s*********t
发帖数: 600 | 1 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
辑。
可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
这个系统生物学到底是要解决什么问题？
已经有哪些研究手段哪些研究方法？
系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
蛋白一个通路。
这等于没回答。 |
T**********t
发帖数: 1604 | 2 我就知道是Systems Biology，不是system biology。多了就不了解了。有个这个专题
的俱乐部的，你去那里问问看。 |
s*********t
发帖数: 600 | 3 果然 。。。唉。更迷惑了
【在 T**********t 的大作中提到】
: 我就知道是Systems Biology，不是system biology。多了就不了解了。有个这个专题
: 的俱乐部的，你去那里问问看。
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a*********g
发帖数: 8087 | 4 净整些虚的
用些数学统计模型啥的研究调控网络之类的东西 |
s******y
发帖数: 28562 | 5 用数学方法来全局性看问题的一种解决方法
我认为其实就是digitalized physiology
【在 s*********t 的大作中提到】
: 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
: 辑。
: 可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
: 有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
: 这个系统生物学到底是要解决什么问题？
: 已经有哪些研究手段哪些研究方法？
: 系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
: 不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
: 蛋白一个通路。
: 这等于没回答。
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S*M
发帖数: 10832 | 6 感觉这个领域相当的杂
哈佛有个系就叫systems biology
里面干什么的都有
【在 s*********t 的大作中提到】
: 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
: 辑。
: 可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
: 有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
: 这个系统生物学到底是要解决什么问题？
: 已经有哪些研究手段哪些研究方法？
: 系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
: 不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
: 蛋白一个通路。
: 这等于没回答。
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m**********2
发帖数: 6568 | 7 哈佛那是在探索前沿，所以各种方向各种方法都有探索。
具体现在在应用层面上，就是从海量的各类信息中综合归纳出可以somehow指导你的生
产实践或者科研
的假说，方案等等。这个信息包括各种-omics的data,所有的publication,patent,各种
生理病理
临床数据等等等等。我不知道这个和专家的定义一样不一样，但是我们部门每天干的就
是这个，我们挂
的牌子就是systems biology。
【在 S*M 的大作中提到】
: 感觉这个领域相当的杂
: 哈佛有个系就叫systems biology
: 里面干什么的都有
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s*********t
发帖数: 600 | 8 那systems biologist是自己产生各种-omics的数据，还是利用别人的数据？
怎么利用这些数据，归纳综合（也就是常用神马研究手段）？是否需要做实验验证呢？
一般得出的结论都是神马样子滴？（比如传统生物学的结论往往是A蛋白和B蛋白相互作
用调节C的表达进
而影响某个生理过程比如干细胞分化）
【在 m**********2 的大作中提到】
: 哈佛那是在探索前沿，所以各种方向各种方法都有探索。
: 具体现在在应用层面上，就是从海量的各类信息中综合归纳出可以somehow指导你的生
: 产实践或者科研
: 的假说，方案等等。这个信息包括各种-omics的data,所有的publication,patent,各种
: 生理病理
: 临床数据等等等等。我不知道这个和专家的定义一样不一样，但是我们部门每天干的就
: 是这个，我们挂
: 的牌子就是systems biology。
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s******l
发帖数: 125 | 9 Just read a few paper in the current issue of Cell. You should get sense. It
is better to do that homework than just ask here.
Many discussions here for systems biology are often based on personal
feeling, further, many of people here did not read anything about systems
biology, purely based on personal feelings, which can't be objective and
comprehensive.
This Cell issue covers more comprehensive review about this field, it is
better to read them to know what is going on and what is the next. |
d****0
发帖数: 38 | 10 2nd this!
It
【在 s******l 的大作中提到】
: Just read a few paper in the current issue of Cell. You should get sense. It
: is better to do that homework than just ask here.
: Many discussions here for systems biology are often based on personal
: feeling, further, many of people here did not read anything about systems
: biology, purely based on personal feelings, which can't be objective and
: comprehensive.
: This Cell issue covers more comprehensive review about this field, it is
: better to read them to know what is going on and what is the next.
