B********e
发帖数: 19317 | 1 由septaphobia 同学提供的一个链接。
UC at Berkeley - Evolution 101
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/evo_01
在下不才，就毛遂自荐的来带读了。
为了节省版面资源，暂时不搞连载，带读部分都发到同一个主题下面。
欢迎大家在同主题下交流意见和心得。
因为个人时间表关系，主要为晚上时间张贴带读部分，提前谢谢各位的理解和支持。 |
B********e
发帖数: 19317 | 2 Evolution 101 Table of Contents
1. An introduction to evolution
Evolution briefly defined and explained
2. The history of life: looking at the patterns
How does evolution lead to the tree of life?
* The family tree
* Understanding phylogenies
* Building the tree
* Homologies and analogies
* Using the tree for classification
* Adding time to the tree
* How we know what happened when
* Important events in the history of life
3. Mechanisms: the processes |
B********e
发帖数: 19317 | 3 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_02
The definition
Biological evolution, simply put, is descent with modification. This
definition encompasses small-scale evolution (changes in gene frequency in a
population from one generation to the next) and large-scale evolution (the
descent of different species from a common ancestor over many generations).
Evolution helps us to understand the history of life.
The explanation
Biological evolution is not simply a matter of change ov |
B********e
发帖数: 19317 | 4 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_03
The history of life: looking at the patterns
The central ideas of evolution are that life has a history — it has changed
over time — and that different species share common ancestors.
Here, you can explore how evolutionary change and evolutionary relationships
are represented in "family trees," how these trees are constructed, and how
this knowledge affects biological classification. You will also find a
timeline of evolutionary histo |
B********e
发帖数: 19317 | 5 The family tree
The process of evolution produces a pattern of relationships between species
. As lineages evolve and split and modifications are inherited, their
evolutionary paths diverge. This produces a branching pattern of
evolutionary relationships.
By studying inherited species' characteristics and other historical evidence
, we can reconstruct evolutionary relationships and represent them on a "
family tree," called a phylogeny. The phylogeny you see below represents the
basic relationsh |
B********e
发帖数: 19317 | 6 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_05
Understanding phylogenies
Understanding a phylogeny is a lot like reading a family tree. The root of
the tree represents the ancestral lineage, and the tips of the branches
represent the descendents of that ancestor. As you move from the root to the
tips, you are moving forward in time.
When a lineage splits (speciation), it is represented as branching on a
phylogeny. When a speciation event occurs, a single ancestral lineage gives
ri |
B********e
发帖数: 19317 | |
S*********o
发帖数: 1334 | 8 这种讲义都是以假设进化论是正确的为前提，但我们也可以看出一些问题来，
What is macroevolution?
Macroevolution generally refers to evolution above the species level. So
instead of focusing on an individual beetle species, a macroevolutionary
lens might require that we zoom out on the tree of life, to assess the
diversity of the entire beetle clade and its position on the tree.
The basic evolutionary mechanisms — mutation, migration, genetic drift, and
natural selection — can produce major evolutionary change if given enough
time.
A
【在 B********e 的大作中提到】
: 由septaphobia 同学提供的一个链接。
: UC at Berkeley - Evolution 101
: http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/evo_01
: 在下不才，就毛遂自荐的来带读了。
: 为了节省版面资源，暂时不搞连载，带读部分都发到同一个主题下面。
: 欢迎大家在同主题下交流意见和心得。
: 因为个人时间表关系，主要为晚上时间张贴带读部分，提前谢谢各位的理解和支持。
|
s******g
发帖数: 5074 | 9 请问是什么问题，能不能具体说说？
and
enough
pattern as
【在 S*********o 的大作中提到】
: 这种讲义都是以假设进化论是正确的为前提，但我们也可以看出一些问题来，
: What is macroevolution?
: Macroevolution generally refers to evolution above the species level. So
: instead of focusing on an individual beetle species, a macroevolutionary
: lens might require that we zoom out on the tree of life, to assess the
: diversity of the entire beetle clade and its position on the tree.
: The basic evolutionary mechanisms — mutation, migration, genetic drift, and
: natural selection — can produce major evolutionary change if given enough
: time.
: A
|
A***a
发帖数: 3603 | 10 前面的两个问题我还想慢慢看作者有没有解释.
这个第三, 你说
"物种的不变性是常态，物种的所谓的“演化”是例外
，“演化”发生在生命史上较短的一些时期内"
我觉得演化应该是一直的吧, 不是什么例外. 你没有感觉变化,是因为没有突变, 但还
是在演化的.
首先，宏进化和微进化是被承认的两个不同概念，
第二，宏进化建立在假设微进化通过长时间的积累，但是凭什么说地球的38亿年是more
than enough呢？这不是想当然是什么？只有已经接受进化论这个信念的人才会这么讲。
第三，就算是进化论者也要承认，物种的不变性是常态，物种的所谓的“演化”是例外
，“演化”发生在生命史上较短的一些时期内，所以前面的论点－以时间之长来想当然
说宏观进化是可能的－决不能以地球的38亿年为有效数据，有效数据应该是物种演化的
时期，有多长呢？从古猿到人有多长呢？几百万年？１０万代？１０万次基因变异就能
使古猿变成人？我要说这不可能又有人要问我要证据了，我们需要进化论学者给个说法。
【在 S*********o 的大作中提到】
: 这种讲义都是以假设进化论是正确的为前提，但我们也可以看出一些问题来，
: What is macroevolution?
: Macroevolution generally refers to evolution above the species level. So
: instead of focusing on an individual beetle species, a macroevolutionary
: lens might require that we zoom out on the tree of life, to assess the
: diversity of the entire beetle clade and its position on the tree.
: The basic evolutionary mechanisms — mutation, migration, genetic drift, and
: natural selection — can produce major evolutionary change if given enough
: time.
: A
|
|
|
B********e
发帖数: 19317 | 11 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_06
Understanding phylogenies (2 of 2)
A clade is a grouping that includes a common ancestor and all the
descendents (living and extinct) of that ancestor. Using a phylogeny, it is
easy to tell if a group of lineages forms a clade. Imagine clipping a single
branch off the phylogeny — all of the organisms on that pruned branch make
up a clade.
Clades are nested within one another — they form a nested hierarchy. A
clade may include many tho |
B********e
发帖数: 19317 | 12 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_07
Trees, not ladders
Several times in the past, biologists have committed themselves to the
erroneous idea that life can be organized on a ladder of lower to higher
organisms. This idea lies at the heart of Aristotle's Great Chain of Being (
see right).
Similarly, it's easy to misinterpret phylogenies as implying that some
organisms are more "advanced" than others; however, phylogenies don't imply
this at all.
Simple phylogeny showing t |
B********e
发帖数: 19317 | 13 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_08
Building the tree
Like family trees, phylogenetic trees represent patterns of ancestry.
However, while families have the opportunity to record their own history as
it happens, evolutionary lineages do not — species in nature do not come
with pieces of paper showing their family histories. Instead, biologists
must reconstruct those histories by collecting and analyzing evidence, which
they use to form a hypothesis about how the organis |
B********e
发帖数: 19317 | 14 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_09
Homologies and analogies
Since a phylogenetic tree is a hypothesis about evolutionary relationships,
we want to use characters that are reliable indicators of common ancestry to
build that tree. We use homologous characters — characters in different
organisms that are similar because they were inherited from a common
ancestor that also had that character. An example of homologous characters
is the four limbs of tetrapods. Birds, bats, |
B********e
发帖数: 19317 | 15 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/recoghomols_01
Recognizing homologies
Biologists use a few criteria to help them decide whether a shared
morphological character (such as the presence of four limbs) is likely to be
a homology:
Same basic structure
The same bones (though differently shaped) support the limbs of mice and
crocodiles. In the illustration of forelimbs at left, homologous bones are
colored alike.
Same relationship to other features
The limb bones |
B********e
发帖数: 19317 | 16 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/usingparsimony_01
Using parsimony
After studying some major vertebrate lineages and limiting the data to
characters that are likely homologous, you might end up with the following
evidence (note that there are many vertebrate lineages and many characters
excluded from this example for the sake of simplicity):
From studying fossils and lineages closely related to the vertebrate clade,
we hypothesize that the ancestor of vertebrates had non |
B********e
发帖数: 19317 | 17 Using the tree for classification
Biologists use phylogenetic trees for many purposes, including:
* Testing hypotheses about evolution
* Learning about the characteristics of extinct species and ancestral
lineages
* Classifying organisms
Using phylogenies as a basis for classification is a relatively new
development in biology.
