b********g
发帖数: 46 | 1 PhD期间，提取chromatin，进而研究higher order chromatin
structure。与冷冻电镜结合后，发现了chromatin的结构。自认为这是在30-nm
chromatin外，chromatin的高级结构。应该对认识chromatin结构和功能的关系有一定
帮助。
导师对我做的东西不是很了解，也不看好。但是他还是应我的要求，预投（pre-
submission)在science上，10天后，editor拒了。建议投focus on chromatin的杂志 (
the work might be suited for a journal with a chromatin focus and a more
targeted audience)。心里很不甘心，也只得接受。
问问，能否接下来投nature子刊？或者其他什么杂志？
谢谢指点。 |
g******r
发帖数: 204 | 2 既然是结构文章，怎么不考虑《structure》? |
b********g
发帖数: 46 | 3
《structure》关注的是结构的细节，原子的排布等等。这不是我这篇文章的长项。这
篇文章的数据量化部分不多，更侧重一个生物故事。
【在 g******r 的大作中提到】
: 既然是结构文章，怎么不考虑《structure》?
|
b********g
发帖数: 46 | 4
《structure》关注的是结构的细节，原子的排布等等。这不是我这篇文章的长项。这
篇文章的数据量化部分不多，更侧重一个生物故事。
【在 g******r 的大作中提到】
: 既然是结构文章，怎么不考虑《structure》?
|
b********g
发帖数: 46 | 5 求建议。nature molecular and structure biology,或nature communication, 如何
？ |
g******r
发帖数: 204 | 6 感觉如果数据较充足可以尝试nat.mol.& structure bio.如果重在说理可以选comm。如
果打算再提高接收几率，可能还可以考虑scientific report |
b********g
发帖数: 46 | 7 数据量是足够的。那就试试nature molecular and structure biology先。
谢谢。 |
m****t
发帖数: 24 | 8 从science 到science reports 太可惜了吧 |
d********m
发帖数: 3662 | 9 If the chromosomes were extracted, how do you convince us that the
structures you have observed are not artificial ones that are not found in
physiological conditions.
Let alone EM has notoriety destroying generic chromosome structures and that
's why it has been long deserted for chromosome structure studies. |
b********g
发帖数: 46 | 10 It is really a good question.
1) can you tell me what is physiological condition for chromosomes? The ion
strength or the protein concentration? I use PBS as the physiological
condition.
2) Most times, artificial structure is not repeatable. The observed
structure is repeatable. I tried my best to preserve the chromatin structure
. No fragmentaion, no sonication, no glutaraldehyde fixation.
3) CryoEM was used to preserve the chromatin structure. Proper dose is used
to prevent from dose damage.
Thanks,
that
【在 d********m 的大作中提到】
: If the chromosomes were extracted, how do you convince us that the
: structures you have observed are not artificial ones that are not found in
: physiological conditions.
: Let alone EM has notoriety destroying generic chromosome structures and that
: 's why it has been long deserted for chromosome structure studies.
|
|
|
d****n
发帖数: 127 | 11 要是投plos one那接收几率更高呢。。。
人家Science掉下来的文章你直接让人投Structure和Sci Rep作者感情肯定接受不了
几个N子刊转转，反正一个据了还可以转另一个，要是comm掉下来就再试低点的呗
PNAS也可以考虑
【在 g******r 的大作中提到】
: 感觉如果数据较充足可以尝试nat.mol.& structure bio.如果重在说理可以选comm。如
: 果打算再提高接收几率，可能还可以考虑scientific report
|
g******r
发帖数: 204 | 12 感情？以此为依据那就完全不用考虑science的退稿意见。见过两次nature退稿改投
science成功的。照这作指导，现在science 退了，往nature/cell投不就是了。 |
y**h
发帖数: 3093 | |
b********g
发帖数: 46 | 14 好主意。从哪方面挖呢？如何挖？
【在 y**h 的大作中提到】
: 说明意义挖的不够
: 再挖挖试自然
|
d********m
发帖数: 3662 | 15 Dr. Woodcock at U Mass has several papers discussing this topic. You should
have read them before you made your paper out for publication.
ion
structure
used
【在 b********g 的大作中提到】
: It is really a good question.