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y****t
发帖数: 577 | 11 去Institute of Systems Biology看一下吧。 这个领域是有不少人跟风忽悠，但也有
不少认真做
海量实验的。 有了那么多的各类数据，当然会出现很多新的东西和启发。 和传统生物
有个基本的观点
不同，系统生物学从数据发现新东西，所谓的data driven，不是先有假设再来验证。
但在这个事情
上往往观点冲突很大，大牛们也不断吵架，感觉跟以前纯数学攻击统计学一样。 个人
不觉得谁比谁正
确，但系统生物学更注重实用，而且和工程系合作空前紧密，会推动新技术新设备的发
展。
【在 s*********t 的大作中提到】
: 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
: 辑。
: 可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
: 有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
: 这个系统生物学到底是要解决什么问题？
: 已经有哪些研究手段哪些研究方法？
: 系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
: 不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
: 蛋白一个通路。
: 这等于没回答。
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r**********e
发帖数: 194 | 12 用数学模型研究生物体代谢通路和网络。研究生物大分子相互作用以及他们在生物功能
上的关系。其他的东西很多也能归到系统生物学里面
【在 s*********t 的大作中提到】
: 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
: 辑。
: 可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
: 有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
: 这个系统生物学到底是要解决什么问题？
: 已经有哪些研究手段哪些研究方法？
: 系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
: 不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
: 蛋白一个通路。
: 这等于没回答。
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d***y
发帖数: 8536 | 13 俺们建模型的时候就认为系统生物学就是干这个的。可是现在月来越多的omics的工作
也变成系统生物学的内容了。
【在 r**********e 的大作中提到】
: 用数学模型研究生物体代谢通路和网络。研究生物大分子相互作用以及他们在生物功能
: 上的关系。其他的东西很多也能归到系统生物学里面
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m***c
发帖数: 177 | 14 In a broader sense, systems biology is to study biology at systems level.
What does system defines? It saids that, based on my understanding, is a
level up from single molecules or pathways. The research model has to be at
least at single living cell, that means you read out the results of whole
cell response no matter what input has been given.
There are many approaches of studying systems biology, please don't confuse
with definition of systems biology, such as computational approaches,
tranditional wet lab high throuput approaches or conbionation of them and so
on. Main thing of systems biology is to understand the biology at systems
level from single living cell to a cell complex or organ.
MIT is the first institute in the world that established a ph.d program for
systems biology. The professors at this program are Peter sorger, Douglas A.
Lauffenburger and etc. Sorger moved to harvard systems biology department
because of some political issues. There are many good guys in MIT who
established their lab for at least partially studying systems biology. |
w***m
发帖数: 10498 | |
y***u
发帖数: 1467 | 16 Are you sure the first one in at MIT not at Harvard Medical School by Mac
Kirschner?
at
confuse
so
【在 m***c 的大作中提到】
: In a broader sense, systems biology is to study biology at systems level.
: What does system defines? It saids that, based on my understanding, is a
: level up from single molecules or pathways. The research model has to be at
: least at single living cell, that means you read out the results of whole
: cell response no matter what input has been given.
: There are many approaches of studying systems biology, please don't confuse
: with definition of systems biology, such as computational approaches,
: tranditional wet lab high throuput approaches or conbionation of them and so
: on. Main thing of systems biology is to understand the biology at systems
: level from single living cell to a cell complex or organ.