Most of us are accustomed to the Linnaean system of classification that
assigns every organism a kingdom, phylum, class, order, family, genus, and
species, wh |
B********e
发帖数: 19317 | 18 Switching to phylogenetics
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/switchingtophylo_01
The system of phylogenetic classification works differently than the
traditional system.
1. Looking at rank
Phylogenetic classification has two main advantages over the Linnaean
system. First, phylogenetic classification tells you something important
about the organism: its evolutionary history. Second, phylogenetic
classification does not attempt to "rank" organisms. On the other hand, |
B********e
发帖数: 19317 | 19 Using the tree to understand history
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/understandhistory_01
Predicting ancestral characters
Knowing the characters of the organisms at the tips of a phylogeny lets you
figure out what the ancestral characters were likely to have been. For
example, modern flies and moths have silk glands but beetles and wasps don't.
The simplest explanation is that silk glands evolved only once in the
ancestor of flies and moths.
That means that when we imag |
E*****m
发帖数: 25615 | 20
土豆是否同意狗是狼演化出來的，而且所有狗都是同源的？
【在 S*********o 的大作中提到】
: 这种讲义都是以假设进化论是正确的为前提，但我们也可以看出一些问题来，
: What is macroevolution?
: Macroevolution generally refers to evolution above the species level. So
: instead of focusing on an individual beetle species, a macroevolutionary
: lens might require that we zoom out on the tree of life, to assess the
: diversity of the entire beetle clade and its position on the tree.
: The basic evolutionary mechanisms — mutation, migration, genetic drift, and
: natural selection — can produce major evolutionary change if given enough
: time.
: A
|
|
|
B********e
发帖数: 19317 | 21
我觉得E神这个“演化”用得不错。
结合这个阅读里面提出的。
变异，分支，并没有说谁比谁更“高级”更“先进”。
“演化”的确比“进化”要更合适。
【在 E*****m 的大作中提到】
:
: 土豆是否同意狗是狼演化出來的，而且所有狗都是同源的？
|
S*********o
发帖数: 1334 | 22 我认为这不是一个很到点子上的问题。狗和狼是可以杂交的，就是所谓的狼狗，所以这
很难说属于speciation（物种化），他们之间的关系如何不能用来证明物种演化的理论。
【在 E*****m 的大作中提到】
:
: 土豆是否同意狗是狼演化出來的，而且所有狗都是同源的？
|
E*****m
发帖数: 25615 | 23
论。
1. 你是不是認為狼和狗是同一物種？
2. 你是否認為所有狗之間都可以交配生殖？
【在 S*********o 的大作中提到】
: 我认为这不是一个很到点子上的问题。狗和狼是可以杂交的，就是所谓的狼狗，所以这
: 很难说属于speciation（物种化），他们之间的关系如何不能用来证明物种演化的理论。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 24 这就叫带读啊？
【在 B********e 的大作中提到】
: 今晚先贴五节，明天继续。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 25 你是说狼和狗是俩不同物种
但是有关系
可以杂交
类似马和驴
只不过骡不能生育
俺理解的对不？
论。
【在 S*********o 的大作中提到】
: 我认为这不是一个很到点子上的问题。狗和狼是可以杂交的，就是所谓的狼狗，所以这
: 很难说属于speciation（物种化），他们之间的关系如何不能用来证明物种演化的理论。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 26 微观进化是“随机”还是神导？
and
enough
as
【在 S*********o 的大作中提到】
: 这种讲义都是以假设进化论是正确的为前提，但我们也可以看出一些问题来，
: What is macroevolution?
: Macroevolution generally refers to evolution above the species level. So
: instead of focusing on an individual beetle species, a macroevolutionary
: lens might require that we zoom out on the tree of life, to assess the
: diversity of the entire beetle clade and its position on the tree.
: The basic evolutionary mechanisms — mutation, migration, genetic drift, and
: natural selection — can produce major evolutionary change if given enough
: time.
: A
|
S*********o
发帖数: 1334 | 27 狼狗不能生育吗？总之狼和狗非常相近，属于物种的概念的模糊地带，不能用来证明古
猿会演化出界限分明的现代猿猴和人。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 你是说狼和狗是俩不同物种
: 但是有关系
: 可以杂交
: 类似马和驴
: 只不过骡不能生育
: 俺理解的对不？
:
: 论。
|
S*********o
发帖数: 1334 | 28 神导。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 微观进化是“随机”还是神导？
:
: and
: enough
: as
|
e*****n
发帖数: 3129 | 29 界门纲目科属种
你说的“物种”是哪个？
【在 S*********o 的大作中提到】
: 狼狗不能生育吗？总之狼和狗非常相近，属于物种的概念的模糊地带，不能用来证明古
: 猿会演化出界限分明的现代猿猴和人。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 30 “狼狗”怎么定义？
要是指狼和狗的杂交
那很复杂
公狼母狗还是公狗母狼？
狼啥品种？狗啥品种？
还要看它们能不能杂交然后才能讨论其后代能不能生育
要是特只德国牧羊犬
那答案是肯定的
【在 S*********o 的大作中提到】
: 狼狗不能生育吗？总之狼和狗非常相近，属于物种的概念的模糊地带，不能用来证明古
: 猿会演化出界限分明的现代猿猴和人。
|
|
|
e*****n
发帖数: 3129 | 31 辣土豆：
宏观进化现象是不存在的
微观进化现象是神导的
这个总结没问题吧
微观进化是神导的是不是可以说
微观进化现象是"神"存在的证据之一？
【在 S*********o 的大作中提到】
: 神导。
|
E*****m
发帖数: 25615 | 32
我問你狼和狗是不是同源演化出來的？ 如果是， 神導這個幹什麼?
【在 S*********o 的大作中提到】
: 狼狗不能生育吗？总之狼和狗非常相近，属于物种的概念的模糊地带，不能用来证明古
: 猿会演化出界限分明的现代猿猴和人。
|
n*******0
发帖数: 2002 | 33 突变是永恒的，但突变的是不是生殖细胞以及突变的部分能不能改变后代的性状则是不
一定的。他自己先假定了一些弱智前提，比如他看不到的变化就是没变化等等，不要上
当。
more
讲。
【在 A***a 的大作中提到】
: 前面的两个问题我还想慢慢看作者有没有解释.
: 这个第三, 你说
: "物种的不变性是常态，物种的所谓的“演化”是例外
: ，“演化”发生在生命史上较短的一些时期内"
: 我觉得演化应该是一直的吧, 不是什么例外. 你没有感觉变化,是因为没有突变, 但还
: 是在演化的.
:
: 首先，宏进化和微进化是被承认的两个不同概念，
: 第二，宏进化建立在假设微进化通过长时间的积累，但是凭什么说地球的38亿年是more
: than enough呢？这不是想当然是什么？只有已经接受进化论这个信念的人才会这么讲。
|
B********e
发帖数: 19317 | 34
难道还要我来作讲义么？
还有4个幻灯片就完成第一部分。
我打算完成一个部分之后稍微写个总结。
目的不是为了教导或传扬什么，只是分享一下我个人的读后感。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 这就叫带读啊？
|
A***a
发帖数: 3603 | 35 en. 发觉真是对生物知识很贫乏. 跟着楼主慢慢看.
【在 n*******0 的大作中提到】
: 突变是永恒的，但突变的是不是生殖细胞以及突变的部分能不能改变后代的性状则是不
: 一定的。他自己先假定了一些弱智前提，比如他看不到的变化就是没变化等等，不要上
: 当。
:
: more
: 讲。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 36 你把幻灯片copy一遍肯定没人看完
不如你直接写总结读后感
然后该引用的地方给链接
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 难道还要我来作讲义么？
: 还有4个幻灯片就完成第一部分。
: 我打算完成一个部分之后稍微写个总结。
: 目的不是为了教导或传扬什么，只是分享一下我个人的读后感。
|
A***a
发帖数: 3603 | 37 我老老实实看了每个楼主的幻灯片了.
读后感如果再长些就好了.
