n******7
发帖数: 12463 | 1 比如breast cancer
有Luminal A/B, HER2, Basal-like几种subtype
最近有点想不明白的是，subtype是标记在每个patient sample的
而一个patient的cancer tissue是heterogeneous的
这是不是说，即使一个patient体内癌症细胞的差异再大，也全部属于一个subtype？
或者说，subtype就是最开始的第一个癌细胞的特性决定了的？
另一个可能的情况是，这种molecular subtype的定义本身就是反应的一个群体的特性
。如果这样的话，随着cancer cell population的变化，是不是在individual 层面上
的subtype也会变化？比如一个病人本来是HER2，也就是说癌组织中HER2类的癌细胞是
dominate的。 经过治疗之后，HER2细胞死差不多了，结果Basal-like的癌细胞
dominate了，病人变成了Basal-like的breast cancer。这有没有可能？
请不吝赐教，如果给些reference就再好不过了 | A***a
发帖数: 19 | 2 Heterogeneity 是肯定有的，不过histology 和molecular/Gene 分型是两码事 | n******7
发帖数: 12463 | 3 谢谢
我就是想问有没有把两方面放一起的研究？
比如一个subtype的病人化疗后，变成另一个subtype？
或者说，各种subtype的病人是不是各种基因型的cell type都有，只是比率不同，最终
表现成各式的phenotype？还是相反，每种subtype具体到cell层面，都有一些unique
基因型的cell？
我外行，麻烦指点一下
【在 A***a 的大作中提到】
: Heterogeneity 是肯定有的，不过histology 和molecular/Gene 分型是两码事
| A*********w
发帖数: 113 | 4 某种genotype不一定导致某种gene expression pattern，更不一定导致某种phenotype
。反之亦不然，比如你说的breast cancer，同样是ER negative，gene expression
pattern也有可能很不一样，可参见这篇文章。
http://www.nature.com/nature/journal/v406/n6797/full/406747a0.h
所以本身临床中所说的一种subtype的乳腺癌就不是很严谨的说法，一个subtype下癌细
胞肯定仍然是heterogeneous.也许化疗后复发的最大的原因就是你说的吧，药物控制了
一种癌细胞，但另外一种又滋生了。同请高手指教。
【在 n******7 的大作中提到】
: 谢谢
: 我就是想问有没有把两方面放一起的研究？
: 比如一个subtype的病人化疗后，变成另一个subtype？
: 或者说，各种subtype的病人是不是各种基因型的cell type都有，只是比率不同，最终
: 表现成各式的phenotype？还是相反，每种subtype具体到cell层面，都有一些unique
: 基因型的cell？
: 我外行，麻烦指点一下
| n******7
发帖数: 12463 | 5 谢谢你的input，就是这个reference有些old了
感觉这些年因为技术的进步，很多理论变化很大
我现在想分清楚的inter-和intra- individual的heterogeneous一些根本的不同
我感觉一般我们说的clinical意义的subtype是主要反应了inter-individual的
heterogeneous，用几种代表性的指标，划分几个大类
而每个大类的patients，因为自己各自的情况，体内cancer population的情况也是很
不一样的，而且是动态的。我最想知道的就是这个动态的范围，会不会达到让一个个体
从一个subtype，转化成另个一个subtype？
phenotype
【在 A*********w 的大作中提到】
: 某种genotype不一定导致某种gene expression pattern，更不一定导致某种phenotype
: 。反之亦不然，比如你说的breast cancer，同样是ER negative，gene expression
: pattern也有可能很不一样，可参见这篇文章。
: http://www.nature.com/nature/journal/v406/n6797/full/406747a0.h
: 所以本身临床中所说的一种subtype的乳腺癌就不是很严谨的说法，一个subtype下癌细
: 胞肯定仍然是heterogeneous.也许化疗后复发的最大的原因就是你说的吧，药物控制了
: 一种癌细胞，但另外一种又滋生了。同请高手指教。
| h********n
发帖数: 4079 | 6 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
好分类.
如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的
, 而随着肿瘤的进展/复发, 有可能有新的mutation. 由吸烟引起的一些肺癌是
diffusive, 不好说是不是clonal, 但由于癌变的因素比较单一(烟里的致癌物), 所以
同一个病人的肺癌的不同部分, 通常表现出相同的molecular profile.
上面是我的个人看法, 我对肺癌比较熟, 所以用肺癌举例. 不知道我说清楚没有. 欢
迎批评. | G*****o
发帖数: 315 | | a*******a
发帖数: 4233 | 8 吸烟病人的突变比较多，会不会一开始就是好几个colony来的？
【在 h********n 的大作中提到】
: 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
: carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
: 有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
: 好分类.
: 如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
: mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
: 是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
: change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
: 另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
: 来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的
| c******8
发帖数: 36 | 9 有篇哈佛的science文章，讲到一例小细胞肺癌经过治疗后，复发成大细胞肺癌，再次
治疗后，又复发，发展成为小细胞肺癌。 | h********n
发帖数: 4079 | 10 有可能, 具体的可以查查TCGA,如果一些吸烟引起的肺癌里面, 同时有好些重要的
mutation 或者是oncogene激活, 有可能, 但我想不出一个简单的办法可以从实验上回
答这个问题.