: 1) can you tell me what is physiological condition for chromosomes? The ion
: strength or the protein concentration? I use PBS as the physiological
: condition.
: 2) Most times, artificial structure is not repeatable. The observed
: structure is repeatable. I tried my best to preserve the chromatin structure
: . No fragmentaion, no sonication, no glutaraldehyde fixation.
: 3) CryoEM was used to preserve the chromatin structure. Proper dose is used
: to prevent from dose damage.
: Thanks,
|
d********m
发帖数: 3662 | 16 I hate to be a jerk to say this but based on what you described and the way
you described it, I don't even think you are keeping up with the frontiers
of chromosome biology. I'd suggest you to start with Dr. Wood's papers.
Papers from Drs. Susan Gasser, Wendy Bickermore, Andrew Belmont might as
well help you get on the right track and have a real sense of appreciation
to your own findings. Good luck. |
D**A
发帖数: 311 | 17 我觉得你的问题是，“提取chromatin”这个chromatin没有办法证明是native state。
投哪里不重要，如果你真觉得这有可能是chromatin的另外一个结构，那下一步应该考
虑如何去证明，找个postdoc实验室可以帮助你的。Tim Richmond不错，可以联系看看。
Susan Gasser, Wendy Bickermore, Andrew Belmont不见得比楼主懂得多。 |
d********m
发帖数: 3662 | 18 回到家了，总算可以打中文了。
如果能证明PBS提取的是native state，那染色体的结果早就解决了，还用等到2016年
higher order structure又变成大热门吗？问题就是根本没法证明是generic
structure。相反，artifacts倒是被证明了不少次
我提的那几个人都是提倡直接在live cell里研究染色体。虽然技术局限性很多，但是
我个人觉得是最直接和可行的方法。另外你说我提到的那几个人不见得比楼主懂得多我
不太能
认可，楼主可能是电镜方面的专家，但是对染色体研究的进展的确表现的有点外行。
欢迎楼主打我脸，证明我是错误的。
看。
【在 D**A 的大作中提到】
: 我觉得你的问题是，“提取chromatin”这个chromatin没有办法证明是native state。
: 投哪里不重要，如果你真觉得这有可能是chromatin的另外一个结构，那下一步应该考
: 虑如何去证明，找个postdoc实验室可以帮助你的。Tim Richmond不错，可以联系看看。
: Susan Gasser, Wendy Bickermore, Andrew Belmont不见得比楼主懂得多。
|
j*********g
发帖数: 463 | 19 我觉得楼主应该读读Danny Reinberg的博后、生物物理所李国红的文章先
[在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到：]
:回到家了，总算可以打中文了。
:如果能证明PBS提取的是native state，那染色体的结果早就解决了，还用等到2016年
:higher order structure又变成大热门吗？问题就是根本没法证明是generic
:structure。相反，artifacts倒是被证明了不少次
:我提的那几个人都是提倡直接在live cell里研究染色体。虽然技术局限性很多，但是
:我个人觉得是最直接和可行的方法。另外你说我提到的那几个人不见得比楼主懂得多
我不太能
:认可，楼主可能是电镜方面的专家，但是对染色体研究的进展的确表现的有点外行。
:欢迎楼主打我脸，证明我是错误的。
:看。 |
k*****2
发帖数: 135 | 20 虽然不怎么了解topic（感觉电镜的都是大触，手很巧的那种！），老板如果不太了解
的话投稿难度一定很大吧，也许可以找系里其他懂的老师聊一下。Nature和Science有
时候可能会看老板的方向吧，可以试试Nature的presubmission，反正速度快，如果也
不行的话，就往下走吧。 |
|
|
c*********e
发帖数: 11 | |
b********g
发帖数: 46 | 22 非常感谢大家热心的回复。
能够成功提取出chromatin是一件令人高兴的事情，不能够证明他是native state实在
是因为不知道该怎么证明。我认为native state必须是在一定的离子浓度，多巴胺, 和
一定蛋白浓度下的。然而这些信息是缺乏的。同时，在做冷冻电镜时，除了chromatin
associated proteins, 其他蛋白是需要除去的。否则，他们会妨碍，阻隔imaging.