【在 e*****n 的大作中提到】
: 你把幻灯片copy一遍肯定没人看完
: 不如你直接写总结读后感
: 然后该引用的地方给链接
|
S*********o
发帖数: 1334 | 38 在一个很宽泛的意义上可以这样说，微进化使生命体能更好地适应环境，这是生命的独
特性，反映了神的创造的奇妙。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 辣土豆：
: 宏观进化现象是不存在的
: 微观进化现象是神导的
: 这个总结没问题吧
: 微观进化是神导的是不是可以说
: 微观进化现象是"神"存在的证据之一？
|
S*********o
发帖数: 1334 | 39 变化肯定是有的，这就是微进化，或者我们可以称之为微演化。
【在 n*******0 的大作中提到】
: 突变是永恒的，但突变的是不是生殖细胞以及突变的部分能不能改变后代的性状则是不
: 一定的。他自己先假定了一些弱智前提，比如他看不到的变化就是没变化等等，不要上
: 当。
:
: more
: 讲。
|
S*********o
发帖数: 1334 | 40 有可能是同源，神导这个帮助人啊，狗能做牧羊犬，狼能吗？另外，整个生物圈有奇妙
的生态平衡，很多奥秘我们不知道。
【在 E*****m 的大作中提到】
:
: 我問你狼和狗是不是同源演化出來的？ 如果是， 神導這個幹什麼?
|
|
|
B********e
发帖数: 19317 | 41
是的，我也有同感。
但是每张幻灯片独立好像没有很多的东西可以写。
所以我打算一个章节的时候总结一下。
【在 A***a 的大作中提到】
: 我老老实实看了每个楼主的幻灯片了.
: 读后感如果再长些就好了.
|
B********e
发帖数: 19317 | 42
我觉得那就变成别人读我了。
这样出来的结果，好像变成不是科普，而是听我讲我的读后感了。
我暂时的打算，每个章节结尾写个章节总结。
然后全文读完了之后，再写一个读后感。
写作俺可并不在行，希望大家多给点参考意见。
嗯，大致如此。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 你把幻灯片copy一遍肯定没人看完
: 不如你直接写总结读后感
: 然后该引用的地方给链接
|
E*****m
发帖数: 25615 | 43
說反了， 狼狗是已經有狗以後才有的。
若說神導這個來幫人， 那神導蚊子之類的就是來害人囉?
我原來要說的是很多狗種之間已經不能交配了， 這算不同種嗎? 如果不算，
為什麼? 如果算， 那不就是Macro-evolution?
【在 S*********o 的大作中提到】
: 有可能是同源，神导这个帮助人啊，狗能做牧羊犬，狼能吗？另外，整个生物圈有奇妙
: 的生态平衡，很多奥秘我们不知道。
|
B********e
发帖数: 19317 | 44
这个好像幻灯片里面有提到，orchid 里面很多都可以杂交，但是cat大部分都生殖隔离
了。
They may have a different level of diversity.
There are about 35 cat species and 20,000 orchid species.
【在 E*****m 的大作中提到】
:
: 說反了， 狼狗是已經有狗以後才有的。
: 若說神導這個來幫人， 那神導蚊子之類的就是來害人囉?
: 我原來要說的是很多狗種之間已經不能交配了， 這算不同種嗎? 如果不算，
: 為什麼? 如果算， 那不就是Macro-evolution?
|
B********e
发帖数: 19317 | 45 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_11
Adding time to the tree
If you wanted to squeeze the 3.5 billion years of the history of life on
Earth into a single minute, you would have to wait about 50 seconds for
multicellular life to evolve, another four seconds for vertebrates to invade
the land, and another four seconds for flowers to evolve — and only in the
last 0.002 seconds would "modern" humans arise.
Biologists often represent time on phylogenies by drawing the branch |
B********e
发帖数: 19317 | 46 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/radiodating_01
Radiometric dating
Geologists use radiometric dating to estimate how long ago rocks formed, and
to infer the ages of fossils contained within those rocks.
Radioactive elements decay
The universe is full of naturally occurring radioactive elements.
Radioactive atoms are inherently unstable; over time, radioactive "parent
atoms" decay into stable "daughter atoms."
When molten rock cools, forming what are called igneous rocks, |
B********e
发帖数: 19317 | 47 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evotext_13
Important events in the history of life (text-only version)
View the Graphical timeline
A timeline can provide additional information about life's history not
visible on an evolutionary tree. These include major geologic events,
climate changes, radiation of organisms into new habitats, changes in
ecosystems, changes in continental positions, and major extinctions. Explore
the timeline below to view some of the major events in lif |
B********e
发帖数: 19317 | 48 第一章告一段落。
今晚时间有限，明天写个心得。
第一章后面还有两个side trip. 8 + 2 张幻灯片。
先读完这两个 side trip 再继续回到原文的下一章。 |
B********e
发帖数: 19317 | 49
【在 B********e 的大作中提到】
: 第一章告一段落。
: 今晚时间有限，明天写个心得。
: 第一章后面还有两个side trip. 8 + 2 张幻灯片。
: 先读完这两个 side trip 再继续回到原文的下一章。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 50 赞一个
人家严复翻译Evolution and Ethics的时候就用的“天演论”么
wiki上在正名？
【在 B********e 的大作中提到】
|
|
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e*****n
发帖数: 3129 | 51 鉴于
这样的帖子要花费很多心血和时间
而且符合本版认真学习严肃讨论的版风
俺建议重奖
其实是因为回帖发包子慢被谷一抢了
【在 B********e 的大作中提到】
|
B********e
发帖数: 19317 | 52
你们互抢吧，俺搬个小凳子坐享愚人之利。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 鉴于
: 这样的帖子要花费很多心血和时间
: 而且符合本版认真学习严肃讨论的版风
: 俺建议重奖
: 其实是因为回帖发包子慢被谷一抢了
|
B********e
发帖数: 19317 | 53 昨晚因为有事，没有上来，十分抱歉。
今天早上先补一个短的side trip。
这个side trip是在第二章结尾，幻灯片13号下面提到的。
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/humanevo_01
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/humanevo_02
Human evolution
Evolutionary biologists are interested in understanding how humans fit into
the history of life and how the processes of evolution have shaped us. Much
scientific effort goes into studying human evolution, and as a result, our
understanding of this area is moving forward r |
B********e
发帖数: 19317 | 54 这个小side trip是简要的讲人类演化的。
our understanding of this area is moving forward rapidly, as new evidence
emerges and hypotheses are tested, confirmed, discarded, or modified.
这里再次提点到，演化的理论，树形结构的分支，如何对物种，特别是近亲物种进行分
类，如何分析突变的转折点，这些都是经过反复的比对校正的，并不是单独依靠某个生
物大牛个人的观点看法的。
在这个小节的讲义里面第一页，树形结构上面仅仅给出了chimp和homo的分支。但是从
第二页里面，我们可以看到，根据现在能掌握的化石资料，其实homo里面还分化出了不
同的类别。
我不知道这些类别到底在生理结构和DNA组成上面的分离有多大，但是我的感觉是虽然
这些不同的homo有各自的名称，但是应该没有产生有足够影响力的分离，所以没有在树
形结构上作为独立的分支被列出。
我个人感觉，会不会好比今天的不同人种，虽然各自有各自一定的生理特征，也被分为
黄种人，白种人，黑种人这样的分 |
B********e
发帖数: 19317 | 55 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_01
From soup to cells — the origin of life
A microbe-like cellular filament found in 3.465 billion year old rock
A microbe-like cellular filament found in 3.465 billion year old rock
Evolution encompasses a wide range of phenomena: from the emergence of major
lineages, to mass extinctions, to the evolution of antibiotic resistant
bacteria in hospitals today. However, within the field of evolutionary
biology, the origin of |
B********e
发帖数: 19317 | 56 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_02
When did life originate?
Evidence suggests that life first evolved around 3.5 billion years ago. This
evidence takes the form of microfossils (fossils too small to be seen
without the aid of a microscope) and ancient rock structures in South Africa
and Australia called stromatolites. Stromatolites are produced by microbes
(mainly photosynthesizing cyanobacteria) that form thin microbial films
which trap mud; over time, laye |
B********e
发帖数: 19317 | 57 Where did life originate?
