f**********e
发帖数: 1994 | 1 你是要说 smith－waterman 那东西啊？DP 本来就是一个拆分问题的方法，每个
专业的人都该知道一点。但是要一个 CS 的人和一个 Bio 的人一起坐下来写 error
correction code 的 decoder （和 sequence alignment 一个道理哦），CS 的
人一定先写好。因为人家 CS 的底子在那里。（前提：要是 top 的 CS 学生对上
top 的 Bio 学生） |
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s***e
发帖数: 911 | 2 光是看蛋白的高分辨空间分布也非常重要啊。比如最近的这篇看Focal Adhesion蛋白空
间分布的:
P. Kanchanawong, G. Shtengel, A. Pasapera-Limon, E. Ramko, M.W. Davidson, H.
F. Hess, C. M. Waterman. “Nanoscale Architecutre of Integrin-based
Adhesions”, Nature, 468(7323): 580-4, 2010.
以及Sunny Xie和Xiaowei Zhuang看E.Coli nucleoid associated protein分布的:
Science 9 September 2011:
Vol. 333 no. 6048 pp. 1445-1449
DOI: 10.1126/science.1204697
Chromosome Organization by a Nucleoid-Associated Protein in Live Bacteria |
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s***e
发帖数: 911 | 3 光是看蛋白的高分辨空间分布也非常重要啊。比如最近的这篇看Focal Adhesion蛋白空
间分布的:
P. Kanchanawong, G. Shtengel, A. Pasapera-Limon, E. Ramko, M.W. Davidson, H.
F. Hess, C. M. Waterman. “Nanoscale Architecutre of Integrin-based
Adhesions”, Nature, 468(7323): 580-4, 2010.
以及Sunny Xie和Xiaowei Zhuang看E.Coli nucleoid associated protein分布的:
Science 9 September 2011:
Vol. 333 no. 6048 pp. 1445-1449
DOI: 10.1126/science.1204697
Chromosome Organization by a Nucleoid-Associated Protein in Live Bacteria |
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u*********1
发帖数: 2518 | 4 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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s***o
发帖数: 11 | 5 写的真好。
我在国内学过一段生物信息，至少自己动手算过smith-waterman alighment，呵呵。
但工作后自己生物信息用的少了，很多工作交给公司或者做计算的学生去做了。然后现
在来美国一个作bioinformatics的实验室从头开始学习transcriptome analysis，才做
了20多天，依然一头雾水，有你分享的这段经历，有信心多了。
而且和你有相同的体会，的确需要一个人，既懂一些计算，也懂一些生物，这样才能更
好更深刻的理解你所分析的东西。dry lab和wet lab结合的再好的地方，两个人毕竟是
两个人。
我也是抱着这样的目的，三十多了，还跑过米国学习生物信息。以前的项目看不懂公司
的分析结果，或者说只看懂了他们给我们看的哪些东西，不知道具体处理细节，结果找
出来SNV验证结果很不理想。
greb
readlines |
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w*****n
发帖数: 107 | 6 Two methods:
1) Streak the strain out on YPD plate (or selective plate), seal the plate,
and mail it in a pressure resistant envelope.
2) Grow the strain up in liquid culture (overnight is enough), put one
droplet (50-100ul) onto a small sterile waterman paper, wrap it with sterile
foil. Mail it in a regular envelope. |
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s***e
发帖数: 911 | 7 我背景不是生物的，所以观点可能不太全面。基本上这些研究强调的是机械力在细胞生
物学里的重要性。力的重要性在之前细胞生物学里似乎强调不足。比如这篇文章:
A. Engler, S. Sen, H.L. Sweeney, D.E. Discher. Matrix elasticity directs
stem cell lineage specification. Cell 126:677-689 (2006)
指出extraceluular matrix的物理硬度单一原因就能够决定干细胞分化方向。那么细胞
必须具有测量外部环境力学性质的能力。物理上这只有一种办法可以作到: 对外部环境
施加力，测量外部环境的力学形变。所以有一些细胞膜附近的蛋白必须具有类似弹簧的
功能，比较自己和外部环境受力下的相对形变，探测外部环境的力学性质。此外，这些
局部的力学探测必须导致细胞内的信号传递，否则这些力学信息就无法影响细胞整体行
为。最简单的方案是force sensing蛋白受力形变，影响自己和其它signaling蛋白的相
互作用, 实现force sensing.
