s******y
发帖数: 28562 | 1 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
蛋白来做其他试验。
但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
有点数这个效果是怎么发生的，但是我的解释会涉及到另外一个理论领域
里面的传统难题，不做个三四年是搞不清楚的。
那么，现在这个问题就在于，象我们这样的一个莫名其妙能够稳定表达一个蛋白
的方法，但是不知道机理，那么这个文章到底有没有用？能不能发出去？以及，
如何才能不做那个机理而发表出去？如果reviewers一定要我做机理才能发的话
就完蛋了，因为我说了，这个机理恐怕涉及到理论领域的一个传统难题，不是
一两年能够搞清楚的。
还有，什么样的杂志才能发表这样的文章？
先谢谢大家的建议！ |
m*******3
发帖数: 14 | 2 高大上：Nature methods
矮穷搓：Biotechniques;Biochemistry |
j**u
发帖数: 6059 | 3 个人觉得当然可以单独发表。你的观察的现象这么明显，就算原理不是特别清楚，发篇
文章没问题。早一点发，以后这个方法就叫做胖头鱼方法了：）
这个在生物医学工程里不少见。例如说用diffusion MRI探测大脑中风区域特别敏感。这
个现象90年代初就发现了，后来已经被大规模广泛临床应用了，但是具体的机理直到今
天还没有被完全搞清楚。
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
s******y
发帖数: 28562 | 4 我们这种没有机理的文章，Nature methods 不会收吧？
不知道Biotechniques 和 Biochemistry对文章要求如何？
我们一点机理都没有的，但是效果是刚刚的，处理和不处理的产量差四倍之多。文章会
非常短，就三个图：方法构造的示意图，蛋白的表达效果对比（四倍差别），蛋白的功
能对比（没有区别）。
其实我们曾经按照领域里的几个假说试探了一下机理，发现哪一个都对不上，所以只好
根本闭口不提机理了。
【在 m*******3 的大作中提到】
: 高大上：Nature methods
: 矮穷搓：Biotechniques;Biochemistry
|
T*****9
发帖数: 7 | 5 Nature Methods 可以不需要机理，只要是好用的方法就行。
另外，Nature Protocols也是可以考虑的，点数也不低，而且只专注于方法。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我们这种没有机理的文章，Nature methods 不会收吧？
: 不知道Biotechniques 和 Biochemistry对文章要求如何？
: 我们一点机理都没有的，但是效果是刚刚的，处理和不处理的产量差四倍之多。文章会
: 非常短，就三个图：方法构造的示意图，蛋白的表达效果对比（四倍差别），蛋白的功
: 能对比（没有区别）。
: 其实我们曾经按照领域里的几个假说试探了一下机理，发现哪一个都对不上，所以只好
: 根本闭口不提机理了。
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s******y
发帖数: 28562 | 6 什么样的杂志可以收这种文章呢？我们的方法和医学没有直接关系，只不过是一个生化
里面的东西而已，而且目前没有什么人关注。我们的处理方法可以稳定蛋白，增加4倍
产量。
。这
【在 j**u 的大作中提到】
: 个人觉得当然可以单独发表。你的观察的现象这么明显，就算原理不是特别清楚，发篇
: 文章没问题。早一点发，以后这个方法就叫做胖头鱼方法了：）
: 这个在生物医学工程里不少见。例如说用diffusion MRI探测大脑中风区域特别敏感。这
: 个现象90年代初就发现了，后来已经被大规模广泛临床应用了，但是具体的机理直到今
: 天还没有被完全搞清楚。
:
: 表。
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s******y
发帖数: 28562 | 7 我觉得Nature Methods上的文章好像都太高大上了，有些貌似没有机理的文章可能都是
因为机理早已经解决了吧？我们的问题是我们用的那个方法太匪夷所思了，在理论上无
法解释为什么居然可以稳定化那个蛋白。至于Nature Protocol, 我以前都不知道他们
也能发原创文章。我一直以为是invitation-only的（大家别笑我）。要么我给Nature
Protocol的主编发封信问问？
【在 T*****9 的大作中提到】
: Nature Methods 可以不需要机理，只要是好用的方法就行。
: 另外，Nature Protocols也是可以考虑的，点数也不低，而且只专注于方法。
|
T*****9
发帖数: 7 | 8 看来大家都支持您投Nature methods。即使不中，也就2周时间。而且您可以选brief
communication或者correspondence,要求会低一些，更侧重方法。
另外，Nature Protocol应该是可以直接投的（http://www.nature.com/nprot/info/gta.html），只是格式会很不一样。
