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l*********s
发帖数: 5409 | 2 sorry, I think the first line shall be sort(theta[]) |
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W*****r
发帖数: 193 | 3 已经转20个到你id上
不知道那是不是包子
请注意查收 |
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l*********s
发帖数: 5409 | 5 logit(p[i]) <- d[dind1[i]]-d[dind2[i]]}
you probably should put this into another loop; logit probably shall
not be entered on the left; and din2[i] shall not appear on the right. |
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s*******1
发帖数: 146 | 6 try bayesian modeling. software: R, WINBUGS |
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a********s
发帖数: 188 | 7 You could use "R2WinBUGS" package in R, if you knew how to use R. Data is
generated quite easily in R. |
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C******n
发帖数: 284 | 9 我遇到过类似的大size和memory问题
一个可能的，但是我未尝试的方法是，在一台64-bit CPU，装有64-bit operating
system，以及8G或以上memory的机器或者cluster上，安装64-bit的R
如果你用来fit model或plot的package不是64-bit的，有可能会有问题，但我不确定
我遇到的问题是fit 一个 4-level random-effects GLM with about 40,000
observations，在R，SAS，Stata中会出现 memory limit的问题，后来用WinBUGS搞定了
所以如果你在fit model过程中出问题的话，可以试一下Bayesian |
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H**********J
发帖数: 351 | 10 Exploratory Biostatistician
公司：罗氏
地点：北京/上海
招聘要求：
Who you are
You’re someone who wants to influence your own development. You’re looking
for a company where you have the opportunity to pursue your interests
across functions and geographies, and where a job title is not considered
the final definition of who you are, but the starting point.
•You have a PhD in Biostatistics or equivalent, with at least 2 years
of post-doc, or equivalent work experience. An experience in the
pharmaceutical / ... 阅读全帖 |
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N**B
发帖数: 1190 | 11 "check model" and "load data"没问题，一complie就显示
expected multivariate node
那位有经验的讲讲这个是什么错误？
code也不复杂呀
model{
for(d in 1: NCat)
{for(cb in 1: N)
{ Flcb[cb,d]~dlnorm(Mu[d],Sigma[d])
}
Mu[d]<-a[1]+a[2]*UVcb[d]
Sigma[d]<-(1/(sd[1]+sd[2]*UVcb[d]))
}
a[1:2]~dexp(0.001)
sd[1:2]~dexp(0.001)
} |
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e***t
发帖数: 42 | 12 楼主你把最后定义参数distribution的部分改成这样就行了
model{
for(d in 1: NCat)
{
for(cb in 1: N)
{
Flcb[(cb-1)*NCat+d]~dlnorm(Mu[d],Sigma[d])
}
Mu[d]<-a[1]+a[2]*UVcb[d]
Sigma[d]<-(1/(sd[1]+sd[2]*UVcb[d]))
}
for (i in 1:2){
a[i]~dexp(0.001)
sd[i]~dexp(0.001)
}
} |
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H**********J
发帖数: 351 | 13 帮上海罗氏推荐了一圈人，方向都不对，麻烦大家帮忙看看，我也好重新确定下方向，
谢谢大牛们了！！
工作内容：
Responsibilities:
•will be responsible for statistical analysis in projects from target
identification to proof of concept, with an emphasis on translational
medicine projects using high dimensional molecular data,
•will work as a member of interdisciplinary project teams, but also
provide consultancy and service on request for specific projects. Typical
tasks will include the design of experiments, power analysis and development
... 阅读全帖 |
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s*****b
发帖数: 106 | 14 看样子是统计。这个岗位难在要求知识面广，