A hydrothermal vent at the bottom of the ocean
Scientists are exploring several possible locations for the origin of life,
including tide pools and hot springs. However, recently some scientists have
narrowed in on the hypothesis that life originated near a deep sea
hydrothermal vent. The chemicals found in these vents and the energy they
provide could have fueled many of the chemical reactions necessary for the
evolution of life. Furthermore, using the DNA sequences of |
B********e
发帖数: 19317 | 58 小节总结。
这里开始讲一个很敏感的话题，生命起源。
而讲义毫不含糊的承认，生物学对生命的起源还在探索的阶段。
有各种的理论，而随着新的数据被发现，这些理论们或者得到支持，或者需要修改，也有甚至需要被抛弃的。而这些，都是科学研究的一部分。
比如现有的很多数据，都指向生命的起源极有可能来自深海的vent（这个我在纪录片上面见到，但是不知道该怎么翻译成中文），温度，化学物浓度，成分都很符合现有数据的指向。
但是讲义也毫不含糊的说了，虽然现在来说，这个“排气口”最有可能是生命起源的地方，但是通过继续不断的采集，研究数据，说不定会发现其实生命起源是在别的地方。
这种看起来今天一个说法，明天一个说法的现象，在某些人眼里可能会觉得很儿戏。但是在其背后，却是必须有强大的实质数据支持，必须符合现实。
理论，模型必须符合实际，这是科学研究的一个根本立足点。 |
B********e
发帖数: 19317 | 59 ============side trip===============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/knowafossil_01
Knowing a fossil when you see one
These dendrites might look like fossils, but they are not.
Many fossils speak for themselves: it's hard to mistake a T. rex femur for a strangely shaped boulder, or an elaborate fossil of Archaeopteryx for random cracks in limestone. But other cases are not so clear cut. For example, examine the photo at right. Is this an imprint of some prehistoric fern |
t*******d
发帖数: 2570 | 60 判断化石标准的最后一条是说地球上的生物都是碳为基础的生物，所以生物体里面碳元
素的含量相对来说要高于非生物，这可以用来作为判断一个东西是不是化石的一个依据。
a strangely shaped boulder, or an elaborate fossil of Archaeopteryx for
random cracks in limestone. But other cases are not so clear cut. For
example, examine the photo at right. Is this an imprint of some prehistoric
fern? It might look that way, but this structure (called a dendrite) is not
a fossil and is produced by the crystallization of one mineral on another,
forming a branching pattern.
difficult when it come
【在 B********e 的大作中提到】
: ============side trip===============
: http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/knowafossil_01
: Knowing a fossil when you see one
: These dendrites might look like fossils, but they are not.
: Many fossils speak for themselves: it's hard to mistake a T. rex femur for a strangely shaped boulder, or an elaborate fossil of Archaeopteryx for random cracks in limestone. But other cases are not so clear cut. For example, examine the photo at right. Is this an imprint of some prehistoric fern
|
|
|
B********e
发帖数: 19317 | 61
我的理解是，生物体里面碳-12的比例要比碳-13高很多。
测量对比的不是单纯的碳元素含量，而且加上碳含量里面12和13之间的比例关系。
【在 t*******d 的大作中提到】
: 判断化石标准的最后一条是说地球上的生物都是碳为基础的生物，所以生物体里面碳元
: 素的含量相对来说要高于非生物，这可以用来作为判断一个东西是不是化石的一个依据。
:
: a strangely shaped boulder, or an elaborate fossil of Archaeopteryx for
: random cracks in limestone. But other cases are not so clear cut. For
: example, examine the photo at right. Is this an imprint of some prehistoric
: fern? It might look that way, but this structure (called a dendrite) is not
: a fossil and is produced by the crystallization of one mineral on another,
: forming a branching pattern.
: difficult when it come
|
w*********e
发帖数: 6093 | 62 这个比现有的人种差距要打多了。可以类比为不同种的猴子。
我不知道这些类别到底在生理结构和DNA组成上面的分离有多大，但是我的感觉是虽然
这些不同的homo有各自的名称，但是应该没有产生有足够影响力的分离，所以没有在树
形结构上作为独立的分支被列出。
我个人感觉，会不会好比今天的不同人种，虽然各自有各自一定的生理特征，也被分为
黄种人，白种人，黑种人这样的分类等，但是在树形结构上还是都归为现代人类呢？
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 我的理解是，生物体里面碳-12的比例要比碳-13高很多。
: 测量对比的不是单纯的碳元素含量，而且加上碳含量里面12和13之间的比例关系。
|
w*********e
发帖数: 6093 | 63 我们可以看到人类要培育出来一个新种(生育隔离)，要花费很多时间，而且这样的新种
与原来的物种的DNA差别可能少过0.01%。
然而在原核生物里面---最早的生物比原核生物还简单的多---比如现在所知道的细菌们
，它们之间的DNA差别可以是百分之几十。essential genes也可以差别得很远。也就是
说种间的隔离很远，可以达到界的水平，而不是门纲目之类的水平。
个人理解，如果你能够接受从恐龙到现代人（同门不同纲）需要大几千万年的话，那么
比恐龙和人差距大得多的这些原始生命的演化，需要多一点时间并不难理解。虽然它们
的生物结构看起来很简单。
当然对于这些，现在研究的还不是很多---没钱玩这些。
也有甚至需要被抛弃的。而这些，都是科学研究的一部分。
上面见到，但是不知道该怎么翻译成中文），温度，化学物浓度，成分都很符合现有数
据的指向。
地方，但是通过继续不断的采集，研究数据，说不定会发现其实生命起源是在别的地方。
但是在其背后，却是必须有强大的实质数据支持，必须符合现实。
【在 B********e 的大作中提到】
: 小节总结。
: 这里开始讲一个很敏感的话题，生命起源。
: 而讲义毫不含糊的承认，生物学对生命的起源还在探索的阶段。
: 有各种的理论，而随着新的数据被发现，这些理论们或者得到支持，或者需要修改，也有甚至需要被抛弃的。而这些，都是科学研究的一部分。
: 比如现有的很多数据，都指向生命的起源极有可能来自深海的vent（这个我在纪录片上面见到，但是不知道该怎么翻译成中文），温度，化学物浓度，成分都很符合现有数据的指向。
: 但是讲义也毫不含糊的说了，虽然现在来说，这个“排气口”最有可能是生命起源的地方，但是通过继续不断的采集，研究数据，说不定会发现其实生命起源是在别的地方。
: 这种看起来今天一个说法，明天一个说法的现象，在某些人眼里可能会觉得很儿戏。但是在其背后，却是必须有强大的实质数据支持，必须符合现实。
: 理论，模型必须符合实际，这是科学研究的一个根本立足点。
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w*********e
发帖数: 6093 | 64 原始生命未必也是碳选择性，谁知道呢。
很难想象开始的时候先产生这样的性状，又没有啥竞争/选择优势。
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 我的理解是，生物体里面碳-12的比例要比碳-13高很多。
: 测量对比的不是单纯的碳元素含量，而且加上碳含量里面12和13之间的比例关系。
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B********e
发帖数: 19317 | 65 谢谢walkingtree的指点，又学习了。^^ |
t*******d
发帖数: 2570 | 66 我们目前知道的生物都是以碳为基础的身体结构。虽然这不等于所有的生物一定都会是
以碳为基础的身体结构，但是地球上的生物都是碳基结构的假设是一个有最多证据支持
的假设。
碳基结构还是有它的好处的，起码碳有能够形成四个稳定的共价键的能力，对于复杂结
构的产生还是很重要的。当然有人认为硅也可以有这个性质。
想知道具体一点的话可以看这个wiki page.
http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon-based_life
【在 w*********e 的大作中提到】
: 原始生命未必也是碳选择性，谁知道呢。
: 很难想象开始的时候先产生这样的性状，又没有啥竞争/选择优势。
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t*******d
发帖数: 2570 | 67 这段根本没有提到放射性碳嘛。你是把碳14订代法跟这里说的碳含量高搞混了。碳14订
代的时候要考虑碳12和碳14 的比例。但是确定一个物品是不是生物的时候却不见得用
的上这个比例。你也知道碳14半衰期不够长，根本没法用来检测几十亿年前的样品的。
这里用碳含量的原因就是因为假设地球上的生物都是碳基生物，所以单位体积里的碳含
量比环境高，特别是榨干了之后。
【在 B********e 的大作中提到】
: 谢谢walkingtree的指点，又学习了。^^
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B********e
发帖数: 19317 | 68
看这段。
Elements come in forms with different weights, called isotopes. Carbon-12
and carbon-13 (the heavier of the two) are both common on Earth, but living
things prefer to use carbon-12. Sensitive techniques can determine whether a
rock or putative fossil contains more carbon-12 than expected, suggesting
that the material may once have been alive.
