r*********g
发帖数: 1160 | 1 请教一下大家一下，有两个功能是需要的：
1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构？
2. 在蛋白上做突变，然后看其与新substrate的结合，需要重新模拟结构，比较和WT的
变化。
我以前用过MOE，Insight 2， 但大概是快8年前了，想问一下现在大家用什么软件，有
免费的更好，非常感谢。 |
s*****g
发帖数: 87 | |
q******g
发帖数: 3858 | 3 我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9 |
r*********g
发帖数: 1160 | 4
谢谢楼上两位，我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
标蛋白align，然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了，
所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析，是这样么
？准确度如何？
【在 q******g 的大作中提到】
: 我也在用I-TASSER。但很多人用modeller9
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j****x
发帖数: 1704 | 5 任何基于automated pipeline的结构预测工具其准确性都有其局限，对于同源建模而言
，基于先验知识/经验的序列比对可能是预测准确性的最基本和最重要的保证，而I-
tasser这类自动化/高通量的在线分析工具对于精细分析自然力有不逮。
商业软件里，Discovery Studio以及SYBYL是老牌大腕，功能强劲完善，当然价格也很
高端。如果能找到合作者提供软件平台是最理想了。免费学术软件其实功能也不差，但
往往界面不是特别友好，同时需要一定的编程至少是写脚本的能力，不过如果你以前有
基础，应该也不困难。同源建模自然首选MODELLER，和DS里Homology modoling的模块
师出同门，基本上就是业界标准了。点突变，活性位点分析，小分子对接，动力学分析
，这些根据具体的需要可以有不同的选择/组合，但个人经验很重要，最好找专业人士
合作。
【在 r*********g 的大作中提到】
:
: 谢谢楼上两位，我原来做homology model的时候是选两个已知晶体结构的蛋白和自己目
: 标蛋白align，然后还要修改一些参数。这个I-Tasser貌似只需要输入序列就可以了，
: 所以我assume是机器自动去找同源并确有解析结构的蛋白在幕后做结构分析，是这样么
: ？准确度如何？
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U**l
发帖数: 153 | 6 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
RMSD好像只有几Angstrom
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
【在 r*********g 的大作中提到】
: 请教一下大家一下，有两个功能是需要的：
: 1. 根据已有晶体结构的homologous protein预测目标蛋白结构？
: 2. 在蛋白上做突变，然后看其与新substrate的结合，需要重新模拟结构，比较和WT的
: 变化。
: 我以前用过MOE，Insight 2， 但大概是快8年前了，想问一下现在大家用什么软件，有
: 免费的更好，非常感谢。
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K**4
发帖数: 1015 | 7 Rosetta基于什么原理？他怎么选择template呢？
基于远源蛋白的modeling可以构建吗？
【在 U**l 的大作中提到】
: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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j****x
发帖数: 1704 | 8 Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
，对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平，但对于大蛋白而言，大致还停
留在“理论”阶段，除非特殊情况，RMSD>10A可以算常态吧。此外，除了Baker本家之
外，其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的，除了
小蛋白结构预测/设计之外，应该算是structure refinement这块，部分结合实验结果
，能获得非常好的效果。
对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言，我个人相信基于homology modelling的预测
方法仍然会是首选，可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
很好的思路，但前提是你能玩得转它，呵呵。
【在 U**l 的大作中提到】
: 现在都在用Rosetta了。预测任何小的水溶蛋白序列的结构已经很精确了，忘了具体
: RMSD好像只有几Angstrom
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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U**l
发帖数: 153 | 9 Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
，当然宣传也做得很好。
不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
【在 j****x 的大作中提到】
: Rosetta做单纯的de nove structure prediction结果可能没有想象中的那么好。当然
: ，对于<10kD的蛋白而言确实可以接近同源建模的水平，但对于大蛋白而言，大致还停
: 留在“理论”阶段，除非特殊情况，RMSD>10A可以算常态吧。此外，除了Baker本家之
: 外，其他外人能玩得转Rosseta的似乎屈指可数:)目前个人觉得Rosetta所适用的，除了
: 小蛋白结构预测/设计之外，应该算是structure refinement这块，部分结合实验结果
: ，能获得非常好的效果。
: 对于存在显著的已知同源结构的蛋白而言，我个人相信基于homology modelling的预测
: 方法仍然会是首选，可靠性很有保障。Homology modelling进一步结合Rosetta自然是
: 很好的思路，但前提是你能玩得转它，呵呵。
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U**l
发帖数: 153 | 10 网上资料现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是帮着从PDB
database里选fragment的，只需要输入protein sequence
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
【在 U**l 的大作中提到】
: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
: ，当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
: 人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
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: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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j****x
发帖数: 1704 | 11 你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
区别的。
Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
可能还不好说。
Robetta server基本就是个joke，你可以试一下普通权限在线提交一个>100aa的序列，
看看系统计算出来大约需要多久能给你结果...而Rosetta的帮助文档做的是出了名的烂
，这么久以来一直就没变过...
【在 U**l 的大作中提到】
: Rosetta第一步也是基于PDB database的homology modeling，然后再用force field做
: 计算。Rosetta近年在蛋白计算届几乎是最火的软件，发了大量文献，baker组资源强大
: ，当然宣传也做得很好。
: 不过确实需要些基础Linux知识安装很运行，以及一台还可以的机子（记得以前组里的
: 人试过，12 core 的机子跑3-5天，from sequence to refined structure)。网上资料
: 现在做得应该更完善了，记得还有Robetta web server 应该是可以帮你
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: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7
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K**4
发帖数: 1015 | 12 好奇rosetta或者i-tasser作为protein function prediction program，成功地预测了
什么蛋白功能？谁给个例子阿
【在 j****x 的大作中提到】
: 你说的对，Resetta后来也推出了基于Homology modelling的模块，不单单只靠ab
: initio presiction的算法，但和传统意义上的homology modelling经典方法还是有所
: 区别的。
: Baker的牛文确实层出不穷，他提出的这套方法原创性太强，基本上这个领域就看他一
: 个人在做，所谓“走自己的路，让别人无路可走”。
: 如果我没记错，近几次CASP的结果，rosetta基本都比不上I-Tasser（或大致持平？）
: ，等今年CASP11的结果出来再看。前面提到过，其实rosetta眼下的亮点和强项，在
: structure refinement以及protein design上，这一块确实没有敌手，尤其是后者，让
: Resatta大热。但眼前为数不多的几个成功范例能否再进一步推广，有多少普遍意义，
: 可能还不好说。
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