P. Kanchanawong,... 阅读全帖 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 8 【 以下文字转载自 Returnee 讨论区 】
发信人: pacific (hh), 信区: Returnee
标 题: 中科院新增53名院士和9名外籍院士(名单)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 19 01:41:50 2013, 美东)
2013年12月19日14:24 中国科学院 我有话说(3人参与)
数学物理学部(9人)
序号 姓名 年龄 专业 工作单位
1 向涛 50 凝聚态理论 中国科学院物理研究所
2 孙鑫 74 凝聚态物理 复旦大学
3 励建书 53 数学 香港科技大学
4 汪景琇 69 太阳物理 中国科学院国家天文台
5 陈十一 56 力学 北京大学
6 陈恕行 72 数学 复旦大学
7 欧阳颀 57 凝聚态物理 北京大学
8 周向宇 48 基础数学 中国科学院数学与系统科学研究院
9 赵政国 56 粒子物理与原子核... 阅读全帖 |
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n***c
发帖数: 7400 | 9 斯坦福Zhu Feng 获百万大奖
For his trailblazing work developing new tools to edit the genome and
manipulate brain cells, molecular biologist Feng Zhang, 32, has won the
National Science Foundation's million-dollar Alan T. Waterman Award, given
annually to an outstanding scientist or engineer under the age of 35. Zhang
is affiliated with the Broad and McGovern institutes at Harvard University
and the Massachusetts Institute of Technology in Cambridge.
Zhang and his family moved from China to Des Moines wh... 阅读全帖 |
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I*****h
发帖数: 470 | 10 以前用过的Waterman的很大的filter paper，有一米见方那么大
最近想买，找不到了啊？
谁实验室有麻烦给个catlogue number吧。
谢谢！ |
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n*****3
发帖数: 514 | 11 我做过一些生物信息， 虽然是刚入门。
先说一些统计的问题， 用一些常规的tools, packages当然是数据分析， 但是在使用
现有工具时， 除了需要知道如何input, 什么是output, 还要理解和明白这些models,
packages, tools的统计基础， 这样你才能知道你的数据是否适合， 得到结果是否可
信。 如果针对你的数据没有现成的 methods, models, pacakges and tools， 那你就
需要发展 (developing) new models 或者延伸 (extending) current methods 去分析
你的数据， 这时候你就需要一些统计知识， 至少各种models, estimations of
parameters, hypothesis testing, assessing. 那么就需要统计硕士的知识。 如果，
你需要确定你的方法， more generalized 也好， 针对你的数据结构也好， 需要
mathematically 确定你的方法是正确的， 那就需要一些证明， 推导， 那么可能就需
要统计 ph.D.... 阅读全帖 |
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c******n
发帖数: 16403 | 12 Analtech的大板比较便宜， 不过waterman的质量好。
20毫克的粗产品， 250um的板子就够了， 不放心的话， 用两块， 或者用500 um
250， 500， 1000 um的的最大容量大约是20， 50， 100 毫克。 还有2000um的超厚板
， 不过少见而且效果一般。
上样的时候用滴管胡乱上样即可， 要求高又有耐性的话， 可使用applicator。
怕酸的产品需要先把板子用TEA之类中和。
用MeOH－DCM体系展开的时候， 需要先把chamber饱和蒸汽， 否则爬起来会出现严重边
缘效应， 中间部分分离效果变差。 最好把板子从中间破开成一半。
冲洗硅胶的时候要先把硅胶研碎。 我常用10％甲醇冲洗， 测试过， 95％ mass reco
very是很容易的。 如果产物极性特别大， 可以考虑用100％ 甲醇， 旋干后用丙酮sus
pension再用celite过滤去除溶解的硅胶。 |
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q***l
发帖数: 177 | 13 National Academy of Engineering Elects 66 Members and 10 Foreign Associates
WASHINGTON — The National Academy of Engineering (NAE) has elected 66 new
members and 10 foreign associates, announced NAE President Charles M. Vest
today. This brings the total U.S. membership to 2,254 and the number of
foreign associates to 206.
