b*********7
发帖数: 12 | 1 最近要做统计方面的一个 project，需要用到该领域一牛人用的C code,首先就要安装
他给的library, 链接如下：http://www.math.ntnu.no/~hrue/GMRFLib/
需要下载的是GMRFLib-3.0-0-snapshot.tgz， 在unix下解压以后没法安装，我对unix
不是很熟悉，发信问原作者没有回应，请各位牛人帮忙看看。
cd 到解压文件夹以后，运行make出现很多错误如下：（
Makefile在解压文件夹里，哪位好心人给看看，帮了我大忙了，在此先提前谢了！！）
bash-2.05b$ make
gcc -g -Wall -O3 -fomit-frame-pointer -fexceptions -funroll-loops -DHAVE_
INLINE -I.. -DGMRFLib_PATH=\"/usr/local/doc/GMRFLib/data\" -I/usr/local/
include -c -o problem-setup.o problem-setup.c
In file included from problem- |
f*****Q
发帖数: 1912 | |
b*********7
发帖数: 12 | 3 好像没有，汗。。。对我这个library很重要么？
怎么安装GSL呢？麻烦能不能给详细一点的instruction,我对unix实在不熟悉。
多谢！！ |
b*********7
发帖数: 12 | 4 怎么样知道gsl安装了没有，用什么命令可以check? |
c**t
发帖数: 2744 | 5 it's very important: GNU Scientific Library
【在 b*********7 的大作中提到】
: 好像没有，汗。。。对我这个library很重要么？
: 怎么安装GSL呢？麻烦能不能给详细一点的instruction,我对unix实在不熟悉。
: 多谢！！
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y****e
发帖数: 23939 | 6 你要是在red hat系列下(RHEL，Fedora，CentOS)，用yum就可以装好 |
k****e
发帖数: 100 | 7 一般会带 gsl-config
你执行 gsl-config 看看
如果是管理员自己编译安装的，locate gsl-config 看看有没有
如果locate的database没有的话。。。。。。。。。find。。。。
【在 b*********7 的大作中提到】
: 怎么样知道gsl安装了没有，用什么命令可以check?
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r****t
发帖数: 10904 | 8 我对 unix 也不熟悉，你要装 gsl 的 dev 包，怎么装就不知道了。
要不自己 compile gsl 行了。 |
y****e
发帖数: 23939 | 9 我试着下载了这个软件，编译通过没有问题，最后得到两个static library:
libGMRFLib-geo.a 和 libGMRFLib.a
只要装个gsl-dev就可以了，他也提供binary下载的，你要是实在不会的话，为什么不
装binary呢？
unix
【在 b*********7 的大作中提到】
: 最近要做统计方面的一个 project，需要用到该领域一牛人用的C code,首先就要安装
: 他给的library, 链接如下：http://www.math.ntnu.no/~hrue/GMRFLib/
: 需要下载的是GMRFLib-3.0-0-snapshot.tgz， 在unix下解压以后没法安装，我对unix
: 不是很熟悉，发信问原作者没有回应，请各位牛人帮忙看看。
: cd 到解压文件夹以后，运行make出现很多错误如下：（
: Makefile在解压文件夹里，哪位好心人给看看，帮了我大忙了，在此先提前谢了！！）
: bash-2.05b$ make
: gcc -g -Wall -O3 -fomit-frame-pointer -fexceptions -funroll-loops -DHAVE_
: INLINE -I.. -DGMRFLib_PATH=\"/usr/local/doc/GMRFLib/data\" -I/usr/local/
: include -c -o problem-setup.o problem-setup.c
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b*********7
发帖数: 12 | 10 这位大哥，我不是不想装binary啊，我实在是对unix一窍不通。
我今天找人帮忙装了GSL在我自己的 directory下(/home/me/GSL)，然后再去装这个
library，（library 在 /home/me/GMRF/GMRFLib-3.0-0-snapshot/GMRFLib），还是不
行，汗死了，出错几乎是一样的。。。
请问你是怎么装成功的，装完以后的两个static library在哪个文件夹下面？
你直接make然后make install就可以了么？
不好意思啊，感觉自己象白痴一样。。。
【在 y****e 的大作中提到】
: 我试着下载了这个软件，编译通过没有问题，最后得到两个static library:
: libGMRFLib-geo.a 和 libGMRFLib.a
: 只要装个gsl-dev就可以了，他也提供binary下载的，你要是实在不会的话，为什么不
: 装binary呢？
:
: unix
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t****t
发帖数: 6806 | 11 你还是找人帮你装吧.一两句话说不清楚的...
