j******i
发帖数: 939 | 1 transposon有很多 你指哪个啊 sleeping beauty? piggybac? 而且同一个transposon
有不同的升级版本。 |
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a***e
发帖数: 1010 | 2 请问 那里能找到 transposon序列文件 .fasta格式的
多谢多谢 |
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s******s
发帖数: 13035 | 3 以前记得是找个transposon里面的RE site, 再找一个frequent cutter,
切下来然后circlization，PCR测序。这个方法效率如何？有没有更加方
便的方法？怎么想这个circlization不怎么靠谱 |
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b******n
发帖数: 4225 | 4 啥菌？有的菌可以直接用transposon上的引物测序
好像Salmonella和E. coli不能直接测序 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 5 linker-based PCR
plus
iMapper soft:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18974167
//geocachingsoftware.com/imapper.html
more details
please to to E-Book
Chapter 2:
its link:
FTP://ftp.sanger.ac.uk/pub4/theses/kong/chapter2.pdf
citation:
>Based on these expectations, a web-based server called iMapper (Insertional
Mutagenesis Mapping and Analysis Tool) was developed for the efficient
analysis of insertion site sequence reads against vertebrate and
invertebrate Ensembl genomes. Taking linker-based PCR se... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 6 Mobile genetic elements
MGEs are non-essential (accessory) genomic elements composed of genes and
structural features that facil- itate their spread both within and between
organisms (Doolittle and Sapienza, 1980; Orgel and Crick, 1980). They are
found in the genomes of all prokaryotes and eukaryotes. MGEs share many
features and often share a common ancestry with viruses. The main difference
is that viruses are usually capable of extracellular persis- tence.
MGEs, including defective forms, are... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 7 The role of small non-coding RNAs in genome stability and chromatin
organization
http://jcs.biologists.org/content/123/11/1825.full
Josien C. van Wolfswinkel and René F. Ketting*
Journal of Cell Science 123, 1825-1839
© 2010. Published by The Company of Biologists Ltd
doi:10.1242/jcs.061713
Summary
Small non-coding RNAs make up much of the RNA content of a cell and have
the potential to regulate gene expression on many different levels.
Initial discoveries in the 1990s and early 21st centur... 阅读全帖 |
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s******k
发帖数: 4 | 8
这篇文章俺也读过了，确实很有意思。不过他们用transposon标记HSC，不怕
transposon随机插入个什么oncogene吗？我记得以前就有人用transposon建立KO小鼠或
者肿瘤模型。这种对基因组本身就有很大影响的系统是不是真的准确反应HSC in vivo
behavior可能还需要时间考验吧 |
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r**********e
发帖数: 587 | 9 要研究某一种transposon element在基因组的分布情况。就是根据repeatmasker，
找出所有含有at least one such transposon element的基因，然后把gene list直接
放到GO term里去（这里background gene set就是default的人类基因组的所有基因）
。目的是看这些基因是否专门富集到某种category
最后结果的top hit是channel gene；但是有一个问题，很多channel gene（或者广义
说brain gene）整个的gene size就比一般的基因大的多，有非常长的intron区域。
对于gene enrichment/ontology,这个基因长度是不是很大的bias？我搜索到一些paper
也有讨论这个问题的。我不知道gene ontology的网站或者什么DAVID在计算的时候是否
已经考虑了这个基因大小的bias？
我还有一个想法，就是那gene size作为分母，而一个基因里含有几个transposon
element作为分子；这样一除就是一个权重score，比如：
g... 阅读全帖 |
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c**i
发帖数: 6973 | 10 Michael Wines, A U.S.-China Odyssey: Building a Better Mouse Map. New York
Times, Jan 29, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/01/29/world/asia
/29china.html?_r=1&scp=1&sq=fudan&st=cse
Note:
(a) Tian Xu, PhD, Department of Genetics, School of Medicine, Yale
Universoty, undated.
