x***m
发帖数: 184 | 1 最近也对zebrafish感兴趣，可惜周围都没有实验室可以交流。
请问现在大家用zebrafish做模式生物的研究热点有那些? 较之于其它vertebrate模式
生物如frog, chicken和mice有那些特别的优势呢, 除了比较透明?
美国有哪些做zebrafish的好实验室？ |
y***i
发帖数: 11639 | 2 Genetics screen. A very big advantage. You can never screen with frog
and chicken and almost not with mice.
【在 x***m 的大作中提到】
: 最近也对zebrafish感兴趣，可惜周围都没有实验室可以交流。
: 请问现在大家用zebrafish做模式生物的研究热点有那些? 较之于其它vertebrate模式
: 生物如frog, chicken和mice有那些特别的优势呢, 除了比较透明?
: 美国有哪些做zebrafish的好实验室？
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c*****a
发帖数: 179 | 3 遗传上好做，除了果蝇可能没有比它容易的了
【在 x***m 的大作中提到】
: 最近也对zebrafish感兴趣，可惜周围都没有实验室可以交流。
: 请问现在大家用zebrafish做模式生物的研究热点有那些? 较之于其它vertebrate模式
: 生物如frog, chicken和mice有那些特别的优势呢, 除了比较透明?
: 美国有哪些做zebrafish的好实验室？
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a***e
发帖数: 1010 | 4 for genetics part, worms are much easier than fish and fly. |
c*****a
发帖数: 179 | 5 行为学的表型？
【在 a***e 的大作中提到】
: for genetics part, worms are much easier than fish and fly.
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a***e
发帖数: 1010 | 6 yeah, even behavior.
【在 c*****a 的大作中提到】
: 行为学的表型？
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p*****m
发帖数: 7030 | 7 agree. To be honest. I do not think fish forward genetics contributes that
much to biology (esp. conceptually)... And there is no good reverse
genetics in fish either.
【在 a***e 的大作中提到】
: for genetics part, worms are much easier than fish and fly.
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x***m
发帖数: 184 | 8 为什么在frog和chicken里面做genetic screen但在zebrafish里可以呢? 记得很多年前
就读到过用EMS突变老鼠进行genetics screen啊.
记得zebrafish也有genome duplication, 所以在downregulate gene expression上很
依赖morpholino.
【在 y***i 的大作中提到】
: Genetics screen. A very big advantage. You can never screen with frog
: and chicken and almost not with mice.
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y***i
发帖数: 11639 | 9
"there is no good reverse genetics in fish either." zkss?
【在 p*****m 的大作中提到】
: agree. To be honest. I do not think fish forward genetics contributes that
: much to biology (esp. conceptually)... And there is no good reverse
: genetics in fish either.
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p*****m
发帖数: 7030 | 10 worms are stupid in terms of behaviors...of course, you can screen for
general behavioral deficits (like all the unc-XX genes) |
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 You can do forward screens in mice (like in Susan Ackerman? and Bruce
Beutler labs). Actually you can even do behavioral screens in mice (like in
Joe Takahashi lab)
Sorry if I mis spell any name... |
p*****m
发帖数: 7030 | 12 basically the only thing you can do if morpholino. No RNAi, No good knock
out (the ZFN does not work for every gene); no good conditional KO, no KI... |
y***i
发帖数: 11639 | 13 Yeah, but not nearly as easy as with fly worm and zebrafish.
in
【在 p*****m 的大作中提到】
: You can do forward screens in mice (like in Susan Ackerman? and Bruce
: Beutler labs). Actually you can even do behavioral screens in mice (like in
: Joe Takahashi lab)
: Sorry if I mis spell any name...
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X******n
发帖数: 914 | 14 做genetics screen， 群体的大小非常关键。可以想象，如果用fish很容易就可以达到
一个很大的群体，但是老鼠就太贵了。
但估计很快就可以有一个knockout老鼠库了。 |
y***i
发帖数: 11639 | 15 No KI? Transgenic zebrafish are common right?
..
【在 p*****m 的大作中提到】
: basically the only thing you can do if morpholino. No RNAi, No good knock
: out (the ZFN does not work for every gene); no good conditional KO, no KI...
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p*****m
发帖数: 7030 | 16 KI和transgenic区别太大了吧
【在 y***i 的大作中提到】
: No KI? Transgenic zebrafish are common right?
:
: ..
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y***i
发帖数: 11639 | 17 Now I know. I find the answer with google. But only mice has good reverse
genetics according to you standard. I think transgenic and EMS mutagenesis
are good enough for most requirement.
