T*****n 发帖数: 897 | 1 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】
发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc
标 题: Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?-诚心求教!!!
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 5 20:19:07 2013, 美东)
问一下,Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?刚刚回到
一个做这方面的领域,感觉挺喜欢的,但自己没这方面的经验,不知道怎么分析。老板
只是打击我,不肯指导我。现在很郁闷,诚心求教!!! |
j******n 发帖数: 941 | 2 看你想分析什么了 如果只是找hit 那就计算下ratio, fold change,或者z score然后
画个threshold就行了 一般excel就可以做完 Metacore可以辅助完成这个工作 还可以
看具体的化合物靶点信息啥的 Spotfire可以在数据本身方面做一些分析 |
C******n 发帖数: 504 | 3 How would you calculate fold change? Thanks!
【在 j******n 的大作中提到】 : 看你想分析什么了 如果只是找hit 那就计算下ratio, fold change,或者z score然后 : 画个threshold就行了 一般excel就可以做完 Metacore可以辅助完成这个工作 还可以 : 看具体的化合物靶点信息啥的 Spotfire可以在数据本身方面做一些分析
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R****n 发帖数: 708 | 4 Where is the database?
教!!!
【在 T*****n 的大作中提到】 : 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】 : 发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc : 标 题: Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?-诚心求教!!! : 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 5 20:19:07 2013, 美东) : 问一下,Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?刚刚回到 : 一个做这方面的领域,感觉挺喜欢的,但自己没这方面的经验,不知道怎么分析。老板 : 只是打击我,不肯指导我。现在很郁闷,诚心求教!!!
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j******n 发帖数: 941 | 5
实验点数据除以control的数据 如果大于1那就是fold change 小于1求负倒数(0.5的
Fold change=-2)
【在 C******n 的大作中提到】 : How would you calculate fold change? Thanks!
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s****l 发帖数: 513 | 6 简单的分析hit rate,选top hit的话,用excel就够了(把positive control设置为
100%response, 把你的DMSO(negative control)设置为0%response)。
不过最好联系你做screen的center,他们都有informatic scientist,他们有专业软件
可以做其他的深入分析,你也可以问一下可不可以让你学习使用一下,很多其实蛮简单
的。
教!!!
【在 T*****n 的大作中提到】 : 【 以下文字转载自 Postdoc 讨论区 】 : 发信人: Tonyvan (Tony), 信区: Postdoc : 标 题: Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?-诚心求教!!! : 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Nov 5 20:19:07 2013, 美东) : 问一下,Drug discovery 的high throughput screening data怎么分析呢?刚刚回到 : 一个做这方面的领域,感觉挺喜欢的,但自己没这方面的经验,不知道怎么分析。老板 : 只是打击我,不肯指导我。现在很郁闷,诚心求教!!!
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