j*********g
发帖数: 463 | 1 请指教：HiC的resolution具体是什么意思，怎么计算的。比如40kb resolution。
谢谢！ |
e*********6
发帖数: 3453 | 2 40k作为一个bin算interaction number
【在 j*********g 的大作中提到】
: 请指教：HiC的resolution具体是什么意思，怎么计算的。比如40kb resolution。
: 谢谢！
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j*********g
发帖数: 463 | 3 bin成多大，是怎么决定的？
不能强行bin 20kb、10kb嘛？
【在 e*********6 的大作中提到】
: 40k作为一个bin算interaction number
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e*********6
发帖数: 3453 | 4 可以，不过要看你实验质量和内切酶位点的分布。你如果实验质量不好，只有一千个读
数，你要分成一百万和bin自然大部分都是空的了
【在 j*********g 的大作中提到】
: bin成多大，是怎么决定的？
: 不能强行bin 20kb、10kb嘛？
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j*********g
发帖数: 463 | 5 一般都bin成40kb？比如Lieberman-Aiden Science 2009那时候？
但是bin 40kb跟强行bin 20kb、10kb，并不能增加信息？那到底怎么决定bin多少？
去年Lieberman-Aiden的Cell号称resolution 1kb，是单纯通过提高测序深度实现的？
【在 e*********6 的大作中提到】
: 可以，不过要看你实验质量和内切酶位点的分布。你如果实验质量不好，只有一千个读
: 数，你要分成一百万和bin自然大部分都是空的了
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e*********6
发帖数: 3453 | 6 具体如何实现不知道，能做到更小的bin已经发了三篇cns了。具体实现肯定不容易
【在 j*********g 的大作中提到】
: 一般都bin成40kb？比如Lieberman-Aiden Science 2009那时候？
: 但是bin 40kb跟强行bin 20kb、10kb，并不能增加信息？那到底怎么决定bin多少？
: 去年Lieberman-Aiden的Cell号称resolution 1kb，是单纯通过提高测序深度实现的？
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j*********g
发帖数: 463 | 7 ChIA-PET用英语怎么读？／ka: pet/?
【在 e*********6 的大作中提到】
: 具体如何实现不知道，能做到更小的bin已经发了三篇cns了。具体实现肯定不容易
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e*********6
发帖数: 3453 | 8 不懂
【在 j*********g 的大作中提到】
: ChIA-PET用英语怎么读？／ka: pet/?
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e*********6
发帖数: 3453 | 9 我只是外行，请教您是做这方面的嘛？
【在 j*********g 的大作中提到】
: ChIA-PET用英语怎么读？／ka: pet/?
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J********7
发帖数: 43 | 10 chair pet
【在 j*********g 的大作中提到】
: ChIA-PET用英语怎么读？／ka: pet/?
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e*********6
发帖数: 3453 | 11 这个东西最近很热门啊，有啥用？
【在 J********7 的大作中提到】
: chair pet
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j*********g
发帖数: 463 | 12 还有没有懂的人详细说说？为什么内切酶位点+测序深度决定resolution？怎么计算bin
的？有没有不用bin的HiC？ |
e*********6
发帖数: 3453 | 13 hic是个统计数据，如果bin太小，没个bin里只有一两个读数或者干脆没有，就没统计
学意义了。
只有分配到没个bin足够多的数据才有意义，至于多少是足够多，我记得好几篇早期的
文章里有讲过。
bin
【在 j*********g 的大作中提到】
: 还有没有懂的人详细说说？为什么内切酶位点+测序深度决定resolution？怎么计算bin
: 的？有没有不用bin的HiC？
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e*********6
发帖数: 3453 | 14 想要没有bin的，你自己下载原始数据map一遍不就行了
bin
【在 j*********g 的大作中提到】
: 还有没有懂的人详细说说？为什么内切酶位点+测序深度决定resolution？怎么计算bin
: 的？有没有不用bin的HiC？
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e*********6
发帖数: 3453 | 15 只有内切酶位点能切到的地方才能被测到，对现有哺乳动物数据，每个bin里都包含了
不少内切酶位点，你看酵母的，bin就是直接按照内切酶位点分的，大小不统一
bin
【在 j*********g 的大作中提到】
: 还有没有懂的人详细说说？为什么内切酶位点+测序深度决定resolution？怎么计算bin
: 的？有没有不用bin的HiC？
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J********7
发帖数: 43 | 16 Only one lab can do it ....
【在 e*********6 的大作中提到】
: 这个东西最近很热门啊，有啥用？
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z*t
发帖数: 863 | 17 You mean Erez's lab?
【在 J********7 的大作中提到】
: Only one lab can do it ....
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j*********g
发帖数: 463 | 18 做ChIA-PET的多的是啊，pubmed一搜一大把。
[在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到：]
:You mean Erez's lab? |
J********7
发帖数: 43 | 19 Sorry. I am a little out-of-date.
I mean Yijun Ruan's lab.
【在 j*********g 的大作中提到】
: 做ChIA-PET的多的是啊，pubmed一搜一大把。
: [在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到：]
: :You mean Erez's lab?
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y*********1
发帖数: 46 | 20 The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's Science
paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper, the
resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
Just Google Chia pet. |
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z*t
发帖数: 863 | 21 3billion reads is super painful...
His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads. It
means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$
：The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's
Science
：paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper,
the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
：Just Google Chia pet.
【在 y*********1 的大作中提到】
: The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's Science
: paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper, the
: resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
: Just Google Chia pet.
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e*********6
发帖数: 3453 | 22 不是啥大钱啦，在工业随便做点东西几万几万的
It
【在 z*t 的大作中提到】
: 3billion reads is super painful...
: His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads. It
: means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$
:
: ：The resolution is mostly dependent on sequencing depth. In Erez's
: Science
: ：paper, the resolution is 1 Mb from 8 million reads. In his Cell paper,
: the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads.
: ：Just Google Chia pet.
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j*********g
发帖数: 463 | 23 5000美元不贵啊
[在 zxt (Asoka & Akaba) 的大作中提到：]
:His new Juicer software take 9K to 10K of CPU/GPU hours to map the reads.
It means at least 5K dollars to do one HiC...,$$$$$$$
:Science
:the resolutions are 1-5 kb from 3 billion reads. |
p*****e
发帖数: 989 | 24 Chia-pet确实只有Ruan能做，其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的，不知道为什
么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。 |
j*********g
发帖数: 463 | 25 为什么pubmed能搜到很多不同实验室的ChIA-PET文章？
[在 profile (profile) 的大作中提到：]
:Chia-pet确实只有Ruan能做，其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的，不知道为
什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06 |
j*********g
发帖数: 463 | 26 ？
[在 profile (profile) 的大作中提到：]
:Chia-pet确实只有Ruan能做，其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的，不知道为
什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。
:☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06 |
p*****e
发帖数: 989 | 27 如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个，不算
【在 j*********g 的大作中提到】
: 为什么pubmed能搜到很多不同实验室的ChIA-PET文章？
: [在 profile (profile) 的大作中提到：]
: :Chia-pet确实只有Ruan能做，其实几年前他们的第一批数据我觉得挺好的，不知道为
: 什么这几年销声匿迹了。chiapet我觉得比hic靠谱。
: :☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06
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z*t
发帖数: 863 | 28 最近Rick Young实验室有一片science也发了ChIA-PET
：如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个，不算
：☆ 发自 iPhone 买买提 1.22.06
【在 p*****e 的大作中提到】
: 如果是Wei chia lin 实验室的那和阮是一个，不算
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