M****m
发帖数: 2142 | 1 酶切后我的gene 是3.3 vector是 3.4，该怎么跑胶才能把他俩分开我好回收我的片断
？我用的PcR-XL-TOPO，vector其他区域有没有可以被酶切的这样vector size变小就可
以回收我的片断了？或者跑0.5%的DNA gel跑远些 可行吗？ |
m**z
发帖数: 787 | 2 should increase gel concentration not decrease ba
vector usually has other restriction sites you can use for your purpose
【在 M****m 的大作中提到】
: 酶切后我的gene 是3.3 vector是 3.4，该怎么跑胶才能把他俩分开我好回收我的片断
: ？我用的PcR-XL-TOPO，vector其他区域有没有可以被酶切的这样vector size变小就可
: 以回收我的片断了？或者跑0.5%的DNA gel跑远些 可行吗？
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y******8
发帖数: 1764 | 3 cut the vector into halves. |
M****m
发帖数: 2142 | 4 3。5 kb呀，胶浓度大不是分不开大片段了么，要是小于200的好像浓度大对，哪里可以
找到酶切位点呢，网上只有MCS的那些 没有其他部位的sequence。。。
【在 m**z 的大作中提到】
: should increase gel concentration not decrease ba
: vector usually has other restriction sites you can use for your purpose
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M****m
发帖数: 2142 | 5 用啥切？@@。。。。
【在 y******8 的大作中提到】
: cut the vector into halves.
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c******r
发帖数: 3778 | 6 多数vector的p/k gene里面都有一个切点，你找找看
【在 M****m 的大作中提到】
: 用啥切？@@。。。。
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y******8
发帖数: 1764 | 7 check the PcR-XL-TOPO vector sequence.
【在 M****m 的大作中提到】
: 用啥切？@@。。。。
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M****m
发帖数: 2142 | 8 如何找呢？我google了没找到还。。。
【在 c******r 的大作中提到】
: 多数vector的p/k gene里面都有一个切点，你找找看
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a****k
发帖数: 1130 | 9 是应该浓度大一点来分，前阵子也遇到同样的问题，Topo-XL和一个3kb多一点的基因，
我们postdoc试了0.6%左右的胶，结果根本分不开，反而后来我们用了1%还是稍微再高一
点的就分开了。另外，vector的sequence网上没有吗？
【在 M****m 的大作中提到】
: 3。5 kb呀，胶浓度大不是分不开大片段了么，要是小于200的好像浓度大对，哪里可以
: 找到酶切位点呢，网上只有MCS的那些 没有其他部位的sequence。。。
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M****m
发帖数: 2142 | 10 哪里有呢？还没找到全长的，而且不知道这种conmercial的人家给不给你全场 ，，，
【在 y******8 的大作中提到】
: check the PcR-XL-TOPO vector sequence.
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a***e
发帖数: 1010 | 11
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0.6% ?
【在 a****k 的大作中提到】
: 是应该浓度大一点来分，前阵子也遇到同样的问题，Topo-XL和一个3kb多一点的基因，
: 我们postdoc试了0.6%左右的胶，结果根本分不开，反而后来我们用了1%还是稍微再高一
: 点的就分开了。另外，vector的sequence网上没有吗？
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M****m
发帖数: 2142 | 12 啊，根我很类似呀，我用的1%也没分开，还有你前面说的6%是不是0.6%?@@
他们网站只有MCS。。。能再帮我问问么，郁闷死了，赫赫
【在 a****k 的大作中提到】
: 是应该浓度大一点来分，前阵子也遇到同样的问题，Topo-XL和一个3kb多一点的基因，
: 我们postdoc试了0.6%左右的胶，结果根本分不开，反而后来我们用了1%还是稍微再高一
: 点的就分开了。另外，vector的sequence网上没有吗？
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y******8
发帖数: 1764 | 13 sequence
http://tools.invitrogen.com/content/sfs/vectors/pcrxltopo_seq.txt
【在 M****m 的大作中提到】
: 哪里有呢？还没找到全长的，而且不知道这种conmercial的人家给不给你全场 ，，，
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a****k
发帖数: 1130 | 14 嗯。。是打错了，0.6%
帮你查了一下，这个是vecter sequence的链接
http://tools.invitrogen.com/content/sfs/vectors/pcrxltopo_seq.txt
【在 M****m 的大作中提到】
: 啊，根我很类似呀，我用的1%也没分开，还有你前面说的6%是不是0.6%?@@
: 他们网站只有MCS。。。能再帮我问问么，郁闷死了，赫赫
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M****m
发帖数: 2142 | |
a****k
发帖数: 1130 | 16 您老人家眼力真好啊。。
【在 a***e 的大作中提到】
:
: ------------
: 0.6% ?
:
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M****m
发帖数: 2142 | 17 谢谢谢谢！都是好人回头发包子，赫赫
【在 a****k 的大作中提到】
: 嗯。。是打错了，0.6%
: 帮你查了一下，这个是vecter sequence的链接
: http://tools.invitrogen.com/content/sfs/vectors/pcrxltopo_seq.txt
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c******r
发帖数: 3778 | 18 ft，你没有什么DNA分析酶切软件？看看有啥酶就好了嘛。
要是你实在没有好用的，就凑合试试这个：
http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
【在 M****m 的大作中提到】
: 如何找呢？我google了没找到还。。。
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T**********t
发帖数: 1604 | 19 commercial的vector也应该给全序列的，不给的话谁敢用。。。 |
M****m
发帖数: 2142 | 20 有软件没找到序列啦现在解决了~~~thanks~
【在 c******r 的大作中提到】
: ft，你没有什么DNA分析酶切软件？看看有啥酶就好了嘛。
: 要是你实在没有好用的，就凑合试试这个：
: http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php
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a***e
发帖数: 1010 | 21 等你开始在显微镜下挑一段时间突变体就知道眼力好是多么重要。 ：）
【在 a****k 的大作中提到】
: 您老人家眼力真好啊。。
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c******r
发帖数: 3778 | 22 正是commrecial的才有全序列。home made的多数都是手画一张图，哈哈哈
不过有时候commercial的序列藏得比较深，不好找哈
【在 T**********t 的大作中提到】
: commercial的vector也应该给全序列的，不给的话谁敢用。。。
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a****k
发帖数: 1130 | 23 我原先在显微镜底下剖两个小时果蝇都觉得站起来之后看不清东西了。。
你们做虫子的screen每天要看多少小时的啊？
【在 a***e 的大作中提到】
: 等你开始在显微镜下挑一段时间突变体就知道眼力好是多么重要。 ：）
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c******r
发帖数: 3778 | 24 解决就好啦，哈哈
【在 M****m 的大作中提到】
: 有软件没找到序列啦现在解决了~~~thanks~
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m**z
发帖数: 787 | 25 usually higher concentration gives you better resolution, but will run very
slowly
【在 M****m 的大作中提到】
: 3。5 kb呀，胶浓度大不是分不开大片段了么，要是小于200的好像浓度大对，哪里可以
: 找到酶切位点呢，网上只有MCS的那些 没有其他部位的sequence。。。
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h******g
发帖数: 1521 | 26 把vector给chop了，再收insert，我上次也是一不小心没注意，搞得那么相近，最后筛
选可苦了我，老有污染，最后实在受不了了，就直接pcr产物进终极vector。 |
a****o
发帖数: 1786 | 27 There is usually Pvu II and Sca I site in the backbone of vectors. Many
vectors were from pBR322 or pUC19. |