Nature
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得Nature Methods上的文章好像都太高大上了，有些貌似没有机理的文章可能都是
: 因为机理早已经解决了吧？我们的问题是我们用的那个方法太匪夷所思了，在理论上无
: 法解释为什么居然可以稳定化那个蛋白。至于Nature Protocol, 我以前都不知道他们
: 也能发原创文章。我一直以为是invitation-only的（大家别笑我）。要么我给Nature
: Protocol的主编发封信问问？
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j**u
发帖数: 6059 | 9 就是我们这个方向协会的专业杂志。原理不清楚不要紧，只要这个方法确实可靠的很有
用，发表文章就是有意义的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 什么样的杂志可以收这种文章呢？我们的方法和医学没有直接关系，只不过是一个生化
: 里面的东西而已，而且目前没有什么人关注。我们的处理方法可以稳定蛋白，增加4倍
: 产量。
:
: 。这
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x*****d
发帖数: 704 | 10
Nature
Nature Method/Protocol 印象中都是invitation的吧？胖老师我觉得你这个写一篇短
平快的文章，投Nature Communication挺好的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得Nature Methods上的文章好像都太高大上了，有些貌似没有机理的文章可能都是
: 因为机理早已经解决了吧？我们的问题是我们用的那个方法太匪夷所思了，在理论上无
: 法解释为什么居然可以稳定化那个蛋白。至于Nature Protocol, 我以前都不知道他们
: 也能发原创文章。我一直以为是invitation-only的（大家别笑我）。要么我给Nature
: Protocol的主编发封信问问？
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s******y
发帖数: 28562 | 11 我满脸红晕的说，我这个方法只针对我们那个领域（小领域，目前无人关注），虽然也
许３～５年之后我们这个领域可能会大热，但是目前是没有人关注的。我不觉得Nature
methods会理睬我们啊，十有八九会说，啊，你们这个东西缺乏general interest呢，
还是投个专门的杂志去吧。
然后我看了一下Nature Protocol，他们的说明是：
we do not publish novel primary research and the authors of the protocol
must have previously used their method to produce the results reported in a
peer-reviewed primary journa
我们这个方法目前还没有在正式发表的文章里使用过的说。
【在 T*****9 的大作中提到】
: 看来大家都支持您投Nature methods。即使不中，也就2周时间。而且您可以选brief
: communication或者correspondence,要求会低一些，更侧重方法。
: 另外，Nature Protocol应该是可以直接投的（http://www.nature.com/nprot/info/gta.html），只是格式会很不一样。
:
: Nature
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s******y
发帖数: 28562 | 12 这么说就是 ACS的 Biochemistry，or ASBMB的IUBMB-LIFE 了
【在 j**u 的大作中提到】
: 就是我们这个方向协会的专业杂志。原理不清楚不要紧，只要这个方法确实可靠的很有
: 用，发表文章就是有意义的。
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c****u
发帖数: 584 | 13 Nature Methods, Biotech, Chemical Biology, Angewandte Chemie, JACS, ACS Chem
Biology ... 一路试试。要是证明方法general 就根好了，比如能再找一个类似的
protein 。
好奇的问一下你是在mammalian 里产蛋白吗？
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
E*****e
发帖数: 417 | 14 过去可以发Protein Expr Purif，但是现在大家恐怕嫌因子低。没有机理,高杂志有点
难。
在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