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m***c
发帖数: 177 | |
P****d
发帖数: 564 | 18 凑个热闹。
首先声明：１本人是离系统生物学比较近的外行；２本文只有批判，没有建设。看完之
后，你会明白为什么本人不可能提出建设性的看法。
我觉得squirrabbit的问题中，最重要的就是“这个系统生物学到底是要解决什么问题
？”作为新生事物，系统生物学受到置疑并不奇怪。当年Delbruck一干人提出分子生物
学，也受到Chargaff的嘲弄。但是那一批人有着明确的问题：１遗传的物质基础是什么
；２遗传物质如何编码信息；３遗传信息如何转化成生命活动。这些问题直指生命现象
的核心，所以这些问题的答案（DNA, double helix, codon, central dogma and
operon）就开启了生物学的新时代。
相比之下，系统生物学要解决什么问题？我还没有看到象当年分子生物学那样明确，令
人信服的agenda。上面的回贴，大部分也都回避了这个问题。从这一点上看，现在的系
统生物学，恐怕不会象六十年前的分子生物学那样开创一个新时代。
先挖个坑，回头再来谈我觉得现在的系统生物学是什么。 |
r****t
发帖数: 10904 | 19 崇拜，我觉得你看的很明白。
【在 P****d 的大作中提到】
: 凑个热闹。
: 首先声明：１本人是离系统生物学比较近的外行；２本文只有批判，没有建设。看完之
: 后，你会明白为什么本人不可能提出建设性的看法。
: 我觉得squirrabbit的问题中，最重要的就是“这个系统生物学到底是要解决什么问题
: ？”作为新生事物，系统生物学受到置疑并不奇怪。当年Delbruck一干人提出分子生物
: 学，也受到Chargaff的嘲弄。但是那一批人有着明确的问题：１遗传的物质基础是什么
: ；２遗传物质如何编码信息；３遗传信息如何转化成生命活动。这些问题直指生命现象
: 的核心，所以这些问题的答案（DNA, double helix, codon, central dogma and
: operon）就开启了生物学的新时代。
: 相比之下，系统生物学要解决什么问题？我还没有看到象当年分子生物学那样明确，令
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M*******s
发帖数: 108 | 20 其实系统生物学要解决的其中一个问题 是 物理学上一直在努力解决的问题
complexity and emergency phenomenon
因为我们对于简单的现象和低层级的behavior比较了解的情况下，比如生物分子之间是
如何运作的，但是一旦由很多分
子组织到一起，就出现了很复杂的行为，但是我们并不知道 也无法预测 也无法精确地
重现和改变 这些复杂的现象。
就像 craig venter 做出来的 细菌，虽然我们能做出来，但是我们对于为啥这个基因
组可以boot up一个生命体，还是不
知道，尽管我们知道 genome structure，central dogma，蛋白如何生成 如何fold 如
何讲解，分子之间如何反应。。
。然而即便知道了 这些基础的knowledge 并不能让你充分理解 细胞运行的情况，比如
让你从头设计基因序列来产生足
够功能的蛋白然后形成稳定的可以自我遗传和进化的基因组就目前来说还是天方夜谭。
所以说systems biology 并不应该是单纯的 genome wide study 而应该是 multi-
scale research 从 single
molecule level 到 molecular systems 接近于 single cell level 再到 multi-
cellular study
我觉得 人们想提出 systems biology 大概是想解决类似这种问题吧。只不过因为这个
问题很复杂，所以需要更多其他的
领域的帮助。。。。也很难有特别大的进展，对于应用来说更远。。。
（systems biology 想解决的问题 是 blueprint between genotype and phenotype
更像是 分子生物学家一直追寻的
问题 因为如果systems biology的问题解决了 生物学的很多其他问题都不大会成为问
题了，可以说是most
fundamental的终极问题 ）
不管如何，相对于还原论研究那种把 multiple component system 分解成单个问题研
究，把multi scale problems 分
成单层尺度来研究 还是有一些意义的。
【在 P****d 的大作中提到】
: 凑个热闹。
: 首先声明：１本人是离系统生物学比较近的外行；２本文只有批判，没有建设。看完之
: 后，你会明白为什么本人不可能提出建设性的看法。
: 我觉得squirrabbit的问题中，最重要的就是“这个系统生物学到底是要解决什么问题
: ？”作为新生事物，系统生物学受到置疑并不奇怪。当年Delbruck一干人提出分子生物
: 学，也受到Chargaff的嘲弄。但是那一批人有着明确的问题：１遗传的物质基础是什么
: ；２遗传物质如何编码信息；３遗传信息如何转化成生命活动。这些问题直指生命现象
