B*****l
发帖数: 261 | 1 新的project需要有一些编程的技能，主要是Computational design方面的，不知道那
个语言比较容易入手？ |
s******a
发帖数: 252 | 2 "Computational design" of WHAT?
A number of factors to take into consideration:
#1 What other people use in the field. At some point of your career,
leverage of such resources will become important.
#2 Project requirement. If performance matters, go C/C++. But you may get by
with something like Scipy or MatLab toolbox.
#3 How good you are at it. R or Matlab may have shallower learning curves.
#4 How good you want to be. R would be a good choice if you just need to get
something down quick and often dirty. But It takes a lot more in other
languages to become a good programmer.
#5 What else you really need. If you have to be good at UNIX Shell - Perl
can be a package deal.
#6 Availability of local support. There will be plenty of times that you
wish I sit in your next office... |
j*p
发帖数: 411 | 3 project用来解决什么问题？主要在哪些地方用到programming？ |
B*****l
发帖数: 261 | 4 谢谢ls的答复，
project主要是computational design of protein，主要是improve thermostability
和specificity方面。对整个设计流程有些了解，但没有经验，所以想请教如何入手。 |
i***r
发帖数: 1035 | 5 well you should choose language depends on which one suits your research.
you may want to ask you boss.
i you have no idea you may want to try Python. watch youtube should get you
started pretty quickly. |
B*****l
发帖数: 261 | 6 谢谢！
如果用Rosetta来做呢？
还有就是别人说的“script”是什么东东？是不是一些命令集合？
菜鸟一个，不要见怪。
you
【在 i***r 的大作中提到】
: well you should choose language depends on which one suits your research.
: you may want to ask you boss.
: i you have no idea you may want to try Python. watch youtube should get you
: started pretty quickly.
|
l******n
发帖数: 1683 | 7 你要自己做方法么, 只是做应用的话用别人的程序就行了, 不需要
自己编程了.
thermostability
【在 B*****l 的大作中提到】
: 谢谢ls的答复，
: project主要是computational design of protein，主要是improve thermostability
: 和specificity方面。对整个设计流程有些了解，但没有经验，所以想请教如何入手。
|
B*****l
发帖数: 261 | 8 我只是用程序做design
【在 l******n 的大作中提到】
: 你要自己做方法么, 只是做应用的话用别人的程序就行了, 不需要
: 自己编程了.
:
: thermostability
|
l******n
发帖数: 1683 | 9 所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
awk这些最好了解点.
【在 B*****l 的大作中提到】
: 我只是用程序做design
|
B*****l
发帖数: 261 | 10 这两个是做什么的？
【在 l******n 的大作中提到】
: 所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
: awk这些最好了解点.
|
|
|
j*p
发帖数: 411 | 11 赞同。如果只需要做一些design，把一串别人写好的应用程序接起来，完成你的
project，那么shell script 最有用。
shell script 简单的说呢，按照我的理解，就是在linux系统下逐步完成一些应用。比
如说，你的project需要逐步用到三个应用程序，A，B 和C，每一个完成一个小目标，
但是A，B和C不能自然链接在一起，最简单的情况就是 the output of A can not be
used directly as the input of B, and so as for B and C, and the only concern
is file formats do not match. Therefore, you can use shell script or awk or
perl or python to write command lines or simple scripts to change file
format and make the connection smooth.
in the end you will generate a, for example "project.sh" file, when you run
this script, it automatically completes A, B and C sequentially for you. If
you want to make things more complicated such as change parameters you can
write those options either in a file or soft coded in your script.
【在 l******n 的大作中提到】
: 所以基本不涉及啥编程了, 不过要想以后工作中省点事, shell script和
: awk这些最好了解点.
|
B*****l
发帖数: 261 | 12 十分感谢！
这个就是我要问的，之前有个合作者说他有些scripts可以给我用，因为我才疏学浅以
为是编程，所以才来这里问。
concern
or
run
【在 j*p 的大作中提到】
: 赞同。如果只需要做一些design，把一串别人写好的应用程序接起来，完成你的
: project，那么shell script 最有用。
: shell script 简单的说呢，按照我的理解，就是在linux系统下逐步完成一些应用。比
: 如说，你的project需要逐步用到三个应用程序，A，B 和C，每一个完成一个小目标，
: 但是A，B和C不能自然链接在一起，最简单的情况就是 the output of A can not be
: used directly as the input of B, and so as for B and C, and the only concern
: is file formats do not match. Therefore, you can use shell script or awk or
: perl or python to write command lines or simple scripts to change file
: format and make the connection smooth.
: in the end you will generate a, for example "project.sh" file, when you run
|
s***e
发帖数: 793 | 13 长远来看，推荐python.
