l**********1
发帖数: 5204 | 1 why only try BAC vector method only
alternatively you can try PB transposons vector
>Transfection of naked DNA has been used for large-cargo delivery.
Pronuclear injection of bacterial artificial chromosomes (BACs) has been
successful for transgenesis of up to 300 kb. However, the integrity,
integration site and copy number can not be controlled. BAC vectors have
also been used for targeting large cargos to defined genomic positions in ES
cells via homologous recombination (Valenzuela et al., 20... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 RE LZ
Did you read that Oxford nanopare NGS any relative paper? then replied with
below sentence?
1)
Nanopore 在
测长的DNA 上面有优势，号称没有 read length 的上限
2)
nanopore不用nuclease切DNA啊，你在哪里看到的。文章里明确说了，测完后还能
recover DNA的。它这个理论上就是靠DNA不同的碱基和那个pore蛋白的物理互作测序，
可能是氢键吧
3)
but now still has assembly problem
[ 47 ]
发信人: yuem0428 (ym), 信区: Biology
标 题: Re: 测序技术的重磅炸弹--Oxford Nanopore
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 22 17:43:13 2012, 美东)
I would say there are two problems.
1. IT support. All previous sequencing data are from ... 阅读全帖 |
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n********k
发帖数: 2818 | 4 B cells and LINE elements, transposons etc etc...tons of variations...DNA
damage repair... |
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x**e
发帖数: 163 | 5 tail-pcr, inverse-pcr would be more efficient. |
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x*****e
发帖数: 309 | 8 circlization挺靠谱的，我10年前在细菌里面做过。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 11 要做mouse cell-based的insertion screen，需要得到大量(million）的单insertion的
细胞。这个一般是lentivirus/retro好做，还是PB和睡美人好做？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 12 continue:
The "modern synthesis" of genetics and Darwinian evolution involves
mutations, variation caused by gene rearrangement, and natural selection.
>New variants of genes added to population through mutation - caused by
mistakes in replication, UV and radiation, and transposons.
>Recombination of genes by segregation and independent assortment produce an
almost limitless number of possible genotypes and thus a very large number
of possible phenotypes.
>Randomness and small steps of variation... 阅读全帖 |
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a******k
发帖数: 1190 | 13 糊涂了，似乎刘小乐做过transposon，没听说翁志萍做
但是刘小乐不是千人吧，而且她们似乎都不是冠名教授 |
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l********k
发帖数: 14844 | 14 谁知道他们做转基因的时候有没有加transposon之类？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 15 法国人民来了
还没看paper，但是忍不住冒个泡
这个理论上是survival的实验，不明白为什么不放survival curve，只给risk的图
而且survival经典test也没有啊？
昨天跟实验室两个法国人一个在美国做过五年的博后一个正式职位的讨论到这个问题，
两个人完全反对转基因啊，什么genome不稳定啊，transposon啊等等，我真是目瞪口呆啊
法国人看来是跟转基因死磕了，虽然核电站遍地都是。 |
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q*****d
发帖数: 445 | 16 老板给了一个研究transposon定位的问题，半年多也搞不定，请专家学者们给分析一下：
就是一质粒被线性化之后转化到动物细胞之中进行随机整合，这个整合位点随着分裂会
在同一个位点形成好几百个copy，现在老板想让我把整合位点给找出来。我试了Random
PCR和Digest DNA, ligate with adaptor， PCR，但是这两种方法都没有找到整合位
点，测序结果发现，PCR产物都是来源于转化载体。我也查了一些文献，都说自己的方
法行，但不知道那个方法更实用？因为一个整合位点只有前后两个结合点是需要的信息
，而那个载体本身的copy数却有好几百，所以干扰非常的大。
请牛人们帮忙分析一下！ |
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n*********m
发帖数: 38 | 17 I think tonight Noble prize will be award to one of the following research
topic/scientist:
left-right asymmetry theory/Hiroshi Hamada etc,
signal transduction/Lewis C Cantley, Tony Pawson (?) etc,
or autophagy/ one from Japanese,
insertional transposon mutagenesis/AC Spradling & GM Rubin. |
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m******g
发帖数: 467 | 18 Science 13.11.15 (包含Editor's Choice等推荐的其他杂志的文章，之后省略这句话)
推荐：
1. Dosage compensation via transposable element mediated rewiring of a
regulatory network
D. miranda在1 my前出现neo-X chromosome, TE-mediated rewiring of regulatory
network (domestication, amplification, and fine-tuning) followed by erosion
of nonfunctional parts of the transposon
idea挺有趣的.