Election to the National Academy of Engineering is among the highest
professional distinctions accorded to an engineer. Academy membership
honors those who have made outstand... 阅读全帖 |
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g******6
发帖数: 782 | 14 http://www.nae.edu/56154.aspx
National Academy of Engineering Elects 66 Members and 10 Foreign Associates
WASHINGTON — The National Academy of Engineering (NAE) has elected 66 new
members and 10 foreign associates, announced NAE President Charles M. Vest
today. This brings the total U.S. membership to 2,254 and the number of
foreign associates to 206.
Election to the National Academy of Engineering is among the highest
professional distinctions accorded to an engineer. Academy membership
honor... 阅读全帖 |
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t*******e
发帖数: 42 | 15 Tarokh wins Waterman Prize
By Elizabeth A. Thomson
News Office
Tarokh |
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m****n
发帖数: 142 | 16 据欧洲方面来的消息，法国的Cedric Villani同学也有希望。
还有个传说，我本人不相信，说是Caltech搞应用数学的Candes也有希望，他拿了
Waterman奖。他最近到处
在给一些级别很高的talk，似乎在造势。 |
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c*****t
发帖数: 520 | 17 丘大师的相对杰出的学生，是要去竞争美国的学术大奖的。
丘大师明确地说：Veblen奖评选委员会主席认为田教授不够格，这个奖是他自己为田教
授争取到的。
而且按照丘大师的说法，田教授有严重学术欺诈问题，自己对田教授的水平的认识，是
被对方蒙骗了的。如果属实，那么田教授没有竞争重要荣誉的资格。丘大师作为主要推
荐人，是严重地不负责。
文教授只是要竞争院士。他和国内竞争者在院士评选上的竞争，就好像丘大师比较杰出
的几个学生，和美国数学界其他比较杰出的青年学者，在Waterman奖，Veblen奖上的竞
争那样。我没看出拿来作比较有什么可笑的。
文教授当选院士或许是笑话。但是按照丘大师的说法，田教授获得美国重要奖项肯定是
大笑话，当然这个笑话的制造者是丘大师。如果丘大师编造事实，目的是诬蔑自己最杰
出的学生，那么也是大笑话。 |
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v*********n
发帖数: 573 | 18 http://www1.bbsland.com/education/messages/240997.html
有人分析了田的工作，看来这厮是惯犯:)
yautian's comments on Tian's work are fair, but here are some more
information about these works:
The n=2 case of the KE metric of positive first Chern class was developed
from Tian's thesis by using a trick first found by Siu. Siu gave lectures at
Columbia and other occasions and Tian was in the audience. After that Tian
wrote up a
paper which became part of his thesis. Siu was very angry, and said that
Tian
had moral pr... 阅读全帖 |
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g***y
发帖数: 4784 | 19 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: woodland (wl), 信区: Chemistry
标 题: 科大GG杨培东获得NSF艾伦?沃特曼奖
发信站: BBS 未名空间站 (Tue May 15 12:38:11 2007)
科大牛人榜
Zhuang XiaoWei
Yang Peidong
Pan Jianwei
都是35岁以下的.
科大GG杨培东获得NSF艾伦?沃特曼奖
信源：NSF网｜编辑：2007-05-15｜ 网址：http://www.popyard.org 抄送朋友｜打印保留
八阕 http://www.popyard.org
【八阕】据美国国家科学基金会（NSF）官方网站5月15日报道，NSF将2007年艾伦 沃特
