r****r
发帖数: 379 | 1 最近对这个开始感兴趣，可以一起聊聊这个方向的现状和前景。
我自己给个引子，班门弄斧，希望引出专业人士。
现在鉴定出来的天然产物有5000多个，不包括什么后期修饰改
造的。但只占预测的1%（我感觉还更低，呵呵）还有非常多的
各种天然产物等待发现鉴定，从微生物到海洋生物到植物，寄
生虫等等。
这里面两个方向很有意思：
1，大部分表达这些天然产物的生物到了实验室环境，很多基因
表达就被关闭了，所以需要人们去改造激活这些基因，从而鉴定
出新的天然产物；
2，通过改造这些基因，从而达到衍生出更多产物的目的。最高
境界是达到随心所欲的表达你想要的产物，甚至是石油：）
个人感觉，前景很大，困难当然有，不过现在开始是可以做点东
西的。有没有专业人士发表点意见？ |
s******9
发帖数: 283 | 2 天然产物生物合成研究大部分都集中在一些好操作的微生物里。对于整个pathway的改
造，现今的水平还十分有限。所以，这个领域基本都还在猎奇阶段。当然，有了好的化
合物，钱途就光明。
我在琢磨，能否结合新一代的high-throughput technologies (比如next-generation
sequencing)去开发传统中草药。这些领域都是空白的。
【在 r****r 的大作中提到】
: 最近对这个开始感兴趣，可以一起聊聊这个方向的现状和前景。
: 我自己给个引子，班门弄斧，希望引出专业人士。
: 现在鉴定出来的天然产物有5000多个，不包括什么后期修饰改
: 造的。但只占预测的1%（我感觉还更低，呵呵）还有非常多的
: 各种天然产物等待发现鉴定，从微生物到海洋生物到植物，寄
: 生虫等等。
: 这里面两个方向很有意思：
: 1，大部分表达这些天然产物的生物到了实验室环境，很多基因
: 表达就被关闭了，所以需要人们去改造激活这些基因，从而鉴定
: 出新的天然产物；
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g********4
发帖数: 4959 | 3 LZ, Are you majoring in biology? I doubt it. |
h***e
发帖数: 146 | 4 天然产物合成研究基本上在原核生物的放线菌（红霉素，daptomycin），粘细菌（埃博
霉素），以及真核的真菌（青霉素和洛伐他丁）。因为操作容易，有工业价值。
以前基本上是从化合物到生物合成基因簇，随着sequenceing的发展，有更多的orphan
gene cluster被发现，从基因到化合物现在很fashion，有好多技术就是来发现克隆和
表达（异源）这些biosynthetic pathway的。
另外一些PKS和NRPS的基因都非常大，一般都克隆技术都比较困难。
lz说的第一个问题，我感觉主要是调控的问题吧，比如promoter，transcriptionial
factor。 可以换promoter或者删掉负调控基因来实现。
2，这些生物合成基因大多都很大而且很多都很敏感的，点突变都会引起产量的大幅下
降。 |
r****r
发帖数: 379 | 5 我一个朋友和你有一样的想法，呵呵
generation
【在 s******9 的大作中提到】
: 天然产物生物合成研究大部分都集中在一些好操作的微生物里。对于整个pathway的改
: 造，现今的水平还十分有限。所以，这个领域基本都还在猎奇阶段。当然，有了好的化
: 合物，钱途就光明。
: 我在琢磨，能否结合新一代的high-throughput technologies (比如next-generation
: sequencing)去开发传统中草药。这些领域都是空白的。
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r****r
发帖数: 379 | 6 为啥？呵呵
【在 g********4 的大作中提到】
: LZ, Are you majoring in biology? I doubt it.
