G***G
发帖数: 16778 | 1 问个问题。
2d gel做了两个图片，一个是cancer，一个是normal
现在用pdquest找出了图片中不同的spots。
问题是对于某一个spot，它在cancer中，和在normal中对应的蛋白质是一样的吗？
也就是2d gel的图片中（两个图片，一个是cancer的，一个是normal的）相同位置的点
，就一定对应相同的蛋白质吗？ |
s******y
发帖数: 28562 | 2 大体上可以这么认为。
虽然也有特例，但是并不是很多
【在 G***G 的大作中提到】
: 问个问题。
: 2d gel做了两个图片，一个是cancer，一个是normal
: 现在用pdquest找出了图片中不同的spots。
: 问题是对于某一个spot，它在cancer中，和在normal中对应的蛋白质是一样的吗？
: 也就是2d gel的图片中（两个图片，一个是cancer的，一个是normal的）相同位置的点
: ，就一定对应相同的蛋白质吗？
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G***G
发帖数: 16778 | 3 我还有个问题。对于这个点的蛋白质识别，pmf足够吗？
我觉得ms/ms应该更精准一些。但是如果只用pmf是不是误差很大？
多谢!
【在 s******y 的大作中提到】
: 大体上可以这么认为。
: 虽然也有特例，但是并不是很多
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s******y
发帖数: 28562 | 4 你是打算把那个点剪下来跑质谱是吧？Peptide mass fingerprinting足已。
不过先警告你一下，一个单独剪下来的点，跑质谱一般能跑出十几个蛋白来。
到底是哪个，可能需要用其他方法来验证。
【在 G***G 的大作中提到】
: 我还有个问题。对于这个点的蛋白质识别，pmf足够吗？
: 我觉得ms/ms应该更精准一些。但是如果只用pmf是不是误差很大？
: 多谢!
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K******S
发帖数: 10109 | 5 2D gel is dying in US. Lots of ppl in China and Europe still use it. And PMF
is dying as well. Get MS/MS if you can. 误差 is not major issue for PMF.
PMF can't handle complex samples. With current MS technology, you can ID
multiple proteins even from 2D gel spots.
【在 G***G 的大作中提到】
: 我还有个问题。对于这个点的蛋白质识别，pmf足够吗？
: 我觉得ms/ms应该更精准一些。但是如果只用pmf是不是误差很大？
: 多谢!
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s*****g
发帖数: 7857 | 6 应该是对应的部位,就是相应的蛋白.因为第一次是用等电点分的,第二次才是用分子量
分的.
正如胖头鱼所说的.
不过做的要做平行才更好反映不同差异.(不知道你是用什么染色,比如银染色时间长短,
背景是不同的等)
【在 s******y 的大作中提到】
: 大体上可以这么认为。
: 虽然也有特例，但是并不是很多
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G***G
发帖数: 16778 | 7 您的最后一句是什么意思？最后一句中的MS technology是指的MS/MS?
serum属于complex sample吗？
PMF
【在 K******S 的大作中提到】
: 2D gel is dying in US. Lots of ppl in China and Europe still use it. And PMF
: is dying as well. Get MS/MS if you can. 误差 is not major issue for PMF.
: PMF can't handle complex samples. With current MS technology, you can ID
: multiple proteins even from 2D gel spots.
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K******S
发帖数: 10109 | 8 PMF is pattern match (no sequencing information). If you have multiple
proteins in that spot, most likely you can only detect the most abundant
protein by PMF. MS/MS will give you sequence information and can detect
multiple proteins. Even with 2D gel, which arguably is "high resolution"
separation, it's quite frequent that you will get multiple proteins in 1
spot.
【在 G***G 的大作中提到】
: 您的最后一句是什么意思？最后一句中的MS technology是指的MS/MS?
: serum属于complex sample吗？
:
: PMF
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m******5
发帖数: 1383 | 9 不对吧，可能在cancer sample里样品被磷酸化了
短,
【在 s*****g 的大作中提到】
: 应该是对应的部位,就是相应的蛋白.因为第一次是用等电点分的,第二次才是用分子量
: 分的.
: 正如胖头鱼所说的.
: 不过做的要做平行才更好反映不同差异.(不知道你是用什么染色,比如银染色时间长短,
: 背景是不同的等)
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