x****o
发帖数: 21566 | 1 某中文重要核心期刊发的文：“以发光菌48小时后在溶液中不能游动，且在显微镜下心
脏已停止跳动确定为致死” |
H********g
发帖数: 43926 | 2 http://www.guokr.com/question/594374/
支持者： 苇天涯 天山隐士 Tricker flashthunder 正木敬吾 更多
实际上这是在写（chao）文章的时候写进了一段水蚤毒性检测实验的内容而不自知。
首先介绍下背景。发光菌和水蚤均为环境毒性物质生物毒性检测用生物。发光菌在生活
的时候可以发光，而如果环境中污染物具有生物毒性，那么会削弱发光菌的发光能力，
因此发光菌的发光能力和毒性大小间可建立一定关系，以此衡量毒性大小。而对于水蚤
来说，环境中有毒物质可以造成水蚤死亡，水蚤死亡的程度也可以衡量毒性大小。
由于发光菌作为原核生物，抗逆性强，因此发光减少甚至消失并不代表菌体的死亡。检
测菌体死亡与否比较常用的方式，一个是进行染色，即利用菌体在生活是细胞膜具有选
择透过性的原理进行判断。另一常用方式是固体培养基涂板计算滴度。因为只有活菌才
能生长为可见的菌落。
而文中说的“不能游动且在显微镜下心脏以停止跳动”的判断依据，显然不是针对发光
菌的，而是针对水蚤的。因为只有水蚤才具有显微镜下可见的心脏。 |
H********g
发帖数: 43926 | 3 白鸟大学小老师 ， 环境卫道士 今天12:39
支持者： 苇天涯 无知懒惰贪婪自私 Greedisland 鸵鸟2号 小青 更多
如@fengfeixue0219 所说，这篇文章的作者应该是套用了某篇毒性计算化学方面的文章
中研究方法部分的内容，而所套用的那篇文章应该是同时用了发光菌毒性测试方法和大
型蚤急性毒性实验两部分的毒性实验。
这类研究通常是用毒性试验的数据与他们用模型计算得到的不同结构的毒性预测做对比
，来验证模型的可靠性，而这篇发光菌心脏停止跳动的文章只用了一种毒理学实验验证
模型，抄的时候却将两个模型的研究方法都抄进去了。
奇怪的是，发光菌毒性抑制实验的终点是半数有效应浓度，即EC50（所测试的化合物致
发光菌的发光强度减弱至原来水平一半时，该物质在水溶液中的浓度），而大型蚤急性
毒性实验心脏停止跳动的终点是半数致死浓度，即LC50（所测试的化合物致大型蚤一半
死亡时，该物质在水溶液中的浓度）。文章中后面的分析里不单有EC50值，还有LC50值
，所以，文章涉及到的问题恐怕不只是抄实验方法部分的文字这么简单了。
那么会不会是作者做了发光菌的半数致死浓度，只是写的时候把致死的指征写错了呢？
这就涉及到前面的问题：如何确定发光菌已经死亡？
实际上，我们目前没有确定细菌死亡的标准方法。一般而言，环境领域只关心目标菌的
功能学指标，确立这些指征的一个重要原因就在于它的可得性。在微生物群落里，分离
、鉴定、计数都是比较麻烦的，而且误差很大，所以环境领域要选择易于测量的指标。
例如，对于发光菌来说，就是前面所说的发光强度。也就是说，不管接触该化合物后水
溶液中的这十万亿个发光菌是死是活，我们只关心它们发出的光减弱了多少，因为这是
更简单易测量的指标。而一只菌是不是发光，发多少光，是很难测量到的，即便有了好
的测定方法，不发光的菌也未必就是死的，它仍旧有可能在接种到培养基上后进行分裂。
如何判定一只菌的死活我不了解，但对于一株菌的死活我们通常是看它能否在培养基上
分裂繁殖，可是这个测定起来很麻烦，也不能针对到个体的指标对毒理学实验来说是无
法使用的，所以在毒理学里对于一群细菌，要测定它们的所谓活性，最常用的指标是
ATP酶的酶活。随着分子生物学技术的提升，最终是有可能用更直观的指标来衡量细菌
的生死的，但目前我们没有统一的方法确定一个细菌的死活。
再说点题外话，这篇文章的发现也很奇葩。
学生在假期作业里问我，他看到的一篇文章中Cu、Zn、乙草胺对于发光菌的-lgEC50值
由小到大排序是Zn、Cu、乙草胺，然后该文的结论是Zn毒性最大。学生很奇怪的问不应
该是-lgEC50值越大毒性越大吗。我也很认真的捯饬了半天，确认在这个实验结果里应
该是Zn毒性最小，但文章里的结论都是反的。在给学生回信告诉他不可尽信文献之前我
想确认一下，于是搜了一堆发光菌EC50的文章，于是发现了这篇......
