w*****y
发帖数: 736 | 1 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: wangphy (wangphy), 信区: Biology
标 题: 波士顿地区谁会MATLAB来分析pclamp记录全细胞信号？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 3 19:49:01 2014, 美东)
最近试着用MATLAB来分析膜片钳记录的信号。比如信号的powerspectrom,frequency-
time,event detection and cross-correlation between two channels. 谁会用，请
不吝赐教。谢谢！！！！！ | w*****y
发帖数: 736 | | b**z
发帖数: 1351 | 3 too easy
for power spectrum, use psd
%notice, F0 is 1000/dt, which determins the df1,df2, df3 which even
larger
%than 500 Hz.
%Nx=32768;
Nx=16384;
[pxs,dfs]=psd(vs,Nx,F0,hanning(Nx),0,0.95,'mean');
figure;loglog(dfs,pxs)
for correlation
use xcorr
【在 w*****y 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
: 发信人: wangphy (wangphy), 信区: Biology
: 标 题: 波士顿地区谁会MATLAB来分析pclamp记录全细胞信号？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 3 19:49:01 2014, 美东)
: 最近试着用MATLAB来分析膜片钳记录的信号。比如信号的powerspectrom,frequency-
: time,event detection and cross-correlation between two channels. 谁会用，请
: 不吝赐教。谢谢！！！！！
| w*****y
发帖数: 736 | 4 我可以load abf文件，但然后用psd, or spectrogram or scorer j经常提示错误，不
知道为什么？
【在 b**z 的大作中提到】
: too easy
: for power spectrum, use psd
: %notice, F0 is 1000/dt, which determins the df1,df2, df3 which even
: larger
: %than 500 Hz.
: %Nx=32768;
: Nx=16384;
: [pxs,dfs]=psd(vs,Nx,F0,hanning(Nx),0,0.95,'mean');
: figure;loglog(dfs,pxs)
: for correlation
| b**z
发帖数: 1351 | 5 把数据先存成TXT文件再用MATLAB
【在 w*****y 的大作中提到】
: 我可以load abf文件，但然后用psd, or spectrogram or scorer j经常提示错误，不
: 知道为什么？
| w*****y
发帖数: 736 | 6 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: wangphy (wangphy), 信区: Biology
标 题: 波士顿地区谁会MATLAB来分析pclamp记录全细胞信号？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 3 19:49:01 2014, 美东)
最近试着用MATLAB来分析膜片钳记录的信号。比如信号的powerspectrom,frequency-
time,event detection and cross-correlation between two channels. 谁会用，请
不吝赐教。谢谢！！！！！ | w*****y
发帖数: 736 | | b**z
发帖数: 1351 | 8 too easy
for power spectrum, use psd
%notice, F0 is 1000/dt, which determins the df1,df2, df3 which even
larger
%than 500 Hz.
%Nx=32768;
Nx=16384;
[pxs,dfs]=psd(vs,Nx,F0,hanning(Nx),0,0.95,'mean');
figure;loglog(dfs,pxs)
for correlation
use xcorr
【在 w*****y 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
: 发信人: wangphy (wangphy), 信区: Biology
: 标 题: 波士顿地区谁会MATLAB来分析pclamp记录全细胞信号？
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 3 19:49:01 2014, 美东)
: 最近试着用MATLAB来分析膜片钳记录的信号。比如信号的powerspectrom,frequency-
: time,event detection and cross-correlation between two channels. 谁会用，请
: 不吝赐教。谢谢！！！！！
| w*****y
发帖数: 736 | 9 我可以load abf文件，但然后用psd, or spectrogram or scorer j经常提示错误，不
知道为什么？
【在 b**z 的大作中提到】
: too easy
: for power spectrum, use psd
: %notice, F0 is 1000/dt, which determins the df1,df2, df3 which even
: larger
: %than 500 Hz.
: %Nx=32768;
: Nx=16384;
: [pxs,dfs]=psd(vs,Nx,F0,hanning(Nx),0,0.95,'mean');
: figure;loglog(dfs,pxs)
: for correlation
| b**z
发帖数: 1351 | 10 把数据先存成TXT文件再用MATLAB
【在 w*****y 的大作中提到】
: 我可以load abf文件，但然后用psd, or spectrogram or scorer j经常提示错误，不
: 知道为什么？
| l****1
发帖数: 66 | 11 A waste of time, do not use matlab.
Saving .abf to .txt, for some large abf is time consuming.
In order to do it better and easier, a python module called stfio is awesome
. Pick up python to save most of your time.
If you really don't want to waste 1 month to learn python, then a similar
software stimfit will suit your need. |
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