【在 t*******d 的大作中提到】
: 这段根本没有提到放射性碳嘛。你是把碳14订代法跟这里说的碳含量高搞混了。碳14订
: 代的时候要考虑碳12和碳14 的比例。但是确定一个物品是不是生物的时候却不见得用
: 的上这个比例。你也知道碳14半衰期不够长，根本没法用来检测几十亿年前的样品的。
: 这里用碳含量的原因就是因为假设地球上的生物都是碳基生物，所以单位体积里的碳含
: 量比环境高，特别是榨干了之后。
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t*******d
发帖数: 2570 | 69 OK, you are right.
C13 actually is stable, not radioactive like C14 and won't decay. That is why C13/C12 can be used determine whether the really old carbon is from living organism or not. Based on the theory living organism prefer C12.
living
a
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 看这段。
: Elements come in forms with different weights, called isotopes. Carbon-12
: and carbon-13 (the heavier of the two) are both common on Earth, but living
: things prefer to use carbon-12. Sensitive techniques can determine whether a
: rock or putative fossil contains more carbon-12 than expected, suggesting
: that the material may once have been alive.
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B********e
发帖数: 19317 | 70
顺便加插一句。
我好奇中。
是否只有碳有这样的参照作用呢？
会不会还有其它的元素有可能有类似的参照作用呢？
【在 t*******d 的大作中提到】
: OK, you are right.
: C13 actually is stable, not radioactive like C14 and won't decay. That is why C13/C12 can be used determine whether the really old carbon is from living organism or not. Based on the theory living organism prefer C12.
:
: living
: a
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B********e
发帖数: 19317 | 71 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_04
How did life originate?
Living things (even ancient organisms like bacteria) are enormously complex.
However, all this complexity did not leap fully-formed from the primordial
soup. Instead life almost certainly originated in a series of small steps,
each building upon the complexity that evolved previously:
1. Simple organic molecules were formed.
Simple organic molecules, similar to the nucleotide shown belo |
B********e
发帖数: 19317 | 72 今晚只有一个幻灯片。
因为这个有点比较长，而且后面几个幻灯片比较连贯，所以这个就独立了。
生命的演变过程，是一个漫长的一步一步的过程，并不是一蹴而就的。
由独立的原子，分子，到组成核酸链，然后跨出重要的一步----自我复制。
跨出了自我复制这一步之后，再加上变异的可能，就开始了自然选择了。
（待续） |
w*********e
发帖数: 6093 | 73 呃，我的原文是“碳选择”，也就是说对碳同位素的选择性使用，跟是不是用碳是不同
的话题。
【在 t*******d 的大作中提到】
: 我们目前知道的生物都是以碳为基础的身体结构。虽然这不等于所有的生物一定都会是
: 以碳为基础的身体结构，但是地球上的生物都是碳基结构的假设是一个有最多证据支持
: 的假设。
: 碳基结构还是有它的好处的，起码碳有能够形成四个稳定的共价键的能力，对于复杂结
: 构的产生还是很重要的。当然有人认为硅也可以有这个性质。
: 想知道具体一点的话可以看这个wiki page.
: http://en.wikipedia.org/wiki/Carbon-based_life
|
w*********e
发帖数: 6093 | 74 即使有也没啥意义。生物体含量最多的就是碳了。如果碳测不准，其他含量远远低于碳
的误差更大。
【在 B********e 的大作中提到】
: 今晚只有一个幻灯片。
: 因为这个有点比较长，而且后面几个幻灯片比较连贯，所以这个就独立了。
: 生命的演变过程，是一个漫长的一步一步的过程，并不是一蹴而就的。
: 由独立的原子，分子，到组成核酸链，然后跨出重要的一步----自我复制。
: 跨出了自我复制这一步之后，再加上变异的可能，就开始了自然选择了。
: （待续）
|
B********e
发帖数: 19317 | 75 近来晚上的事儿比较多，如果当晚完成不了，我会尽量争取在第二天早上补充完整。非
常抱歉，请大家多多包涵。 |
t*******d
发帖数: 2570 | 76 咱又理解错了。擦汗中。。。
这个选择性使用还真想不出来是怎么形成的。
【在 w*********e 的大作中提到】
: 呃，我的原文是“碳选择”，也就是说对碳同位素的选择性使用，跟是不是用碳是不同
: 的话题。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 77 生物中碳各种同位素的比例和碳在地球上的丰度差很多么？
【在 t*******d 的大作中提到】
: 咱又理解错了。擦汗中。。。
: 这个选择性使用还真想不出来是怎么形成的。
|
e*****n
发帖数: 3129 | 78 没必要道歉
也不要赶
忙自己的事情先
【在 B********e 的大作中提到】
: 近来晚上的事儿比较多，如果当晚完成不了，我会尽量争取在第二天早上补充完整。非
: 常抱歉，请大家多多包涵。
|
w*********e
发帖数: 6093 | 79 好像是一个可以用%的量级，记不大清了。现在的检测手段可以搞到小数点后10位以上
，对付这种量级的应该没啥难度。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 生物中碳各种同位素的比例和碳在地球上的丰度差很多么？
|
e*****n
发帖数: 3129 | 80 嗯，差很多
而且生物之间也有差别
这好像是个很大的课题哈
【在 e*****n 的大作中提到】
: 生物中碳各种同位素的比例和碳在地球上的丰度差很多么？
|
|
|
t*******d
发帖数: 2570 | 81 很复杂啦，为此我还找到了1998年的一篇paper，不过就不伤大家的脑细胞了吧。一个
碳选择的重要步骤是光合作用的时候，把空气中的二氧化碳变成植物身体里的碳的过程
中对碳12有选择，因为过程中的一个酶对碳12形成的二氧化碳的亲和性更大。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 嗯，差很多
: 而且生物之间也有差别
: 这好像是个很大的课题哈
|
s******g
发帖数: 5074 | 82 如果成了化石的话，还可以用别的方法来date,
【在 w*********e 的大作中提到】
: 即使有也没啥意义。生物体含量最多的就是碳了。如果碳测不准，其他含量远远低于碳
: 的误差更大。
|
w*********e
发帖数: 6093 | 83 想当年对进化很感兴趣的，后来多了解了一些以后，发现很没劲，很多有意思的点现在
都没有可行的办法去研究，大窟窿补不上，就搞些小洞洞，嗯，小针眼更恰当。没啥实
际意义，放弃。
其实就是要了解一下进化的话，几百个字的阐述就结了。与基斗，搞复杂了也都用不上
，他们根本就是copypaste几个口水名词过来，自己都不会去读去想。作为对照，俺可
是花了些时间读白布的，相信其他各位化的时间更多。不值得不值得呀。 |
B********e
发帖数: 19317 | 84 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_05
Studying the origin of life
The origin of life might seem like the ultimate cold case: no one was there
to observe it and much of the relevant evidence has been lost in the
intervening 3.5 billion years or so. Nonetheless, many separate lines of
evidence do shed light on this event, and as biologists continue to
investigate these data, they are slowly piecing together a picture of how
life originated. Major lines of evidenc |
B********e
发帖数: 19317 | 85 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_06
Origins and biochemical evidence
By studying the basic biochemistry shared by many organisms, we can begin to
piece together how biochemical systems evolved near the root of the tree of
life. However, up until the early 1980s, biologists were stumped by a "
chicken and egg" problem: in all modern organisms, nucleic acids (DNA and
RNA) are necessary to build proteins, and proteins are necessary to build
nucleic acids - so wh |
B********e
发帖数: 19317 | 86 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_07
Origins and experimental evidence
Experiments can help scientists figure out how the molecules involved in the
RNA world arose. These experiments serve as "proofs of concept" for
hypotheses about steps in the origin of life — in other words, if a
particular chemical reaction happens in a modern lab under conditions
similar to those on early Earth, the same reaction could have happened on
early Earth and could have played a |
B********e
发帖数: 19317 | 87 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/origsoflife_08
A knotty problem...