【在 a*******a 的大作中提到】
: 吸烟病人的突变比较多，会不会一开始就是好几个colony来的？
| | | a*******a
发帖数: 4233 | 11 single cell sequence做进化树应该能回答吧。
不过现在的coverage还太低
【在 h********n 的大作中提到】
: 有可能, 具体的可以查查TCGA,如果一些吸烟引起的肺癌里面, 同时有好些重要的
: mutation 或者是oncogene激活, 有可能, 但我想不出一个简单的办法可以从实验上回
: 答这个问题.
| n******7
发帖数: 12463 | 12 谢谢，很有用！
就是第三个打不开，不知道是不是在家里没有阅读权限的问题
我当年免疫没有好好学，所以现在一直没搞懂这些细胞表面分子跟基因型的关联
还有个疑问就是我最近看的很多clinical的杂志，影响因子都不高
应该是普遍现象吧，不说明结果不可信？
（NEJM JAMA Lancet当然牛）
【在 G*****o 的大作中提到】
: 这些文章对你或许有帮助。
: http://www.wjso.com/content/9/1/131
: http://www.gffcc.org/journal/docs/issue15/pp%2019-24%20Al-Awadi
: http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs12094-012-0827-x
| n******7
发帖数: 12463 | 13 我不清楚这样的组织学分类，跟molecular level的pattern有什么关联
因为异质性，肿瘤组织的细胞可能有不同的driver 突变
我最近听了一些talk，就是讲因为化疗药物的选择压力，本来dominant的mutation会被
抑制，但是原本不popular的mutation会冒出来。比如针对KRAS突变的抑制药把这类
cancer cell杀掉之后，EGFR突变的cell会取代之成为主要的cell 类型。 我不清楚这
种改变会不会导致组织学分类的变化。
这个问题的意义，我觉得是因为现在很多预后之类的分析都是基于组织学分类的，我想
知道cell population的变化是只会影响到药物治疗，还是同时会影响subtype，进而影
响预后。从楼上提供的link来看，subtype分类似乎不是那么稳定的
【在 h********n 的大作中提到】
: 肿瘤的分类, 以往都是按组织学分类的, 比如 lung adenocarcinoma, small cell
: carcinoma, squamous cell carcinoma都是肺癌的subtype. 在肺癌里, 我还没听说过
: 有subtype上混合的, 但确实有undifferentiated lung cancer, 细胞分化程度低, 不
: 好分类.
: 如果从molecular subtype上分类, 比如有些肺癌病人有kras mutation, 有些有EGFR
: mutation, 等等, 如果你要问会不会互相转变, 这个很难证明, 因为肿瘤切下来的时候
: 是啥样的就啥样, 但不同基因的变化是积累性的. 通常的假设是至少两个genetic
: change. 所以有可能肿瘤早期只有一个mutation, 后来mutation多起来了.
: 另外, 很多实体瘤都是clonal tumor, 就是说一个肿瘤大都是由一个癌细胞分裂生长而
: 来的. 所以, 同一个病人身上的某个肿瘤里面的已有的genetic change不会变回正常的
| n******7
发帖数: 12463 | 14 做target sequencing应该可以吧
我记得今年AACR上好像听过一些这样的研究
明天上班check一下
【在 a*******a 的大作中提到】
: single cell sequence做进化树应该能回答吧。
: 不过现在的coverage还太低
| a*******a
发帖数: 4233 | 15 11年的进展， 大概只有15%的coverage
后来没有follow up了。。
http://www.nature.com/nature/journal/v472/n7341/abs/nature09807
【在 n******7 的大作中提到】
: 做target sequencing应该可以吧
: 我记得今年AACR上好像听过一些这样的研究
: 明天上班check一下
| h********n
发帖数: 4079 | 16 组织学分类比较简洁明了， 缺点是基于细胞/组织形态。
如果你说把切下来的肿瘤， 按照各个cell population genetic or biomarker
profile分类， 我个人觉得当然好， 但目前来看成本比较高。
我个人看法， 组织学分类跟molecular profile有大的关联， 比如EGFR mutation基本
上就是adenocarcinoma and BAC, 在其它subtype的肺癌里面基本没有。
要说组织学分类会不会因为治疗而改变，一般比较少， 但不是绝对的。 但复发的肿瘤
通常恶性程度更高， 有可能是有些新的mutant clones长出来了。
根据molecular profile来研究预后， 这个有很多研究， 但通常是在同一个组织学分
类下面。 但我个人觉得， 绝大多数病人不能从研究组织学分类上的subtype互相转化
收益。
【在 n******7 的大作中提到】
: 我不清楚这样的组织学分类，跟molecular level的pattern有什么关联
: 因为异质性，肿瘤组织的细胞可能有不同的driver 突变
: 我最近听了一些talk，就是讲因为化疗药物的选择压力，本来dominant的mutation会被
: 抑制，但是原本不popular的mutation会冒出来。比如针对KRAS突变的抑制药把这类
: cancer cell杀掉之后，EGFR突变的cell会取代之成为主要的cell 类型。 我不清楚这
: 种改变会不会导致组织学分类的变化。
: 这个问题的意义，我觉得是因为现在很多预后之类的分析都是基于组织学分类的，我想
: 知道cell population的变化是只会影响到药物治疗，还是同时会影响subtype，进而影
: 响预后。从楼上提供的link来看，subtype分类似乎不是那么稳定的
|
|
