a***r
发帖数: 58 | 1 生命的起源进化是个大问题,不过现在做进化的实验室是少数吧.
另外,每个成功的PI都有一个独门问题吗? 还是说在领域内,这个问题并不是秘密,但你
必须有回答问题的独门功夫?
嗯,也许具体的问题有点犯忌,那就整点虚的, 作为整体生命科学的未来,如果以下两个
判断,那个靠谱?
A: 辉煌无比, 100年后再看现在的水平,就像现在看孟德尔的时代.
B: 不容乐观, 只不过楼越盖越高,装修越来越精,但革命性的改变已经不太多. |
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a***r
发帖数: 58 | 2 生命的起源进化是个大问题,不过现在做进化的实验室是少数吧.
另外,每个成功的PI都有一个独门问题吗? 还是说在领域内,这个问题并不是秘密,但你
必须有回答问题的独门功夫?
嗯,也许具体的问题有点犯忌,那就整点虚的, 作为整体生命科学的未来,如果以下两个
判断,那个靠谱?
A: 辉煌无比, 100年后再看现在的水平,就像现在看孟德尔的时代.
B: 不容乐观, 只不过楼越盖越高,装修越来越精,但革命性的改变已经不太多. |
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g*****n
发帖数: 241 | 3 谢谢诸位同僚的探讨，不是我不肯说细节，而是因为这个问题属于经典孟德尔遗传学里
面非常常见的双突变分析（不包括数量遗传学），属于generic question。即使我告诉
你们细节（比如我研究的phenotype属于cell migration defect），对于我问题的解答
帮助并不大。
我知道如何解释其中的一种情况，就是当两个hypomorph导致synergistic effect （
strong phenotype/penetrance），表示这两个基因在同一个pathway。
Ex: http://wormbook.org/chapters/www_geneticenhancers/geneticenhancersfig2.jpg
我这次问这个问题其实是想了解一下如果出现其他情况，该如何解读实验结果。
无论如何，还是很谢谢大家热心的讨论和建议。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 5 以前还自己配PBS呢。
什么叫自己做实验？genotyping算实验不？交配分笼算实验不？
这年头全是自己做实验不知道两年年能不能攒够发一篇paper的data？如果是做老鼠的
话。如果不是图上都n=3的话。 |
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T****i
发帖数: 15191 | 7 一直到二战时，绝大部分科学家都只是带几个助手工作，自己也要亲自动手的。后来才
有的PI制。
一开始PI制可以让成熟的科学家把主要精力放在思考问题上面，还是很有正面意义的。
后来让很多“社会活动家”和科学掮客进来了，PI就真成了资本家。到了现在，你只要
运气好，或者有人扶植，或者赶上了好项目，搭上了车，以后机会就多了，就可以雇薄
后来给你做所有的一切，你等着收割成果就行了。
我就见过PI对他自己讲的东西只懂皮毛所有实验从设计到解释结果都是薄后干的。还有
更厉害的，讲的东西都是隔壁实验室做的，因为人是大牛，所以她要用这些结果，申请
个超大项目，在他们那建立个 xx 中心。隔壁实验室的小PI就变成给她打工的了。
说起有人扶植，赶上好项目，我就听说过做薄后半年就发Science，很快就找到工作的
人。就是因为老板喜欢，把前面走的人都快做完的项目给了他，他主要就是写。招人的
地方也应该清楚，生物不是理论物理或数学，不可能有神人在半年靠自己的力量发一片
Science。但人家也不在乎，只要老板够牛够支持，以后此人申请funding也不是个问题。
这就是生物学界的不公平的现实。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 9 我三个月前才把我老鼠都交出去，暂时停止了苦逼的genotyping生涯。。。 |
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n***w
发帖数: 2405 | 10 三个月前我们管老鼠的tech去做resident了。于是我和另一个学生就分担起老鼠的工作
。挺占时间的。 |
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z*h
发帖数: 773 | 11 I think that PI should do some bench work, especially for important things.