话说Cu、Zn、乙草胺这篇是发在《环境化学》上的，也算中文核心里不错的刊物了，鄙
圈好汗...... |
H********g
发帖数: 43926 | 4 表示看不懂
==
苯砜基环烷酸酯类化合物的结构与急性毒性关系的【密度泛函】理论研究
http://earth.wanfangdata.com.cn/Journal/Paper/hjkxxb200506022
【DOI】10.3321/j.issn:0253-2468.2005.06.022
【摘要】用密度泛函理论方法,在B3LYP/LANL2DZ水平上,计算了28个苯砜基环烷酸酯类
化合物的结构参数;将结构参数作为理论描述符,导出苯砜基环烷酸醋类化合物的分子结
构参数(α、εa、q-和μ)与对发光菌毒性(EC50和LC50)的定量关系方程,并用交叉验证
法验证,r2分别为0.9509和0.9320,q2分别为0.9318和0.9025,其结果优于AM1、CoMFA和
CoMSIA方法的计算结果.
【作者】韩香云 王遵尧 杨春生 俞斌
【作者单位】南京工业大学理学院/南京大学环境学院/盐城工学院化工系/南京工业大
学理学院
【刊期】环境科学学报 ISTIC PKU 2005年6期
【关键词】苯砜基环烷酸酯 急性毒性 密度泛函理论 定量结构-活性相关(QSAR)
【基金项目】 国家重点基础研究发展计划(973计划) 中国博士后科学基金 江苏省高校
自然科学基金 |
H********g
发帖数: 43926 | 5 密度泛函理论 (英语：Density functional theory (DFT)) 是一种研究多电子体系电
子结构的量子力学方法。密度泛函理论在物理和化学上都有广泛的应用，特别是用来研
究分子和凝聚态的性质，是凝聚态物理和计算化学领域最常用的方法之一。 |
H********g
发帖数: 43926 | |
x****o
发帖数: 21566 | 7 也许发光菌真的有心脏呢？科学家们只是忽略了这个大发现
【在 H********g 的大作中提到】
: 多么扯淡的课题设计啊
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H********g
发帖数: 43926 | 8 no no，抄袭是一回事，我说的是这个课题的设计，说明这个带队的老师自己就是个忽
悠。
密度泛函开始我没看懂是啥东西，后来一查是density functional theory。这东西就
是算分子轨道的嘛。虽然我没有看paper，但是可以猜出来他们这个课题是企图在分子
结构特征和毒性之间建立一个函数，一手算分子的DFT，一手装模作样做点毒理，然后
再写个公式把两头连起来。想出这种课题的教师也能分着钱，真是奇葩。
【在 x****o 的大作中提到】
: 也许发光菌真的有心脏呢？科学家们只是忽略了这个大发现
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H********g
发帖数: 43926 | 9 这种课题如果不做实验只编数据，对我国的贡献还正面一点。做了真实验之后，还多了
加了条污染环境罪。
【在 H********g 的大作中提到】
: no no，抄袭是一回事，我说的是这个课题的设计，说明这个带队的老师自己就是个忽
: 悠。
: 密度泛函开始我没看懂是啥东西，后来一查是density functional theory。这东西就
: 是算分子轨道的嘛。虽然我没有看paper，但是可以猜出来他们这个课题是企图在分子
: 结构特征和毒性之间建立一个函数，一手算分子的DFT，一手装模作样做点毒理，然后
: 再写个公式把两头连起来。想出这种课题的教师也能分着钱，真是奇葩。
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w*********a
发帖数: 9279 | 10 在中国这个学术氛围下，这种东西早见怪不怪了。
【在 H********g 的大作中提到】
: no no，抄袭是一回事，我说的是这个课题的设计，说明这个带队的老师自己就是个忽
: 悠。
: 密度泛函开始我没看懂是啥东西，后来一查是density functional theory。这东西就
: 是算分子轨道的嘛。虽然我没有看paper，但是可以猜出来他们这个课题是企图在分子
: 结构特征和毒性之间建立一个函数，一手算分子的DFT，一手装模作样做点毒理，然后
: 再写个公式把两头连起来。想出这种课题的教师也能分着钱，真是奇葩。
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d****o
