j*****y
发帖数: 94 | 1 我的蛋白是个homodimer，蛋白的结晶已经作出来了。dimer interface is formed by
3 helixes from each
protomer，但是两个protomer 不是像手掌对手掌那样的完全对称interact, 而是两个
protomer之间交叉对称 ，i have
tried a bunch of single-site, double and quadruple mutations to try to
disrupt the dimer but failed. 因为
protomer不是整个helix在interact, 而是有一定角度的，所以不知道为什么两个
protomer之间的作用力会这么强。我们用
的是glycerol gradient sedimentation analysis 来确定 s value， 我试过用没有
salt 的 gradient, 结果蛋白变成了
tetramer; 在高浓度salt gradient 下，仍然是dimer.
我曾经想过能不能在helix 和 helix 之间的loop 那儿插入一小段peptide |
W*********e
发帖数: 247 | 2 交叉对称是啥意思, e.g., alpha1和alpha1'有作用?
by
【在 j*****y 的大作中提到】
: 我的蛋白是个homodimer，蛋白的结晶已经作出来了。dimer interface is formed by
: 3 helixes from each
: protomer，但是两个protomer 不是像手掌对手掌那样的完全对称interact, 而是两个
: protomer之间交叉对称 ，i have
: tried a bunch of single-site, double and quadruple mutations to try to
: disrupt the dimer but failed. 因为
: protomer不是整个helix在interact, 而是有一定角度的，所以不知道为什么两个
: protomer之间的作用力会这么强。我们用
: 的是glycerol gradient sedimentation analysis 来确定 s value， 我试过用没有
: salt 的 gradient, 结果蛋白变成了
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j*****y
发帖数: 94 | 3 不好意思还是没说清楚，我把图片帖上来吧。
【在 W*********e 的大作中提到】
: 交叉对称是啥意思, e.g., alpha1和alpha1'有作用?
:
: by
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W*********e
发帖数: 247 | 4 能问下你们的突变是怎么做的, 都是变成Ala? 可以把有相互作用的一对碱基的侧链都
突变成Asp或者Glu试试.
【在 j*****y 的大作中提到】
: 不好意思还是没说清楚，我把图片帖上来吧。
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j*****y
发帖数: 94 | 5 是都变成ala的。
你的意思是突变成positively charged or negatively charged 让他们相互排斥？ |
W*********e
发帖数: 247 | 6 yep
【在 j*****y 的大作中提到】
: 是都变成ala的。
: 你的意思是突变成positively charged or negatively charged 让他们相互排斥？
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H*g
发帖数: 2333 | 7 Will this change the monomer structure or affect protein folding?
【在 W*********e 的大作中提到】
: yep
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W*********e
发帖数: 247 | 8 If the residue only mediates intermolecular interaction, and changing it to
Ala doesn't not affect monomer structure/folding, I don't see why mutating
it to an acidic residue would affect these aspects.
【在 H*g 的大作中提到】
: Will this change the monomer structure or affect protein folding?
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s********n
发帖数: 2939 | 9 Sometimes changing residues to charge ones might affect the structure.
However, it is worth trying if you don't have any alternative method. |