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r****r
发帖数: 379 | 7 嗯，不好操作，怎么讲？
orphan
【在 h***e 的大作中提到】
: 天然产物合成研究基本上在原核生物的放线菌（红霉素，daptomycin），粘细菌（埃博
: 霉素），以及真核的真菌（青霉素和洛伐他丁）。因为操作容易，有工业价值。
: 以前基本上是从化合物到生物合成基因簇，随着sequenceing的发展，有更多的orphan
: gene cluster被发现，从基因到化合物现在很fashion，有好多技术就是来发现克隆和
: 表达（异源）这些biosynthetic pathway的。
: 另外一些PKS和NRPS的基因都非常大，一般都克隆技术都比较困难。
: lz说的第一个问题，我感觉主要是调控的问题吧，比如promoter，transcriptionial
: factor。 可以换promoter或者删掉负调控基因来实现。
: 2，这些生物合成基因大多都很大而且很多都很敏感的，点突变都会引起产量的大幅下
: 降。
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k********u
发帖数: 2209 | 8 曾经对这个感兴趣，个人感觉是前景很大，困难也很大。
我知道有的药厂曾经用克隆表达的酶，去转化药物前体，生产药的。
首先，那么多天然产物，你要找到真正能用的，可以用来做产品的，
就不是那么容易的事情。
有很多人做的只是很简单的实验，说有***的功效，然后做food supplement，
添加到从洗发水到抹各种东西的lotion。
这种东西，FDA都是不认可功效的，有市场前景，但是不是那么容易做的。
即使功效确定了，biosynthesis工业化，并且真正做到成本上比化学合成或者
直接天然提取划算，又是另外一个问题了。
【在 r****r 的大作中提到】
: 最近对这个开始感兴趣，可以一起聊聊这个方向的现状和前景。
: 我自己给个引子，班门弄斧，希望引出专业人士。
: 现在鉴定出来的天然产物有5000多个，不包括什么后期修饰改
: 造的。但只占预测的1%（我感觉还更低，呵呵）还有非常多的
: 各种天然产物等待发现鉴定，从微生物到海洋生物到植物，寄
: 生虫等等。
: 这里面两个方向很有意思：
: 1，大部分表达这些天然产物的生物到了实验室环境，很多基因
: 表达就被关闭了，所以需要人们去改造激活这些基因，从而鉴定
: 出新的天然产物；
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r****r
发帖数: 379 | 9 可以先做一个工程菌库，含不同的基因簇，或者去改造基因簇，产生不同的产物组合，
然后再筛有活性的。
【在 k********u 的大作中提到】
: 曾经对这个感兴趣，个人感觉是前景很大，困难也很大。
: 我知道有的药厂曾经用克隆表达的酶，去转化药物前体，生产药的。
: 首先，那么多天然产物，你要找到真正能用的，可以用来做产品的，
: 就不是那么容易的事情。
: 有很多人做的只是很简单的实验，说有***的功效，然后做food supplement，
: 添加到从洗发水到抹各种东西的lotion。
: 这种东西，FDA都是不认可功效的，有市场前景，但是不是那么容易做的。
: 即使功效确定了，biosynthesis工业化，并且真正做到成本上比化学合成或者
: 直接天然提取划算，又是另外一个问题了。
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t*******e
发帖数: 119 | 10 在这个版上潜水已久，刚好自己也在这个领域，就写两句吧。
生物合成这个概念很广，做的人也很多。在这个领域工作，大部分人的目的不是解决科
学问题，主要是
看中它的应用前景。但是这个领域也有一些高人异士，为追求科学而作科学，提的一些
想法也很
fancy。天然产物种类繁多，但是真正有应用价值的不多；并且囿于太多的知识盲点，
能够应用于生物
合成的就更少了。
在微生物这一块，目前主要做的是抗生素和食品添加剂这两块；因为抗生素的重要性，
和它的应用价
值，做这一块的人也相对多一些。植物中天然产物众多，同时它及植物本身和人类生活
相关，大规模利
用植物天然产物又会造成环境等问题，植物天然产物的生物合成在1980年代以后就受到
很多实验室的关
注，现在更是有很多实验室在做这个。这一块，主要是集中在生物碱如长春花碱、萜类
如紫杉醇、黄酮
类和植物油这几块。
说到天然产物合成，不得不说到Berkeley的Jay D. Keasling这个人。这人个头不高，
额头发亮，
人很精明，善于社交。在作AP的时候就有一个想法，就是用微生物来生产植物天然产物
。在一个学生的
提一下，开始尝试用大肠杆菌生产青蒿素。十 |
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k********u
发帖数: 2209 | 11 藻类产油的那个，我也在收音机上听到过。
前景到底如何？有paper出来了吗？
【在 t*******e 的大作中提到】
: 在这个版上潜水已久，刚好自己也在这个领域，就写两句吧。
: 生物合成这个概念很广，做的人也很多。在这个领域工作，大部分人的目的不是解决科
: 学问题，主要是
: 看中它的应用前景。但是这个领域也有一些高人异士，为追求科学而作科学，提的一些
: 想法也很
: fancy。天然产物种类繁多，但是真正有应用价值的不多；并且囿于太多的知识盲点，
: 能够应用于生物
: 合成的就更少了。
: 在微生物这一块，目前主要做的是抗生素和食品添加剂这两块；因为抗生素的重要性，
: 和它的应用价
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x**y