眼见为实。目前chromatin领域内，最好的研究工具是（冷冻）电镜了。自从Olins夫妇
和chris woodcock发现了bead-on-a-string structure后，30 nm chromatin 的存在与
否一直是热门话题。体外重构的Li-zhu style double double helix无疑是令人眼前一
亮的研究。然而，ping zhu 最近发表的一篇30-nm chromatin fiber in Hela cells的
研究，并不是让人信服。他用的是目前最好的in situ 电镜成像法（cryo section,
Focus Ion beam mining)。之所以稀少是因为，1）30-nm chromatin fiber 是一种
过渡态（我能证明）。2）在冷冻电镜下（没有染料），很难分辨chromatin与周围的环
境（蛋白质和水，盐）。 如果硬要挑一个最好的nuclear chromatin image，我选择
wolfgang baumeister使用FIB观测nuclear pore complex的那张图。自此，我认为冷冻
电镜不能解决higher order chromatin structure的in situ imaging.
super-resolution microscopy 适时的出现了。2015年，欧洲的两个女PI，用STORM观
测了live cell histone的排布。结论是，nucleosome clutch。工作无疑是杰出的，但
是20-nm 的x-y resolution 和60 nm Z- resolution让我无法得到更多有用的信息。
另外值得一提的是，[email protected]/* */。他也是体外重构chromatin的
大家了。他也是反对30-nm chromatin fiber存在的研究者之一。最近在EMBO上发了一
篇。
电镜研究chromatin结构的另外一个方法是，元素分析。忘了lab 名字，加拿大的某个
儿童医院？
gene positioning, chromatin segmentation不在此做讨论。那是我下一步的研究。
4D nucleosome project给了很多钱出去，可惜的是，结构领域很少拿到钱。做生化，
生物信息的朋友可以联系下Job Dekker （3C的鼻祖）。 |
b********g
发帖数: 46 | 23 接着讨论。
in situ chromatin 研究的局限性，in vitro reconstituted chromatin顶多能到30-
nm chromatin，higher order chromatin structure始终无法得到研究。我只好重新都
chris woodcock的文章，寻找突破口。我觉得突破口只能是chromatin extraction。无
法做到native,做到无损那是可以的。No MNase digestion, no sonication, no
centrifugation, no filtration, no glutaraldyhyde fixation。我提取的
chromatinc长达100 微米。AFM，TEM下，bead-on-a-string structure清晰可见。三维
重构后，30-nm double double helix structure清晰可见。总之，前人的研究结构，
我都看到了。
我观测到的chromatin structure在人的，老鼠的，健康的，癌细胞的种种条件下，都
可以反复验证。我能证明30-nm chromatin存在，但只是一种过渡态。也终于明白
guohong Li为什么热衷于30-nm chromatin fiber. |
b********g
发帖数: 46 | 24 好了。你肯定已经明白我的研究了，你觉得我该发个什么杂志？这篇文章的硬伤只有一
个，无法证明native state.
真诚求建议。 |
j*******u
发帖数: 81 | 25 3 of your assumptions are all wrong.
1:This is too severe of a mistake. Do you have sufficient cell biology
background to carry out this project independently to begin with?
2: artificial structures can be very repeatable and it could even have
significant biological meaning.
3:Minor issues here and there.
ion
structure
used
【在 b********g 的大作中提到】
: It is really a good question.
: 1) can you tell me what is physiological condition for chromosomes? The ion
: strength or the protein concentration? I use PBS as the physiological
: condition.
: 2) Most times, artificial structure is not repeatable. The observed
: structure is repeatable. I tried my best to preserve the chromatin structure
: . No fragmentaion, no sonication, no glutaraldehyde fixation.
: 3) CryoEM was used to preserve the chromatin structure. Proper dose is used
: to prevent from dose damage.
: Thanks,
|
b********g
发帖数: 46 | 26
1)我对cell biology一知半解。几年前也问过什么是生理条件，也查过。没有定论。你
能告诉我相对于chromatin，什么是生理条件？
2）我所说的artificial structure是指在电镜样品准备过程中的实验误差。这种误差
是随机的还是repeatable? 这种artificial structure不是指in vitro reconstituted
chromatin。
3）冷冻电镜在合理的dose内能够有效的保护样品。
【在 j*******u 的大作中提到】
: 3 of your assumptions are all wrong.
