这个问题---模型里面最关键
处要求DNA第一次自交碰撞,并不立刻导致穿越发生, 只是把酶激发到一个可以
cut的状态; 这个激发态有一个衰退率, 如果在退化前第二次碰撞发生了, 就可以
发生穿越. 模型的计算表明, 必须要求激发态衰变特别快才能得到有趣的结果.
这就意味着前后两次自交碰撞必须间隔特别短. 反应模型里面.既然第一次碰撞
只是为了激发, 所以任何碰撞类型都有效,是overall的碰撞率; 第二次碰撞就要改变
拓扑, 是拓扑改变的特殊类型的碰撞. 这个碰撞率的比(knot-2-unknot/unknot-2-knot)
就可以由Boltzmann distibution决定下来. | s***e
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那么这个模型里面稳定态的反应率的比最后可以被计算为:
R_{knot-2-unknot)/R_{unknot-2-knot)
=(v/w)*(x/y)
其中x/y就是第二此碰撞的碰撞率, 可以被平衡态物理学计算出来. 关键在(v,w)这两
个第一次碰撞的反应率上----对我来说最重要的事情再于, DNA发生拓扑改变碰撞要求
构型处于一些特别的构型上. 这个构型下发生拓扑改变的碰撞概率远远大于保持拓扑
的碰撞的概率. 由于前后两次碰撞必须在短时间内发生, 于是可以近似要求(v,w)也是
拓扑改变类型的碰撞速率. 不同的地方在于, 它们是在相空间一个子集之内发生的,
和(x,y)不同. 这就是我为什么需要讨论v/w是否常数的原因了.
不知道说明白了没有...
【在 s***e 的大作中提到】
: TOPO II催化的系统1997年发现不到达平衡态, 可见TOPO II 对系统作了功,影响
: 了实验的方向. 我们去年发表了一个模型可以解释这个问题---模型里面最关键
: 处要求DNA第一次自交碰撞,并不立刻导致穿越发生, 只是把酶激发到一个可以
: cut的状态; 这个激发态有一个衰退率, 如果在退化前第二次碰撞发生了, 就可以
: 发生穿越. 模型的计算表明, 必须要求激发态衰变特别快才能得到有趣的结果.
: 这就意味着前后两次自交碰撞必须间隔特别短. 反应模型里面.既然第一次碰撞
: 只是为了激发, 所以任何碰撞类型都有效,是overall的碰撞率; 第二次碰撞就要改变
: 拓扑, 是拓扑改变的特殊类型的碰撞. 这个碰撞率的比(knot-2-unknot/unknot-2-knot)
: 就可以由Boltzmann distibution决定下来.
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