s******y
发帖数: 28562 | 15 是。
试验了三种完全不一样的蛋白。都非常好用，但是机理完全不明白。
但是，未必有什么general interest, 因为是针对我们的那个蛋白修饰来稳定化的。
如果不打算研究那个蛋白修饰的人根本就不会遇到这个问题。
我们这个领域目前很小，没有什么人做。当然，再过几年，可能就不一样了。我们手头
有不少证据表明这个修饰和很多病有直接关系。
Chem
【在 c****u 的大作中提到】
: Nature Methods, Biotech, Chemical Biology, Angewandte Chemie, JACS, ACS Chem
: Biology ... 一路试试。要是证明方法general 就根好了，比如能再找一个类似的
: protein 。
: 好奇的问一下你是在mammalian 里产蛋白吗？
:
: 表。
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c****u
发帖数: 584 | 16 你的可逆修饰影响功能吗？听上去做下去，更像机理的文章啊。
【在 s******y 的大作中提到】
: 是。
: 试验了三种完全不一样的蛋白。都非常好用，但是机理完全不明白。
: 但是，未必有什么general interest, 因为是针对我们的那个蛋白修饰来稳定化的。
: 如果不打算研究那个蛋白修饰的人根本就不会遇到这个问题。
: 我们这个领域目前很小，没有什么人做。当然，再过几年，可能就不一样了。我们手头
: 有不少证据表明这个修饰和很多病有直接关系。
:
: Chem
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s******y
发帖数: 28562 | 17 不影响功能，因为那个可逆性修饰只短暂的存在一段时间，然后很快就会被自切除。
最后产生的蛋白就和那个修饰没有存在过一样，绝对没有任何残留的修饰（验证过了）
。我们也验证过功能了，结论是没有任何差别。如果我们愿意的话还可以简单的做个
红外谱什么的来证明说结构没有变化。
但是奇怪的就是这个短暂的可逆修饰居然就永久的抑制了我们研究的那个修饰
（目前认为是不可逆的）的降解性作用。我们领域里面几个老头子要是知道居然
有这种不可思议的事情肯定会气得在地上滚来滚去骂我们胡说八道。可是这个效果
就是白纸黑字的明显（四倍差别！），但是到底机理怎么回事就不是我现在说得
清楚的了。虽然我心里大概有个数是怎么回事，其实可能是一个被大家经常忽视的
隐藏机理而已(co-factor and chaperon recruitment)。
其实我们的确是打算跟着下去做机理的，但是这个不做个三四年搞不懂怎么回事的。我
实验室现在不是正缺文章么？所以干脆想先把这个奇怪的方法给发表了凑个数，免得我
还没有搞清楚那些机理实验室就先倒闭了。
【在 c****u 的大作中提到】
: 你的可逆修饰影响功能吗？听上去做下去，更像机理的文章啊。
|
c****u
发帖数: 584 | 18 是不是因为location?
【在 s******y 的大作中提到】
: 不影响功能，因为那个可逆性修饰只短暂的存在一段时间，然后很快就会被自切除。
: 最后产生的蛋白就和那个修饰没有存在过一样，绝对没有任何残留的修饰（验证过了）
: 。我们也验证过功能了，结论是没有任何差别。如果我们愿意的话还可以简单的做个
: 红外谱什么的来证明说结构没有变化。
: 但是奇怪的就是这个短暂的可逆修饰居然就永久的抑制了我们研究的那个修饰
: （目前认为是不可逆的）的降解性作用。我们领域里面几个老头子要是知道居然
: 有这种不可思议的事情肯定会气得在地上滚来滚去骂我们胡说八道。可是这个效果
: 就是白纸黑字的明显（四倍差别！），但是到底机理怎么回事就不是我现在说得
: 清楚的了。虽然我心里大概有个数是怎么回事，其实可能是一个被大家经常忽视的
: 隐藏机理而已(co-factor and chaperon recruitment)。
|
s******y
发帖数: 28562 | 19 呵呵。不是那么简单的原因。
【在 c****u 的大作中提到】
: 是不是因为location?
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c****u
发帖数: 584 | 20 等你文章出来，送我一份。挺有意思的。我很好奇。
【在 s******y 的大作中提到】
: 呵呵。不是那么简单的原因。
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s******y
发帖数: 28562 | 21 如果能发出来的话。。。一定。
【在 c****u 的大作中提到】
: 等你文章出来，送我一份。挺有意思的。我很好奇。
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g*******g
发帖数: 1164 | 22 为啥不先patent
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
s******y
发帖数: 28562 | 23 啊？ 还有这一说？哎，我还真没有想到呢。
文章还没有发，能先patent 么?
