c**********r
发帖数: 891 | |
L**********r
发帖数: 143 | |
h**********r
发帖数: 671 | 3 A very good paper!
How about organelles such mitochondria and peroxisome? Do you have any
recommendation?
Thanks! |
S**I
发帖数: 15689 | 4 This paper is based on a previous paper published by the same author http://www.sciencemag.org/content/276/5309/122.abstract?ijkey=c42d7d98233dc0b5a23a8fbe71a864e31385e630&keytype2=tf_ipsecsha, whose conclusion, unfortunately, has been found to be mostly wrong (Chapter 9 of "Power, Sex, Suicide - Mitochondria and the Meaning of Life" by Nick Lane): while the method used by these researchers is impressive, biological entities are far more complex and diversified than the simplified model proposed by them can handle.
【在 c**********r 的大作中提到】
: http://www.sciencemag.org/content/284/5420/1677.abstract
: 简洁明快，内涵深远。
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S**I
发帖数: 15689 | 5 "Power, Sex, Suicide - Mitochondria and the Meaning of Life" by Nick Lane is
very good.
【在 h**********r 的大作中提到】
: A very good paper!
: How about organelles such mitochondria and peroxisome? Do you have any
: recommendation?
: Thanks!
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c**********r
发帖数: 891 | 6 刚看了一下第9章。觉得也不能就说那个分形模型"wrong"了。
As a preliminary matter，那个3/4的测量过程就带着生物学特有的不清不楚：比如说
测所谓的"body mass"吧。如何定义body mass呢？对于脊椎动物，大概还可以直接称总
体重（包括骨头的重量）；但是对于无脊椎动物呢？是否应该把昆虫外骨骼包含在body
mass里？那么软体动物的钙沉积外壳算body mass吗？对于那些以水压力作为支撑身体
的"骨架"的无脊椎动物呢？应该称干重还是湿重？
Nick Lane讨论了很多3/4原始数据不准确的问题。我觉得对于一个本来就很messy的测
量和本来就很messy的3/4，完全没必要纠结太多(类比孟德尔的原始数据)。
还有Nick Lane争论说，如果分形模型成立，那么低代谢率就是大型体型受限于分形代
谢网而导致的副产品。他诘问，那么，"what's in it for giants?" 这个问题也很容
易解释：大型体型可以更好的抵抗捕食者，可以少受随机波动影响（不会像小动物一样
因为下一场雨不小心在小水沟里淹死)，等等。在这些进化优势下，用低代谢换大体型
，也许是值得的。
Etc.
Nick Lane的书写得不错，清晰易懂，只不过有些argument我觉得有些牵强。
【在 S**I 的大作中提到】
: This paper is based on a previous paper published by the same author http://www.sciencemag.org/content/276/5309/122.abstract?ijkey=c42d7d98233dc0b5a23a8fbe71a864e31385e630&keytype2=tf_ipsecsha, whose conclusion, unfortunately, has been found to be mostly wrong (Chapter 9 of "Power, Sex, Suicide - Mitochondria and the Meaning of Life" by Nick Lane): while the method used by these researchers is impressive, biological entities are far more complex and diversified than the simplified model proposed by them can handle.
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S**I
发帖数: 15689 | 7 既然3/4的常数不靠谱，那这个分形模型的意义就很牵强了。不能跟观测数据吻合的理
论模型基本上没什么价值。我以前做过一个工程项目的建模，一个变量很有限的系统的
模型都复杂的令人发指，很难想象对于复杂度远超工程学科的生物学问题能建立一个普
适的理论数学模型。
body
【在 c**********r 的大作中提到】
: 刚看了一下第9章。觉得也不能就说那个分形模型"wrong"了。
: As a preliminary matter，那个3/4的测量过程就带着生物学特有的不清不楚：比如说
: 测所谓的"body mass"吧。如何定义body mass呢？对于脊椎动物，大概还可以直接称总
: 体重（包括骨头的重量）；但是对于无脊椎动物呢？是否应该把昆虫外骨骼包含在body
: mass里？那么软体动物的钙沉积外壳算body mass吗？对于那些以水压力作为支撑身体
: 的"骨架"的无脊椎动物呢？应该称干重还是湿重？
: Nick Lane讨论了很多3/4原始数据不准确的问题。我觉得对于一个本来就很messy的测
: 量和本来就很messy的3/4，完全没必要纠结太多(类比孟德尔的原始数据)。
: 还有Nick Lane争论说，如果分形模型成立，那么低代谢率就是大型体型受限于分形代
: 谢网而导致的副产品。他诘问，那么，"what's in it for giants?" 这个问题也很容
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c**********r
发帖数: 891 | 8 实际上吻合的不错，至少解释了为什么那个值是介于2/3到3/4之间。
关于生物的模型，很多人argue传统的概念和整个科学范式都必须推翻才能搞定（或者
理论上就没有可能搞定），例如Stuart Kauffman, Stephen Wolfram, A. H. Louie.
