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发帖数: 2 | 1 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大 中 小】【打印】【关闭】
在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去
甲基化机制的研究发现。这项研究由徐国良、李林、丁建平实验室及中科院药物所等单
位合作完成，副研究员贺宇飞、博士后李滨忠等承担了主要工作。
动植物生长... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 2 夏荣辉，李江
上海交通大学医学院，上海（200011）
E-mail：e******[email protected]
摘 要：基因的表观遗传学修饰正越来越受到人们的重视，它包括DNA甲基化和组蛋白修
饰，组蛋白修
饰又包括组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化。基因的表观遗传学改变在基因转录调节方面有
重要作用。最
近研究较多的是多种组蛋白修饰方式和DNA甲基化在基因转录调节方面的共同作用，本
文详述组蛋白
修饰和DNA甲基化的发生机制，并且总结了组蛋白乙酰化和组蛋白甲基化与DNA甲基化之
间的相互作
用，提示不同位点的组蛋白甲基化与DNA甲基化共同作用于基因转录，并且发挥不同的
作用，具体体
现在组蛋白乙酰化、组蛋白H3K9、H3K27和H4K20甲基化与DNA甲基化协同作用，使基因
发生转录抑
制，而组蛋白H3K4甲基化与基因转录激活有关。
关键词：组蛋白修饰；DNA甲基化；关系
1. 引 言
目前，在研究肿瘤发生发展的过程中，基因的表观遗传学修饰所起的作用日益得到人们
的重视。组蛋
白修饰和DNA甲基化是两种最重要的表观遗传学修饰方式。研究表明，人类几乎所有类
型的肿瘤都存
在组蛋白及DNA甲基化的异常... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 3 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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m*****n
发帖数: 3575 | 4 “整个基因就是个太极，两个螺旋双曲线链为两仪，A、G、C、T等四个碱基为四象，
也相当于老阴、老阳、少阴、少阳；老阳老阴为变爻；胸腺嘧啶、尿嘧啶相当于老阳老
阴，也相当于变爻。DNA与RNA相加为八卦，其中DNA为先天，RNA为后天；从DNA把信息
传给RNA，RNA通过中间受体指导氨基酸进行蛋白质合成为正方向传递。RNA也可以把信
息逆向转录给DNA，这一来一往就构成先天八卦与后天八卦。DNA四个碱基中的腺嘌呤、
鸟嘌呤和胞嘧啶、胸腺嘧啶，RNA中的腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶、尿嘧啶共同构成了五
行。五行就是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶构成的。从DNA到RNA，再从
RNA到DNA就是从先天到后天，再从后天到先天，也可以说是从阴到阳，再从阳到阴；
亦可以说是从精神到物质，从物质到精神，从时间到空间，从空间到时间的发展变化过
程。三个碱基决定一个氨基酸，碱基的组合可以达到六十四种，简称六十四个密码子，
这相当于太极图的六十四卦；三个碱基相当于爻，应有三百八十四个连接点。” |
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n*********n
发帖数: 1534 | 5 靠
您老太牛了。。。
拜服
“整个基因就是个太极，两个螺旋双曲线链为两仪，A、G、C、T等四个碱基为四象，
也相当于老阴、老阳、少阴、少阳；老阳老阴为变爻；胸腺嘧啶、尿嘧啶相当于老阳老
阴，也相当于变爻。DNA与RNA相加为八卦，其中DNA为先天，RNA为后天；从DNA把信息
传给RNA，RNA通过中间受体指导氨基酸进行蛋白质合成为正方向传递。RNA也可以把信
息逆向转录给DNA，这一来一往就构成先天八卦与后天八卦。DNA四个碱基中的腺嘌呤、
鸟嘌呤和胞嘧啶、胸腺嘧啶，RNA中的腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶、尿嘧啶共同构成了五
行。五行就是腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶构成的。从DNA到RNA，再从
RNA到DNA就是从先天到后天，再从后天到先天，也可以说是从阴到阳，再从阳到阴；
亦可以说是从精神到物质，从物质到精神，从时间到空间，从空间到时间的发展变化过
程。三个碱基决定一个氨基酸，碱基的组合可以达到六十四种，简称六十四个密码子，
这相当于太极图的六十四卦；三个碱基相当于爻，应有三百八十四个连接点。” |
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z*t
发帖数: 863 | 6 就是tet1啦，大家发现这个东西会给甲基胞嘧啶加一个羟基，非常可能是大家一直苦苦
寻找的去甲基化酶，而现在的paper都在 map in vivo 5hmc position，和Tet1到底起
什么作用，Hongjun这篇用了SssI甲基化tranfer plasimid的promoter，silence GFP
expression 并且 cotransfer Tet1 expression plasimd观察Tet1可能的去甲基化作用