我这人在工程方面是白痴，你们不要笑我啊。
【在 g*******g 的大作中提到】
: 为啥不先patent
:
: 表。
|
l*******i
发帖数: 153 | 24 文章发了，你就没法patent了。
Nature methods可以试一下。前段时间有一篇文章讲提高人多能干细胞分化效率的，方
法及其简单，就是先用DMSO短暂处理一下细胞，然后分化效率就可以提高几倍，但机理
说不清楚。这文章就发在了Nature methods.
【在 s******y 的大作中提到】
: 啊？ 还有这一说？哎，我还真没有想到呢。
: 文章还没有发，能先patent 么?
: 我这人在工程方面是白痴，你们不要笑我啊。
|
s******y
发帖数: 28562 | 25 晕，我太无知了。好吧，我先问一下系里的小密如何申请这个专利。
幸好先上来问了一下大家。
【在 l*******i 的大作中提到】
: 文章发了，你就没法patent了。
: Nature methods可以试一下。前段时间有一篇文章讲提高人多能干细胞分化效率的，方
: 法及其简单，就是先用DMSO短暂处理一下细胞，然后分化效率就可以提高几倍，但机理
: 说不清楚。这文章就发在了Nature methods.
|
n******g
发帖数: 662 | |
s******y
发帖数: 28562 | 27 牛啥，能不能发都不一定呢。如果审稿的时候落到我们领域那几个老头子手里，一定不
会让我发出去的。主要是结果太有悖于我们那个破领域里的各种“常识”了，无法用任
何他们的理论解释。
【在 n******g 的大作中提到】
: 太牛了！
|
s******y
发帖数: 28562 | 28 我刚才去查了一下这个杂志，其实是个老牌杂志，不过现在引用因子都掉到马桶里了。
如果实在没有办法的话就只能发这里了。
【在 E*****e 的大作中提到】
: 过去可以发Protein Expr Purif，但是现在大家恐怕嫌因子低。没有机理,高杂志有点
: 难。
:
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
|
m*****r
发帖数: 1164 | 29 Nature protocol说了方法必须之前peer review过的文章发表了的方法才考虑。不知道
有没有余地
Nature
【在 s******y 的大作中提到】
: 我觉得Nature Methods上的文章好像都太高大上了，有些貌似没有机理的文章可能都是
: 因为机理早已经解决了吧？我们的问题是我们用的那个方法太匪夷所思了，在理论上无
: 法解释为什么居然可以稳定化那个蛋白。至于Nature Protocol, 我以前都不知道他们
: 也能发原创文章。我一直以为是invitation-only的（大家别笑我）。要么我给Nature
: Protocol的主编发封信问问？
|
O*****t
发帖数: 533 | 30 这个蛋白有什么疗效吗？如果有的话要赶快申请专利。这种情况下专利比文章有用多了。
[在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到：]
：在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
：在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
：........... |
|
|
O*****t
发帖数: 533 | 31 问学校的Technology Transfer Office 才行
[在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到：]
：晕，我太无知了。好吧，我先问一下系里的小密如何申请这个专利。
：幸好先上来问了一下大家。
：........... |
y****z
发帖数: 92 | 32 这个可逆的修饰是不是中和了电荷从而稳定蛋白？Is it malonylation? Just curious.
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
y****z
发帖数: 92 | 33 不管怎样先patent是正理。
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
E*****e
发帖数: 417 | 34 如果好杂志试过後, 可以投plos one。也见有些方法学的论文发表在上面。专利可以提
交, 不申白不申, 如果有些值钱蛋白可以提高产量也是美事一件。
：我刚才去查了一下这个杂志，其实是个老牌杂志，不过现在引用因子都掉到马桶里了
。如果实在没有办法的话就只能发这里了。
： |
s****T
发帖数: 100 | 35 先别发文章，先上patent。我们组以前有个类似的东西，我感觉比你这个弱了很多，坚
决的上了patent先。老板找学校的负责patent那些人，一开始也说不行，不肯帮我们搞
，我们老板的态度很坚决，最后上了patent。不过这个过程会很慢。
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
h***l
发帖数: 168 | 36 这个，也就是Doug Melton之类的人才 能干。
【在 l*******i 的大作中提到】
: 文章发了，你就没法patent了。
: Nature methods可以试一下。前段时间有一篇文章讲提高人多能干细胞分化效率的，方
: 法及其简单，就是先用DMSO短暂处理一下细胞，然后分化效率就可以提高几倍，但机理
: 说不清楚。这文章就发在了Nature methods.