I finished one of my key experiments within one day that my postdoc cannot
achieve for three month. |
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p*****u
发帖数: 276 | 12 我这研究所里面所有的教授都是带着助手亲自做实验啊。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 14 那不就是我举的那些例子么，都是绝好的生物模型，NB大发了的。比如说中心法则和孟
德尔遗传率。
你如果不是生物的可以去google一下中心法则和孟德尔遗传率。
的。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 16 非也非也。
首先，这种成本暴涨的现象也就最近才出现，欧美才半个世纪，中国城市里才开始。
另外，这个未必基因控制
最后，这个基因可能有其他好处，而且也未必孟德尔显性遗传 |
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b******k
发帖数: 2321 | 17 这个怎么说呢 要说看见牛人就想退 那咱们学生物的 听说达尔文孟德尔克里克的名字
的时候就可以退了直接。。 |
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b****r
发帖数: 17995 | 21 例如？
你说的是那种貌似常见病，其实是一种类似孟德尔遗传病的罕见亚型吧 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 22 pls try Multiplex PCR by A, B and C three primers set (below figure that
X, Y, Z as A, B, C primers)
PMID 19936220
Generation and characterization of mice carrying a conditional allele of the
Wwox tumor suppressor gene. (2009).
PLoS One. 4: e7775.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19936220
or refer
Biology版 - 有没有可能出现假KNOCKOUT的情况?
hashuoy
2010-09-09 13:52:31
来自: 192.168.
1从公司订制的KO老鼠,带CRE基因,大半年折腾下来去掉CRE并拿到大量杂合子,按照公司
给的DATA SHEET, GENOTYPING双引物鉴定老鼠各基因表型正常,符合孟德尔遗传,但在对
培养的野生型和纯合子MEF细胞鉴定时,我发现虽... 阅读全帖 |
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a*******s
发帖数: 117 | 23 进化生物学是一门一直在发展以及自我修正的科学。
达尔文的物种起源是进化生物学的奠基之作。 但是通读物种起源并不能完整的理解进
化（演化）生物学。达尔文的时代人们对遗传的本质没有了解，物种起源中的的泛遗传
学说（pangenesis）有很大的弊端。在后期版本的物种起源里面达尔文甚至加上了获
得性遗传的内容！ 因为泛遗传学说的误导，达尔文学说并不能与实验中出现的
variation相
一致，科学家争论不断，导致了1880到1920的 “the eclipse of Darwinism”.
直到1900年孟德尔遗传的重新发现，基因以及染色体的发现，Fisher惊人数学能力的引
入。
从1920-1940年代影响极为深远的modern synthesis（以Dobzhansky, Mayr, Simpson为
首的种群生物学家用数学模型以及实验结果验证了自然选择的有效性） 开始，达尔文
的自然选择理论才被重新接受。
而后1968年Kimura的中性进化论，之后的Ohta的近中性进化论，使科学家广泛接受很大
一部分的突变是中性或者近中性的，其固定（fixation)主要受随机因素作用的遗传漂
变... 阅读全帖 |
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c**********r
发帖数: 891 | 24 刚看了一下第9章。觉得也不能就说那个分形模型"wrong"了。
As a preliminary matter，那个3/4的测量过程就带着生物学特有的不清不楚：比如说