发帖数: 809 | 12 前景在短时间内使看不到的，需要长期的研究。据说是微藻可以有70%的产油量，但是
生长提纯还有很多。有好几个公司在攻关。 |
t*******e
发帖数: 119 | 13 很多实验室在做，也有很多start-up公司做这个。按照目前的趋势，成本会逐步下降。
主要问题是有没
有政府支持。原油巨头势力大，而且有这么多新能源途径，相互都有利弊，到底选择哪
一个作为未来的
主流？最终也许不是技术的问题，而是政治博弈的问题。最近墨西哥湾原油泄漏，也许
是一个很不错的
推动力。
【在 k********u 的大作中提到】
: 藻类产油的那个，我也在收音机上听到过。
: 前景到底如何？有paper出来了吗？
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k********u
发帖数: 2209 | 14 我觉得技术和政治博弈都很重要。
技术上不行，politically correct的，短期可能行，长期估计还是不行的。
（电动汽车这个，不知道算不算反例，还没机会看那部纪录片，Who killed
the electroc car）
现在的新能源问题，没有哪个的前景很突出，这种情况下，政治博弈才是很重要的。
P.S. James C. Liao在UCLA吧？他的实验室怎么样啊？对他做的东西挺感兴趣的。。。
【在 t*******e 的大作中提到】
: 很多实验室在做，也有很多start-up公司做这个。按照目前的趋势，成本会逐步下降。
: 主要问题是有没
: 有政府支持。原油巨头势力大，而且有这么多新能源途径，相互都有利弊，到底选择哪
: 一个作为未来的
: 主流？最终也许不是技术的问题，而是政治博弈的问题。最近墨西哥湾原油泄漏，也许
: 是一个很不错的
: 推动力。
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r****r
发帖数: 379 | 15 Gerwick WH， Walsh CT, Schmidt EW, 这些人的工作你关注过不？
【在 t*******e 的大作中提到】
: 在这个版上潜水已久，刚好自己也在这个领域，就写两句吧。
: 生物合成这个概念很广，做的人也很多。在这个领域工作，大部分人的目的不是解决科
: 学问题，主要是
: 看中它的应用前景。但是这个领域也有一些高人异士，为追求科学而作科学，提的一些
: 想法也很
: fancy。天然产物种类繁多，但是真正有应用价值的不多；并且囿于太多的知识盲点，
: 能够应用于生物
: 合成的就更少了。
: 在微生物这一块，目前主要做的是抗生素和食品添加剂这两块；因为抗生素的重要性，
: 和它的应用价
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h***e
发帖数: 146 | 16 And Marahiel MA，Moore BS，Clardy J， Leadlay PF这些人的工作耶很好 哈哈
中国人Ben Shen，Yi Tang， Zixing Deng，也不错
【在 r****r 的大作中提到】
: Gerwick WH， Walsh CT, Schmidt EW, 这些人的工作你关注过不？
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t*******e
发帖数: 119 | 17 不错，一个一个数过来，可以写一本书了，这也正是论坛讨论的意义所在。
很佩服Zixing Deng，在SJTU呆的那段时间，每天早晨看到他拎着一个饭盒，低头往实
验室赶。做的
工作室没得说的。
【在 h***e 的大作中提到】
: And Marahiel MA，Moore BS，Clardy J， Leadlay PF这些人的工作耶很好 哈哈
: 中国人Ben Shen，Yi Tang， Zixing Deng，也不错
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j**********g
发帖数: 23 | |
h***e
发帖数: 146 | |
l*********1
发帖数: 351 | 20 Have you read relevant papers of taxol biosynthesis?
The science paper is fine but not exciting at all. The authors claimed to
enhance output by 10000 folds but previous work by a Germany group already
increased titers by 100 folds of taxadiene. The most important part is that
taxadiene is far far away from taxol that 7 of 26 enzymes involved with
taxol biosynthesis are still unknown.
【在 h***e 的大作中提到】
: 最近都在e.coli中合成出紫杉醇的前体了 产量1g/L
: http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/330/6000/70?rss=1
: 颤抖啊
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b****r
发帖数: 17995 | 21 希望很大，风险太大
前期的目的蛋白/分子 筛选，高效率的合成，高效率的提纯，以及最后通过政府进入市
场，每一步都成本很高，而且有极大的风险和失败可能
比起来还不如在中药里找单体，合成效率和政府认证的难度起码相对问题小一点 |