|
M*P
发帖数: 6456 | 37 你就不能做个体内实验，把你用来稳定蛋白的那个东西打到老鼠里去？
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
|
h*********i
发帖数: 494 | 38 先file provisional disclosure，需要的费用只有几百块，学校一般都会在发文章之
前弄这个。通常都是几天内就批了。一年内有效。好像还可以renew一年。Provisional
file了以后，发文章就不是问题了。正式的patent必须在provisional过期之前提交申
请。细节可以跟学校的patent office或者technology transfer office探讨。
【在 s******y 的大作中提到】
: 牛啥，能不能发都不一定呢。如果审稿的时候落到我们领域那几个老头子手里，一定不
: 会让我发出去的。主要是结果太有悖于我们那个破领域里的各种“常识”了，无法用任
: 何他们的理论解释。
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j**u
发帖数: 6059 | 39 这个iacucu protocol可能比较难搞
【在 M*P 的大作中提到】
: 你就不能做个体内实验，把你用来稳定蛋白的那个东西打到老鼠里去？
:
: 表。
|
v********a
发帖数: 646 | 40 我觉得，你必须找一个以前难以做的蛋白，而且被公认是有重要生物学意义、并且因为
修饰问题而难以研究的蛋白，用你的技术做一下。
一句话，你用新技术，搞定了一个重要的蛋白，就可以发文章了。
最近的一个例子：CHIP-SEQ是最常规的技术了，人家搞了个小创新：http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3542.html |
|
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M*P
发帖数: 6456 | 41 外行不要乱举例
【在 v********a 的大作中提到】
: 我觉得，你必须找一个以前难以做的蛋白，而且被公认是有重要生物学意义、并且因为
: 修饰问题而难以研究的蛋白，用你的技术做一下。
: 一句话，你用新技术，搞定了一个重要的蛋白，就可以发文章了。
: 最近的一个例子：CHIP-SEQ是最常规的技术了，人家搞了个小创新：http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3542.html
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d**z
发帖数: 3577 | 42
表。
到专利局去发表，赶快。
专利是不用解释或明白道理的。
有方法即可，也不用多有效。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
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s******y
发帖数: 28562 | 43
Provisional
谢谢！我已经和学校管专利的人联系上了，正在走途径。通过这个帖子我学到了很多以
前根本不知道的东西，谢谢大家了！
另外，各位好奇围观的同学也散去了吧。我们的那个方法目前还没有什么高大上的应用
前途，也就是一个没有什么人关心的东西而已。其实对理论的存在贡献比实用贡献大，
只不过理论上我们一下子搞不定所以只好退求其次先把方法发出去再说。
【在 h*********i 的大作中提到】
: 先file provisional disclosure，需要的费用只有几百块，学校一般都会在发文章之
: 前弄这个。通常都是几天内就批了。一年内有效。好像还可以renew一年。Provisional
: file了以后，发文章就不是问题了。正式的patent必须在provisional过期之前提交申
: 请。细节可以跟学校的patent office或者technology transfer office探讨。
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X*******8
发帖数: 3895 | 44 这个4倍怎么得来的？以前是全部“死了”没法做实验。现在得到的可以做实验了。那
岂止4倍？如果原来实验只需一点点，原来能做一次实验，现在可以做4次实验，好像有
点用，也不大呀？
【在 s******y 的大作中提到】
: 什么样的杂志可以收这种文章呢？我们的方法和医学没有直接关系，只不过是一个生化
: 里面的东西而已，而且目前没有什么人关注。我们的处理方法可以稳定蛋白，增加4倍