2. Long-term dynamics of adaptation in asexual populations
Power law model fits/predicts the data better than Hyperbolic model with an
asymptote.
Fitne... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 19 Science 13.11.15 (包含Editor's Choice等推荐的其他杂志的文章，之后省略这句话)
推荐：
1. Dosage compensation via transposable element mediated rewiring of a
regulatory network
D. miranda在1 my前出现neo-X chromosome, TE-mediated rewiring of regulatory
network (domestication, amplification, and fine-tuning) followed by erosion
of nonfunctional parts of the transposon
idea挺有趣的.
2. Long-term dynamics of adaptation in asexual populations
Power law model fits/predicts the data better than Hyperbolic model with an
asymptote.
Fitne... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 20 PNAS 14.2.4
稍微了解一下：
1. Mutational landscape of yeast mutator strains
2. Lineage-specific expansions of TET/JBP genes and a new class of DNA
transposons shape fungal genomic and epigenetic landscapes |
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m******g
发帖数: 467 | 21 PNAS 14.04.08
推荐：
1. Origin, inheritance, and gene regulatory consequences of genome dominance
in polyploids
subgenome dominance: # gene loss and gene expression level
transposon load vs subgenome dominance |
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m******g
发帖数: 467 | 22 Nature 14.04.17
稍微了解一下：
1. miRNAs trigger widespread epigenetically activated siRNAs from
transposons in Arabidopsis
easiRNA resemble secondary siRNA
latent mechanism that targets tranposon transcripts
小知识：
1. Sperm RNA carries marks of trauma
Stress alters miRNA expression level in mice
which leads to depressive behavior in later generations
stress on mother, F2 generation of F1 males shows disorder
so does F3
2. Dissecting appetite
The hunger circuits has been mapped in mouse
3. Mouse already... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 23 Why not try combination of transposon and adenoviral and lentiviral vector
just 1-2 days,
Zhang W et al., (2013).
Hybrid adeno-associated viral vectors utilizing transposase-mediated somatic
integration for stable transgene expression
in human cells.
PLoS One. 8: e76771.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24116154 |
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s*****i
发帖数: 315 | 24 Gene越大包装效率越低，你给自己的gene加个小tag，感染完了染色看看吧
没做过in vivo，不太清楚。
体外做时我从来不提纯病毒的，直接用medium感染，但是效果很好
你的靶细胞基本不会分裂，即使感染成功，整合到基因组的效率不会太高的。不知道有
没有基于transposon的系统
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.7 |
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A******r
发帖数: 974 | 25 http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00259414
Molecular and General Genetics
May 1990, Volume 221, Issue 3, pp 475-485
Excision and transposition of two Ds transposons from the bronze mutable 4
Derivative 6856 allele of Zea mays L.
