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Biology版 - Duke"唐峻"原形毕露
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本科生造假最容易求推荐gene expression pathway analysis的一些资料
问个细胞死亡的问题any suggestion on freezing cells?
nf-kb in cancer?oncogene
SiRNA or ShRNA for drug developmentis there any oncogene database
科学已死,有事烧纸再发一个学术帖
当你review可能的假数据版上有没有人了解PKA independent cAMP mediated pathway?
请教:这个文章应该投那个杂志请教如何批量下载human的所有的pathways和每个pathway包含的genes
相关话题的讨论汇总
话题: potti话题: duke话题: pathway话题: 唐峻话题: gene
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s********e
发帖数: 601
w******y
发帖数: 8040
2
finally!
I happened to read the duke paper and critiques from MDACC long time ago.
It was so obvious to me that Potti (a3 maybe?) faked the whole thing ...
The researchers from MDACC were heroes!

【在 s********e 的大作中提到】
: 自己看吧,无论国内国外,大忽悠可真不少。
: http://scienceblogs.com/terrasig/2010/07/cancer_letter_anil_potti.php?utm_source=selectfeed&utm_medium=rss
: http://cancerletter.com/tcl-blog/copy148_of_whats-going-on-with-nih/CL36-27.pdf

o*****a
发帖数: 2335
3
他和Duke难道不知道这种成果一报道出来就有多少人要盯着吗?又不是化石啥的造个假
几十年也未必有人去验证

【在 w******y 的大作中提到】
: finally!
: I happened to read the duke paper and critiques from MDACC long time ago.
: It was so obvious to me that Potti (a3 maybe?) faked the whole thing ...
: The researchers from MDACC were heroes!

s********e
发帖数: 601
4
Potti is A3. NND, this is crime, not only academic misconduct. Nevin has a
company for this, God!
n****e
发帖数: 327
5
This ZZ from the above link:"The thing about allegedly lying in his CV, if
true, then should put into question the whole integrity of this guy's work."
This applies to "唐峻" too.
What's more disturbing, if the Cancer Letter article is right, is that his
institution may be knowingly dismissing the criticisms of this dude's line
of work. They provide a link to the internal study document but it is so
heavily redacted that it is impossible to tell what the panel's real
conclusions are. And I don't k
g**********y
发帖数: 423
6
我也重复了nervins组的jeffery的subpathway dissecting的工作,太random了,结果
不能重复。
w******y
发帖数: 8040
7
哪片? 能给个link嘛?
“Oncogenic pathway signatures in human cancers as a guide to targeted
therapies”?
你的意思是不仅是Potti这个阿三的行为, Nevins本身就有问题?

【在 g**********y 的大作中提到】
: 我也重复了nervins组的jeffery的subpathway dissecting的工作,太random了,结果
: 不能重复。

g**********y
发帖数: 423
8
是这篇:A Genomic Strategy to Elucidate Modules of Oncogenic Pathway
Signaling Networks
另外,我总觉得他们用binreg(svd+probit reg)来预测pathway activity有个问题,就
是他们选的gene signature based on the correlation coeff between phenotype
and the gene exp。如果你仔细看看Bild 2006 的Nature paper,可以看出每个
pathway选出的gene list数目都在变,有时候75,有时候200,300等等,然后再作svd(
效果等同PCA)。这样的feature selection 到底对不对?
就像我们做clustering,只选top highly diff expressed genes做clustering可能有
问题,也可能没事?
g**********y
发帖数: 423
9
阿三做的那个chemosenisity prediction的问题:
1. training sample 数目太小,NCI60本身就不多,然后还用更严格的方法来选出
sensitive和resistant cell lines,这样很容易导致选出来的gene list overfitting
to training set.
2. cell lines 跨tissue的问题,这个很难说。
g**********y
发帖数: 423
10
阿三做的那个chemosenisity prediction的问题:
1. training sample 数目太小,NCI60本身就不多,然后还用更严格的方法来选出
sensitive和resistant cell lines,这样很容易导致选出来的gene list overfitting
to training set.
2. cell lines 跨tissue的问题,这个很难说。
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t*d
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11
我觉得他的文章本身很难说 fake 吧。主要还是对cross-validation的理解不够深,
导致 本来应该 independent 的 validation 实际上不完全 independent。这样的结果
就是他们的 model 没有被 validated。
看看Richard Simon @ NCI 的papers,你会发现很多这类文章都有这种方法学的问题
w******y
发帖数: 8040
12
Potti绝对是造假
它们最初的oncogenic pathway就没有CV理解错误的问题
而且它们paper里总有个biostat的professor, 不可能犯这种错误

【在 t*d 的大作中提到】
: 我觉得他的文章本身很难说 fake 吧。主要还是对cross-validation的理解不够深,
: 导致 本来应该 independent 的 validation 实际上不完全 independent。这样的结果
: 就是他们的 model 没有被 validated。
: 看看Richard Simon @ NCI 的papers,你会发现很多这类文章都有这种方法学的问题
: 。

A*****n
发帖数: 243
13
如果看一下cancer letter里面提到的那片annals of applied statistics的文章,
会发现问题更大,很难说那里面提到的一些错误仅仅是由于方法学造成的。

【在 t*d 的大作中提到】
: 我觉得他的文章本身很难说 fake 吧。主要还是对cross-validation的理解不够深,
: 导致 本来应该 independent 的 validation 实际上不完全 independent。这样的结果
: 就是他们的 model 没有被 validated。
: 看看Richard Simon @ NCI 的papers,你会发现很多这类文章都有这种方法学的问题
: 。

t*d
发帖数: 1290
14
看了一下这片文章。理解了为什么 Nevins 没被批。不得不说,Anil 实在是太大胆了
,完全符合 mitbbs 对印度人一贯作风的描述。可惜他们这套在学术界比较吃不开。

【在 A*****n 的大作中提到】
: 如果看一下cancer letter里面提到的那片annals of applied statistics的文章,
: 会发现问题更大,很难说那里面提到的一些错误仅仅是由于方法学造成的。

s********e
发帖数: 601
15
以我的经验也是,a3撒谎成性,多加提放。
g**********y
发帖数: 423
16
有人重复Bild 2006的paper吗?
我觉得SRC和beta-catenin两个pathway给出的gene signatures有问题。
1 (共1页)
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请教如何批量下载human的所有的pathways和每个pathway包含的genesSiRNA or ShRNA for drug development
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现在大家画Pathway, 一般都是用什么软件?当你review可能的假数据
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