不过看样子楼主对linux都不是很熟悉，先学习学习vim/emacs,写两个shell script也
不错。
另外，不太了解楼主课题的关键是什么， 是design特定蛋白或者突变，然后做试验验
证，还是在方法上的创新。
【在 B*****l 的大作中提到】
: 十分感谢！
: 这个就是我要问的，之前有个合作者说他有些scripts可以给我用，因为我才疏学浅以
: 为是编程，所以才来这里问。
:
: concern
: or
: run
|
B*****l
发帖数: 261 | 14 是啊，正在开始学习中，一直使用Windows系统，开始转MacOS（据说和Linux相似？）。
我不做方法学，只是用Rosetta做一些“简单”突变筛选，然后做实验验证。
【在 s***e 的大作中提到】
: 长远来看，推荐python.
: 不过看样子楼主对linux都不是很熟悉，先学习学习vim/emacs,写两个shell script也
: 不错。
: 另外，不太了解楼主课题的关键是什么， 是design特定蛋白或者突变，然后做试验验
: 证，还是在方法上的创新。
|
d****7
发帖数: 109 | |
B*****l
发帖数: 261 | |
l**********1
发帖数: 5204 | 17 Python:
LZ please refer
pdf document link:
//www.avatar.se/python/Python_course.pdf
of Powerpoint ppt file link withnin:
//www.avatar.se/python/index.html
more about Python
please,
//www.avatar.se/links/index.html
more NGS bioinformatics tools
please,
//www.avatar.se/xref/wr/index
【在 B*****l 的大作中提到】
: 新的project需要有一些编程的技能，主要是Computational design方面的，不知道那
: 个语言比较容易入手？
|
A********0
发帖数: 3310 | |
K****n
发帖数: 5970 | 19 shell的问题是咋跨平台
python的问题是虽然支持但是不太流行oop，oop都是浸透在module和现成开源code里的
难道入手不都是学java c#的吗？学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
不是说要最快能实现东西，而是得能顺带着多搞明白一些东西，否则装个机都看不懂
debug咋办涅。上c++，一次性把oop搞明白了，自己manage memory，要performance有
performance，以后转别的language都是简单滴 |
B*****l
发帖数: 261 | 20 Thanks!
【在 l**********1 的大作中提到】
: Python:
: LZ please refer
: pdf document link:
: //www.avatar.se/python/Python_course.pdf
: of Powerpoint ppt file link withnin:
: //www.avatar.se/python/index.html
: more about Python
: please,
: //www.avatar.se/links/index.html
: more NGS bioinformatics tools
|
B*****l
发帖数: 261 | 21 谢谢你的建议！
【在 K****n 的大作中提到】
: shell的问题是咋跨平台
: python的问题是虽然支持但是不太流行oop，oop都是浸透在module和现成开源code里的
: 难道入手不都是学java c#的吗？学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
: 不是说要最快能实现东西，而是得能顺带着多搞明白一些东西，否则装个机都看不懂
: debug咋办涅。上c++，一次性把oop搞明白了，自己manage memory，要performance有
: performance，以后转别的language都是简单滴
|
l**********1
发帖数: 5204 | 22 Sure
plus
文章阅读：C++面试题目分享(2)
[同主题阅读] [版面： 待字闺中] [作者：skydoor] , 2010年04月28日
http://www.mitbbs.com/article/JobHunting/31590025_0.html
more just intraGoogle mitbbs with
//www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-
8%2F&q=Collins+&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-ab&q=C%2B%2B面试题目分享
+++site%3Awww.mitbbs.com&oq=C%2B%2B面试题目分享
+++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_l=serp.12...145482.154746.12.155958.30.30.0.0.0.0.111
.1844.29j1.30.0...0.0.hx9H4asD8B4&pbx=1&bav=on.2,or.r_gc.r_pw.r_qf.,cf.osb&fp=40cd220864dd3c81&
biw=1137&bih=596
and about how to performance debugging:
please try free package:
//logging.apache.org/log4j/1.2/
>
Developing the computational environment
ignored
We also incorporate Java 3D™ API (Oracle, Redwood Shores, CA) for 3D programming purposes
and the Log4j package http://logging.apache.org/log4j/1.2 to log all the runtime messages
for the purpose of debugging.
cited from
Liu G. et al.
Module-based multiscale simulation of angiogenesis in skeletal muscle (2011)
Theor Biol Med Model. 8:6.
PubMed link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21463529
【在 K****n 的大作中提到】
: shell的问题是咋跨平台
: python的问题是虽然支持但是不太流行oop，oop都是浸透在module和现成开源code里的
: 难道入手不都是学java c#的吗？学了通吃啊。其实学native的c++我觉得最好。入手并
: 不是说要最快能实现东西，而是得能顺带着多搞明白一些东西，否则装个机都看不懂
: debug咋办涅。上c++，一次性把oop搞明白了，自己manage memory，要performance有
: performance，以后转别的language都是简单滴
|
