a***r
发帖数: 58 | 1 忽然冒出来的问题,为什么DNA没有象RNA一样选择uracil? 如果DNA 中的T大量的被
uracil替换而又不被修复的话,会有什么后果? 又或者RNA也使用T 可以不? |
s******y
发帖数: 28562 | 2 在我的印象中，在in vitro情况下，在不改变糖基上的结构（就是是否脱氧核糖）的时
候，把U 换成 T 是可以的，大致结构还是能够维持的。
在体内情况下，如果DNA里出现U,会被糖基化酶把那个地方切掉（修复的第一步）。
在RNA 里如果出现T会怎么样？这个我还真的不知道。谁来讲讲？
从生化上来讲，U 不如T 稳定，而且C 有时候会脱氨而变成U, 所以在DNA 里选择用T而
不是U的话有利于在长期储存里保存信息的保真度。不知道这个是否进化压力选择了T作
为DNA单位的原因。
【在 a***r 的大作中提到】
: 忽然冒出来的问题,为什么DNA没有象RNA一样选择uracil? 如果DNA 中的T大量的被
: uracil替换而又不被修复的话,会有什么后果? 又或者RNA也使用T 可以不?
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n***w
发帖数: 2405 | 3 Sunnyday你怎么知道得这么多。。。。
羡慕嫉妒恨。
【在 s******y 的大作中提到】
: 在我的印象中，在in vitro情况下，在不改变糖基上的结构（就是是否脱氧核糖）的时
: 候，把U 换成 T 是可以的，大致结构还是能够维持的。
: 在体内情况下，如果DNA里出现U,会被糖基化酶把那个地方切掉（修复的第一步）。
: 在RNA 里如果出现T会怎么样？这个我还真的不知道。谁来讲讲？
: 从生化上来讲，U 不如T 稳定，而且C 有时候会脱氨而变成U, 所以在DNA 里选择用T而
: 不是U的话有利于在长期储存里保存信息的保真度。不知道这个是否进化压力选择了T作
: 为DNA单位的原因。
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s******y
发帖数: 28562 | 4 上生化课的时候老师讲过的啊。呵呵呵。
【在 n***w 的大作中提到】
: Sunnyday你怎么知道得这么多。。。。
: 羡慕嫉妒恨。
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a***r
发帖数: 58 | 5 多谢sunnyday!
查了一下,虽然细胞有uridine(U)和deoxy-uridine(dU)两种形式, 但却只有deoxy-
thymidine (dT)一种形式, 所以T不可能进入RNA. 从遗传信息的稳定性和精确性来说,
uracil的配对好像不够专一,A最好,但其它的也可以. |
l**********1
发帖数: 5204 | 6 原始阶段的
RNA 如选用T 而没用U 的话
真核生物 就不可能选 poly(A)(+) tail 了
由于 poly(A)(+) tail 早在 那以后很快由于
RNA editing within post-transcriptional event 中出现Chaotic/Random/Tight
binding T==A 被淘汰了 或成了SF movie里的allian DNA喽 (possibile)
正好有篇今年的paper
Nat Biotechnol. 2012 Feb 12;30(3):253-
Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a
human transcriptome.
by Peng Z. et al
Abstract
RNA editing is a post-transcriptional event that recodes hereditary
information. Here we describe a comprehensive profile of the RNA editome of
a male Han Chinese individual based on analysis of ～767 million sequencing
reads from poly(A)(+), poly(A)(-) and small RNA samples. We developed a
computational pipeline that carefully controls for false positives while
calling RNA editing events from genome and whole-transcriptome data of the
same individual. We identified 22,688 RNA editing events in noncoding genes
and introns, untranslated regions and coding sequences of protein-coding
genes. Most changes (～93%) converted A to I(G), consistent with known
editing mechanisms based on adenosine deaminase acting on RNA (ADAR). We
also found evidence of other types of nucleotide changes; however, these
were validated at lower rates. We found 44 editing sites in microRNAs (
miRNAs), suggesting a potential link between RNA editing and miRNA-mediated
regulation. Our approach facilitates large-scale studies to profile and
compare editomes across a wide range of samples.
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22327324
more RNA-seq relative papers:
please go to
//woldlab.caltech.edu/wiki/publications
or
//woldlab.caltech.edu/rnaseq
above Nat Biotechnol. 2012 Feb 12;30(3):253-
is from:
HTTPS//sites.google.com/site/kistaimlab/home/hotrnd/highimpactpapers
,
【在 a***r 的大作中提到】
: 多谢sunnyday!
: 查了一下,虽然细胞有uridine(U)和deoxy-uridine(dU)两种形式, 但却只有deoxy-
: thymidine (dT)一种形式, 所以T不可能进入RNA. 从遗传信息的稳定性和精确性来说,
: uracil的配对好像不够专一,A最好,但其它的也可以.
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s******y
发帖数: 28562 | 7 你是说，如果RNA 用了T的话，由于结合过于紧密，反而会在某些特定场合导致RNA结构
过于稳定而影响function? 这个倒是很有意思的一个说法。
【在 l**********1 的大作中提到】
: 原始阶段的
: RNA 如选用T 而没用U 的话
: 真核生物 就不可能选 poly(A)(+) tail 了
: 由于 poly(A)(+) tail 早在 那以后很快由于
: RNA editing within post-transcriptional event 中出现Chaotic/Random/Tight
: binding T==A 被淘汰了 或成了SF movie里的allian DNA喽 (possibile)
: 正好有篇今年的paper
: Nat Biotechnol. 2012 Feb 12;30(3):253-
: Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a
: human transcriptome.
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 Merci.
【在 s******y 的大作中提到】
: 你是说，如果RNA 用了T的话，由于结合过于紧密，反而会在某些特定场合导致RNA结构
: 过于稳定而影响function? 这个倒是很有意思的一个说法。
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a***r
发帖数: 58 | 9 Thanks!
【在 l**********1 的大作中提到】
: 原始阶段的
: RNA 如选用T 而没用U 的话
: 真核生物 就不可能选 poly(A)(+) tail 了
: 由于 poly(A)(+) tail 早在 那以后很快由于
: RNA editing within post-transcriptional event 中出现Chaotic/Random/Tight
: binding T==A 被淘汰了 或成了SF movie里的allian DNA喽 (possibile)
: 正好有篇今年的paper
: Nat Biotechnol. 2012 Feb 12;30(3):253-
: Comprehensive analysis of RNA-Seq data reveals extensive RNA editing in a
: human transcriptome.
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 U R welcome always.
【在 a***r 的大作中提到】
: Thanks!
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