【在 b*********7 的大作中提到】
: 这位大哥，我不是不想装binary啊，我实在是对unix一窍不通。
: 我今天找人帮忙装了GSL在我自己的 directory下(/home/me/GSL)，然后再去装这个
: library，（library 在 /home/me/GMRF/GMRFLib-3.0-0-snapshot/GMRFLib），还是不
: 行，汗死了，出错几乎是一样的。。。
: 请问你是怎么装成功的，装完以后的两个static library在哪个文件夹下面？
: 你直接make然后make install就可以了么？
: 不好意思啊，感觉自己象白痴一样。。。
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b*********7
发帖数: 12 | 12 找不到人了现在，今天下午还是找一个不是很熟的人，然后他再去找另外一个人，跑来
敲了几下键盘就走了，实在不好意思再去找人家。
你能不能给一个稍微详细一点的instruction，针对这个library就可以，感激不尽！！
【在 t****t 的大作中提到】
: 你还是找人帮你装吧.一两句话说不清楚的...
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t****t
发帖数: 6806 | 13 很难弄的, 你要让gcc能看到gsl的include file, 还要让gcc/ld能看到gsl的library
file
你找你装好的gsl, .h文件在什么地方? 比如说有/home/me/GSL/include/gsl/gsl_blas
.h
那你可以试试
CPPFLAGS=-I/home/me/GSL/include
你装好的gsl, .a或者.so在什么地方? 比如有/home/me/GSL/lib/libgsl.a, 你可以试试
LIBS=-L/home/me/GSL/lib
所以你可以写
env CPPFLAGS=-I/home/me/GSL LIBS=-L/home/me/GSL/lib make
但是这都不一定有用, 取决于这个作者的makefile是怎么写的
所以我说一两句话说不清楚, 基本上要看到你的机器才行, 我也没用过gsl, 只是对
UNIX熟一点 |
b*********7
发帖数: 12 | 14 我试了，好像不行:(
Makefile 全文如下，麻烦这位大侠再给看看，好人啊！！！
# $Id: GMRFLib-Makefile,v 1.56 2007/09/06 21:57:38 hrue Exp $
# USER OPTIONS
# the full path to where to install the library, headerfiles and docs.
# if you use a relative path, you have to modify the Makefile in the
# $(PREFIX)/doc/examples yourself.
PREFIX = /usr/local
# what to call the library
GMRFLibNAME = GMRFLib
# select compilers and optimized compiler-options. add -march=.... etc
yourself
CC = gcc
FC = gfortran
FCEXTRAFLAGS = -fno-second-unders
【在 t****t 的大作中提到】
: 很难弄的, 你要让gcc能看到gsl的include file, 还要让gcc/ld能看到gsl的library
: file
: 你找你装好的gsl, .h文件在什么地方? 比如说有/home/me/GSL/include/gsl/gsl_blas
: .h
: 那你可以试试
: CPPFLAGS=-I/home/me/GSL/include
: 你装好的gsl, .a或者.so在什么地方? 比如有/home/me/GSL/lib/libgsl.a, 你可以试试
: LIBS=-L/home/me/GSL/lib
: 所以你可以写
: env CPPFLAGS=-I/home/me/GSL LIBS=-L/home/me/GSL/lib make
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k****e
发帖数: 100 | 15 根据你后面贴的Makefile，这个问题你还是找高人吧
Makefile 里面没有 -lgsl -lgslcblas
作者是自己装的gsl，而且不是 标准的 include/gsl/gsl_*.h
形式。
还有，你的 bash-2.05b$ 让我看上去有点怕怕的，不知道你的环境设的如何。
我看你还是找人吧，别浪费时间了，你不一定能搞定的。