All the evidence gathered thus far has revealed a great deal about the
origin of life, but there is still much to learn. Because of the enormous
length of time and the tremendous change that has occurred since then, much
of the evidence relevant to origins has been lost and we may never know
certain details. Nevertheless, many of the gaps in our knowledge (gaps that
seemed unbridgeable just 20 years ago) |
B********e
发帖数: 19317 | 88 这四张幻灯片是简述推论生命起源的三个主要手段。
今晚再补上读书心得。 |
B********e
发帖数: 19317 | 89 生命的起源，没有任何人见证过，而在漫长的历史过程的，几乎没有遗留下任何直接的
证据。现在的科学家们也只能通过不同的手段去推测当时的情况。
前面几个幻灯片里面讲了，生命是由简单的RNA自我复制，一步一步跨越后演变为现代
的各种生物的。而根据这个方向，科学家们根据现代生物的DNA组成，以及已知的数据
，化石等尝试进行逆推。
根据这个方面的推导，现代生物的共同祖先，应该是利用DNA作为遗传代码的载体的。
但是在这个共同祖先之前的生物是如何，在DNA推论反面不能得到进一步的深入。
蛋白质和核酸，哪个先存在，曾经是生物学上鸡和蛋的问题，直到具催化性的RNA被发
现。RNA的这种催化性，让我们认识到RNA可以携带遗传信息，并通过其催化性，进行自
我复制，进行繁殖。
生物化学上的另外一个发现是一些分子组合。虽然不同生物的细胞在进行化学反应的时
候都具有很大的差别，但是科学家们却发现大部分现代生物在进行某些特殊的化学反应
的时候，都会有一些特殊的分子组合参加反应。因为这些分子组合的特殊性，他们被称
为分子组合化石。通过研究这些分子组合化石，得出的数据显示，这些分子组合跟核酸
有惊人的相似。
上面的这两 |
B********e
发帖数: 19317 | 90 对这个side trip的一个小结。
具体的前面都有说过，就不重复了。
讲义上面提到的证据，都指向支持生命的起源来自于RNA的自我复制，然后逐步的演化
这个理论。而讲义里面提到的证据，也是支持这个理论的。
但是没有提到还有什么其它的理论，或者有些什么证据是有悖于这个理论的。
或者迄今为止，这个理论是最好，能符合最多的数据验证的，但是千万不要轻易的就把
这个理论当为确凿的真理，千万不要一口咬定了生命的起源一定是这样。
另外一个方面。
这里探索的是生命是如何起源的，假如这个理论是成立的，生命的确是有RNA开始，从
自我复制，到遗传和变异。但是这个起源，到底完全是随机的，还是冥冥中有超自然力
量安排的。这些虽然是永恒不变的争论话题，但是却不是生物学家们所关心的，不是生
物学的范畴。不要把生物学的东西跟宗教信仰哲学的东西直接的写上等号挂上钩。 |
|
|
w*********e
发帖数: 6093 | 91 我琢磨过，觉着RNA起源的难度在于哪来的这么高浓度的原材料。这个高浓度是相对的
。RNA自我催化的活性很低，相较于蛋白酶需要更高的底物(原材料)浓度，可即使是实
验室里用蛋白酶来催化，底物的浓度相对于可能自然产生的量，还是有很大差距。一个
替代方案是用较长的反应时间。可RNA远不如DNA稳定，这个反应时间再怎么延长也是有
限制的。据说彗星冰里含有较高浓度的有机物，不知道是不是原始浓汤的来源。 |
B********e
发帖数: 19317 | 92 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_14
Mechanisms: the processes of evolution
Evolution is the process by which modern organisms have descended from
ancient ancestors. Evolution is responsible for both the remarkable
similarities we see across all life and the amazing diversity of that life
— but exactly how does it work?
Fundamental to the process is genetic variation upon which selective forces
can act in order for evolution to occur. This section examines the
mechanisms |
B********e
发帖数: 19317 | 93 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_15
Descent with modification
We've defined evolution as descent with modification from a common ancestor,
but exactly what has been modified? Evolution only occurs when there is a
change in gene frequency within a population over time. These genetic
differences are heritable and can be passed on to the next generation —
which is what really matters in evolution: long term change.
Compare these two examples of change in beetle populations |
B********e
发帖数: 19317 | 94 =============side trip==============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/genovspheno_01
Genotype versus phenotype
An organism's genotype is the set of genes that it carries. An organism's
phenotype is all of its observable characteristics — which are influenced
both by its genotype and by the environment. So in defining evolution, we
are really concerned with changes in the genotypes that make up a population
from generation to generation. However, since an organism's genot |
w*********e
发帖数: 6093 | 95 看基因不看表征当然是着眼于可遗传这个前提的。
表征可能完全是受外在环境的暂时性影响，环境改变了，这个个体的表征也就改变了。
比如食物对体表颜色的影响，感染对体温的影响，巴掌对脸型的影响:)
个体大小是遗传的当然没错。不过比较明显的是种群的平均大小或极限大小是有基因因
素的，而个体的则更多的是营养因素。 |
B********e
发帖数: 19317 | 96 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_16
Mechanisms of change
Each of these four processes is a basic mechanism of evolutionary change.
Mutation
A mutation could cause parents with genes for bright green coloration to
have offspring with a gene for brown coloration. That would make the genes
for brown beetles more frequent in the population.
Migration
Some individuals from a population of brown beetles might have joined a
population of green beetles. That would make the gene |
B********e
发帖数: 19317 | 97 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_17
Genetic variation
Without genetic variation, some of the basic mechanisms of evolutionary
change cannot operate.
There are three primary sources of genetic variation, which we will learn
more about:
1. Mutations are changes in the DNA. A single mutation can have a large
effect, but in many cases, evolutionary change is based on the accumulation
of many mutations.
2. Gene flow is any movement of genes from one population to anoth |
B********e
发帖数: 19317 | 98 遗传信息的改变，加上或者是纯几率，或者是自然选择，让某一部分后代们比其他的分
支繁殖得比其它更加好。
在这个讲义里面的例子大概是这样的，但是我是带点疑问。
比如说，突变的基因令本来是绿色的甲虫分化出深色和绿色两种。
这两种颜色通过繁殖都被分别遗传到后代们去。
如果没有特殊的原因，两种颜色的甲虫的存活和繁殖率都大致相当。
那这样其实也算是一种演化过程吧？
我个人的意见，演化跟自然选择没有必然的联系。
讲义里面虽然没有明确的说这两者一定是必然的关系，但是貌似也没有澄清说这两者没
有必然关系。起码暂时为止是这样，说不定后面会看到补充。 |
w*********e
发帖数: 6093 | 99 演化=个体变异+环境选择
你的“我个人的意见，演化跟自然选择没有必然的联系”中如果说是个体变异跟自然选
择没有联系，就对了。没有选择压力，啥变异都是可以存在的。有选择压力，啥变异也
都还可以产生，就是不利变异的传代可能性降低了。而变异本身的产生机制与环境没有
关系(保守一点99.9999%吧)
【在 B********e 的大作中提到】
: 遗传信息的改变，加上或者是纯几率，或者是自然选择，让某一部分后代们比其他的分
: 支繁殖得比其它更加好。
: 在这个讲义里面的例子大概是这样的，但是我是带点疑问。
: 比如说，突变的基因令本来是绿色的甲虫分化出深色和绿色两种。
: 这两种颜色通过繁殖都被分别遗传到后代们去。
: 如果没有特殊的原因，两种颜色的甲虫的存活和繁殖率都大致相当。
: 那这样其实也算是一种演化过程吧？
: 我个人的意见，演化跟自然选择没有必然的联系。
: 讲义里面虽然没有明确的说这两者一定是必然的关系，但是貌似也没有澄清说这两者没
: 有必然关系。起码暂时为止是这样，说不定后面会看到补充。
|
B********e
发帖数: 19317 | 100
嗯，这大概就是我想说的。
变异跟选择没有啥联系。
选择决定的是能否存活下来。
但是即使不能存活，灭亡了，难道就不是演化的其中一个小步么？
恐龙们灭族了，但是他们这个分支，也是演化树上面的一个部分啊。
假设，突变出了红色的甲虫，存在了N代。
但是红色太容易被鸟发现了，结果很快就灭族了。
但是留下了琥珀化石证据，让今人看到曾经有过红色的甲虫。
那我们还是应该把这个红色分支画到演化树上面，承认这也是演化的一个分支吧？
我的意思是说，讲义里面没有把变异和存活的关系清晰的分离。
