a***s
发帖数: 1084 | 1 这两者能互相推导吗？
先前说新冠病毒S蛋白与人ACE2之间的结合自由能为-50.6 kcal/mol，而SARS是-78.6
kcal/mol。
最近又有文章说人体ACE2蛋白与新型冠状病毒S蛋白结合的亲和力，比与SARS病毒S蛋白
结合的亲和力高10到20倍。 |
H********g
发帖数: 43926 | 2 算的都不准 以实验为准
实验也有局限 误差大概在一个数量级内可以接受 新测的数字和文献的数字比较的时
候要注意 实验条件不同 测出来的数字就不同 蛋白质新鲜和陈旧数字就不同 差
10倍以上这种 看文献数字大概是可以的 但是最好并排同条件做实验
最后 病毒的传染力和病毒蛋白与细胞表面受体的亲和力的联系 不是简单线性关系
science paper不是句句都是真理
【在 a***s 的大作中提到】
: 这两者能互相推导吗？
: 先前说新冠病毒S蛋白与人ACE2之间的结合自由能为-50.6 kcal/mol，而SARS是-78.6
: kcal/mol。
: 最近又有文章说人体ACE2蛋白与新型冠状病毒S蛋白结合的亲和力，比与SARS病毒S蛋白
: 结合的亲和力高10到20倍。
|
H********g
发帖数: 43926 | 3 自由能可以从測的亲和力推算 因为是有公式定义的 简单的物理化学定义 结合自由
能理论上应该是个定值 比如说某温度下測的亲和力 算出来的自由能 应该能外推到
其他非变性温度 还可以推出热解离温度 实际上没这么简单 一做实验就发现理论和
现实对不上
从算的自由能推亲和力 经常都非常扯淡 蛋白结合小分子都算不准 何况蛋白对蛋白
那个-50的paper 错误很多 除了能结合ace2这点猜对了 别的都不足为据
能结合ace2 这次至少有3家做了实验 所以还是可靠的 science上这个是把别人
做过的自己做了一遍 现在在结构paper就这样 本来应该是报告结构 非要装模作样做
点实验 其实一个月前人家都把亲和力测过了
【在 H********g 的大作中提到】
: 算的都不准 以实验为准
: 实验也有局限 误差大概在一个数量级内可以接受 新测的数字和文献的数字比较的时
: 候要注意 实验条件不同 测出来的数字就不同 蛋白质新鲜和陈旧数字就不同 差
: 10倍以上这种 看文献数字大概是可以的 但是最好并排同条件做实验
: 最后 病毒的传染力和病毒蛋白与细胞表面受体的亲和力的联系 不是简单线性关系
: science paper不是句句都是真理
|
a***s
发帖数: 1084 | 4 赞专业！只是看起来大家的结果都不靠谱啊。
【在 H********g 的大作中提到】
: 自由能可以从測的亲和力推算 因为是有公式定义的 简单的物理化学定义 结合自由
: 能理论上应该是个定值 比如说某温度下測的亲和力 算出来的自由能 应该能外推到
: 其他非变性温度 还可以推出热解离温度 实际上没这么简单 一做实验就发现理论和
: 现实对不上
: 从算的自由能推亲和力 经常都非常扯淡 蛋白结合小分子都算不准 何况蛋白对蛋白
: 那个-50的paper 错误很多 除了能结合ace2这点猜对了 别的都不足为据
: 能结合ace2 这次至少有3家做了实验 所以还是可靠的 science上这个是把别人
: 做过的自己做了一遍 现在在结构paper就这样 本来应该是报告结构 非要装模作样做
: 点实验 其实一个月前人家都把亲和力测过了
|
H********g
发帖数: 43926 | 5 他发的结构靠谱就行了 本来就是个电镜结构 结果传成了最先证明ace2是受体 他
自己在paper里也不严谨 测了个紧密结合本身没问题 别人的结果也一样 但是不该
说这跟病毒的特性有什么联系 病毒的毒力不光是结合受体这点事 还有复制能力 和
免疫系统的博弈等等
【在 a***s 的大作中提到】
: 赞专业！只是看起来大家的结果都不靠谱啊。
|
H********g
发帖数: 43926 | 6 今天又出来一个冰冻电镜结构。作者是西雅图华盛顿大学的。做的周边实验太多，
paper写得太长，把进度拖了。不知道nature肯不肯收。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.19.956581v1
biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.19.956581v1.full.pdf
这个组也测了和ACE2的结合强度，而且他们是把SARS1 SARS2 并排测了的，结论是亲和
力差不多。
另外还有个中国的组也在biorxiv上发了paper，他们测出来的也是SARS1 SARS2跟ACE2
的亲和力差不多。
这种并排做的结合力实验比较有说服力。光测自己关心那个，然后跟文献里给的数字比
，然后说变强变弱，经常是不可靠的。测亲和力这个事情，同样人，同一个样品，同一
个机器，每天测一次，结果就有点不一样，还不是随机分布。。。。 不同的组测出来
的也肯定会有点不一样（我一直想吐槽的是，有的组连真的结合和杂质结合都分不出来
，照样发paper，往文献库里掺垃圾），蛋白质定量是不大容易搞太精确的，而且就算
把蛋白质按消光系数测准的，还不知道里面多少蛋白有折叠构象问题。所以对于亲和力
这个问题，基本上知道能结合，不能结合，亲和力大概是 哪个数量级就差不多了，不
要当真理来挥舞。
亲和力(kd 解离常数)大致的概念：
<1nM， 很稳定的结合，比如特别好的抗体跟抗原的结合，稳定的多亚基蛋白质聚合体
的单体之间的亲和力（核糖体就是个例子）。通常这种结合都是强烈依赖疏水作用的，
一旦结合上很难解离。
1-100 nM， 比较好的结合，一般的抗体-抗原结合，解离半衰期可能长达几小时，几天
100nM-10uM，比较凑合的结合,一般是动态的，解离速度比较快，解离半衰期几分钟，
几十分钟。当药用还是可以的
10uM-1mM，比较弱的结合，大部分属于酶和底物这样的动态结合，解离速度是比较快的
，半衰期几秒钟。当药用比较难。
大于1mM，在生物里就属于相当弱的结合了，有些酶可以跟底物这样很弱的碰一下。如
果是蛋白质。 1mM 100kD的蛋白质是 100g/L，可以当粮食吃。 |
S***a
发帖数: 934 | 7 理论和实验对不上是什么原因？量子还是统计的模型不好用了？
【在 H********g 的大作中提到】
: 自由能可以从測的亲和力推算 因为是有公式定义的 简单的物理化学定义 结合自由
: 能理论上应该是个定值 比如说某温度下測的亲和力 算出来的自由能 应该能外推到
: 其他非变性温度 还可以推出热解离温度 实际上没这么简单 一做实验就发现理论和
: 现实对不上
: 从算的自由能推亲和力 经常都非常扯淡 蛋白结合小分子都算不准 何况蛋白对蛋白
: 那个-50的paper 错误很多 除了能结合ace2这点猜对了 别的都不足为据
: 能结合ace2 这次至少有3家做了实验 所以还是可靠的 science上这个是把别人
: 做过的自己做了一遍 现在在结构paper就这样 本来应该是报告结构 非要装模作样做
: 点实验 其实一个月前人家都把亲和力测过了
|
H********g
发帖数: 43926 | 8 系统太复杂 很多东西不好控制
【在 S***a 的大作中提到】
: 理论和实验对不上是什么原因？量子还是统计的模型不好用了？
|