bayesian (WinBUG)不是每个统计PhD 都玩的，
bioinformatics背景知识和standard measurement
technologies 又刷掉了了一大批人。 |
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s**u
发帖数: 383 | 15 "check model" and "load data"没问题，一complie就显示
expected multivariate node
那位有经验的讲讲这个是什么错误？
model {
for (i in 1:k-1) {
for (j in i+1:k){
win1[i,j] ~ dbin(p[i,j], n)
logit(p[i,j]) <- d[i]-d[j]}
}
d[1:k] ~dmnorm(dmu[ ], prec.Sigma[,])
## Inverse Wishart Prior for Sigma
dmu[1:k] <-0
prec.Sigma[1:k,1:k] ~dwish(Omega[,],k)
Sigma[1:k,1:k]<-inverse(prec.Sigma[,])
for (i in 1:k){ Omega[i,i] <- 0.001}
}
Data:
... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 383 | 16 "check model" and "load data"没问题，一complie就显示
expected multivariate node
那位有经验的讲讲这个是什么错误？
model {
for (i in 1:k-1) {
for (j in i+1:k){
win1[i,j] ~ dbin(p[i,j], n)
logit(p[i,j]) <- d[i]-d[j]}
}
d[1:k] ~dmnorm(dmu[ ], prec.Sigma[,])
## Inverse Wishart Prior for Sigma
dmu[1:k] <-0
prec.Sigma[1:k,1:k] ~dwish(Omega[,],k)
Sigma[1:k,1:k]<-inverse(prec.Sigma[,])
for (i in 1:k){ Omega[i,i] <- 0.001}
}
Data:
... 阅读全帖 |
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s**u
发帖数: 383 | 18 经高手指导，compile 没有问题了， 但是initial 又出问题了， 说是NIL
dereference (read)， 查了manual, 说是 'NIL dereference (read)' can occur at
compilation in some circumstances when an inappropriate transformation is
made, for example an array into a scalar.用gen initial也出现同样的error.
请高人指导，谢谢。
model {
for (i in 1:k-1) {
for (j in i+1:k){
win1[i,j] ~ dbin(p[i,j], n)
logit(p[i,j]) <- d[i]-d[j]}
# p[i] <- phi(d[ind1[i]] - d[ind2[i]])
}
d[1:k] ~dmnorm(dmu[ ]... 阅读全帖 |
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q*****q
发帖数: 158 | 19 （k-1）
(i+1)
先把这些加上括号再看看。。。
at |
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s****e
发帖数: 1180 | 20 【 以下文字转载自 LosAngeles 讨论区 】
发信人: sheide (shei), 信区: LosAngeles
标 题: 面试问起programming ability该怎么回答？有什么样板回答？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jun 23 16:44:42 2011, 美东)
面试问起programming ability该怎么回答？有什么样板回答？已经不只一次在面试中
被问到自己的programming ability。已经读到这个阶段了，用过的语言/software也不
少，sas，R，perl，C，minitab，winbugs，但是究竟如何回答这个问题，感觉还是有
点无从下手。大家有什么建议？谁给写个回答样本。谢谢。 |
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l****a
发帖数: 336 | 21 模型通过, data load不上去, 总是提示"Expected variable name". 我查了code， 没
看到未定义参数阿。
跪求大侠指点问题在哪儿？
model{
#specify model
for(i in 1:n){
y[i] ~ dnorm(mu[i], 1) #likelihood
mu[i] <- inprod(wPrime[i,], eta[ ]) #process model
}
#prior distribution of coefficients
for(k in 1:R){
eta[k] ~ dnorm(0, 1)}
} # end of model
#data
list(
R=3, n=5,
y=c(0.8295724, 1.0092876, 0.6525292, 0.6990704, 0.3756401),
wPrime = structure(
.Data = c(
... 阅读全帖 |
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d******e
发帖数: 7844 | 22 所以说winbugs害人啊
★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器 |
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m**c
发帖数: 88 | 24 请问可以在R里call Matlab code 吗？
哪位碰到过类似问题啊？
现在有一部分代码只能是用Matlab来实现，比较复杂的，无法用R重写，所以只能想办
法在R里调用。
或者WinBUGS里能call Matlab Code？ |
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m**c
发帖数: 88 | 25
补充一点，我是想用 WinBUGS 或 R 来进行Gibbs采样，但这个过程用到一段复杂的
matlab code，这个code很复杂，我现在用R写不出来，所以想讨个巧，直接调用这个
code.