发帖数: 32610 | 11 好像真有研究这个的
http://en.wikipedia.org/wiki/Quantitative_structure%E2%80%93act
http://zh.wikipedia.org/wiki/%E5%AE%9A%E9%87%8F%E6%9E%84%E6%95%
【在 H********g 的大作中提到】
: no no，抄袭是一回事，我说的是这个课题的设计，说明这个带队的老师自己就是个忽
: 悠。
: 密度泛函开始我没看懂是啥东西，后来一查是density functional theory。这东西就
: 是算分子轨道的嘛。虽然我没有看paper，但是可以猜出来他们这个课题是企图在分子
: 结构特征和毒性之间建立一个函数，一手算分子的DFT，一手装模作样做点毒理，然后
: 再写个公式把两头连起来。想出这种课题的教师也能分着钱，真是奇葩。
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H********g
发帖数: 43926 | |
d****o
发帖数: 32610 | 13 结合能力听起来跟杀菌效果挺相关的嘛
为啥鬼扯啊
【在 H********g 的大作中提到】
: 如果是算脂溶性，算跟具体靶标的结合能力，当然是靠谱的。如果是算一类分子杀细菌
: 的能力，那就是鬼扯了。
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a****o
发帖数: 6612 | 14 几乎所有用密度泛函理论做计算的课题都是这么骗钱的。
【在 H********g 的大作中提到】
: no no，抄袭是一回事，我说的是这个课题的设计，说明这个带队的老师自己就是个忽
: 悠。
: 密度泛函开始我没看懂是啥东西，后来一查是density functional theory。这东西就
: 是算分子轨道的嘛。虽然我没有看paper，但是可以猜出来他们这个课题是企图在分子
: 结构特征和毒性之间建立一个函数，一手算分子的DFT，一手装模作样做点毒理，然后
: 再写个公式把两头连起来。想出这种课题的教师也能分着钱，真是奇葩。
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H********g
发帖数: 43926 | 15 问题就是不知道结合的目标。没有具体目标，算DFT也就能预测一下这个东西的水溶性
好不好，通过细胞膜的能力强不强。具体是有没有毒，有何种毒，根本不可能猜出来。
举个例子，已知乙醇毒性不大，那么请根据乙醇和甲醇的DFT计算，推导甲醇的生物毒
性。靠谱吗？
对于同类的，作用原理基本清楚的化合物，比如麻黄碱和安非他命，算算DFT，然后跟
生物实验对比一下，还有点意义。一个化合物多个甲基少个甲基，左旋一下右旋一下差
别是很大的，作用效果是由它具体的作用机理来决定的。他们这个搞法和命理科学比，
孰优
孰劣很难说。
【在 d****o 的大作中提到】
: 结合能力听起来跟杀菌效果挺相关的嘛
: 为啥鬼扯啊
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d****o
发帖数: 32610 | 16 看样子是直接弄了一堆分子然后搞了个拟合啊
生物研究不是好多都这么整吗
【在 H********g 的大作中提到】
: 问题就是不知道结合的目标。没有具体目标，算DFT也就能预测一下这个东西的水溶性
: 好不好，通过细胞膜的能力强不强。具体是有没有毒，有何种毒，根本不可能猜出来。
: 举个例子，已知乙醇毒性不大，那么请根据乙醇和甲醇的DFT计算，推导甲醇的生物毒
: 性。靠谱吗？
: 对于同类的，作用原理基本清楚的化合物，比如麻黄碱和安非他命，算算DFT，然后跟
: 生物实验对比一下，还有点意义。一个化合物多个甲基少个甲基，左旋一下右旋一下差
: 别是很大的，作用效果是由它具体的作用机理来决定的。他们这个搞法和命理科学比，
: 孰优
: 孰劣很难说。
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H********g
发帖数: 43926 | 17 姜文同志教导我们：步子大了就扯着蛋了。
【在 d****o 的大作中提到】
: 看样子是直接弄了一堆分子然后搞了个拟合啊
: 生物研究不是好多都这么整吗
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