unix
【在 b*********7 的大作中提到】
: 最近要做统计方面的一个 project，需要用到该领域一牛人用的C code,首先就要安装
: 他给的library, 链接如下：http://www.math.ntnu.no/~hrue/GMRFLib/
: 需要下载的是GMRFLib-3.0-0-snapshot.tgz， 在unix下解压以后没法安装，我对unix
: 不是很熟悉，发信问原作者没有回应，请各位牛人帮忙看看。
: cd 到解压文件夹以后，运行make出现很多错误如下：（
: Makefile在解压文件夹里，哪位好心人给看看，帮了我大忙了，在此先提前谢了！！）
: bash-2.05b$ make
: gcc -g -Wall -O3 -fomit-frame-pointer -fexceptions -funroll-loops -DHAVE_
: INLINE -I.. -DGMRFLib_PATH=\"/usr/local/doc/GMRFLib/data\" -I/usr/local/
: include -c -o problem-setup.o problem-setup.c
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t****t
发帖数: 6806 | 16 try:
env LEXTPREFIX=/home/me/GSL make
【在 b*********7 的大作中提到】
: 我试了，好像不行:(
: Makefile 全文如下，麻烦这位大侠再给看看，好人啊！！！
: # $Id: GMRFLib-Makefile,v 1.56 2007/09/06 21:57:38 hrue Exp $
: # USER OPTIONS
: # the full path to where to install the library, headerfiles and docs.
: # if you use a relative path, you have to modify the Makefile in the
: # $(PREFIX)/doc/examples yourself.
: PREFIX = /usr/local
: # what to call the library
: GMRFLibNAME = GMRFLib
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r****t
发帖数: 10904 | 17 你到底看了 Makefile 没有，开头有很多你要改的东西。
/usr/local/lib 下面要有这些列出来的库，/usr/local/include 下面要有这些库的头
文件。没有的话或者按位置装好，或者装好再改这几行。
初用 make, 用 make -d 然后看看出错信息，理解不了贴上来问。你现在的问题是 gcc 在你给的 -I 选项里面列的目录里面找不到 GSL 的头文件，你就给个含有头文件的 -I path 就可以过这一步了。
# The path to the external libraries: metis, taucs, lapack, blas and zlib
LEXTPREFIX = /usr/local
LEXTLIBS = -L$(LEXTPREFIX)/lib
IEXTLIBS = -I$(LEXTPREFIX)/include
这还没列 GSL, 你要是 GSL 装在
/home/me/GSL
上面有两行你要改成
LEXTLIBS = -L$(LEXTPREFIX)/lib -L/home/me/GSL/lib
IEXTLIBS = -I$(LEXTP
【在 b*********7 的大作中提到】
: 我试了，好像不行:(
: Makefile 全文如下，麻烦这位大侠再给看看，好人啊！！！
: # $Id: GMRFLib-Makefile,v 1.56 2007/09/06 21:57:38 hrue Exp $
: # USER OPTIONS
: # the full path to where to install the library, headerfiles and docs.
: # if you use a relative path, you have to modify the Makefile in the
: # $(PREFIX)/doc/examples yourself.
: PREFIX = /usr/local
: # what to call the library
: GMRFLibNAME = GMRFLib
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t****t
发帖数: 6806 | 18 他明显看不懂...