测所谓的"body mass"吧。如何定义body mass呢？对于脊椎动物，大概还可以直接称总
体重（包括骨头的重量）；但是对于无脊椎动物呢？是否应该把昆虫外骨骼包含在body
mass里？那么软体动物的钙沉积外壳算body mass吗？对于那些以水压力作为支撑身体
的"骨架"的无脊椎动物呢？应该称干重还是湿重？
Nick Lane讨论了很多3/4原始数据不准确的问题。我觉得对于一个本来就很messy的测
量和本来就很messy的3/4，完全没必要纠结太多(类比孟德尔的原始数据)。
还有Nick Lane争论说，如果分形模型成立，那么低代谢率就是大型体型受限于分形代
谢网而导致的副产品。他诘问，那么，"what's in it for giants?" 这个问题也很容
易解释：大型体型可以更好的抵抗捕食者，可以少受随机波动影响（不会像小动物一样
因为下一场雨不小心在小水沟里淹死)，等等。在这些进化优势下，用低代谢换大体... 阅读全帖 |
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y****i
发帖数: 2194 | 25 袁隆平的牛逼之处不是他搞出来的哪种“杂交水稻”，有多少人种植，etc
而是他是第一次把水稻杂交了
因为和很多其他可以简单“杂交”的动植物不同，水稻自花授粉，
在雄性不育株发现前，几乎不可能杂交水稻
你要觉得这种“偶然”不算什么，那什么巴斯德孟德尔青霉素之类的“偶然”也都不算
什么了 |
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b****r
发帖数: 17995 | 26 BCM在肿瘤遗传方面目前不能说出色，它主要强在孟德尔遗传病和各种模式生物的遗传
贝瑞合康的那几个人就更在肿瘤方面谈不上有什么水平了。生殖细胞遗传和体细胞遗传
的区别还是非常大的
不过总之这还是个非常新的项目，就看谁能够异军突起了
,
the |
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s*****g
发帖数: 3693 | 27 当时那个非孟德尔遗传的文章，一年内引用２００多次
那个G-coupled ABA receptor的文章，一年内也引用了２００多次
都是很快就证明不成立的. |
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w**********5
发帖数: 1741 | 28 演化生物学家怎样把大象塞进冰箱
拉马克：让大象节食，做柔软体操，然后等待它生出体积小能塞进冰箱的小象来。（拉
马克主义强调生物内因为进化动力，主张“用进废退”和“获得性遗传”。）
达尔文：抓一群大象，选择其中最会钻冰箱的来繁殖，大概过个一二万年就会有会钻进
冰箱的大象出世吧。（不解释）
华莱士：怎么把我想的办法说出来了，5555，楼上的你坏。（华莱士曾独立提出进化论
观点）
理查德·欧文：把大象卸了，然后把骨头塞进冰箱。（在解剖学、古生物研究方面成就
突出）
威廉·巴克兰：把大象炖了，然后把吃剩的塞进冰箱。（发表了第一篇有关恐龙的科学
报告）
居维叶：对大象高喊“火灾啦！地震啦！上帝怒啦！2012提前到来啦！”大象会被吓得
躲进冰箱的。（居维叶认可灾变论）
莱伊尔：LS太性急了吧，要慢慢来，晓之以情动之以理，大象会逐渐同意的。（提出渐
进论，“以地球的缓慢的变化这样一种渐进作用，代替了由于造物主的一时兴发所起的
突然革命”）
孟德尔：让大象和豌豆杂交，就会得到豌豆大小的大象，他们放进冰箱就行了。当然，
这些大象会生下四分之一豌豆大小的大象和四分之一大象大小的豌豆，以及一半的绿色
大象。... 阅读全帖 |
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l**********n
发帖数: 8443 | 29 需要智力非常高才行，历史上生物做出贡献的都是天才，像孟德尔，达尔文。现在生物
学就更难了，要懂得各门学科的知识，物理，化学，计算机，要样样精通才行。而一个
码工其实不需要什么智力。因为日积月累，码工就能成为一个熟练工。而搞生物的没有
idea就是个死。所以两者难度不是一个数量级的。 |
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m*******8
发帖数: 256 | 31 各位大侠好，我去年从KOMP购买了某个基因的targeting vector，让我们的transgenic
core做了knock out小鼠，得到heterozygous小鼠后，鉴定了半年，超过200多个pups
，仍没有纯合子小鼠。该基因是睾丸特异表达的，敲除理论上是不会致死的。更奇怪的