曼奖（Alan T. Waterman Award）授予加州大学伯克利分校的化学家杨培东。由于杨培
东在纳米线以及原子弦（strings of atoms）方面的开创性研究，一系列高技术设备显
示出了广泛的应用前景，包括微型激光器、计算机电路、太阳能板以及生物传感器等。
点击图片看原样大小图片 点
击
图 |
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t******n
发帖数: 6242 | 20 【 以下文字转载自 Returnee 讨论区 】
发信人: pacific (hh), 信区: Returnee
标 题: 中科院新增53名院士和9名外籍院士(名单)
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 19 01:41:50 2013, 美东)
2013年12月19日14:24 中国科学院 我有话说(3人参与)
数学物理学部(9人)
序号 姓名 年龄 专业 工作单位
1 向涛 50 凝聚态理论 中国科学院物理研究所
2 孙鑫 74 凝聚态物理 复旦大学
3 励建书 53 数学 香港科技大学
4 汪景琇 69 太阳物理 中国科学院国家天文台
5 陈十一 56 力学 北京大学
6 陈恕行 72 数学 复旦大学
7 欧阳颀 57 凝聚态物理 北京大学
8 周向宇 48 基础数学 中国科学院数学与系统科学研究院
9 赵政国 56 粒子物理与原子核... 阅读全帖 |
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m****s
发帖数: 18160 | 21 ☆─────────────────────────────────────☆
kingcrown (小母牛过生日) 于 (Mon Oct 18 08:26:14 2010, 美东) 提到:
是否已阅读：1）《站规》2）《版务操作简易手册》?:
已阅读
[申请ID]:
kingcrown
[申请版面]:
stock
[申请职务]:
版主
[版务经验]:
Stock版前版副，丰富的版务经验
[申请纲领]:
无为而治，娱乐包容；
百花齐放，百家争鸣。
[版规草案]:
尊重和遵守业已成熟的版规，并做到与时俱进！
☆─────────────────────────────────────☆
bullblade (放下牛刀) 于 (Mon Oct 18 08:42:47 2010, 美东) 提到:
支持！
☆─────────────────────────────────────☆
Chapterxi (ChapterXI＿先知三日．苦干一年) 于 (Mon Oct 18 08:48:40 2010, 美东) 提到:
re
☆──────────────────... 阅读全帖 |
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c****r
发帖数: 1109 | 22 说到笔，首先想到祖先流传下得毛笔。1954年在长沙左公山15号战国中期楚墓中已有出
土保存完好的毛笔。以木作杆，用竹管将毛套在木杆上，这是原始的毛笔。被列为中国
的文房四宝之一。
文具店里眼花缭乱的各式毛笔：
大明万历年制的御用毛笔：
刚刚上学时用的铅笔：
1930年代匈牙利记者拜罗Mr.Biro发明了第一支圆珠笔（Ball Point Pen）：
现代能写出漂亮书法（称之为硬笔书法）和送人的名贵礼物要数钢笔，一般坊间传说现
代钢笔是由华特曼(Lewis E. WAterman)所发明：
还有作为艺术使用的粉彩笔、蜡笔、灰笔、水彩、油画笔、彩色铅笔。
卡通图案笔：
人类的想象力是丰富的，看到能吃的笔吗？
许多同学会有在使用笔的时候有咬笔的习惯，来自荷兰的设计师Dave Hakkens就想到为
什么我不能设计一直能吃的笔呢？
来，请你吃蜡笔！其实这是一名叫做LUXIRARE的人用食物做成的可食用的颜料棒，色素
都是从玉米、草莓、橄榄等蔬菜和水果中提取的，笔芯则是坚果、芝麻等磨碎后粘合成
的。画饿了，就把它吃掉。
中国的餐桌上还有能吃的毛笔，毛的部分是酥糖，一支支毛笔插在笔筒里，端上饭桌，... 阅读全帖 |
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c****r
发帖数: 1109 | 23 说到笔，首先想到祖先流传下得毛笔。1954年在长沙左公山15号战国中期楚墓中已有出
土保存完好的毛笔。以木作杆，用竹管将毛套在木杆上，这是原始的毛笔。被列为中国
的文房四宝之一。
文具店里眼花缭乱的各式毛笔：
大明万历年制的御用毛笔：
刚刚上学时用的铅笔：
1930年代匈牙利记者拜罗Mr.Biro发明了第一支圆珠笔（Ball Point Pen）：
现代能写出漂亮书法（称之为硬笔书法）和送人的名贵礼物要数钢笔，一般坊间传说现
代钢笔是由华特曼(Lewis E. WAterman)所发明：
还有作为艺术使用的粉彩笔、蜡笔、灰笔、水彩、油画笔、彩色铅笔。
卡通图案笔：
人类的想象力是丰富的，看到能吃的笔吗？
许多同学会有在使用笔的时候有咬笔的习惯，来自荷兰的设计师Dave Hakkens就想到为
什么我不能设计一直能吃的笔呢？
来，请你吃蜡笔！其实这是一名叫做LUXIRARE的人用食物做成的可食用的颜料棒，色素
都是从玉米、草莓、橄榄等蔬菜和水果中提取的，笔芯则是坚果、芝麻等磨碎后粘合成
的。画饿了，就把它吃掉。
中国的餐桌上还有能吃的毛笔，毛的部分是酥糖，一支支毛笔插在笔筒里，端上饭桌，... 阅读全帖 |
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z*********8
发帖数: 332 | 24 不是五个 0？
account name 是电话号码？ 还是 要加1？
[在 eforce (waterman) 的大作中提到：]
:两个号转到 Tello，比我想象得要顺利，24小时内，都转成了 （pin 是 000000）。