【在 p*****m 的大作中提到】
: KI和transgenic区别太大了吧
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p*****m
发帖数: 7030 | 18 不会的 呵呵 fish people也都在想各种各样的办法搞出KI或者替代方法的
reverse
【在 y***i 的大作中提到】
: Now I know. I find the answer with google. But only mice has good reverse
: genetics according to you standard. I think transgenic and EMS mutagenesis
: are good enough for most requirement.
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O******e
发帖数: 4845 | 19 忍不住了哈。你到底对哪个specific question感兴趣，非得zebrafish啊？干嘛不
迎着困难直接小鼠得了？
Sorry, I'm a mouse person, hoho.
【在 p*****m 的大作中提到】
: 不会的 呵呵 fish people也都在想各种各样的办法搞出KI或者替代方法的
:
: reverse
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p*****m
发帖数: 7030 | 20 hoho 我有一堆想做的问题 根本思路都是一个简单易行很方便定量的readout+大规
模screen 这两条老鼠都不成啊 呵呵 不过我确实是心动过mouse forward genetic
s 有钱的话搞这个属于稳赚不赔的买卖。。
【在 O******e 的大作中提到】
: 忍不住了哈。你到底对哪个specific question感兴趣，非得zebrafish啊？干嘛不
: 迎着困难直接小鼠得了？
: Sorry, I'm a mouse person, hoho.
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y***i
发帖数: 11639 | 21 Enough for lethal genes ---- EMS to "knockout" and transgenic to rescue or
"knockin".
I feel that mosaic is more useful in many respects.
【在 p*****m 的大作中提到】
: 不会的 呵呵 fish people也都在想各种各样的办法搞出KI或者替代方法的
:
: reverse
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p*****m
发帖数: 7030 | 22 也好吧 不过你要知道mutant+region/time specific rescue 和region/time spec
ific KO 理论上解释的可以是完全不同的东西
or
【在 y***i 的大作中提到】
: Enough for lethal genes ---- EMS to "knockout" and transgenic to rescue or
: "knockin".
: I feel that mosaic is more useful in many respects.
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O******e
发帖数: 4845 | 23 这方面懂得不多。你这些个screening最后的结果是？New pathways? New drugs?
【在 p*****m 的大作中提到】
: hoho 我有一堆想做的问题 根本思路都是一个简单易行很方便定量的readout+大规
: 模screen 这两条老鼠都不成啊 呵呵 不过我确实是心动过mouse forward genetic
: s 有钱的话搞这个属于稳赚不赔的买卖。。
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p*****m
发帖数: 7030 | 24 both 我打个简单比方吧 随便想一个例子出来：比如说一个人要找到调节动脉粥样
硬化的gene/drug 思路可以是找个mutant出来(一般是病人研究出来的gene 比如和
LDL代谢有关系的)看看是不是有类似phenotype；同时也可以弄些环境因素比如说猛
吃fat给动物。然后拿到类似phenotype之后简单的当然就是找点candidates看看了
比如上面说的LDL related 或者纤维化相关的SMC相关gene之类的。你要想搞复杂
的可以上screen，但是老鼠你总不能每一只都解剖了看血管把 太慢了；鱼你就可以
直接看血管里面荧光标记的lipid怎么分布之类的。。screen的价钱也要低得多。不
管是drug screen还是genetic screen
【在 O******e 的大作中提到】
: 这方面懂得不多。你这些个screening最后的结果是？New pathways? New drugs?
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a********k
发帖数: 2273 | 25 俺琢磨着fish也就剩显微镜这一个胡同了，不过larval zebrafish很难做疾病模型，而
adult其实也不是很好看。希望有些发育方面的疾病可以用这个做chemical筛选吧。
【在 p*****m 的大作中提到】
: both 我打个简单比方吧 随便想一个例子出来：比如说一个人要找到调节动脉粥样
: 硬化的gene/drug 思路可以是找个mutant出来(一般是病人研究出来的gene 比如和
: LDL代谢有关系的)看看是不是有类似phenotype；同时也可以弄些环境因素比如说猛
: 吃fat给动物。然后拿到类似phenotype之后简单的当然就是找点candidates看看了
: 比如上面说的LDL related 或者纤维化相关的SMC相关gene之类的。你要想搞复杂
: 的可以上screen，但是老鼠你总不能每一只都解剖了看血管把 太慢了；鱼你就可以
: 直接看血管里面荧光标记的lipid怎么分布之类的。。screen的价钱也要低得多。不
: 管是drug screen还是genetic screen
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O******e
发帖数: 4845 | 26 Hmmm.然后再上老鼠敲进敲出地搞，呵呵。
不过很多mouse labs一直在尝试降低小鼠screening的成本，希望能有大的突破。
【在 p*****m 的大作中提到】
: both 我打个简单比方吧 随便想一个例子出来：比如说一个人要找到调节动脉粥样
: 硬化的gene/drug 思路可以是找个mutant出来(一般是病人研究出来的gene 比如和
: LDL代谢有关系的)看看是不是有类似phenotype；同时也可以弄些环境因素比如说猛
: 吃fat给动物。然后拿到类似phenotype之后简单的当然就是找点candidates看看了
: 比如上面说的LDL related 或者纤维化相关的SMC相关gene之类的。你要想搞复杂
: 的可以上screen，但是老鼠你总不能每一只都解剖了看血管把 太慢了；鱼你就可以
: 直接看血管里面荧光标记的lipid怎么分布之类的。。screen的价钱也要低得多。不
: 管是drug screen还是genetic screen
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p*****m
发帖数: 7030 | 27 胡同的意思是啥?