我们这辈子不用指望了。
【在 S**I 的大作中提到】
: 既然3/4的常数不靠谱，那这个分形模型的意义就很牵强了。不能跟观测数据吻合的理
: 论模型基本上没什么价值。我以前做过一个工程项目的建模，一个变量很有限的系统的
: 模型都复杂的令人发指，很难想象对于复杂度远超工程学科的生物学问题能建立一个普
: 适的理论数学模型。
:
: body
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S**I
发帖数: 15689 | 9 突发奇想：计算理论里有一类问题是non-computable的，如果能在严格的数学意义上证
明某个生物学问题是non-computable的，那么大家也不用去琢磨给这个问题建模了。
【在 c**********r 的大作中提到】
: 实际上吻合的不错，至少解释了为什么那个值是介于2/3到3/4之间。
: 关于生物的模型，很多人argue传统的概念和整个科学范式都必须推翻才能搞定（或者
: 理论上就没有可能搞定），例如Stuart Kauffman, Stephen Wolfram, A. H. Louie.
: 我们这辈子不用指望了。
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h**********r
发帖数: 671 | 10 多谢！从图书馆借了多日，一直没有真正认真看下去。
is
【在 S**I 的大作中提到】
: "Power, Sex, Suicide - Mitochondria and the Meaning of Life" by Nick Lane is
: very good.
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c**********r
发帖数: 891 | 11 A.H.Louie 一直在argue生物体系是non-computable的。
【在 S**I 的大作中提到】
: 突发奇想：计算理论里有一类问题是non-computable的，如果能在严格的数学意义上证
: 明某个生物学问题是non-computable的，那么大家也不用去琢磨给这个问题建模了。
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c**********r
发帖数: 891 | 12 刚查了一下，发现Geoffrey West已经把那个分形模型用到人类城市上了。 据说有80%
的预测准确率。
【在 S**I 的大作中提到】
: 既然3/4的常数不靠谱，那这个分形模型的意义就很牵强了。不能跟观测数据吻合的理
: 论模型基本上没什么价值。我以前做过一个工程项目的建模，一个变量很有限的系统的
: 模型都复杂的令人发指，很难想象对于复杂度远超工程学科的生物学问题能建立一个普
: 适的理论数学模型。
:
: body
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c**********r
发帖数: 891 | 13 关于对他模型的质疑，Geoffery West的反驳：
Not every biologist was persuaded, however. In fact, West’s paper in
Science ignited a flurry of rebuttals, in which researchers pointed out all
the species that violated the math. West can barely hide his impatience with
what he regards as quibbles. “There are always going to be people who say,
‘What about the crayfish?’ ” he says. “Well, what about it? Every
fundamental law has exceptions. But you still need the law or else all you
have is observations that don’t make sense. And that’s not science. That’
s just taking notes.” For West, arguments over the details of crustaceans
were a sure sign that it was time to move on.
http://www.nytimes.com/2010/12/19/magazine/19Urban_West-t.html?
果然有人很纠结小龙虾的外骨骼、体重和代谢率啊。生物学家特有的“注重细节/吹毛
求屁”。
body
【在 c**********r 的大作中提到】
: 刚看了一下第9章。觉得也不能就说那个分形模型"wrong"了。
: As a preliminary matter，那个3/4的测量过程就带着生物学特有的不清不楚：比如说
: 测所谓的"body mass"吧。如何定义body mass呢？对于脊椎动物，大概还可以直接称总
: 体重（包括骨头的重量）；但是对于无脊椎动物呢？是否应该把昆虫外骨骼包含在body
: mass里？那么软体动物的钙沉积外壳算body mass吗？对于那些以水压力作为支撑身体
: 的"骨架"的无脊椎动物呢？应该称干重还是湿重？
: Nick Lane讨论了很多3/4原始数据不准确的问题。我觉得对于一个本来就很messy的测
: 量和本来就很messy的3/4，完全没必要纠结太多(类比孟德尔的原始数据)。
: 还有Nick Lane争论说，如果分形模型成立，那么低代谢率就是大型体型受限于分形代
: 谢网而导致的副产品。他诘问，那么，"what's in it for giants?" 这个问题也很容
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S**I
发帖数: 15689 | 14 A theory is something nobody believes, except the person who made it. An
experiment is something everybody believes, except the person who made it.
呵呵
all
with
say,
【在 c**********r 的大作中提到】
: 关于对他模型的质疑，Geoffery West的反驳：
: Not every biologist was persuaded, however. In fact, West’s paper in
: Science ignited a flurry of rebuttals, in which researchers pointed out all
: the species that violated the math. West can barely hide his impatience with
: what he regards as quibbles. “There are always going to be people who say,
: ‘What about the crayfish?’ ” he says. “Well, what about it? Every
: fundamental law has exceptions. But you still need the law or else all you
: have is observations that don’t make sense. And that’s not science. That’
: s just taking notes.” For West, arguments over the details of crustaceans
: were a sure sign that it was time to move on.
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