: 1:This is too severe of a mistake. Do you have sufficient cell biology
: background to carry out this project independently to begin with?
: 2: artificial structures can be very repeatable and it could even have
: significant biological meaning.
: 3:Minor issues here and there.
:
: ion
: structure
: used
|
g******r
发帖数: 204 | 27 个人觉得，既然文章已经投出过一次，那么这里人对文章内容的疑问和审稿人的意见很
可能是有相当大重合的。但是结构工作和机制研究有一点不太一样，就是后者需要较完
整的story；前者即使story有所欠缺，结构本身质量过得去也能发文章。感觉主楼先需
要拿定主意是要进一步完善故事投高影响刊物，还是无论如何尽快发表data。弄明白这
个才好有的放矢的选择期刊。 |
D**A
发帖数: 311 | 28 JCB或者JMB
【在 b********g 的大作中提到】
: 好了。你肯定已经明白我的研究了，你觉得我该发个什么杂志？这篇文章的硬伤只有一
: 个，无法证明native state.
: 真诚求建议。
|
d********m
发帖数: 3662 | 29 总结的不错。
但是你的文章可能会碰到哪几个reviewers我都猜的到。无疑他们首先会质疑用pbs提取
所谓完整的染色体结构，因为这本身就是一个false premises。在研究染色体结构领域
，如果你不能证明一个体外观察到的结构在in vivo也存在，这个结构基本上就是没有
任何意义的。
我给你的建议是你如果你不甘心，可以先试jcb，基本会被据，但是你可以看看返回的
意见。chromosoma可能比较合适，能不能接受就得看你的具体结果了。 |
k*****2
发帖数: 135 | 30 也就是瞎说一下，话说有没有办法把细胞的chromatin结构线破坏掉，比如化学处理一
下啥的，然后再用PBS处理，以及后面的步骤，如果看到的和目前看到的不一样，是不
是可以作为control说明现在看到的结果不是artefact呢？我是做酵母实验的，对于
chromatin结构一窍不通~只是好奇~~~楼主加油！ |
|
|
b********g
发帖数: 46 | 31 你该是chromatin领域内的行家了。
尽管不甘心，但是已经开始放下心态了。请教问题：
1）当年olins夫妇如何在in vivo 证明这个bead-on-a-string structure的？我的印象
是没有谁用fluorescent microscopy做了(resolution也打不到啊）。最近的in vivo
super-resolution也只是证明了nucleosomal clutch（发在cell上，大家自己找），没
有证明bead-on-a-string啊？哦，对了，biochemistry method, MNase digestion, 再
提取DNA， gel。OK。但是这个MNase digestion的chromatin不也是提取的吗？
避而不谈这个问题了。我实在想不出有什么其他biochemical method 去印证我观测到
的结构了。
2） 如果你来做这个研究，用什么东西来提取chromatin比较好呢？前提，无损higher
order chromatin structure.
【在 d********m 的大作中提到】
: 总结的不错。
: 但是你的文章可能会碰到哪几个reviewers我都猜的到。无疑他们首先会质疑用pbs提取
: 所谓完整的染色体结构，因为这本身就是一个false premises。在研究染色体结构领域
: ，如果你不能证明一个体外观察到的结构在in vivo也存在，这个结构基本上就是没有
: 任何意义的。
: 我给你的建议是你如果你不甘心，可以先试jcb，基本会被据，但是你可以看看返回的
: 意见。chromosoma可能比较合适，能不能接受就得看你的具体结果了。
|
b********g
发帖数: 46 | 32 谢谢你。非常有用的建议。我知道该怎么做了。
【在 k*****2 的大作中提到】
: 也就是瞎说一下，话说有没有办法把细胞的chromatin结构线破坏掉，比如化学处理一
: 下啥的，然后再用PBS处理，以及后面的步骤，如果看到的和目前看到的不一样，是不
: 是可以作为control说明现在看到的结果不是artefact呢？我是做酵母实验的，对于
: chromatin结构一窍不通~只是好奇~~~楼主加油！
|
L*****a
发帖数: 24 | 33 Biophysic J
or JMB
(
【在 b********g 的大作中提到】
: PhD期间，提取chromatin，进而研究higher order chromatin
: structure。与冷冻电镜结合后，发现了chromatin的结构。自认为这是在30-nm
: chromatin外，chromatin的高级结构。应该对认识chromatin结构和功能的关系有一定
: 帮助。
: 导师对我做的东西不是很了解，也不看好。但是他还是应我的要求，预投（pre-
: submission)在science上，10天后，editor拒了。建议投focus on chromatin的杂志 (
: the work might be suited for a journal with a chromatin focus and a more
: targeted audience)。心里很不甘心，也只得接受。
: 问问，能否接下来投nature子刊？或者其他什么杂志？
: 谢谢指点。
|
i**y
发帖数: 71 | 34 What implications would this structure have in terms of chromatin functions?
