j***3
发帖数: 142 | 1 只要window size超过79程序就出错（report “Bad Data”） 。
http://www.cs.bc.edu/~clote/ComputationalMolecularBiology/ENTROPY/entropyPlot1.c
出错的部分在”Nucl indexPlus“
老虎肉提示可能是非法字符问题。后检查发现input file的每一行都是79个字符，然后
有个换行符。用
perl -l0pe0
去除input file 里所有的new line 后程序就没有问题了。 请问可不可以在source
code 里改一下，ignore 所有的new line？怎么改呢。谢谢了 |
g****y
发帖数: 436 | 2 在input部分，if c=fgetc（in） != '\n' 。但是与其这样，不如你之前确保你的输入
文件没有问题。
【在 j***3 的大作中提到】
: 只要window size超过79程序就出错（report “Bad Data”） 。
: http://www.cs.bc.edu/~clote/ComputationalMolecularBiology/ENTROPY/entropyPlot1.c
: 出错的部分在”Nucl indexPlus“
: 老虎肉提示可能是非法字符问题。后检查发现input file的每一行都是79个字符，然后
: 有个换行符。用
: perl -l0pe0
: 去除input file 里所有的new line 后程序就没有问题了。 请问可不可以在source
: code 里改一下，ignore 所有的new line？怎么改呢。谢谢了
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j***3
发帖数: 142 | 3 请问main 里的这一段不是已经 考虑了new line的问题了吗，因为用window size 小于
行字符数时程序没有问题啊？
/** continue processing **/
while ((ch = getc(in)) != EOF)
{
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
index2 = index(win[1]);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
pair[index1][index2]--;
/* move things down in window */
for (i=0;i
if |
g****y
发帖数: 436 | 4 你的sample和这个程序都有bug。
从程序来看，如果看到一个new line，它会再读入一个ch，判定是否EOF,但是判定完了
以后，没有用
ugetc（）
把判定用字符推回去，然后马上进入下一个循环，又读了一次stream，相当于又丢失了
一个字符。
因此这个程序最终的结果基本是错误的。
另外一方面，可以断定你的sample file有几行不止一个new line或者空格或者制表符，
导致通过 ！= EOF的判断之后，indexMinus出错。
【在 j***3 的大作中提到】
: 请问main 里的这一段不是已经 考虑了new line的问题了吗，因为用window size 小于
: 行字符数时程序没有问题啊？
: /** continue processing **/
: while ((ch = getc(in)) != EOF)
: {
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
: index2 = index(win[1]);
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: pair[index1][index2]--;
|
j***3
发帖数: 142 | 5 谢谢ggplay, 是不是这样就可以了。另外我再想办法处理下input file format。
另外如果input file有几行不止一个new line或者空格或者制表符导致通过 ！= EOF的判断之后indexMinus出错的话，为
什么在window size 小于行字符数时，没有 indexMinus出错报告呢？
if ( ch == EOF ) break;
if ( ch == '\n' )
{
ch = fgetc(in);
if ( ch == EOF ) break;
ungetc(ch, in);
} |
t*******t
发帖数: 105 | 6 这个while循环一开始的地方也要ugetc。
【在 j***3 的大作中提到】
: 谢谢ggplay, 是不是这样就可以了。另外我再想办法处理下input file format。
: 另外如果input file有几行不止一个new line或者空格或者制表符导致通过 ！= EOF的判断之后indexMinus出错的话，为
: 什么在window size 小于行字符数时，没有 indexMinus出错报告呢？
: if ( ch == EOF ) break;
: if ( ch == '\n' )
: {
: ch = fgetc(in);
: if ( ch == EOF ) break;
: ungetc(ch, in);
: }
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j***3
发帖数: 142 | 7 请问老虎肉为什么呢？
while循环一开始的地方没有判定是否new line啊？ |
g****y
发帖数: 436 | 8 但是调用了getc
【在 j***3 的大作中提到】
: 请问老虎肉为什么呢？
: while循环一开始的地方没有判定是否new line啊？
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j***3
发帖数: 142 | 9 但是在 if 里面已经用ungetc push 了一次，在while 里又要 push一次吗？象这样：
/** continue processing **/
while ((ch = getc(in)) != EOF)
{
ungetc(ch, in);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
index2 = index(win[1]);
/* remove contribution for nucleotide freq for first char */
pair[index1][index2]--;
/* move things down in window */
for (i=0;i
|
t****t
发帖数: 6806 | 10 这个写得实在太混乱了, 我都没看明白你想要做什么. newline是一个重要的分隔符吗?
如果是, 那你想办法用fgets一次读入一行, 一行一行的处理. 如果不是, 那就用fread
一次读一个block, 或者写一个函数fgetc_skip_newline每次自动把newline跳过就好了
【在 j***3 的大作中提到】
: 但是在 if 里面已经用ungetc push 了一次，在while 里又要 push一次吗？象这样：
: /** continue processing **/
: while ((ch = getc(in)) != EOF)
: {
: ungetc(ch, in);
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
: index2 = index(win[1]);
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: pair[index1][index2]--;
|
g****y
发帖数: 436 | 11 对。
【在 j***3 的大作中提到】
: 但是在 if 里面已经用ungetc push 了一次，在while 里又要 push一次吗？象这样：
: /** continue processing **/
: while ((ch = getc(in)) != EOF)
: {
: ungetc(ch, in);
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: index1 = indexMinus(win[0], &a, &c, &g, &t);
: index2 = index(win[1]);
: /* remove contribution for nucleotide freq for first char */
: pair[index1][index2]--;
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