Michael F. Dowe Jr.,
Gregg W. Roman,
Anita S. Klein
包子酬谢。 |
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z*t
发帖数: 863 | 26 最近nature有一篇文章用transposon+barcode说即使是transplant后体内绝大多数造血
过程也是由progenitor cell而非stem cell负责的，当然他们主要是用老鼠，我怀疑在
人里做时间长了之后会不会看到stem cell的克隆。这个strategy对其它系统也应该适
用。
PS:我觉得很多组织器官因为turnover慢其实很少涉及到tissue homeostasis的概念，
血液系统，肠道，皮肤这种turnover速度很快的系统才涉及到homeostasis，所以只有
在challenge这些homeostasis比较慢的组织器官时才能找到特定细胞的功能
.
homeostasis
contribute |
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x********e
发帖数: 35261 | 27 transposon 做lineage marker这个想法八，九十年代就出了一篇Science，是个大牛，
名字我不太记得了。前段时间journal club的时候我们还说这想法应该继续做下去呢，
没想到已经有人做了啊。 |
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C****n
发帖数: 79 | 28 这方面没有系统的研究，但是circular载体转化以后，大部分是整合在genome 的
transposon 里，所以应该是NHEJ率很高，对吧？ |
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j****n
发帖数: 3370 | 29 难道是Yarrowia？
nhej效率非常高 我同学试着加nhej抑制剂 看看能不能提高效率
你也可以试试
[在 CHUNan (CHUNan) 的大作中提到：]
：这方面没有系统的研究，但是circular载体转化以后，大部分是整合在genome 的
：transposon 里，所以应该是NHEJ率很高，对吧？
：........... |
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l*******i
发帖数: 153 | 30 这取决于你的载体的优点与A细胞在基础研究和临床应用中的重要性。
首先，与目前广泛使用的AAV，retroviral, lentiviral, transposon, episomal,
minicircal等gene delivery tools相比，你的vector有哪些优势：
转染效率如何？
安全性如何？
稳定转染的时间有多长？不会出现transgene silencing?
在deliver大于10kb的transgene cassette 有优势吗？
less immunogenicity?
操作简易程度如何？
成本控制怎样？
如果以上问题都是肯定的，特别是优于viral vector，那么你直接就上nature biotech
或nature methods吧。如果有一半问题是肯定的，那么PNAS档次的应该可以一试；如果
上述三分之一的问题是肯定的，那你就试试molecular therapy。
如果你能拿到病人的细胞，做个correction，在评价一下corrected cell的功能与
efficacy & safety profile，可以试试science tran... 阅读全帖 |
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s********r
发帖数: 312 | 31 建议用PB transposon做，比virus方便多了 |
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g********0
发帖数: 6201 | 32 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: liuxiong (雄奇), 信区: Faculty
标 题: 饶教授重金挖入的 “青千” 论文被撤稿了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 24 22:31:54 2016, 美东)
偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived prote... 阅读全帖 |
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q******g
发帖数: 3858 | 33 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: liuxiong (雄奇), 信区: Faculty
标 题: 饶教授重金挖入的 “青千” 论文被撤稿了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 24 22:31:54 2016, 美东)
偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived prote... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 34 gmo食品最大的问题是：有些（～0.1%）的基因片段进入人体内没被消化成单个的核酸
。这些dna序列有些就是植入的片段。一般来说植入片段突变比例都比普通dna序列高很
多，如果是transposon之类的，可以在genome内到处跑，导致很多基因失效，还会遗传
。所以这种潜在威胁谁也预测不了。
当年1930年代pesticide出来时也是一致叫好，结果1960年代就傻眼了。epa发展最鼎盛
时期是1960-1990，拜托pesticide。谁敢打包票说gmo食品不出现像pestcide一样的问
题？30年后monsanto的专利正好失效，中国等3类国逐渐掌握了相关技术，到时肯定会
出来很多gmo副作用的报告，有啥用，monsanto的股东钱赚够了，全世界一代人都被污
染了。欧洲本身知道这种玩的套路，所以干脆拖30年再说。 |
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j****r
发帖数: 200 | 35 时常能看到关于不同耐药性以什么方式传播的问题，（transformation, conjugation,
transduction, transposon),但从来没看见有关的讲解。请问什么地方有相关内容的
讲解呢。谢啦 |
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