If you can provide evidence of these predictions that cannot be explained
by other structural models, then this model must be closer to the true
structure. If the model doesn't make any testable predictions, why care?
【在 b********g 的大作中提到】
: 好了。你肯定已经明白我的研究了，你觉得我该发个什么杂志？这篇文章的硬伤只有一
: 个，无法证明native state.
: 真诚求建议。
|
m*********t
发帖数: 480 | 35 scientific report?
Scientific report 还是挺不错的
【在 m****t 的大作中提到】
: 从science 到science reports 太可惜了吧
|
m*********t
发帖数: 480 | 36 对于你的paper，多从你自己角度考虑哪里。
如果你已经毕业或者等着这篇paper毕业，建议感觉投Plos One，这个杂志接受率高，
你到时候就毕业找工作了。
如果非要试试其他更好的，你要做好被拖很久的心理准备，万一试一圈，你拖了个六七
年才PhD毕业，或者你已经毕业离开实验室，那就人走茶凉，文章是不是你的都不知道
了。并且，除了Nature，Science等主刊，其实其他一些杂志都大同小异，你说Nuclear
Acid Research能比Plos One好到哪里去？最后能当faculty的就这么几个人，你博士
都读完了，能不能当faculty心里应该有个数了
chromatin
【在 b********g 的大作中提到】
: 非常感谢大家热心的回复。
: 能够成功提取出chromatin是一件令人高兴的事情，不能够证明他是native state实在
: 是因为不知道该怎么证明。我认为native state必须是在一定的离子浓度，多巴胺, 和
: 一定蛋白浓度下的。然而这些信息是缺乏的。同时，在做冷冻电镜时，除了chromatin
: associated proteins, 其他蛋白是需要除去的。否则，他们会妨碍，阻隔imaging.
: 眼见为实。目前chromatin领域内，最好的研究工具是（冷冻）电镜了。自从Olins夫妇
: 和chris woodcock发现了bead-on-a-string structure后，30 nm chromatin 的存在与
: 否一直是热门话题。体外重构的Li-zhu style double double helix无疑是令人眼前一
: 亮的研究。然而，ping zhu 最近发表的一篇30-nm chromatin fiber in Hela cells的
: 研究，并不是让人信服。他用的是目前最好的in situ 电镜成像法（cryo section,
|
b********g
发帖数: 46 | 37 不等文章毕业。毕业多时了。文章肯定是我的。老板还是很讲原则。
Nucleic acid research倒也是个选择。
Thanks,
Nuclear
【在 m*********t 的大作中提到】
: 对于你的paper，多从你自己角度考虑哪里。
: 如果你已经毕业或者等着这篇paper毕业，建议感觉投Plos One，这个杂志接受率高，
: 你到时候就毕业找工作了。
: 如果非要试试其他更好的，你要做好被拖很久的心理准备，万一试一圈，你拖了个六七
: 年才PhD毕业，或者你已经毕业离开实验室，那就人走茶凉，文章是不是你的都不知道
: 了。并且，除了Nature，Science等主刊，其实其他一些杂志都大同小异，你说Nuclear
: Acid Research能比Plos One好到哪里去？最后能当faculty的就这么几个人，你博士
: 都读完了，能不能当faculty心里应该有个数了
:
: chromatin
|
m*********t
发帖数: 480 | 38 后来又看了看，你的立论，30nm以上还有结构，如果仅仅有你的电镜结果，这是孤证，
不算数的。你并没有提出来一个完整的令人信服的结论，只能说提出一种可能性或者一
种proposal。尽管是个好的研究，但是不认为能发Nature Science级别的文章。
其实这也是我为什么很推崇Plos One的原因。你这种能够有孤证但是没法得到具体结论
的，如果及时公布出来，对科学家还是很有帮助的。如果仅仅憋在自己实验室里，那你
的技术就要晚一两年才能面试，或者可能会被别人抢先
(
【在 b********g 的大作中提到】
: PhD期间，提取chromatin，进而研究higher order chromatin
: structure。与冷冻电镜结合后，发现了chromatin的结构。自认为这是在30-nm
: chromatin外，chromatin的高级结构。应该对认识chromatin结构和功能的关系有一定
: 帮助。