如果能用Matlab 进行Gibbs采样，Bayes推理也可以，但不会，高手给指点一下啊，不
能在R里调用，那在matlab里怎么Gibbs采样 |
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m**c
发帖数: 88 | 26 请问可以在R里call Matlab code 吗？
哪位碰到过类似问题啊？
现在有一部分代码只能是用Matlab来实现，比较复杂的，无法用R重写，所以只能想办
法在R里调用。
或者WinBUGS里能call Matlab Code？ |
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m**c
发帖数: 88 | 27
补充一点，我是想用 WinBUGS 或 R 来进行Gibbs采样，但这个过程用到一段复杂的
matlab code，这个code很复杂，我现在用R写不出来，所以想讨个巧，直接调用这个
code.
如果能用Matlab 进行Gibbs采样，Bayes推理也可以，但不会，高手给指点一下啊，不
能在R里调用，那在matlab里怎么Gibbs采样 |
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m**c
发帖数: 88 | 28 出现这个报错的可能的其他原因，但是还是不清楚为什么用均匀分布就报错？
a) 'undefined real result' indicates numerical overflow. Possible reasons
include:
- initial values generated from a 'vague' prior distribution may be
numerically extreme - specify appropriate initial values;
- numerically impossible values such as log of a non-positive number - check
, for example, that no zero expectations have been given when Poisson
modelling;
- numerical difficulties in sampling. Possible solutions include:
- better initial values;
- more ... 阅读全帖 |
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m**c
发帖数: 88 | 29 有个问题一直没解决,找不到人问,发上来希望能有高手指点一下.很简单的模型,线性高
斯模型, Y = A0 + A*X + e, 已知观测向量Y(5维的),系数矩阵 (A0,A)以及方差矩阵(V
),估计X(7维的). 现在的问题是,X维数太高,采样不收敛. 降低X的维数,比如我只估计X
[1],X[2],其他X分量的先验分布的方差设置的很小,这样相当于其他分量为固定值了,这
时后采样效果较好,算法收敛,但是进一步提高X的维数,比如下面这段程序里,估计X[1],
X[2],X[4],X[5],X[7],结果很不好.
想问问大家我这个程序这样写有没有问题?有没有办法改进,使得估计高维的X是结果仍
然可以接受?
model{
for (i in 1:n){
y[i,1:5]~ dmnorm( mu[], T[,] )
}
# computing the mu
for (i in 1:P){
mu[i] <- inprod(A[i,],x[,])+ A0[i,1]
}
... 阅读全帖 |
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p***l
发帖数: 1775 | 30 刚开始找统计工作
联系到一个finance company，做次级贷款的吧
公司的一个statistician最近会跟我在电话里聊聊 貌似是做Risk Management的
不知道该如何准备
个人估计她会问一下专业知识，因为毕竟是个statistician
但就不知到她会偏向哪方面。说句实话，个人对这些risk management不大懂得说（
fresh master，没做过这方面的research或者project）
在统计program 2年，修了一些课，比如说基础的regression, anova, probability,
inference. 还有些如sampling，bayesian,stochastic, industrial，clinical trial
，microarray analysis，econometrice. 这些课都修的挺明白的，成绩也很好。会做
一些multivariate analysis，Anova，Clinical trial的protocol writing 还有基因
表达分析都懂一些
R用的比较熟，sas 有advance证书，不过有段... 阅读全帖 |
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g*******u
发帖数: 148 | 31 My bad. Now I got you. The quick answer is, yes, people in my field are serious in the use of Bayesian . You can go check:
http://www.sawtoothsoftware.com/products/cbc/cbchb.shtml
As you can see, this is a module for the implementation of hierarchical
Bayes. The module is only 5 MB in size but asks for USD $2,000!
