s***e
发帖数: 911 | 1 虽然数学上扭结分类的问题没有解决,但是物理学家通过计算机得到了一些重要
的信息. (PRL,66,N17,2211)Kleanties Koniaris发表了重要工作,通过数值摹拟
研究ring polymers的扭结分布概率. 他把ring polymer看成是一串珠子连在一起,
两个珠子之间是直线(长度对应所谓persistence length). 然后在这种ring space
里面作摹拟,,看最终的扭结分布---其实研究的是圆的概率. 结论是:
圆类的概率随分子的长度指数递减
P=exp(-N/N0)
N是number of segment; N0是某个数, 这个数依赖于模型里面珠子的半径r.
r越大,说明self-avoidance效应越强.这说明当分子足够长的时候, 大量分子
将是knots. 如果r->0,则N0约为260.r增加时, N0急剧增加,说明self-avoidace越大,
约不容易成扭结.
根据Rybenkov的实验条件, 对10kb的DNA, 这个概率是0.969; 对7kb的数据,应该是
0.983. topo II催化下的实验结果分别是0.99938 | s*k
发帖数: 144 | 2 排骨, 以下是对您以上的关于DNA拓扑异构酶文章背景知识的一点补充.
对于DNA,当其处于正常生理溶液环境时,每隔10对碱基即大约3.4nm
DNA分子旋转一周(这是1953 Watson and Crick最重要的发现,即DNA的双螺旋).
多于此(每少于10对碱基即互旋360度)的在生理溶液环境下的DNA称之为超螺旋
(supercoil), 少于此的叫欠螺旋,两者在生理溶液中均具有张力(物理里是不是称
其为具有较高自由能?), 对于此,DNA拓扑异构酶使其回复到张力较低的状态是不
需要外能的, 即不消耗ATP, 而DNA拓扑异构酶使DNA达到高张力的状态是需要
外能的(消耗ATP).
在一般生物体中的DNA是处于超螺旋状态,它使DNA两条链缠得更紧, 而在DNA复制或
转录的时候,DNA拓扑异构酶使其解螺旋到常态或欠螺旋状态.
一般从生物里提取的genome DNA是处于常态,但病毒或质粒的DNA常是超螺旋态.
以上讨论均指B型DNA,另外还有A型和Z型DNA,三链DNA,这些是DNA分子在不同
溶液环境下的自然状态,螺旋数与B型不一样.
有两本书值得推荐:
Cantor, C. | y****e
发帖数: 71 | 3 After reading the paper Space provide (actually can not understand them),
finnaly got some ideas about what Space are talking about.
You are talking about knotting of DNA, and we are talking about super-coil
of DNA. Knotting is another problem, and I agree that Topo II has some
problem to sense that, since there will be no different between knotted
and un-knotted DNA from Topo II point of view.
Guess you are need to get some idea about chemistry of that reaction. I
remember the reaction is ver |
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