起码我在读的时候，就很容易的把选择/存活跟变异联系起来。
【在 w*********e 的大作中提到】
: 演化=个体变异+环境选择
: 你的“我个人的意见，演化跟自然选择没有必然的联系”中如果说是个体变异跟自然选
: 择没有联系，就对了。没有选择压力，啥变异都是可以存在的。有选择压力，啥变异也
: 都还可以产生，就是不利变异的传代可能性降低了。而变异本身的产生机制与环境没有
: 关系(保守一点99.9999%吧)
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w*********e
发帖数: 6093 | 101 现在的观点是变异是没有方向性的。也就是说新变异可能更好的适应环境，但更多的是
会危害生存或繁衍，当然大部分的是没啥影响。这个是独立于存活与否的。
同样的，环境的选择压力也是独立于变异的，不管你怎么变，或者不变，都无所谓。
同样无所谓的是，无论变异跟选择两者结合的结果对一个物种来说是活还是死，都是演
化的一部分。比如你说的红色甲虫。
也就是说，类似两个整数AB相乘，讨论一个A是正是负, 而不同时讨论另一个B，那对讨
论乘积AB是正是负是没有意义的。
然后需要重复一遍的是，物种对环境的适应，不是求最优解，大多数情况是只要过了域
值，都可以存活下来。在这个域值之上，可以随意发挥，就是这个花花世界啦。在这个
域值之下，可能的解就很有限了，所以我们看到的基本是树状的演化图谱。这个可以有
数学模型的，不过我就不了解了。
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 嗯，这大概就是我想说的。
: 变异跟选择没有啥联系。
: 选择决定的是能否存活下来。
: 但是即使不能存活，灭亡了，难道就不是演化的其中一个小步么？
: 恐龙们灭族了，但是他们这个分支，也是演化树上面的一个部分啊。
: 假设，突变出了红色的甲虫，存在了N代。
: 但是红色太容易被鸟发现了，结果很快就灭族了。
: 但是留下了琥珀化石证据，让今人看到曾经有过红色的甲虫。
: 那我们还是应该把这个红色分支画到演化树上面，承认这也是演化的一个分支吧？
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B********e
发帖数: 19317 | 102
长周末去了爽快了，今晚再继续补习。
我同意这个域值的概念。
其实感觉之前学校里面或者一般人的口头上面的“物竞天择，适者生存”这个口号，还
是相当的有误导成分的。起码能够把我误导了。
这个误导就是把生存跟适应互相直接挂钩，让人感觉现存的生物，所有的生理机制都一
定完全是有用的，是为了适应环境而存在的，是存活所必须的。
印象中有不少跟我一样是门外汉的挑战演化论，就常拿一些看起来对存活无关重要，但
是的确存在于现代生物的一些组织/器官/机制来挑战“用进废退”这个点。不过好像这
个点其实已经过时，或者说已经被指出并不完全符合演化理论了。
================
注：
周末跟人饭后聊天，某A君说之前进行了智齿拔除手术，如何如何受罪等。
某B君就提出，这个智齿，既然是天生的，应当就有其必须的功用。
诱发了以上这一看法。
A君和B君都不是演化轮或黑，只是这个意外话题刚好跟这贴话题接轨。
【在 w*********e 的大作中提到】
: 现在的观点是变异是没有方向性的。也就是说新变异可能更好的适应环境，但更多的是
: 会危害生存或繁衍，当然大部分的是没啥影响。这个是独立于存活与否的。
: 同样的，环境的选择压力也是独立于变异的，不管你怎么变，或者不变，都无所谓。
: 同样无所谓的是，无论变异跟选择两者结合的结果对一个物种来说是活还是死，都是演
: 化的一部分。比如你说的红色甲虫。
: 也就是说，类似两个整数AB相乘，讨论一个A是正是负, 而不同时讨论另一个B，那对讨
: 论乘积AB是正是负是没有意义的。
: 然后需要重复一遍的是，物种对环境的适应，不是求最优解，大多数情况是只要过了域
: 值，都可以存活下来。在这个域值之上，可以随意发挥，就是这个花花世界啦。在这个
: 域值之下，可能的解就很有限了，所以我们看到的基本是树状的演化图谱。这个可以有
|
w*********e
发帖数: 6093 | 103 要真有神，把咱们的基因组清一清，该多好。
可惜现实是我们在海上唯一的船上，所有的修改都必须在原有基础上进行。
从这个角度讲，we are doomed
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 长周末去了爽快了，今晚再继续补习。
: 我同意这个域值的概念。
: 其实感觉之前学校里面或者一般人的口头上面的“物竞天择，适者生存”这个口号，还
: 是相当的有误导成分的。起码能够把我误导了。
: 这个误导就是把生存跟适应互相直接挂钩，让人感觉现存的生物，所有的生理机制都一
: 定完全是有用的，是为了适应环境而存在的，是存活所必须的。
: 印象中有不少跟我一样是门外汉的挑战演化论，就常拿一些看起来对存活无关重要，但
: 是的确存在于现代生物的一些组织/器官/机制来挑战“用进废退”这个点。不过好像这
: 个点其实已经过时，或者说已经被指出并不完全符合演化理论了。
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e*****n
发帖数: 3129 | 104 是“域值”还是“阈值”
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 长周末去了爽快了，今晚再继续补习。
: 我同意这个域值的概念。
: 其实感觉之前学校里面或者一般人的口头上面的“物竞天择，适者生存”这个口号，还
: 是相当的有误导成分的。起码能够把我误导了。
: 这个误导就是把生存跟适应互相直接挂钩，让人感觉现存的生物，所有的生理机制都一
: 定完全是有用的，是为了适应环境而存在的，是存活所必须的。
: 印象中有不少跟我一样是门外汉的挑战演化论，就常拿一些看起来对存活无关重要，但
: 是的确存在于现代生物的一些组织/器官/机制来挑战“用进废退”这个点。不过好像这
: 个点其实已经过时，或者说已经被指出并不完全符合演化理论了。
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t*******d
发帖数: 2570 | 105 threshold, 阈值。
就是有个及格线，过了及格线就能生存。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 是“域值”还是“阈值”
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B********e
发帖数: 19317 | 106
俺只管生搬硬套，抄写错误一概不付责任，哈哈。
谢谢指正。
【在 e*****n 的大作中提到】
: 是“域值”还是“阈值”
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B********e
发帖数: 19317 | 107 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_18
Mutations
Mutation is a change in DNA, the hereditary material of life. An organism's
DNA affects how it looks, how it behaves, and its physiology — all aspects
of its life. So a change in an organism's DNA can cause changes in all
aspects of its life.
Mutations are random
Mutations can be beneficial, neutral, or harmful for the organism, but
mutations do not "try" to supply what the organism "needs." In this respect,
mutations are ra |
B********e
发帖数: 19317 | 108 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_19
Mutations (2 of 2)
The only mutations that matter to large-scale evolution are those that can
be passed on to offspring. These occur in reproductive cells like eggs and
sperm and are called germ line mutations.
A single germ line mutation can have a range of effects:
1. No change occurs in phenotype
Some mutations don't have any noticeable effect on the phenotype of an
organism. This can happen in many situations: perhaps the |
B********e
发帖数: 19317 | 109 ============side trip===============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/random_01
Mutations are random
The mechanisms of evolution — like natural selection and genetic drift —
work with the random variation generated by mutation.
Factors in the environment are thought to influence the rate of mutation but
are not generally thought to influence the direction of mutation. For
example, exposure to harmful chemicals may increase the mutation rate, but
will not cause more mutat |
B********e
发帖数: 19317 | 110 =============side trip=================
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/lederberg_01
The Lederberg experiment
In 1952, Esther and Joshua Lederberg performed an experiment that helped to
show that many mutations are random, not directed.
Here is the experimental set-up for the Lederberg experiment. All you really
need to know in terms of background information is that bacteria grow into
isolated colonies on plates, and that you can reproduce the colonies from an
original |
|
|
B********e
发帖数: 19317 | 111 今天这4个幻灯片，咋一看，刚好就是我们之前讨论的变异跟存活的独立性。
咀嚼一下，明天再来个小结。 |
w*********e
发帖数: 6093 | 112 我的错。对不起。
谢谢指正。
汗一个
【在 B********e 的大作中提到】
: 今天这4个幻灯片，咋一看，刚好就是我们之前讨论的变异跟存活的独立性。
: 咀嚼一下，明天再来个小结。
|
B********e
发帖数: 19317 | 113 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_20
The causes of mutations
Mutations happen for several reasons.