: 产量。
:
: 。这
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D******K
发帖数: 557 | 45 不要投这个，质量不好。
Nature Methods有希望,记得有个IPTG诱导前cold shock提高E.coli protein
expression的，很简单，也发了。很多实验室，包括我自己都独立观察到过这个现象，
就是没有考虑去发这样的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 我刚才去查了一下这个杂志，其实是个老牌杂志，不过现在引用因子都掉到马桶里了。
: 如果实在没有办法的话就只能发这里了。
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D******K
发帖数: 557 | 46 顺带抄送我一份，:-)
话说啥修饰能抑制poly-Ub介导的降解？
【在 s******y 的大作中提到】
: 如果能发出来的话。。。一定。
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s******y
发帖数: 28562 | 47 大家不要再问技术问题了！再问下去可就要露馅了我这个专利还怎么申请啊。。。呵呵。
【在 D******K 的大作中提到】
: 顺带抄送我一份，:-)
: 话说啥修饰能抑制poly-Ub介导的降解？
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s******y
发帖数: 28562 | 48 啊，我们从来都是加IPTG前先把细菌在冰上放一下的，这个是从我以前研究生的时候就
从实验室的师兄那里学来的了。我一直以为这个是标准操作呢。居然也有人发了文章？
而且发的Nature Methods？
【在 D******K 的大作中提到】
: 不要投这个，质量不好。
: Nature Methods有希望,记得有个IPTG诱导前cold shock提高E.coli protein
: expression的，很简单，也发了。很多实验室，包括我自己都独立观察到过这个现象，
: 就是没有考虑去发这样的文章。
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s******y
发帖数: 28562 | 49 这么说吧，以前得到的量太少，首先是需要巨量的细胞来表达，然后因为蛋白
含量低，会在提纯中进入很多的杂质，需要额外的步骤来去掉那些杂质，这个
步骤过程中会丢失蛋白，然后还得高度浓缩啊什么什么的才能用来做实验，
这些额外步骤里面又会继续丢失蛋白，而且很容易让蛋白变性。所以最后得到的
纯蛋白不但数量少，而且都是“死”的。
现在的量足够大了，很容易提纯，提出来的产物纯度也高了很多，所以中间
好几步的额外提纯和浓缩都可以直接跳过去了，所以得到的蛋白不但量多而且
活性高。所谓量变引起质变。呵呵。
【在 X*******8 的大作中提到】
: 这个4倍怎么得来的？以前是全部“死了”没法做实验。现在得到的可以做实验了。那
: 岂止4倍？如果原来实验只需一点点，原来能做一次实验，现在可以做4次实验，好像有
: 点用，也不大呀？
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j****n
发帖数: 3370 | 50 听上去是蛋白量多了4倍
活性不知道高了n倍吧
感觉这个蛋白量提高4倍 不那么吸引人 大不了平行做 或者多搞几个人 labor is
cheap
活性或者纯度提高 大家会更感兴趣
没修饰的蛋白用简化后的流程走一遍 估计得到的差别更明显
虽然这个没啥意义 但发文章经常要搞这种噱头。。。几十几百倍的提高拿来稳住
editor还是有用的 不然很多时候根本没机会被review
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么说吧，以前得到的量太少，首先是需要巨量的细胞来表达，然后因为蛋白
: 含量低，会在提纯中进入很多的杂质，需要额外的步骤来去掉那些杂质，这个
: 步骤过程中会丢失蛋白，然后还得高度浓缩啊什么什么的才能用来做实验，
: 这些额外步骤里面又会继续丢失蛋白，而且很容易让蛋白变性。所以最后得到的
: 纯蛋白不但数量少，而且都是“死”的。
: 现在的量足够大了，很容易提纯，提出来的产物纯度也高了很多，所以中间
: 好几步的额外提纯和浓缩都可以直接跳过去了，所以得到的蛋白不但量多而且
: 活性高。所谓量变引起质变。呵呵。
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D******K
