l*******i
发帖数: 153 | 1 qPCR测了一批基因在不同时间点的表达（1-6天），现在作图时碰到一个问题：
因为所有时间点、所测基因的表达都要与未处理组(即day 0)比较，所以我在计算时，
把每个基因在未处理组中的表达设为 1， 这样计算不同时间点基因变化的倍数。其中
有两个基因在未处理组不表达（program给出的CT值为undetermined,即未
amplification）,这样计算时就无法得到dela CT，也就没法作图。
我的想法是把没有扩增的基因的CT值设为最大CT值，即40，然后计算delta CT，以方便
作图。但是，实验室博后认为这样不对，是artificial effect；正确的做法，应该用
positive control，然后未处理组和各个时间点的都与positive control比较。我觉得
这样很混乱，因为是一批基因，按博后的意见的话，我得每一个基因对应一个positive
control,做出的图不太好理解。
不知各位有无碰到这种情况？你们都是怎么处理的呢？最好能提供一两篇有关类似问题
的文献。谢谢！ | l*****e
发帖数: 424 | 2 我知道有人用你提到的办法，把没有扩增的基因的CT值设为最大CT值，即40，然后计算
delta CT，但reference一时找不到。
我想能不能倒过来比较，就是把day 6的值作参考，其他的跟它比，那么到day 0就直接
打个星号写undetermined，这样就解决了作图的问题。 |
|