http://medicine.yale.edu
/genetics/people/tian_xu.profile
Quote:
"Professor of Genetics; Vice Chairman of Genetics; Investigator, Howard
Hughes Medical Institute; Director, Yale Center for Functional Genomics"
"Education[:]... 阅读全帖 |
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a****r
发帖数: 12375 | 11 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: uooes (天涯), 信区: Biology
标 题: 科学家惊奇发现章鱼基因不属于地球？
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jul 6 01:13:39 2017, 美东)
章鱼有33,000个蛋白质编码基因，比人类基因组复杂很多，这也是目前地球上所有生物
里，都看不到的基因组。海洋充满了许多人类至今仍然不清楚的神秘生物，随着科技的
进步，海洋生物学家可以往更深的海洋进行研究，而且，每年都会有新发现。近期，研
究人员发现，如管鱿、墨鱼还有章鱼，它们的进化可以追朔到至少五亿年前，比陆地上
的物种都还早。
章鱼的适应力很强，在海洋的任何角落，都看得到它们的踪影，其拥有非常强大的神经
系统，而这项革命性的新基因测序，显示出章鱼与地球上的其他动物都不同。对全世界
的海洋生物学家来说，这是项令人振奋的新发现。来自美国芝加哥大学的Clifton博士
说：“章鱼可以巧妙解决问题的能力，让它与地球上其他动物（包括软件动物）都不一
样。”
因为章鱼可以学习记忆的能力，让科学家百思不得其解，所以才有了这次的基因测序实
验。这有助于解释... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 12
Download pdf published by SfN (Chapter from 'The History of Neuroscience in
Autobiography, Volume 8' edited by Larry R. Squire)
Yuh-Nung Jan's CV
Lily Jan's CV
Yuh-Nung Jan and Lily Jan
Birth
Family History and Growing Up
National Taiwan University
The Hiking Trip to Shitou in the Spring of 1967
Graduate School Application
Graduate Study at Caltech (1968锟974)
Seymour Benzer Lab (1974锟977)
Steve Kuffler锟絪 Lab at H... 阅读全帖 |
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c**i
发帖数: 6973 | 13 Michael Wines, A U.S.-China Odyssey: Building a Better Mouse Map. New York
Times, Jan 29, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/01/29/world/asia
/29china.html?_r=1&scp=1&sq=fudan&st=cse
Note:
(a) Tian Xu, PhD, Department of Genetics, School of Medicine, Yale
Universoty, undated.
http://medicine.yale.edu
/genetics/people/tian_xu.profile
Quote:
"Professor of Genetics; Vice Chairman of Genetics; Investigator, Howard
Hughes Medical Institute; Director, Yale Center for Functional Genomics"
"Education[:]... 阅读全帖 |
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j******i
发帖数: 939 | 14 差不多的就是nucleic acid research和 Journal of virology 稍高的pnas, 在高的就
是nature biotechnology了 很少发
nature science 除非有临床上的数据或者有意料之外的结果需要广而告之的 才显得有
必要发
不知道你所指非病毒是那种 如果是transposon的话 相比virus insertional
mutagenesis的可能性小一些 efficiency 稍差
一些 现在已经有transposon和virus的复合体了 比如sleeping beauty-lentivirus
chimeric system 既保证efficiency又
安全一些
你说的是哪篇文章啊 |
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r**********e
发帖数: 587 | 15 或许我没说清楚。DE什么的我完全不懂，貌似是RNA-seq数据分析？differential
expression?（刚才查阅后才知道好像ChIP-seq也是可以用DESeq2来分析）
其实我真正研究的是某一种transposon element（只不过碰巧是某个TF ChIP-seq的
binding之一）。我其实做的事情就是根据repeatmasker，找出所有含有at least one