1. DNA fails to copy accurately
Most of the mutations that we think matter to evolution are "naturally
-occurring." For example, when a cell divides, it makes a copy of its DNA —
and sometimes the copy is not quite perfect. That small difference from the
original DNA sequence is a mutation.
2. External influences can create mutations
Radioactive signMutations can also |
B********e
发帖数: 19317 | 114 ===============side trip===============
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/reviewdna_01
Reviewing DNA
Your DNA contains a set of instructions for building a human. These
instructions are inscribed in the structure of the DNA molecule through a
genetic code. It works like this:
DNA is made of a long sequence of smaller units strung together. There are
four basic types of unit: A, T, G, and C. These letters represents the type
of base each unit carries: adenine, thymine, gua |
B********e
发帖数: 19317 | 115 =============side trip================
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/types_01
Types of mutations
Knowing a few basic types of mutations can help you understand why some
mutations have major effects and some may have no effect at all.
Substitution
A substitution is a mutation that exchanges one base for another (i.e., a
change in a single "chemical letter" such as switching an A to a G). Such a
substitution could:
1. change a codon to one that encodes a differe |
B********e
发帖数: 19317 | 116 昨晚的几个幻灯片，基本上都是一些机械性的介绍和分类，印象中在中学时代就已经学
习过了，所以没有特别详细的读后感。
不过有一个小疑问。
基因的变异，如果仅仅停留在某（些）个体的层面，并没有遗传到下一代的，那么这个
变异并不在演化理论的覆盖范围内。
那到底是什么因素能够影响或决定基因的变异是否能够被遗传到下一代？
比如NOVA里面看到的那个什么环境基因（忘了确切学名），据说能遗传给后代。
比如绿巨人受了伽玛射线的刺激产生变异，彼得派克被蜘蛛叮了一口产生变异，到底有
没有，有什么因素能够影响和/或决定这个变异是否能够遗传到下一代呢？
牛牛们能来解说一下吗？ |
B********e
发帖数: 19317 | 117 ==============side trip===================
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/sicklecase_01
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/sicklecase_02
A case study: sickle cell anemia
Sickle cell anemia is a genetic disease with severe symptoms, including pain
and anemia. The disease is caused by a mutated version of the gene that
helps make hemoglobin — a protein that carries oxygen in red blood cells.
People with two copies of the sickle cell gene have the d |
B********e
发帖数: 19317 | 118 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_21
Gene flow
Gene flow — also called migration — is any movement of genes from one
population to another. Gene flow includes lots of different kinds of events,
such as pollen being blown to a new destination or people moving to new
cities or countries. If genes are carried to a population where those genes
previously did not exist, gene flow can be a very important source of
genetic variation. In the graphic below, the gene for brown col |
l*******Q
发帖数: 1995 | 119 唉，每天上个网都不让人能看个轻松愉快点的东西
pain
who
may
【在 B********e 的大作中提到】
: ==============side trip===================
: http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/sicklecase_01
: http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/sicklecase_02
: A case study: sickle cell anemia
: Sickle cell anemia is a genetic disease with severe symptoms, including pain
: and anemia. The disease is caused by a mutated version of the gene that
: helps make hemoglobin — a protein that carries oxygen in red blood cells.
: People with two copies of the sickle cell gene have the d
|
B********e
发帖数: 19317 | 120
心态问题吧？
如果你的心态是轻松愉快的，就算看到老七都能感到喜乐。
【在 l*******Q 的大作中提到】
: 唉，每天上个网都不让人能看个轻松愉快点的东西
:
: pain
: who
: may
|
|
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l*******Q
发帖数: 1995 | 121 我就是平时累才喜欢上网来逛逛找乐子的
看到老7我没法喜乐得起来，别人好像都还可以
【在 B********e 的大作中提到】
:
: 心态问题吧？
: 如果你的心态是轻松愉快的，就算看到老七都能感到喜乐。
|
s*********a
发帖数: 801 | |
e*****n
发帖数: 3129 | 123 换着法的动脑子也是休息
【在 l*******Q 的大作中提到】
: 唉，每天上个网都不让人能看个轻松愉快点的东西
:
: pain
: who
: may
|
B********e
发帖数: 19317 | 124
嗯，现在这一章估计还有几天就能搞定。
后面还有三个大章。
共同努力，互相提高。
【在 s*********a 的大作中提到】
: 还在学呀？佩服！
|
w*********e
发帖数: 6093 | 125 加油加油。
俺看着亲切，就是亲切得想吐了，呜呜，百无一用是书生 |
B********e
发帖数: 19317 | 126 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_22
Sex and genetic shuffling
Sex can introduce new gene combinations into a population and is an
important source of genetic variation.
You probably know from experience that siblings are not genetically
identical to their parents or to each other (except, of course, for
identical twins). That's because when organisms reproduce sexually, some
genetic "shuffling" occurs, bringing together new combinations of genes. For
example, you might |
B********e
发帖数: 19317 | 127 这个关于带性别的生物的遗传，基本上都是中学的知识。
但是这里多了一点，我印象中没有学过的，又或者曾经被教过，但是完全忘了。
When the mother makes an egg, her chromosomes first find their
matched partners and exchange some DNA with each other. That's called
recombination.
我印象中记得中学的时候只说双亲的DNA会一分为二，但是好像没有提到过在分化之前
还会先做一次recombination。 |
B********e
发帖数: 19317 | 128 由于昨天传奇大兵为了和平的名义揭竿而起。
所以最近会比较忙。
演化论这边只能有一搭没一搭的挤点时间出来了。
不能保证每天都有。
包涵包涵。 |
g*******1
发帖数: 8758 | 129 和平路人？
【在 B********e 的大作中提到】
: 由于昨天传奇大兵为了和平的名义揭竿而起。
: 所以最近会比较忙。
: 演化论这边只能有一搭没一搭的挤点时间出来了。
: 不能保证每天都有。
: 包涵包涵。
|
B********e
发帖数: 19317 | 130
原来你也在那边潜水。。。
【在 g*******1 的大作中提到】
: 和平路人？
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B********e
发帖数: 19317 | 131 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evo_23
Development
Development is the process through which an embryo becomes an adult organism
and eventually dies. Through development, an organism's genotype is
expressed as a phenotype, exposing genes to the action of natural selection.
Studies of development are important to evolutionary biology for several
reasons:
Explaining major evolutionary change
Changes in the genes controlling development can have major effects on the
morphology |
B********e
发帖数: 19317 | 132 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/complexity_01
The nuts and bolts of development
Going from a simple fertilized egg cell to a fly over the course of a few
weeks is an amazing transformation. A lot of things have to happen: the body
form must be laid out (head/tail, back/belly), different tissues must be
built, and organs must be grown. The adult fly is composed of a lot of very
different parts made of different cells — yet every cell carries the same
genetic instructions |
B********e
发帖数: 19317 | 133
http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/complexity_01
The nuts and bolts of development
根据这里的意思，并不是直接由DNA发号司令到每一个最细小的环节。
而是一层一层的发布下去，好像军队里面的编制似的。
如果基因突变到的是个小兵，那还比较幸运。
万一突变到一个将军级的，那就惨了。
【在 B********e 的大作中提到】
: http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/complexity_01
: The nuts and bolts of development
: Going from a simple fertilized egg cell to a fly over the course of a few
: weeks is an amazing transformation. A lot of things have to happen: the body
: form must be laid out (head/tail, back/belly), different tissues must be
: built, and organs must be grown. The adult fly is composed of a lot of very
: different parts made of different cells — yet every cell carries the same
: genetic instructions
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w*********e
发帖数: 6093 | 134 这个比较复杂了，多p玩家时空纠结成一大坨
不过理解为各基因在不同场合的重要性不同也不差
这部分简单点放过去吧 |
B********e
发帖数: 19317 | 135 http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/side_0_0/hoxgenes_01
"General purpose" control genes are important elements in building
complicated organisms like flies. Some "control" genes are common to many
organisms (they are homologous — inherited from our common ancestor). For
example, Hox genes help lay out the basic body forms of many animals,
including humans, flies, and worms. They set up the head-to-tail
organization. You can think of them as directing instructions as an embryo
devel |