，并观察了其他的factor的引入对GFP silencing的影响。其实是很聪明的，大家说他
取巧多是因为他并不是这个领域的，用这种比较tricky有点artifacial的system赚一篇
cell。但你如果看过最早的Tet1 paper会发现其实更好玩，这个酶是丝虫（导致昏睡病
那个）里面一个修饰甲基胞嘧啶的JBP1/2 blast出来，其实和可能的DNA 去甲基化很难
看出直接的关系。。。 |
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g***j
发帖数: 40861 | 7 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标 题: 沃森直率回答了老杨两个问题
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 30 12:32:22 2017, 美东)
“美国正在走下坡路吗？而中国在走上坡路吗？我并不清楚。”3月30日，在清华大学
的报告厅里，DNA双螺旋结构发现者之一的89岁高龄詹姆斯 沃森（James Watson）如是
说：“但是在表面上来看，我们确实走在下坡路上，因为我们在抗拒真相。拒绝真相是
危险的。”
这次他第四次中国行的第三天，他也将在中国迎来90岁生日。在清华大学教授、中科院
院士施一公的主持下，沃森做了名为“双螺旋：科学、文化和人生”的主题发言，并和
现场的师生互动。
杨振宁向沃森提了两个直率的问题
同为20世纪科学大师的物理学家杨振宁携妻子翁帆来到现场。杨振宁不仅为沃森致辞，
还向沃森直率地发问。
沃森一战成名的是在1953年，他和英国科学家弗朗西斯·克里克（Francis Crick）发
表了关于DNA双螺旋结构的论文。仅仅是1000余字的一页报告，迎来生物学的历史性节
点... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 8 https://wemp.app/posts/f06a6aec-489f-49e6-bd15-c9c7e254979a
中医也好，西医也罢，我相信两者一定会走到一起的，因为他们的终点是同一个：生命
运行的物理化学规律。
但目前两者之间的巨大鸿沟，不得不让人怀疑，医学到底已经走了多远？回头想想，人
类科学毕竟才刚刚蹒跚起步，不能指望医学能飞多高。
各位收拾一下心境，此篇立意甚高，本小僧欲一举终结“中西医之争”这个掀翻无数友
谊小船的话题。
先申明，我们只在科学范围内讨论医学，别把中医当玄幻，也别把西医当科幻。
生命是什么
这个问题不是咱能回答的，找个巨人的肩膀靠一下，今天这位巨人也算老熟人：薛定谔
，养猫的那位。不认识的小盆友罚抄量子力学一百遍。
古人对生命的理解充满想象，后来西方科学兴起，科学大厦盖的有模有样，于是，一帮
人就尝试用科学去解释生命。
起初有两大派，活力论和机械论。
活力论的本质是生命特殊论，认为生物体内有一种特殊的“活力”物质，支配着生物的
活动。机械论就简单了，认为人就是一台复杂机器，和汽车本质是一样的，只不过“人
”这台机器太复杂，以至于一时半会搞不明白。
活力论和... 阅读全帖 |
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i*d
发帖数: 2640 | 9 上网google mds治疗
搜索结果第二篇是 陈书长 写的一篇综述，内容很全，建议仔细学习一下，对该病有个全
面的认识。
文中提到这种药。
5-氮杂胞嘧啶核苷（5-Aza），通过抑制DNA甲基化来诱导白血病细胞分化。美国（CALGB
）对191例MDS，5-Aza75mg/m2/d,d1-7，每日一次。与对照组相比，血液学有效率为66%对
7%。转为白血病或死亡时间为22对12个月。
MDS
扎
吗 |
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w*******9
发帖数: 7 | 10 朋友托我问一种药能不能在美国买到，这个药是用于皮肤癌，成分是5－氟胞嘧啶，做
成创可贴那样可以贴在皮肤表面的。5－FU cream or solution is used to treat
clinic keratosis and basal cell carcinomas that are superficial (only on the
top layer of skin). |
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m**p
发帖数: 2471 | 11 紫外杀蚊效果一般，主要功效是吸引蚊子
紫外可引发dna中胞嘧啶二聚，从而导致碱基错配。由此可引发角膜损伤，白内障，皱
纹、晒伤、皮肤癌、与免疫系统的伤害等等。所以做好适当防护（比如带墨镜，避免在
紫外下穿着暴露的衣服等）是必要的 |
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E**c
发帖数: 713 | 12 凌晨，天还没有亮，家住山区的张金角已经起身，招呼着他的兄弟张银角和其他伙伴们
一起进山。15公里的山路，对于已经上了年纪的老大来说，已经逐渐成为不小的负担。
太阳升起的时候，他们拨开晨雾，来到幽静的山谷。今天，他们到这里是想碰碰运气，
寻找一种传说中的独特食材：来自东土大唐的唐三藏。
结婚七周年为什么叫铜婚？七年之痒，就像铜器，呵护好了，光亮如新。疏忽了，就绿
了。
爸爸教育爱说慌的小明：“时间是戳穿谎言的刀，但人生最大的敌人不是谎言，恰恰是
时间。”
小明若有所思的问：“恰恰不是瓜子吗？”
今天跟一妹子下象棋，你说你马有三条命我忍了，你的象可以过河是小飞象我忍了，车
可以拐弯是碰碰车我也忍了，但你用我的士干掉我的将还说是你培养的间谍几个意思？