是后代基因型比例也不对，完全不符合孟德尔遗传定律，heterozygous的后代偏多。此
外，我还从体内取了一细胞胚胎，体外发育到囊胚，做了囊胚的genotyping，也得不到
-/-，囊胚之前的胚胎发育很正常。我用了多套引物进行过genetyping，扩出来的片段
，包括野生型和杂合子片段都经过测序验证。我很困惑，请给位大侠多多给小弟提出宝
贵意见，不胜感激。
ps：附件中是我鉴定的电泳图谱，两条带说明是杂合子，只有下面的条带说明是
野生型，只有上面的条带说明是纯合子。 最后一孔为阴性对照。 |
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y***i
发帖数: 11639 | 32 现在有：在病人中snp的分布是：AA:AB:BB=r1:r2:r3
如果不知道正常人中的snp分布，从这个ratio中能得到什么信息？
如果知道在正常人中的snp分布，AA:AB:BB=n1:n2:n3，又能得到什么信息？
多谢大侠。另外有基础的阅读材料推荐的话，就太感谢了。 |
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O********4
发帖数: 113 | 33 不过他们的retraction letter 里是不承认结论错误的，换句话说是孟德尔式的造假。
这好像是他们实验室第一次retract paper 吧，以前经常发有controversial 或自相矛
盾的东西，但一直没retract. |
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G********e
发帖数: 528 | 34 从孟德尔开始
到果蝇斑马鱼的筛选
到转基因基因敲除老鼠
到现在的CRISPR等等
都只是在有和没有之间变换
就像一个简单的开关
但是体内基因调控却是非常精密的
就好象胰岛素和血糖之间
还有衰老的过程
又比如各种免疫因子
往往都不会是简单的开和关
目前的遗传学手段局限性太大
如果有什么办法能调档控制基因表达
好比旋钮一般
那可能是今后一个大的突破？ |
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s*****i
发帖数: 315 | 35 不对， 除非你的基因跟 tyrosinase gene 是连锁的。
一般情况下你按着经典孟德尔遗传，两个形状就分离了。
跟你拿到的het mice 同一代的老鼠中白色的肯定不是 tm1c，het mice 的下一代毛色就
跟你的基因无关了。 |
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t**l
发帖数: 109 | 36 孟德尔研究豌豆花和豌豆的形状。看着更像吃饱了撑着。Emmanuelle 和jennifer谁的
贡献大啊？ |
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f******t
发帖数: 2699 | 37 如果只是因为这篇发在PNAS就否定它，那太武断了，PNAS还是有很多好文章的。另一方
面讲，如果没有以前这么多牛paper做背景，这paper别说PNAS了，molecular plant都
发不了。就拿出2个没表型的mutant？有什么人背书也发不了。就是因为以前的结果太
重要，这篇能引起“争议”／“反思”的东西才会有影响。我觉得这篇文章就算不十分
solid，也能算是为这个乌烟瘴气的领域敲个警钟，至少现在大家都会紧张，好好把以
前做的东西再仔细看看。
关于你说的两个可能性，我没太看懂。对ABP1
的null检测表型的方法用不着多灵敏，
因为原来的allele是embryo lethal，所以现在这个只要有活着的纯合就已经说明问题
了，更何况还是符合孟德尔遗传的。他们用的所有检测auxin sensitivity的方法都是
以前publish的paper里standard的方法，包括根生长和pavement cell的lobing
pattern。我看不出这paper做的生理方面有什么问题。唯一令我不能完全满意的是他们
证明null的证据，材料方法写的太少了，看不出mRNA的来源，另... 阅读全帖 |
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b******k
发帖数: 2321 | 38 他不光是写八卦吧 他写的达尔文孟德尔摩尔根等等故事我觉得很有深度 |
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c**********r
发帖数: 891 | 39 薛定谔的哲学讨论里直接有DNA的模型，沃森都承认是受了薛定谔的影响了。这就是理
