想知道一个已测序物种里都有多少某具体domain的蛋白，看哪个数据库？ - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 想知道一个已测序物种里都有多少某具体domain的蛋白，看哪个数据库？

相关主题
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e********r 发帖数: 147	1 比如要搜索拟南芥里所有含 AAA+ domain结构域的蛋白。 SMART数据库对已测序物种收得不够全。请问看哪个别的数据库，或用神马搜索可以很快知道这些信息。谢谢。
H*g 发帖数: 2333	2 TAIR10 Arabidopsis.org
K**4 发帖数: 1015	3 需要自己搜索吧，收集pfam中AAA+的model，然后run Hmmer。问题是pfam中的AAA+的分类是错误的，很多叫AAA+并不是；还有一个问题是在pfam，很多AAA+ families并没有包含进去。这样造成的结果是分析不够comprehensive。【在 e********r 的大作中提到】 : 比如要搜索拟南芥里所有含 AAA+ domain结构域的蛋白。 : SMART数据库对已测序物种收得不够全。请问看哪个别的数据库，或用神马搜索可以很 : 快知道这些信息。谢谢。

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● 请教：一个transcript 可以有多个UTR么？	● 问个要突变体签协议的事
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● 测序18个拟南芥品种都又发一篇Nature啊	● Duke大学裴真明入选“千人计划”？
● 觉不觉得生物系女生比例越来越大了？	● 请推荐拟南芥cDNA质粒文库
● Re: protein structure analysis?	● bisulfite sequence
● Re: BLAST的一个问题	● 讲一个老板偷窃idea的事
● 大家觉得哪个蛋白功能结构域的预测网站比较好用呢？	● 请问已知某位点磷酸化，怎么找相应的激酶和磷酸化酶
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