e***o
发帖数: 344 | 1 最近跑DNA胶很邪门，首先是基因组DNA的条带大小在不同的胶里跑得不一样。做3C-
library，所以在提取的过程中没有除去蛋白质，用裂解液裂解细胞后，离心收集细胞
核，再分别用SDS和Triton X-100裂解细胞核后跑的琼脂糖胶。
其中2，3泳道是刚提取完时跑的电泳条带，1，4孔道是将同样的样品放置6个小时左右
后跑的电泳条带，结果条带大小就发生了改变，有15000bp左右减小到了几百bp，而且
每次跑胶，电泳条带的大小都不固定，大多都只有几百bp，和基因组大小不符！
然后是回收cDNA500-700bp的带加adapter,扩PCR也出现这种飘移现象。到别的lab也试
了，还是这样。跑别的特异PCR扩增和酶切质粒都是好好地。真是邪门了。
请大家分析下是什么原因造成的。谢谢！ |
e***o
发帖数: 344 | |
s******9
发帖数: 283 | 3 ladder开起来很好，排除了胶的问题，所以可能是样品的问题。可能性有1）样品中大
量的离子影响电场（比如出现明显的弯月带）；2）有离子结合在DNA上。简单方法就是
用pcr purification kit处理一下再跑胶。 |
w******n
发帖数: 767 | 4
【在 e***o 的大作中提到】
: 最近跑DNA胶很邪门，首先是基因组DNA的条带大小在不同的胶里跑得不一样。做3C-
: library，所以在提取的过程中没有除去蛋白质，用裂解液裂解细胞后，离心收集细胞
: 核，再分别用SDS和Triton X-100裂解细胞核后跑的琼脂糖胶。
: 其中2，3泳道是刚提取完时跑的电泳条带，1，4孔道是将同样的样品放置6个小时左右
: 后跑的电泳条带，结果条带大小就发生了改变，有15000bp左右减小到了几百bp，而且
: 每次跑胶，电泳条带的大小都不固定，大多都只有几百bp，和基因组大小不符！
: 然后是回收cDNA500-700bp的带加adapter,扩PCR也出现这种飘移现象。到别的lab也试
: 了，还是这样。跑别的特异PCR扩增和酶切质粒都是好好地。真是邪门了。
: 请大家分析下是什么原因造成的。谢谢！
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e***o
发帖数: 344 | |
m*********n
发帖数: 215 | 6 重新洗一下DNA试试看。也尽量避免over load：） |