发帖数: 557 | 51 记错了，是 Nature Biotech,很老的文章了，汗。。。
PMID: 15195104
http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n7/full/nbt984.html
【在 s******y 的大作中提到】
: 啊，我们从来都是加IPTG前先把细菌在冰上放一下的，这个是从我以前研究生的时候就
: 从实验室的师兄那里学来的了。我一直以为这个是标准操作呢。居然也有人发了文章？
: 而且发的Nature Methods？
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s******y
发帖数: 28562 | 52 恩，起点的细胞内浓度提高4倍，但是因为中间省了很多步，最后得到的量和原来的相
比不止4倍，至少也是十几倍吧。
我们没有认真对最后产物比较过。我们本来以为这个没有什么好比较的，因为我们觉得
说中间相差了好几步，所以比较最后产物没有意义吧？或者是我们但还是需要强调一下
这个跳过中间步骤的好处？我们本来以为别人应该能够自动想到这个好处的。。。
【在 j****n 的大作中提到】
: 听上去是蛋白量多了4倍
: 活性不知道高了n倍吧
: 感觉这个蛋白量提高4倍 不那么吸引人 大不了平行做 或者多搞几个人 labor is
: cheap
: 活性或者纯度提高 大家会更感兴趣
: 没修饰的蛋白用简化后的流程走一遍 估计得到的差别更明显
: 虽然这个没啥意义 但发文章经常要搞这种噱头。。。几十几百倍的提高拿来稳住
: editor还是有用的 不然很多时候根本没机会被review
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k*****e
发帖数: 22013 | 53 我觉得你太喜欢自黑了，发文章就是要大胆吹，不要老是觉得自己这里不行那里不行。
太谦虚没用，吃不着肉喝不着汤。
【在 s******y 的大作中提到】
: 是。
: 试验了三种完全不一样的蛋白。都非常好用，但是机理完全不明白。
: 但是，未必有什么general interest, 因为是针对我们的那个蛋白修饰来稳定化的。
: 如果不打算研究那个蛋白修饰的人根本就不会遇到这个问题。
: 我们这个领域目前很小，没有什么人做。当然，再过几年，可能就不一样了。我们手头
: 有不少证据表明这个修饰和很多病有直接关系。
:
: Chem
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s******y
发帖数: 28562 | 54 晕。我的确有这个毛病。上一次想发文章的时候直接被主编退回来，说如果不写得露骨
一点的话就不给我们送审了。后来硬着头皮写得露骨了一点果真送审了，但是又被领域
里的老头子们扁了个头破血流。现在我是不知道该怎么办了。
【在 k*****e 的大作中提到】
: 我觉得你太喜欢自黑了，发文章就是要大胆吹，不要老是觉得自己这里不行那里不行。
: 太谦虚没用，吃不着肉喝不着汤。
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k*****e
发帖数: 22013 | 55 被扁又不会掉二两肉，扁着扁着就习惯了。
口气硬一点，张口就把人震住，人家反而不太敢扁你。
这个世界谁胆大谁有饭吃。
中国人最大的毛病就是谦虚过头。要多跟老印学学。
老印有3分，能吹出12分来。老中做了10分，写出来只有6分。
【在 s******y 的大作中提到】
: 晕。我的确有这个毛病。上一次想发文章的时候直接被主编退回来，说如果不写得露骨
: 一点的话就不给我们送审了。后来硬着头皮写得露骨了一点果真送审了，但是又被领域
: 里的老头子们扁了个头破血流。现在我是不知道该怎么办了。
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X*******8
发帖数: 3895 | 56 嗯，有点像我们HIs－tag的纯化的故事，哈哈
【在 s******y 的大作中提到】
: 这么说吧，以前得到的量太少，首先是需要巨量的细胞来表达，然后因为蛋白
: 含量低，会在提纯中进入很多的杂质，需要额外的步骤来去掉那些杂质，这个
: 步骤过程中会丢失蛋白，然后还得高度浓缩啊什么什么的才能用来做实验，
: 这些额外步骤里面又会继续丢失蛋白，而且很容易让蛋白变性。所以最后得到的
: 纯蛋白不但数量少，而且都是“死”的。
: 现在的量足够大了，很容易提纯，提出来的产物纯度也高了很多，所以中间
: 好几步的额外提纯和浓缩都可以直接跳过去了，所以得到的蛋白不但量多而且
: 活性高。所谓量变引起质变。呵呵。
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s******y
