y*****n
发帖数: 45 | 1 最近老师给了个题目，我一点思路也没有，希望哪位大神帮助一下我：
如果假设一个microRNA基因A对一爬行动物B (可以假设为乌龟或者鸟）有正调节耐冻性
的作用，但是因为条件限制不能用这种爬行动物B来做实验（这个是最恶心的！！！）
，miRNA基因A的序列和爬行动物B的genome也已知，用什么方法怎么最大程度证明A对B
有调节耐冻性的作用。 | i***l
发帖数: 1656 | 2 i am not in this field, just for fun.
o. dry lab: data search and find miRNA paralog/homolog in B's relatives---
pathway may be conserved
0.5 wet lab in vitro: miRNA target to a certain sequence which exists in B
/ B relative
1. wet lab semi in vivo: check miRNA's function in a cell line from B or B
relative
2. wet in vivo: miRNA function in B relative animal if possilbe
B
【在 y*****n 的大作中提到】
: 最近老师给了个题目，我一点思路也没有，希望哪位大神帮助一下我：
: 如果假设一个microRNA基因A对一爬行动物B (可以假设为乌龟或者鸟）有正调节耐冻性
: 的作用，但是因为条件限制不能用这种爬行动物B来做实验（这个是最恶心的！！！）
: ，miRNA基因A的序列和爬行动物B的genome也已知，用什么方法怎么最大程度证明A对B
: 有调节耐冻性的作用。
| l**d
发帖数: 472 | 3 到一个可以做试验的国家去做
B
【在 y*****n 的大作中提到】
: 最近老师给了个题目，我一点思路也没有，希望哪位大神帮助一下我：
: 如果假设一个microRNA基因A对一爬行动物B (可以假设为乌龟或者鸟）有正调节耐冻性
: 的作用，但是因为条件限制不能用这种爬行动物B来做实验（这个是最恶心的！！！）
: ，miRNA基因A的序列和爬行动物B的genome也已知，用什么方法怎么最大程度证明A对B
: 有调节耐冻性的作用。
| t**l
发帖数: 109 | 4 如果动物的B 的geonme已经知道，说明有关耐冻的基因基本都知道了，找出所有有关耐
冻基因的3 UTR，做bioinfoamativ target prediction, 然后克隆这些3 UTR做荧光素
酶实验，建立到一个细胞系可以over express ，这个MIR，做 luciferase assay,找出
functional read out. 如果有钱有精力，做一个screen，克隆这个动物B的所以3'UTR
，然后做screen，找出target。
另外一个找TARGET的方法是reverse genetic, 建立一个生物比较相似的细胞系，KO 这
个mir, 然后做CLIP-SEQ
HITS-CLIP (CLIP-Seq) of Argonaute has been applied to decode microRNA-target
interaction maps.[5][6][7] The application of CLIP-Seq/HITS-CLIP methods
has significantly reduced the rate of false positive predictions of miRNA
binding sites and has also reduced the size of the search space for miRNA
target sites.[5][6][7] Improved analysis of Argonaute HITS-CLIP now enables
identification of binding sites with single nucleotide resolution.[8]
这样通过对比，找到microRNA target | l**********1
发帖数: 5204 | 5 On concern:
is there any codon-optimized luciferase reporter system already reported on
model B reptile ?
if still not yet, how many Yeas LZ or LZ her/his PI can insist on this
project ?
one R01 = around 5 Years Funding period...
pls refer
i)
Gooch, VD et al., (2008).
Fully codon-optimized luciferase uncovers novel temperature
characteristics of the Neurospora clock.
Eukaryot Cell 7: 28-37.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17766461
or
ii) one PhD dissertation (2012),
its PDF file,
HTTP double dot //brage.bibsys.no/uis/handle/URN:NBN:no-bibsys_brage_29343
UTR
target
【在 t**l 的大作中提到】
: 如果动物的B 的geonme已经知道，说明有关耐冻的基因基本都知道了，找出所有有关耐
: 冻基因的3 UTR，做bioinfoamativ target prediction, 然后克隆这些3 UTR做荧光素
: 酶实验，建立到一个细胞系可以over express ，这个MIR，做 luciferase assay,找出
: functional read out. 如果有钱有精力，做一个screen，克隆这个动物B的所以3'UTR
: ，然后做screen，找出target。
: 另外一个找TARGET的方法是reverse genetic, 建立一个生物比较相似的细胞系，KO 这
: 个mir, 然后做CLIP-SEQ
: HITS-CLIP (CLIP-Seq) of Argonaute has been applied to decode microRNA-target
: interaction maps.[5][6][7] The application of CLIP-Seq/HITS-CLIP methods
: has significantly reduced the rate of false positive predictions of miRNA
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