j*********g 发帖数: 463 | 1 请指教:HiC的resolution具体是什么意思,怎么计算的。比如40kb resolution。
谢谢! |
e*********6 发帖数: 3453 | 2 40k作为一个bin算interaction number
【在 j*********g 的大作中提到】 : 请指教:HiC的resolution具体是什么意思,怎么计算的。比如40kb resolution。 : 谢谢!
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j*********g 发帖数: 463 | 3 bin成多大,是怎么决定的?
不能强行bin 20kb、10kb嘛?
【在 e*********6 的大作中提到】 : 40k作为一个bin算interaction number
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e*********6 发帖数: 3453 | 4 可以,不过要看你实验质量和内切酶位点的分布。你如果实验质量不好,只有一千个读
数,你要分成一百万和bin自然大部分都是空的了
【在 j*********g 的大作中提到】 : bin成多大,是怎么决定的? : 不能强行bin 20kb、10kb嘛?
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j*********g 发帖数: 463 | 5 一般都bin成40kb?比如Lieberman-Aiden Science 2009那时候?
但是bin 40kb跟强行bin 20kb、10kb,并不能增加信息?那到底怎么决定bin多少?
去年Lieberman-Aiden的Cell号称resolution 1kb,是单纯通过提高测序深度实现的?
【在 e*********6 的大作中提到】 : 可以,不过要看你实验质量和内切酶位点的分布。你如果实验质量不好,只有一千个读 : 数,你要分成一百万和bin自然大部分都是空的了
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e*********6 发帖数: 3453 | 6 具体如何实现不知道,能做到更小的bin已经发了三篇cns了。具体实现肯定不容易
【在 j*********g 的大作中提到】 : 一般都bin成40kb?比如Lieberman-Aiden Science 2009那时候? : 但是bin 40kb跟强行bin 20kb、10kb,并不能增加信息?那到底怎么决定bin多少? : 去年Lieberman-Aiden的Cell号称resolution 1kb,是单纯通过提高测序深度实现的?
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j*********g 发帖数: 463 | 7 ChIA-PET用英语怎么读?/ka: pet/?
【在 e*********6 的大作中提到】 : 具体如何实现不知道,能做到更小的bin已经发了三篇cns了。具体实现肯定不容易
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e*********6 发帖数: 3453 | 8 不懂
【在 j*********g 的大作中提到】 : ChIA-PET用英语怎么读?/ka: pet/?
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e*********6 发帖数: 3453 | 9 我只是外行,请教您是做这方面的嘛?
【在 j*********g 的大作中提到】 : ChIA-PET用英语怎么读?/ka: pet/?
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J********7 发帖数: 43 | 10 chair pet
【在 j*********g 的大作中提到】 : ChIA-PET用英语怎么读?/ka: pet/?
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e*********6 发帖数: 3453 | 11 这个东西最近很热门啊,有啥用?
【在 J********7 的大作中提到】 : chair pet
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j*********g 发帖数: 463 | 12 还有没有懂的人详细说说?为什么内切酶位点+测序深度决定resolution?怎么计算bin
的?有没有不用bin的HiC? |
e*********6 发帖数: 3453 | 13 hic是个统计数据,如果bin太小,没个bin里只有一两个读数或者干脆没有,就没统计
学意义了。
只有分配到没个bin足够多的数据才有意义,至于多少是足够多,我记得好几篇早期的
文章里有讲过。
bin
【在 j*********g 的大作中提到】 : 还有没有懂的人详细说说?为什么内切酶位点+测序深度决定resolution?怎么计算bin : 的?有没有不用bin的HiC?
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e*********6 发帖数: 3453 | 14 想要没有bin的,你自己下载原始数据map一遍不就行了
bin
【在 j*********g 的大作中提到】 : 还有没有懂的人详细说说?为什么内切酶位点+测序深度决定resolution?怎么计算bin : 的?有没有不用bin的HiC?
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e*********6 发帖数: 3453 | 15 只有内切酶位点能切到的地方才能被测到,对现有哺乳动物数据,每个bin里都包含了
不少内切酶位点,你看酵母的,bin就是直接按照内切酶位点分的,大小不统一
bin
【在 j*********g 的大作中提到】 : 还有没有懂的人详细说说?为什么内切酶位点+测序深度决定resolution?怎么计算bin : 的?有没有不用bin的HiC?
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J********7 发帖数: 43 | 16 Only one lab can do it ....
【在 e*********6 的大作中提到】 : 这个东西最近很热门啊,有啥用?
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z*t 发帖数: 863 | 17 You mean Erez's lab?
【在 J********7 的大作中提到】 : Only one lab can do it ....
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j*********g 发帖数: 463 | 18 做ChIA-PET的多的是啊,pubmed一搜一大把。
[在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到:]
:You mean Erez's lab? |
J********7 发帖数: 43 | 19 Sorry. I am a little out-of-date.
I mean Yijun Ruan's lab.
【在 j*********g 的大作中提到】 : 做ChIA-PET的多的是啊,pubmed一搜一大把。 : [在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到:] : :You mean Erez's lab?
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y*********1 发帖数: 46 | 20 The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's Science
paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper, the
resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
Just Google Chia pet. |
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z*t 发帖数: 863 | 21 3billion reads is super painful...
His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads. It
means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$
:The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's
Science
:paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper,
the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
:Just Google Chia pet.
【在 y*********1 的大作中提到】 : The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's Science : paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper, the : resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads. : Just Google Chia pet.
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e*********6 发帖数: 3453 | 22 不是啥大钱啦,在工业随便做点东西几万几万的
It
【在 z*t 的大作中提到】 : 3billion reads is super painful... : His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads. It : means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$ : : :The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's : Science : :paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper, : the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads. : :Just Google Chia pet.
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j*********g 发帖数: 463 | 23 5000美元不贵啊
[在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到:]
:His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads.
It means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$
:Science
:the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads. |
p*****e 发帖数: 989 | 24 Chia-pet确实只有Ruan能做,其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的,不知道为什
么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。 |
j*********g 发帖数: 463 | 25 为什么pubmed能搜到很多不同实验室的ChIA-PET文章?
[在 profile (profile) 的大作中提到:]
:Chia-pet确实只有Ruan能做,其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的,不知道为
什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06 |
j*********g 发帖数: 463 | 26 ?
[在 profile (profile) 的大作中提到:]
:Chia-pet确实只有Ruan能做,其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的,不知道为
什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06 |
p*****e 发帖数: 989 | 27 如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个,不算
【在 j*********g 的大作中提到】 : 为什么pubmed能搜到很多不同实验室的ChIA-PET文章? : [在 profile (profile) 的大作中提到:] : :Chia-pet确实只有Ruan能做,其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的,不知道为 : 什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。 : :☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06
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z*t 发帖数: 863 | 28 最近Rick Young实验室有一片science也发了ChIA-PET
:如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个,不算
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06
【在 p*****e 的大作中提到】 : 如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个,不算
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