:可惜没等到 Ting， 但号保住了，还不错。
:怀念用了一年的R+... |
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m***f
发帖数: 732 | 25 Twin peaks. Mt waterman |
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m***f
发帖数: 732 | 26 老三要不去mt waterman试试他们的雪场 |
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S******t
发帖数: 8388 | 27 寄信人: deliver (自动发信系统)
标 题: 本站转帐通知单
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 17 17:23:27 2010)
来 源: mitbbs.com
ShortCut，您好：
您转给 waterman,现金(伪币):10,收取手续费:0.1
站务
寄信人: deliver (自动发信系统)
标 题: 本站转帐通知单
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 17 22:42:56 2010)
来 源: mitbbs.com
ShortCut，您好：
您转给 GC,现金(伪币):10,收取手续费:0.1
站务 |
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GC
发帖数: 1409 | 28 发信人: GC (waterman), 信区: Stock
标 题: Re: 快去买MBI，还来得及！
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 9 14:38:12 2010, 美东)
Follow you! Hope not too late |
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y*****l
发帖数: 5997 | 29 ☆─────────────────────────────────────☆
qiuyueshifu (任逍遥) 于 (Fri Jul 16 13:27:51 2010, 美东) 提到:
说明：一个复杂而动态的市场是无法通过单一的指标来说明或预测运动趋势的。市场温度
是一个单一的Oscillator的指标，从数据公布到目前为止，对市场拐点，就是市场的阶段
性顶部和底部有辅助判断的功能。
指标是客观的，但判断是主观的。能否正确解读指标取决于判断者的经验和水平，随着
数据的逐步增加，希望大家一起来通过数据结合其他指标共同解读市场。
温度在高温区域没有钝化问题，步入低温区域70以下，有钝化现象，最低极值目前测到的
是19.4，最高值是2280。
假说1
牛熊分界线 大约是70。
假说2
市场同步
当市场指数与市场温度同步上扬，市场健康。
假说3
通过7月13.14.15三天观察，当市场sideway时，温度继续提高的话，往往是一个比较
大的调整。
假说4
通过7月26.27.28三天观察，当市场在sideway时，温度开始下降，可能是个非常良性的
调整，市场不会出现大幅下挫的可能... 阅读全帖 |
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m*******o
发帖数: 439 | 30 荷兰这场踢的不好，Drenthe不知为什么在打左后卫，很少到禁区。都是在大禁区外些
长传。上半场荷兰的进攻稍多，但是没有效率，射门没谱。英格兰靠一次反击中荷兰后
卫失误有Litr进球。下半场开始后荷兰逐渐加强工事，从10分钟后完全控制场面，不过
英格兰的后方保持的很好。而且荷兰的进攻完全放弃了自己的长处，拼命长传。就看到
球非进去，被皆为，再进去又被结尾。用解说的话就是整个下半场“one way traffic"
。最后时刻，荷兰右侧气球，Babel底线头球会做，Ritger禁区内导购破门扳平。加时
赛仍然是荷兰一边倒的进攻。仍然无序切无效。点球开始后，Drenthe中竹，但
Waterman扑出Hoyte点球。5论过后进入突然死亡。荷兰先后获得3次机会，最后终于在
第16轮淘汰英格兰进入决赛。补充：Babel今天状态不好，拿球，停球，传球，左丘都
茶 |
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h*********r
发帖数: 650 | 31 To help you become familiar with Denali, we highly recommend
reading the following books: "Denali's West Buttress" by
Colby Coombs, "Mt. McKinley, The Pioneer Climbs" by Terris
Moore, "The Ascent of Denali" by Hudson Stuck, "Surviving
Denali" and "High Alaska" by Jonathan Waterman, "Minus 148"
by Art Davidson, "Mountain Sickness" by Dr. Peter Hackett,
"Freedom of the Hills" by the Seattle Mountaineers,
"Climbing Ice" by Yvon Chouinard, "Backcountry Ski Book" by
Allen O'Bannon, "Snow and Ice Clim |
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