【在 r****t 的大作中提到】
: 你到底看了 Makefile 没有，开头有很多你要改的东西。
: /usr/local/lib 下面要有这些列出来的库，/usr/local/include 下面要有这些库的头
: 文件。没有的话或者按位置装好，或者装好再改这几行。
: 初用 make, 用 make -d 然后看看出错信息，理解不了贴上来问。你现在的问题是 gcc 在你给的 -I 选项里面列的目录里面找不到 GSL 的头文件，你就给个含有头文件的 -I path 就可以过这一步了。
: # The path to the external libraries: metis, taucs, lapack, blas and zlib
: LEXTPREFIX = /usr/local
: LEXTLIBS = -L$(LEXTPREFIX)/lib
: IEXTLIBS = -I$(LEXTPREFIX)/include
: 这还没列 GSL, 你要是 GSL 装在
: /home/me/GSL
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r****t
发帖数: 10904 | 19 咱好人做到底，其实也不难，gcc 的基本用法花半个小时入个门，Makefile 也不用完全懂，至少装个程序该没问题。
你把 Makefile 开头部分改成这样再看看你能不能通过那一步，之后你还有好几个 library 要装，我建议你都装在 /home/me/usr/ 里面：
# USER OPTIONS
# the full path to where to install the library, headerfiles and docs.
# if you use a relative path, you have to modify the Makefile in the
# $(PREFIX)/doc/examples yourself.
PREFIX = /home/me/GMRF
# what to call the library
GMRFLibNAME = GMRFLib
# select compilers and optimized compiler-options. add -march=.... etc
yourself
CC = gcc
FC = gfortr
【在 b*********7 的大作中提到】
: 我试了，好像不行:(
: Makefile 全文如下，麻烦这位大侠再给看看，好人啊！！！
: # $Id: GMRFLib-Makefile,v 1.56 2007/09/06 21:57:38 hrue Exp $
: # USER OPTIONS
: # the full path to where to install the library, headerfiles and docs.
: # if you use a relative path, you have to modify the Makefile in the
: # $(PREFIX)/doc/examples yourself.
: PREFIX = /usr/local
: # what to call the library
: GMRFLibNAME = GMRFLib
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r****t
发帖数: 10904 | 20 他还要用这个 code 的，这个样子怎么用。。
【在 t****t 的大作中提到】
: 他明显看不懂...
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b*********7
发帖数: 12 | 21 汗如雨下。。。。。。。。。
多谢各位大侠，我来试试看。如果还有问题还请各位大侠不吝赐教。
再次表示感谢！！
【在 r****t 的大作中提到】
: 他还要用这个 code 的，这个样子怎么用。。
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b*********7
发帖数: 12 | 22 各位大侠，我回去反复试了各位出的高招，现在make似乎没有什么太大问题，但出现了
新的问题，（如果是新的话。。。）
用该 Library 需要包含如下头文件：#include "GMRFLib/GMRFLib.h"，而 GMRFLib.h
中包含了gsl头文件：
#include
#include
#include
#include
#include
。。。
。。。
和这个library自己的头文件：
#include "GMRFLib/init.h"
#include "GMRFLib/utils.h"
#include "GMRFLib/io.h"
#include "GMRFLib/taucs.h"
#include "GMRFLib/compatibility.h"
#include "GMRFLib/random.h"
。。。。。。。
这里用<>表示gsl是系统文件，但我只有权限把gsl装在我自 |
p****s
发帖数: 32405 | 23 把系统include改成绝对路径的include, 只要你自己装的gsl包里有以下头文件,
gsl_math.h, etc
【在 b*********7 的大作中提到】
: 各位大侠，我回去反复试了各位出的高招，现在make似乎没有什么太大问题，但出现了
: 新的问题，（如果是新的话。。。）
: 用该 Library 需要包含如下头文件：#include "GMRFLib/GMRFLib.h"，而 GMRFLib.h
: 中包含了gsl头文件：
: #include
: #include
: #include
: #include
: #include
: 。。。
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r****t
发帖数: 10904 | 24 /home/me/GSL/include 下面有没有 "gsl/gsl_blas.h"? 没有就不行。
调节你的 -I选项直到包括 "gsl/gsl_blas.h" 的父目录为止，应该就可以了。
不应该在 code 里面写绝对路径的 #include.