我其实觉得larval还好吧 我看你们那儿出来的那个wenbiao chen搞得pancreas那套
发展发展搞个insulin resistance的model应该挺有希望的。。也不需要彻底mimic
人类疾病了 性质差不多也就好了不是
【在 a********k 的大作中提到】
: 俺琢磨着fish也就剩显微镜这一个胡同了，不过larval zebrafish很难做疾病模型，而
: adult其实也不是很好看。希望有些发育方面的疾病可以用这个做chemical筛选吧。
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a********k
发帖数: 2273 | 28 我觉得胡同是dead end。。。当然还是有人能找到出路的啦。
pancreas早就有人搞吧，我不期待larvae里面能做出insulin resistence的model，不
过其实我觉得用鱼做药物筛选还是很有前途的。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 胡同的意思是啥?
: 我其实觉得larval还好吧 我看你们那儿出来的那个wenbiao chen搞得pancreas那套
: 发展发展搞个insulin resistance的model应该挺有希望的。。也不需要彻底mimic
: 人类疾病了 性质差不多也就好了不是
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p*****m
发帖数: 7030 | 29 展开说说？是说现在显微镜有啥问题么？
pancreas搞的人不少亚 但是好像没有什么人搞pancreas怎么被环境调控的 这个直
接就和type II diabetes有关系的说。这次开会看到他们lab有个人搞了个让larve
吃sugar然后beta-cell就变多了的一个assay 看着很初步 不过我在想如果能搞个l
ong term的出来说不定能模拟insulin resistance
【在 a********k 的大作中提到】
: 我觉得胡同是dead end。。。当然还是有人能找到出路的啦。
: pancreas早就有人搞吧，我不期待larvae里面能做出insulin resistence的model，不
: 过其实我觉得用鱼做药物筛选还是很有前途的。
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a********k
发帖数: 2273 | 30 我像是那么高级的人么。。。是说其实幼鱼的phenotype绝大部分都表现为严重的发育
defects，和人类疾病差太远，而成鱼做疾病模型挺好但是很不好做imaging。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 展开说说？是说现在显微镜有啥问题么？
: pancreas搞的人不少亚 但是好像没有什么人搞pancreas怎么被环境调控的 这个直
: 接就和type II diabetes有关系的说。这次开会看到他们lab有个人搞了个让larve
: 吃sugar然后beta-cell就变多了的一个assay 看着很初步 不过我在想如果能搞个l
: ong term的出来说不定能模拟insulin resistance
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p*****m
发帖数: 7030 | 31 I see，hoho 不过你说的是mutant phenotype吧 我说的更倾向于后天诱发出来的
比如给鱼猛吃脂肪。。
【在 a********k 的大作中提到】
: 我像是那么高级的人么。。。是说其实幼鱼的phenotype绝大部分都表现为严重的发育
: defects，和人类疾病差太远，而成鱼做疾病模型挺好但是很不好做imaging。
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p*****m
发帖数: 7030 | 32 恩纳 NIH不是有几个mouse screen的基地？俺觉得搞那个也挺爽的。。
【在 O******e 的大作中提到】
: Hmmm.然后再上老鼠敲进敲出地搞，呵呵。
: 不过很多mouse labs一直在尝试降低小鼠screening的成本，希望能有大的突破。
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O******e
发帖数: 4845 | 33 说到底，似乎是一回事。基因功能的改变，最终不就是生理活动的改变么，跟猛吃
脂肪殊途同归
【在 p*****m 的大作中提到】
: I see，hoho 不过你说的是mutant phenotype吧 我说的更倾向于后天诱发出来的
: 比如给鱼猛吃脂肪。。
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p*****m
发帖数: 7030 | 34 这个不太一样。因为参与成年以后调节各种东西的gene未必发育过程不起作用。你
简单mutate掉了可能只能看得到发育表型。
【在 O******e 的大作中提到】
: 说到底，似乎是一回事。基因功能的改变，最终不就是生理活动的改变么，跟猛吃
: 脂肪殊途同归
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O******e
发帖数: 4845 | 35 做这些，是不是当老板才爽。post-doc或者学生做，总觉得风险太大，而且周期
也太长？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 恩纳 NIH不是有几个mouse screen的基地？俺觉得搞那个也挺爽的。。
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O******e
发帖数: 4845 | 36 这个没错。回答的问题是不一样。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个不太一样。因为参与成年以后调节各种东西的gene未必发育过程不起作用。你
: 简单mutate掉了可能只能看得到发育表型。
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a********k
发帖数: 2273 | 37 我就是说后天诱发的都要等到至少Juvenile，到时候鱼不咋透明了，而且自发荧光害死
人。
Mutant phenotype大多不适合做疾病模型去晒选。
【在 p*****m 的大作中提到】
: I see，hoho 不过你说的是mutant phenotype吧 我说的更倾向于后天诱发出来的
: 比如给鱼猛吃脂肪。。
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p*****m
发帖数: 7030 | 38 要那么晚阿 有啥具体细节没（比如什么disease?）
【在 a********k 的大作中提到】
: 我就是说后天诱发的都要等到至少Juvenile，到时候鱼不咋透明了，而且自发荧光害死
: 人。
: Mutant phenotype大多不适合做疾病模型去晒选。
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c*******2
发帖数: 25 | 39 TB的新模型,好像是唯一有granuloma表型的TB模型 |
p*******r
发帖数: 4048 | 40 There are transparent adults now.