发帖数: 28562 | 57 这个我还在学习中。主要是不知道如何掌握这个分寸。
【在 k*****e 的大作中提到】
: 被扁又不会掉二两肉，扁着扁着就习惯了。
: 口气硬一点，张口就把人震住，人家反而不太敢扁你。
: 这个世界谁胆大谁有饭吃。
: 中国人最大的毛病就是谦虚过头。要多跟老印学学。
: 老印有3分，能吹出12分来。老中做了10分，写出来只有6分。
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l****y
发帖数: 486 | 58 上次你投的文章怎样了？
【在 s******y 的大作中提到】
: 晕。我的确有这个毛病。上一次想发文章的时候直接被主编退回来，说如果不写得露骨
: 一点的话就不给我们送审了。后来硬着头皮写得露骨了一点果真送审了，但是又被领域
: 里的老头子们扁了个头破血流。现在我是不知道该怎么办了。
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s******y
发帖数: 28562 | 59 把文章改得直白一点之后果真被送出去审阅了，但是碰到领域里两个老头子，被他们痛
骂了一顿。其中一个说我没有机理（这个倒是没说错）所以不适合发那么高大上的杂志
。另外一个则是鸡蛋里随便扒拉了两块骨头说我这个文章技术有问题结论一定也有问题
绝对不可信，然后很露骨的说他更相信我那个竞争者的结论。这个reviwer是最没有道
理的一个，因为他挑的那两块“骨头”根本就不是什么事情，比方说他抱怨我只用了一
个mitotracker 来标明mitochondria的位置而没有标更多其他细胞器的位置。但是我的
文章根本就不涉及其他细胞器我干吗没事情找事去标记其他东西？而且mitotracker 这
么常用的染料出错的可能性几乎是零。反正他就是由这么一点屁大的事情把我的文章整
个都否定了。我和主编argue, 主编沉默了两个星期之后回信说他实在没有办法再考虑
我的文章。估计是那两人私下对主编说了更多的难听的话。
现在我懒得理了，正在赶机理，争取发个好一点的地方。
【在 l****y 的大作中提到】
: 上次你投的文章怎样了？
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f*******7
发帖数: 1019 | 60 你应该把这个protocol和proteomics 结合起来，proteome-wide找这个modification.
你可以把用了这个方法和不用这个方法的proteome比， 找什么样的蛋白有差异表达。
如果你这个修饰很重要的话，就可以发大文章了，估计nature methods都是低的。
表。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
: 在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
: 但是因为我不熟悉生物工程的文章的思路，不知道这个该怎么发以及是否能够单独发表。
: 我这么说吧，我们的那个蛋白修饰是出名了的会让蛋白出现迅速降解。所以每次
: 都只能制备非常少量的修饰后的蛋白，然后各种透析和浓缩之后蛋白就彻底死了
: 或者不见了。后来我们歪打正着的发现有一种方法（另外一个可逆性的修饰）
: 可以稳定化这个修饰后的蛋白，所以就能大大增加产量，所以能够收集到足够的
: 蛋白来做其他试验。
: 但是要回答为这个方法居然会稳定化那个蛋白很难，因为这个没有任何现在的
: 理论能解释为什么那个方法处理之后会出现这个效果。我自己倒是心里大致
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c********n
发帖数: 1065 | 61 你自己不是轻车熟路吗
[在 sunnyday (胖头鱼。按斤卖就赚了) 的大作中提到：]
：在过去两年我们在折腾一个很难搞的蛋白提纯，试图证明某个修饰改变了它的功能。
：在这个过程中我们歪打正着的顺带解决了我们那个领域里面一个长期的技术问题。
：........... |
x**h
发帖数: 53 | 62 虽然sunnyday一贯看不上搞结构的，还是可以给你点建议，可以参考这个文章
Nature. 2015 Mar 5;519(7541):106-9. doi: 10.1038/nature13999. Epub 2014 Dec
22.
Folding of an intrinsically disordered protein by phosphorylation as a
regulatory switch.
你和我合作的话，有可能上JACS或者Angew Chemie |