h
【在 b*********7 的大作中提到】
: 各位大侠，我回去反复试了各位出的高招，现在make似乎没有什么太大问题，但出现了
: 新的问题，（如果是新的话。。。）
: 用该 Library 需要包含如下头文件：#include "GMRFLib/GMRFLib.h"，而 GMRFLib.h
: 中包含了gsl头文件：
: #include
: #include
: #include
: #include
: #include
: 。。。
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b*********7
发帖数: 12 | 25 有呀，还是不行。是不是应该把GMRFLib.h里面的
#include ... 都改成 #include"gsl/gsl_blash.h>....?
如果是这样就太麻烦了，因为经常有gsl_*.h 里面又有包含#include的
【在 r****t 的大作中提到】
: /home/me/GSL/include 下面有没有 "gsl/gsl_blas.h"? 没有就不行。
: 调节你的 -I选项直到包括 "gsl/gsl_blas.h" 的父目录为止，应该就可以了。
: 不应该在 code 里面写绝对路径的 #include.
:
: h
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r****t
发帖数: 10904 | 26 那我就看不出来了，至少从
http://gcc.gnu.org/onlinedocs/cpp/Include-Syntax.html
来看没理由不行, 要么就是更深奥的问题我也搞不懂。
你要是能贴出出错信息来会比较好，copy/paste 可以么？
ls /home/me/GSL/
ls /home/me/GSL/include/
都是什么
>的
【在 b*********7 的大作中提到】
: 有呀，还是不行。是不是应该把GMRFLib.h里面的
: #include ... 都改成 #include"gsl/gsl_blash.h>....?
: 如果是这样就太麻烦了，因为经常有gsl_*.h 里面又有包含#include的
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b*********7
发帖数: 12 | 27 不好意思，回帖晚了。
不过好像现在的错误又变了，刚才可能我没加上lib包含路径，现在加上以后出错信息
如下：
bash-2.05b$ gcc -I/home/me/GSL/include -I/home/me/GMRF/local/include -L/home
/me/GMRF/local/lib -L/home/me/GSL/lib -o test2 test2.c
Undefined first referenced
symbol in file
GMRFLib_free_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
GMRFLib_read_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
GMRFLib_print_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
GMRFLib_compute_subgraph /var/tmp//cclS
【在 r****t 的大作中提到】
: 那我就看不出来了，至少从
: http://gcc.gnu.org/onlinedocs/cpp/Include-Syntax.html
: 来看没理由不行, 要么就是更深奥的问题我也搞不懂。
: 你要是能贴出出错信息来会比较好，copy/paste 可以么？
: ls /home/me/GSL/
: ls /home/me/GSL/include/
: 都是什么
:
: >的
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p***o
发帖数: 1252 | 28 差不多了，ld是linker，你都编译通过了，lib没加上。
你试试把-lGMRFLib加到命令行，如果不行的话看看
/home/me/GMRF/local/lib和/home/me/GSL/lib下都有啥。
home
【在 b*********7 的大作中提到】
: 不好意思，回帖晚了。
: 不过好像现在的错误又变了，刚才可能我没加上lib包含路径，现在加上以后出错信息
: 如下：
: bash-2.05b$ gcc -I/home/me/GSL/include -I/home/me/GMRF/local/include -L/home
: /me/GMRF/local/lib -L/home/me/GSL/lib -o test2 test2.c
: Undefined first referenced
: symbol in file
: GMRFLib_free_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
: GMRFLib_read_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
: GMRFLib_print_graph /var/tmp//cclSOuVa.o
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