such transposon element的基因，把gene list直接放到GO term里去。
而我的背景list就是default的人类基因组所有的基因吧？
reference。
GO |
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u***s
发帖数: 318 | 16 章鱼有33,000个蛋白质编码基因，比人类基因组复杂很多，这也是目前地球上所有生物
里，都看不到的基因组。海洋充满了许多人类至今仍然不清楚的神秘生物，随着科技的
进步，海洋生物学家可以往更深的海洋进行研究，而且，每年都会有新发现。近期，研
究人员发现，如管鱿、墨鱼还有章鱼，它们的进化可以追朔到至少五亿年前，比陆地上
的物种都还早。
章鱼的适应力很强，在海洋的任何角落，都看得到它们的踪影，其拥有非常强大的神经
系统，而这项革命性的新基因测序，显示出章鱼与地球上的其他动物都不同。对全世界
的海洋生物学家来说，这是项令人振奋的新发现。来自美国芝加哥大学的Clifton博士
说：“章鱼可以巧妙解决问题的能力，让它与地球上其他动物（包括软件动物）都不一
样。”
因为章鱼可以学习记忆的能力，让科学家百思不得其解，所以才有了这次的基因测序实
验。这有助于解释，为什么章鱼可以迅速改变皮肤颜色，科学家也发现，章鱼基因里充
满了“转座子（transposons，亦称跳耀基因，Jumping Genes）”，这些基因可以在基
因组里重新排列，让它们真的很像外星生物。
章鱼有33,000个蛋白质编码基因，比人... 阅读全帖 |
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w********l
发帖数: 11447 | 17 我严重怀疑你有没有做过基础生物实验，比如transposon, 比如kockout pathway
study |
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d**e
发帖数: 2420 | 18 今天在微博上看到
http://transposon.t.sohu.com
内含子：“杜牧之不但是大诗人，还是一位天才的预言家。他在一千多年前就预见到今
天的中国会有一个大学校长不务正业，吃饱了撑的没事干，爱好佛学，没有能力，散发
着神棍的臭味。于是他悲愤地写道：清时有味是无能，闲爱孤云静爱僧。。。” |
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w********2
发帖数: 632 | 19 非标靶效应
这个是关键
还有基因非计划性扩散
transposon相比普通genome片段非常活跃 |
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w********2
发帖数: 632 | 20 gmo食品最大的问题是：有些（～0.1%）的基因片段进入人体内没被消化成单个的核酸
。这些dna序列有些就是植入的片段。一般来说植入片段突变比例都比普通dna序列高很
多，如果是transposon之类的，可以在genome内到处跑，导致很多基因失效，还会遗传
。所以这种潜在威胁谁也预测不了。
当年1930年代pesticide出来时也是一致叫好，结果1960年代就傻眼了。epa发展最鼎盛
时期是1960-1990，拜托pesticide。谁敢打包票说gmo食品不出现像pestcide一样的问
题？30年后monsanto的专利正好失效，中国等3类国逐渐掌握了相关技术，到时肯定会
出来很多gmo副作用的报告，有啥用，monsanto的股东钱赚够了，全世界一代人都被污
染了。欧洲本身知道这种玩的套路，所以干脆拖30年再说。 |
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M*P
发帖数: 6456 | 21 牛逼。
：gmo食品最大的问题是：有些（～0.1%）的基因片段进入人体内没被消化成单个的核酸
：。这些dna序列有些就是植入的片段。一般来说植入片段突变比例都比普通dna序列高
很多，如果是transposon之类的，可以在genome内到处跑，导致很多基因失效，还会遗
传。所以这种潜在威胁谁也预测不了。 |
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w********2
发帖数: 632 | 22 不是的。如果有mi rna transposon promoter之类的完整进入人体内，就可能对基因表
达甚至genome本身起作用。它们和普通的食物中的基因片段是很不一样的。 |
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w***u
发帖数: 17713 | 23 那么绝情啊？什么transposon，CD20之类也是听过的，转生就不能比连最基本的krebs
cycle都没听过的普通码农有优先权？
e |
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发帖数: 1 | 24 偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived proteins regulate active DNA
demethylation in Arabidopsis’
北大生命科学学院钱伟强研究组揭示拟南芥DNA主动去甲基化调控的新机制
http://pkunews.pku.edu.cn/xxfz/2016-08/0... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 25 偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived proteins regulate active DNA
demethylation in Arabidopsis’
北大生命科学学院钱伟强研究组揭示拟南芥DNA主动去甲基化调控的新机制