论指导实验观察的力量。至于孟德尔在连gene是物质都不知道的时代提出gene的唯象模
型，就更不用说了。 |
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o**4
发帖数: 35028 | 41 不是炸药奖也是准炸药奖了，
比如孟德尔
你这个这么牛逼，随便找个实验室发了呗 |
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o**4
发帖数: 35028 | 42 不是炸药奖也是准炸药奖了，
比如孟德尔
你这个这么牛逼，随便找个实验室发了呗 |
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a*********n
发帖数: 2526 | 43 你们的祖师爷孟德尔神父微笑不语。。。。。。。。。。。。 |
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g**********y
发帖数: 423 | 44 按照维基百科介绍科学家的语言种类数量排行：
牛顿 198
爱因斯坦 188
达尔文 162
居里夫人 145
图灵 126
高斯 125
法拉第 123
孟德尔 95
伽罗瓦 75
James Watson 70
杨震宁 54
佩雷尔曼 51
中村修二 48
Kary Mullis 44
丁肇中 40
冯·卡门 34
Terence Tao 33
丘成桐 30
钱学森 28
Francis Collins 23
姚期智 21
陈省身 20
张益堂 14
陈景润 14
华罗庚 9
George Church 8
张峰 5
田刚 5
庄小微 4
王小东 4
钱伟长 4
周其凤 3
施一公 2
饶毅 2
潘建伟 2
韩春雨 1
高会军 0
王峻 0 |
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s*********y
发帖数: 292 | 45 谁给你幻觉，美国的癌症研究一直能重复的？
科研圈就这样，无论地点，无论时间。连孟德尔祖师爷的数豆子都是manipulate出来的
不过，科研圈只会记住能够重复出来的重要的结论，你如果从50年这个尺度上来看，还
是有很大的进步的 |
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n**********g
发帖数: 196 | 47 “你觉得自己成功机会大，别人看来觉得够呛，这就是风险评估能力的问题”
你这是在试图证明自己能力高么，呵呵，那你该去给投行做咨询，让他们停止各种针对
基因编辑的投资，帮他们省钱顺道让你赚一笔。
说你搞未知论就是因为你忽略了别人对CRISPR、对孟德尔遗传性疾病的了解，把生命搞
成一团无人能理解的浆糊。现实证据是不支持你的，各种动物模型、各种转基因动植物
微生物。 |
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c********n
发帖数: 225 | 48 【生物界的“坏小子”们】(一) The Double Helix
引子
看看世界上的各种生物（生命体），其实都在不停地做着两件事：
- 如何“现在”生存下去 = “活着”
- 如何“传宗接代”= “繁殖”
而人类除了这两件事，因为有了“文明”，也还在想着另外两件事 - “身前身
后事”：
- “我们”从哪里来？
- “我们”到哪里去？
这些都很难想明白，于是就有了“信仰”， 有了无所不知的造世主 （比如上
帝或者神），有了“上天堂”和“下地狱”。
很多事情我们无法理解，可是我们可以研究我们自己，以及其他的生命体，这
就是生命科学和生物研究了。为了这些研究的进展，很多人都在勤勤恳恳，默
默努力的付出，扎实的积累让我们越来越了解自己。但是就像小孩子要生一次
病才能成长一步一样，这个过程中也需要一些“坏小子”们，他们会用一些
“out of box”的想法或行动，推动着我们对于生命进一步的理解。
我们来回顾几个比较出名的“坏小子”。
注明：本系列的“坏小子们”无论男女，不包括类似“小保方晴子”类别的用
idea和假造数据来博取大众眼球和吸金的人们。
生命的秘密看似很复... 阅读全帖 |
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v*******e
发帖数: 11604 | 50 有用，7、8千种孟德尔遗传的病，绝大多数已经找到致病基因。着要是用以前的
pedigree、linkage做，不知道要做多少年。 |
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