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Biology版 - [求助]a-trous wavelet transformation的用法
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w***y
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1
需要处理荧光显微镜的图像
从图中挑出染色的小点,也就是发光的puncta
看之前其他实验室的文章,算法引用的是这篇paper
Olivo-Marin JC (2002) Extraction of spots in biological images using
multiscale products. Pattern Recogn 35: 1989–1996
但是我对于算法,小波变换这些完全不懂,现在只求能够用来处理数据就好
我现在用的是imageJ,找到Olivo-Marin写得一个a-trous wavelet transformation的
plug-in。但是这篇paper,我最不明白的地方时第三部分:3. Spot detection
我现在搞不明白,这个第三部分就是a-trous wavelet transformation本身可以做到的
,还是是其一个扩展?要在a-trous wavelet transformation上面加新的变换?
它是只是一个单纯的减噪的作用,还是能自动挑出来那些puncta?如果只是减噪,要怎
么来设置threshold来数这些puncta呢。
然后在第四部分的实际应用中,提到参数设置:a three-level wavelet
representation, with k=3 and ld =1.0
意思是指把k1,k2,k3都设置成3,其他为0;还是只用k1是3,后面的都是0?
a predetermined detection level ld,这里ld我也不明白什么意思,是指plug-in里
面的non gaussian noise removal std dev么?
因为这方面完全不懂,所以问的问题可能也很白痴,希望了解这方面的帮忙解释一下,
或者直接告诉我怎么用就可以。
多谢
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