http://pkunews.pku.edu.cn/xxfz/2016-08/0... 阅读全帖 |
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g********4
发帖数: 4959 | 26 It is a transposon with strong activity. |
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k**t
发帖数: 63 | 27 请教大家一个问题：
最近想Check以下，分离得到的一个菌株是否具有trimethoprim 抗性，以便确定下一步
插入transposon的抗生素选择，请问大家用什么样培养基进行trimethoprim 抗性测试
。我试过LB 培养基，不知为什么，到200ug/ml菌还能生长，是不是说明这个菌具有
TMP抗性呢？ 可是我的对照的E.COLi 有时也能生长。请大家指点。
非常感谢 |
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h*****4
发帖数: 1158 | 28 外行问一下这个生物合成是不是还都是在细菌或酵母里通过发酵来完成？还是老套路的
transposon突变或是promoter engineering或是搞些sigma因子突变之类的，然后筛有
用的mutant株么？这些不都是这基本的微生物技术手段么？有那么火么～偶是外行，还
停留在几年前的认识上，大牛不要拍 |
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K**4
发帖数: 1015 | 29 siRNA targeting exogeneous or virus genes.
miRNA targeting endogenous mRNA.
piRNA targeting transposon. |
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c**n
发帖数: 73 | 30
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
most
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
These two are no longer true.
Check out these two papers
Single-copy insertion of transgenes in Caenorhabditis elegans
Christian Fr?kj?r-Jensen1,2, M Wayne Davis1, Christopher E Hopkins1, Blake J
Newman1, Jason M Thummel1, S?ren-Peter Olesen2, Morten Grunnet2,3 & Erik M
Jorgensen1
Targeted gene deletions in C. elegans using transposon excision
Christian F |
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j*****d
发帖数: 787 | 31 looks like he/she is a "wen ke sheng", that's why Xu's mouse modles
supprized him/her.
Yes, his piggy transposon (?) mouse mutagenesis is wonderful and makes me
envy. These works are only done in Fudan?
Behavior genetics has been set up more than 50 years ago. More genes are
adding on the list now. |
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M*****n
发帖数: 16729 | 32 this commetator is mean.
Piggybac is great, though transposons are never as unbiased as chemical
mutagens. |
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z*t
发帖数: 863 | 33 目前用得挺好，UMN一哥们用这套系统找到了几个new oncogene
但transposon么，local hoop这些bias还是有的。
mouse的牛人可以具体讲讲。 |
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j******i
发帖数: 939 | 34 You got me! Adv can transduce nondividing cells for sure! A PI who I
respected most told me that Adv can not
infect non-dividing cells, so I never doubt about it!
Yes, uncertain insertional property with preference to genes is a major
limitation of using lentivirus. Although
its insertion characteristic is modified by combining with transposon and ZF
, these chimeras are less efficient
in titer and transduction compared to wide type.