In the design phase we have several different methods to create surveys, while in the analytics phase the underlying method is all about random-effect logit model using hierarchical Ba... 阅读全帖 |
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b********1
发帖数: 2861 | 33 有没有人用R 或者 Matlab 做过RJMCMC model? 我知道Winbugs有函数可以做normal
distribution的RJMCMC， 但是我现在做的Poisson 和NB model 不能用.求哪位大侠指
点在选择proposal方面的经验。多谢！ |
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z****e
发帖数: 19 | 34 要会侃，要会卖。
要别人一提到比如metropolis-hastings,要眼睛一亮，眉飞色舞告诉她这个是MCMC算
stationary distribution的时候如果只能得到conditional distribution的一个
proportion, 这个算法提供一个更新参数的途径，用winbug就好，你看哥当年做的一个
project是这样的。 |
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w***c
发帖数: 14 | 36 先选定 list load 一下，然后再选那些matrix 的名字 再load 一下。 |
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A**P
发帖数: 260 | 38 All the Bayesian analysis.
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8 |
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p********1
发帖数: 1011 | 40 除了winbugs，有更好用的软件吗？ 根本不会编程。 |
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n*****3
发帖数: 1584 | 41 use bugs /winbugs.
but it usually takes a long time to fully master it..
if u do not master it, u will not even easily tell the result are
right or not.
good luck. |
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p********1
发帖数: 1011 | 42 winbugs code, 能推荐一下链接吗？ |
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p********1
发帖数: 1011 | 43 不是，我是问：能不能给个链接-有用winbugs做Hierarchical Bayesian Spatial
Model的code的？ |
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t*****a
发帖数: 459 | 45 就是做decision tree， Markov Chain Monte Carlo microsimulation.
以前用过TreeAge，很好用。现在手头没有TreeAge，以后的工作中可能不会经常做这类
分析，所以想知道能否先不买TreeAge, 用其他软件来做。但是我的编程能力比较低，
用R, STATA， SAS之类的都是作为分析工具，很少写程序性强的codes, 写过一些
simulation的codes都是比较简单的。另外听说
WINBUGS做Baysian的东西很强，但是这个东西我也没用过，如果用，要现学。如果用其
他软件做编程要花很多时间并且微调的时候比较费时费力的话，就打算还是买个
TreeAge license，如果用R或其他软件比较容易上手，就打算先试试手头已有的软件。
请做过这类的比较一下这些软件。谢谢！ |
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发帖数: 1 | 46 本人生统PhD，女，是公民，今年7月毕业，主要做cure rate survival analysis，用
的是Bayesian inference，老板是做Bayesian领域的大牛，在PhD期间做了几个project
，用的编程语言主要是WinBUGS，JAGS，R, SAS. 目前一篇一作的文章已被接收，除了
一直跟着老板做research外，其他的工作经验就一直是teaching，教了一些本科的统计
和数学课，分别有一个biochemistry和statistics的硕士学位，暑假会拿到生统的PhD。
求各位工业界的师兄师姐们给一个内推的机会。
因为家人在加州，很希望我和老公回去加州，自己也比较喜欢加州，所以要是加州的话
就最好了。当然其他州也没关系。
谢谢！ |
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发帖数: 1 | 47 有没有人熟悉JAGS 或 WINBUGS 的，还有对loglinear cognitive diagnostic model
和 Bayesian Networks Inference 熟悉的？想请一位大师帮忙写这个model的code, 我
可以付费。急用。请站内信联系我。
数据的情况如下，4 nodes (node1->node4, node2->node4, node3->node4), say 10
items nested per node, sample size is 100. Need to estimate the logit/
probability of between nodes, and items vs. nodes.
跪求！请大家帮下忙，我自己写了一点，一直出ERROR，太不熟悉BUGS 语言了。 先谢
过大家了。可以直接回复或站内信。 |
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发帖数: 1 | 48 你好，本人统计PhD即将毕业，熟悉SAS, R, Winbugs, Minitab 等多种统计软件。请问
，可否告知联系方式呢？ |
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发帖数: 1 | 49 你好，本人统计PhD即将毕业，熟悉SAS, R, Winbugs, Minitab 等多种统计软件。请问
，可否告知联系方式呢？ |
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d********m
发帖数: 3662 | 50 did winbug not satisfy you? |
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