【在 a********k 的大作中提到】
: 俺琢磨着fish也就剩显微镜这一个胡同了，不过larval zebrafish很难做疾病模型，而
: adult其实也不是很好看。希望有些发育方面的疾病可以用这个做chemical筛选吧。
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p*******r
发帖数: 4048 | 41 I think we should develop a new model system.
I am interested in this worm lately. This is the currently known cloest to
the last common ancestor of vetebrates and invetebrates:
http://www.mmjb.info/cgi/content/abstract/310/5752/1325
【在 p*****m 的大作中提到】
: 展开说说？是说现在显微镜有啥问题么？
: pancreas搞的人不少亚 但是好像没有什么人搞pancreas怎么被环境调控的 这个直
: 接就和type II diabetes有关系的说。这次开会看到他们lab有个人搞了个让larve
: 吃sugar然后beta-cell就变多了的一个assay 看着很初步 不过我在想如果能搞个l
: ong term的出来说不定能模拟insulin resistance
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s******y
发帖数: 137 | 42 其实从transgenetic 和genetic screen来说zebrafish未必及的上medaka（是一种东亚
特有的鱼类），zebrafish的基因组测序的质量也一般吧。历史上主要由于其鱼卵子互
相不粘连比较适合观察不同发育时期而广泛使用。 |
p*******r
发帖数: 4048 | 43 Right, I also prefer medaka.
【在 s******y 的大作中提到】
: 其实从transgenetic 和genetic screen来说zebrafish未必及的上medaka（是一种东亚
: 特有的鱼类），zebrafish的基因组测序的质量也一般吧。历史上主要由于其鱼卵子互
: 相不粘连比较适合观察不同发育时期而广泛使用。
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a********k
发帖数: 2273 | 44 medaka不是挺难inject么，有厚厚的卵膜。基因组是zebrafish最大的障碍，基本没有
可能override的。
【在 s******y 的大作中提到】
: 其实从transgenetic 和genetic screen来说zebrafish未必及的上medaka（是一种东亚
: 特有的鱼类），zebrafish的基因组测序的质量也一般吧。历史上主要由于其鱼卵子互
: 相不粘连比较适合观察不同发育时期而广泛使用。
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X******n
发帖数: 914 | 45 很多人用Medaka来做环境生态学、毒理学。相信还是有一定优势 |
f***4
发帖数: 886 | 46 这个透明鱼，我们这里也养着。影响neural crest发育，不会有多大用吧
【在 p*******r 的大作中提到】
: There are transparent adults now.
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f***4
发帖数: 886 | 47 我觉得在某种意义上说是死胡同。但是当不住发文章的。
在larvae里观察神经损伤，再生，药物在其中的作用，和成年差别实在是太大了
【在 a********k 的大作中提到】
: 我觉得胡同是dead end。。。当然还是有人能找到出路的啦。
: pancreas早就有人搞吧，我不期待larvae里面能做出insulin resistence的model，不
: 过其实我觉得用鱼做药物筛选还是很有前途的。
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a********k
发帖数: 2273 | 48 恩，这就是我想说的。larvae太太太不一样了，实在是很难做为一个疾病模型。
【在 f***4 的大作中提到】
: 我觉得在某种意义上说是死胡同。但是当不住发文章的。
: 在larvae里观察神经损伤，再生，药物在其中的作用，和成年差别实在是太大了
|
n****n
发帖数: 434 | |