: 导师对我做的东西不是很了解，也不看好。但是他还是应我的要求，预投（pre-
: submission)在science上，10天后，editor拒了。建议投focus on chromatin的杂志 (
: the work might be suited for a journal with a chromatin focus and a more
: targeted audience)。心里很不甘心，也只得接受。
: 问问，能否接下来投nature子刊？或者其他什么杂志？
: 谢谢指点。
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j*******u
发帖数: 81 | 39 plos one也和我党一样花钱找五毛了？
很多杂志都差不多是不假，plos one这种伪peer review还不如pre print
【在 m*********t 的大作中提到】
: 后来又看了看，你的立论，30nm以上还有结构，如果仅仅有你的电镜结果，这是孤证，
: 不算数的。你并没有提出来一个完整的令人信服的结论，只能说提出一种可能性或者一
: 种proposal。尽管是个好的研究，但是不认为能发Nature Science级别的文章。
: 其实这也是我为什么很推崇Plos One的原因。你这种能够有孤证但是没法得到具体结论
: 的，如果及时公布出来，对科学家还是很有帮助的。如果仅仅憋在自己实验室里，那你
: 的技术就要晚一两年才能面试，或者可能会被别人抢先
:
: (
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m*********t
发帖数: 480 | 40 关键pre print不是正规期刊啊，不能算引用次数不能算文章次数，PhD没法拿来毕业
Postdoc没法来申请绿卡啊。
不然arXiv + Github就是完美组合啊
【在 j*******u 的大作中提到】
: plos one也和我党一样花钱找五毛了？
: 很多杂志都差不多是不假，plos one这种伪peer review还不如pre print
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d****n
发帖数: 127 | 41 其实不完全矛盾，plos家族， sci rep之类的期刊都接收arxiv, biorxiv之类的
preprint
化学方面ACS也要有ChemRxiv了
发preprint抢credit不影响很多期刊的peer review
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_journals_by_preprint_policy
不过化学、生物口的人可能不像物理那边一样有preprint的传统所以转不过弯来
【在 m*********t 的大作中提到】
: 关键pre print不是正规期刊啊，不能算引用次数不能算文章次数，PhD没法拿来毕业
: Postdoc没法来申请绿卡啊。
: 不然arXiv + Github就是完美组合啊
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v*******e
发帖数: 11604 | 42
它的定位也就是和Plos One一样吧。听说影响因子会往下走，因为去年发表太多文章了。
【在 m*********t 的大作中提到】
: scientific report?
: Scientific report 还是挺不错的
|
v*******e
发帖数: 11604 | 43
投Plos One可以先preprint，然后投。
【在 d****n 的大作中提到】
: 其实不完全矛盾，plos家族， sci rep之类的期刊都接收arxiv, biorxiv之类的
: preprint
: 化学方面ACS也要有ChemRxiv了
: 发preprint抢credit不影响很多期刊的peer review
: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_journals_by_preprint_policy
: 不过化学、生物口的人可能不像物理那边一样有preprint的传统所以转不过弯来
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b********g
发帖数: 46 | 44 特意请教了chromatin filed内的顶级专家。看法和大家一致，physiological
condition (salt concentration), the implications of the proposed structure
to DNA function。我想到了一些方法解决第一个问题。如何用生化方法证明这种结构
在细胞内存在及其功能实在是一种挑战。你们可以试试。
谢谢大家。不再回帖了。需要讨论的，站内信给我。 |