: 的核心，所以这些问题的答案（DNA, double helix, codon, central dogma and
: operon）就开启了生物学的新时代。
: 相比之下，系统生物学要解决什么问题？我还没有看到象当年分子生物学那样明确，令
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f**u
发帖数: 346 | 21 你说的emergency property以及multi-scale study是绝对的重大问题。
一般来说只要问题是在同一个scale内，就都比较好办。
所以很多时候两个相邻的scale都搞得挺清楚了，就是没法把两个scale联系起来。
举个版上大部分人能理解的例子，有关染色质的高级结构。
在分子水平上，DNA和组蛋白的结构都已经非常清楚了，核小体的结构也有了。
在亚细胞水平上，染色体的行为研究也已经一百多年了，搞得很清楚了。
但是这两个scale就是没法联系起来，所以现在染色质的高级结构就是不清楚。
在两个不同scale中间的东西就是尴尬，如果小一点，可以用X晶体看得很清楚，
如果大一点，显微镜可以看得清楚。可是它偏偏要大不大要小不小的。
X晶体的话太复杂做不了，显微镜又看不见他是什么样子。
谁要是解决了这个，估计够好几个诺贝尔奖了。
这个还只是从分子水平到亚细胞水平，
你说得bridge phenotype and genotype可以算是终极目标了吧。
我觉得认识到这个问题的人恐怕还是不少的，关键是怎么解决这个问题。
我还没有看到好的解决方案，不知道你只不知道这方面好的个例。
目前所谓的很多systems biology感觉就是genome wide study，
就算是尝试把两个不同的scale给联起来也只是很简单得correlation而已。
【在 M*******s 的大作中提到】
: 其实系统生物学要解决的其中一个问题 是 物理学上一直在努力解决的问题
: complexity and emergency phenomenon
: 因为我们对于简单的现象和低层级的behavior比较了解的情况下，比如生物分子之间是
: 如何运作的，但是一旦由很多分
: 子组织到一起，就出现了很复杂的行为，但是我们并不知道 也无法预测 也无法精确地
: 重现和改变 这些复杂的现象。
: 就像 craig venter 做出来的 细菌，虽然我们能做出来，但是我们对于为啥这个基因
: 组可以boot up一个生命体，还是不
: 知道，尽管我们知道 genome structure，central dogma，蛋白如何生成 如何fold 如
: 何讲解，分子之间如何反应。。
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s******y
发帖数: 28562 | 22 洗耳恭听。
我对这个方向一直有兴趣但是一直搞不懂他们在干什么。
我的直觉是他们试图用数学工具来把已知的生物信息（包括各个层次）来统一组织起来，
然后从系统分析的角度来分析生物体作为多个作用力的综合结果。
但是我对此一直有很大的疑问。比方说有不少人试图把各种细胞骨架蛋白的作用都
统一起来搞一个统一的动态分析系统。但是我对此总觉得不舒服，比方说我觉得很多
文献里面的测量结果其实都不是那么可靠。这么强行把那些数据放在一起，结果能可靠么？
【在 P****d 的大作中提到】
: 凑个热闹。
: 首先声明：１本人是离系统生物学比较近的外行；２本文只有批判，没有建设。看完之
: 后，你会明白为什么本人不可能提出建设性的看法。
: 我觉得squirrabbit的问题中，最重要的就是“这个系统生物学到底是要解决什么问题
: ？”作为新生事物，系统生物学受到置疑并不奇怪。当年Delbruck一干人提出分子生物
: 学，也受到Chargaff的嘲弄。但是那一批人有着明确的问题：１遗传的物质基础是什么
: ；２遗传物质如何编码信息；３遗传信息如何转化成生命活动。这些问题直指生命现象
: 的核心，所以这些问题的答案（DNA, double helix, codon, central dogma and
: operon）就开启了生物学的新时代。
: 相比之下，系统生物学要解决什么问题？我还没有看到象当年分子生物学那样明确，令
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S*M
发帖数: 10832 | 23 可以看看MIT的Oudenaarden
他们组网页上说他们是Systems Biology Lab
去年发了一堆CNS
【在 s*********t 的大作中提到】
: 唉。我认识的一个人以前是做生化的，现在说他要去做这个了。这一期的Cell也出了专
: 辑。
: 可是我到现在都弄不明白这个systems biology到底是研究什么的，到底是不是忽悠。
: 有没有人能简单又清晰的告诉我啊。
: 这个系统生物学到底是要解决什么问题？
: 已经有哪些研究手段哪些研究方法？
: 系统生物学能给传统的生物学研究带来什么新的东西和启发？
: 不要告诉我这个是要用系统的不同于还原论的手段综合解决，不再局限于一个基因一个
: 蛋白一个通路。
: 这等于没回答。
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