m****r
发帖数: 383 | 1 通常什么范围内的Ct是可以用的？查了一下，貌似是10-40。但我看我做出来的curve图
，ct值30多的，curve就已经向右shift得很厉害了（平台期基本上都还没达到），这种
ct拿来计算,进行组间比较，觉得实在不严谨阿。 |
C*******e
发帖数: 4348 | 2 “curve就已经向右shift得很厉害了（平台期基本上都还没达到）”
什么意思？
你上个图吧
如果是该是平台期的部分不是平的，而是有下降的趋势
那跟你第一步substraction有关
一般软件默认是把前几个cycle（比如2-5，2-8）的值取平均
（第一个cycle一般信号会比较大，然后前几个信号默认曲线还没有到上升期，但又上
下浮动）
以此为基数，然后减掉
这个时候如果你有比如16S rRNA的样做reference什么的
一般会在比较早就有Ct，比如Ct=5，或者Ct<10
那么前面的那个平均值就取得偏大了
就造成了曲线会“下降”
【在 m****r 的大作中提到】
: 通常什么范围内的Ct是可以用的？查了一下，貌似是10-40。但我看我做出来的curve图
: ，ct值30多的，curve就已经向右shift得很厉害了（平台期基本上都还没达到），这种
: ct拿来计算,进行组间比较，觉得实在不严谨阿。
|
S*****s
发帖数: 287 | 3 你贴一个图我们看看？
我喜欢调节实验条件把 Ct 控制在 20-30 之间，如果 Ct 到了 30 以上的就要看曲线
决定是不是 noise。Ct 在 20 以下的也要看曲线保证这个反应没有 oversaturate。如
果你做的反应同一个 probe 在不同的样品里面得到的反应曲线形状都一样，拿来互相
比较也没什么不可以的。 |
A******d
发帖数: 571 | 4 Ct should be <35, >35 is meaningless |