“老婆给我5000让我买一个包包，我花500给她买了个高仿的，赚了4500私房钱！”
“我老婆也给我5000让我买一个包包，我也花500给她买了个高仿的，但我赚了两万。”
“你是怎么做到的？”
“我拿这4500给自己买了份人身伤害险，然后把包包真相告诉了老婆。”
吃了老板捎回来的爱心午餐盒饭后，主动离职了，因为那是份炒鱿鱼盒饭！
出差刚回来，老... 阅读全帖 |
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H********g
发帖数: 43926 | 13 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: gshjj (1+1=2), 信区: Military
标 题: 沃森直率回答了老杨两个问题 (转载)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 30 12:51:22 2017, 美东)
发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标 题: 沃森直率回答了老杨两个问题
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 30 12:32:22 2017, 美东)
“美国正在走下坡路吗？而中国在走上坡路吗？我并不清楚。”3月30日，在清华大学
的报告厅里，DNA双螺旋结构发现者之一的89岁高龄詹姆斯 沃森（James Watson）如是
说：“但是在表面上来看，我们确实走在下坡路上，因为我们在抗拒真相。拒绝真相是
危险的。”
这次他第四次中国行的第三天，他也将在中国迎来90岁生日。在清华大学教授、中科院
院士施一公的主持下，沃森做了名为“双螺旋：科学、文化和人生”的主题发言，并和
现场的师生互动。
杨振宁向沃森提了两个直率的问题
同为20世纪科学大师的物理学家杨振宁携妻子翁帆来到现场。杨振宁不仅为沃森... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 14 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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n**e
发帖数: 574 | 15 2014年05月08日
《自然》(Nature)杂志网站上发表的这项研究是斯克里普斯研究院(Scripps Research
Institute)的科学家们开展的.该领域名为合成生物学(synthetic biology)，涉及为特
定目的创建生物系统，目前还处于萌芽状态。
斯克里普斯研究院的研究人员使用化学方法，生成了两个新的核苷酸，称为X和Y。他们
把一对XY导入常见的大肠杆菌中。结果细菌可以正常地复制，虽然速度比平常稍慢一点
，但确实可以像复制天然的核苷酸一样复制X和Y。文章提到，在15小时里，只完成了大
约24次复制。
因此，这个细菌的遗传密码有六个字母，而不是原来的四个，而细菌生成的新的蛋白质
，可能会以完全不同于自然生成的蛋白质的方式发挥作用。研究人员还没有证实，人工
核苷酸可以真的被细胞用来生成蛋白质。那需要对细菌进行更多的遗传工程改造，尽管
其他人之前的研究显示这有可能办到。
由于植物中的叶绿体可以从周围组织导入核苷酸，而其他研究人员已经找到了控制这种
能力的基因，所以斯克里普斯研究所把一个海藻基因植入大肠杆菌，让细菌可以从它们
生长的培养基中吸取X和Y核苷酸。
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发帖数: 1 | 16 “美国正在走下坡路吗？而中国在走上坡路吗？我并不清楚。”3月30日，在清华大学
的报告厅里，DNA双螺旋结构发现者之一的89岁高龄詹姆斯 沃森（James Watson）如是
说：“但是在表面上来看，我们确实走在下坡路上，因为我们在抗拒真相。拒绝真相是
危险的。”
这次他第四次中国行的第三天，他也将在中国迎来90岁生日。在清华大学教授、中科院
院士施一公的主持下，沃森做了名为“双螺旋：科学、文化和人生”的主题发言，并和
现场的师生互动。
杨振宁向沃森提了两个直率的问题
同为20世纪科学大师的物理学家杨振宁携妻子翁帆来到现场。杨振宁不仅为沃森致辞，
还向沃森直率地发问。
沃森一战成名的是在1953年，他和英国科学家弗朗西斯·克里克（Francis Crick）发
表了关于DNA双螺旋结构的论文。仅仅是1000余字的一页报告，迎来生物学的历史性节
点。
杨振宁向沃森提出的第一个问题便是：“1953年，你和克里克发表了著名的论文，描绘
了DNA双螺旋结构。双螺旋结构解释了基因遗传的机制。但是在文中你却没有明确地这
么说，这是因为你当时并没有完全确信吗？”
时隔60多年，沃森回答说，不是的，他... 阅读全帖 |
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g*****j
发帖数: 1211 | 17 妙啊！
可惜人没有reverse transcriptase，只能从DNA到RNA，而不能RNA到DNA；
于是阳能到阴，而阴不能转阳。RNA中的腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶、尿嘧啶共同构
成了五行... oh 数错了吧，只有四行啊，于是把DNA中的碱基胸腺嘧啶也算上了。
不过minquan是不会怀疑阴阳五行有问题的，是现代生物学太落后。那得再去研究
啊?研究有啥用？老祖宗早就预见了这一切，答案就在黄帝内经里，接着读。。。。 |
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