Totally agree that site-directed lenti will be a great achieve... 阅读全帖 |
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b****n
发帖数: 311 | 35 许田的老鼠一点都不让别人用，这是他最大的问题。自己想独吞，能吞多少。而且
transposon mouse mutagenesis 他也不是独家。记得sleep beauty做老鼠cancer是和他同一年的
paper。piggybac 后来mario capecchi lab重新做了一遍，再加了些改进。capecchi lab 的一
作现在在交大都是973首席了。
许田在复旦要建mouse mutant library,差不多6年了，没见有什么有意思的东西出来，
当然有可能在酝酿爆发中... |
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b****n
发帖数: 311 | 36 许田的老鼠一点都不让别人用，这是他最大的问题。自己想独吞，能吞多少。而且
transposon mouse mutagenesis 他也不是独家。记得sleep beauty做老鼠cancer是和他同一年的
paper。piggybac 后来mario capecchi lab重新做了一遍，再加了些改进。capecchi lab 的一
作现在在交大都是973首席了。
许田在复旦要建mouse mutant library,差不多6年了，没见有什么有意思的东西出来，
当然有可能在酝酿爆发中... |
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z*t
发帖数: 863 | 37 成果不大，他们的screen目前没有特别漂亮的结果，现在就靠PB transposon活着。而
Allan Bradeley还有Nacy Jenkins等一批人则用他的这个PB做了不少事情。。。但许田
这个所的人在复旦还是很傲的 |
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O******e
发帖数: 4845 | 38 这个sleeping beauty transposon system现在到底做得咋样？究竟有多少发展空间？
怎么个人感觉做了那么多年，好像也没啥大的发展和应用？
欢迎讨论，谢谢。 |
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D*a
发帖数: 6830 | 39 神马是sleeping beauty transposon？ |
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j*b
发帖数: 341 | 40 老头老太对手下人很好。老头很聪明sharp。
做的东西肯定可以带走。
Sleeping Beauty Transposon System 可以work。
这两个人和睡美人被singapore耽误了。想一想三年建实验室招人，两年长瘤子。时间
太短了。 |
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y********8
发帖数: 23 | 41 我想找一个vector能够random insertion into yeast genome，类似于transposon一样
，但是插入位点最好没有序列特异性，因为我想做一个insertion mutation library，
并且vector上有合适的克隆位点，我要克隆一个cDNA进去。
不知道yeast中有没有这样的vector? 如果有， 能推荐一个么？ 太谢谢了!! |
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s********n
发帖数: 2939 | 42 没做过yeast的insertion，好奇的问transposon不能用在yeast么？ |
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w*******e
发帖数: 63 | 43 你读过snyder前些年的paper吗？
比如
Genes Dev. 1994 May 1;8(9):1087-105.
Large-scale analysis of gene expression, protein localization, and gene
disruption in Saccharomyces cerevisiae.
Burns N, Grimwade B, Ross-Macdonald PB, Choi EY, Finberg K, Roeder GS,
Snyder M.
Source
Department of Biology, Yale University, New Haven, Connecticut 06520-8103.
和
Genome Res. 2004 Oct;14(10A):1975-86.
Large-scale mutagenesis of the yeast genome using a Tn7-derived multipurpose
transposon.
Kumar A, Seringhaus M, Biery MC, Sa... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 44 People observed some transposon activation in somatic cells. But for germ
cells in higher mammals, it is hard to believe, though.
,
allele
theory.
specific
rapid |
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m*********r
发帖数: 136 | 45 Hi,there,
can anybody get access to this article
"Transposon-mediated BAC transgenesis in zebrafish"
Thanks. |
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a******p
发帖数: 414 | 46 没有邮箱，怎么给你？
"Transposon-mediated BAC transgenesis in zebrafish and mouse????" |
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f***y
发帖数: 53 | 47 对我是做这个的，涉及到食品工业中常见的一种污染菌种。我看过一些文献多是通过
transposon构建出一堆突变体，然后筛选那些毒害作用大增或是大减的突变体。至于分
子机理方面，我觉得也是信号通路那一套呀。但是同样做这个菌的食品系就比较侧重
detection, control方面的。我想这个东西跟转基因作物不同，那个是改造作物然后散
播种子发扬光大，而致病菌，污染菌只能是想办法发展检测技术，或是怎么控制它的生
长。这个出路在哪里呢？
match |
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f***y
发帖数: 53 | 48 对我是做这个的，涉及到食品工业中常见的一种污染菌种。我看过一些文献多是通过
transposon构建出一堆突变体，然后筛选那些毒害作用大增或是大减的突变体。至于分
子机理方面，我觉得也是信号通路那一套呀。但是同样做这个菌的食品系就比较侧重
detection, control方面的。我想这个东西跟转基因作物不同，那个是改造作物然后散
播种子发扬光大，而致病菌，污染菌只能是想办法发展检测技术，或是怎么控制它的生
长。这个出路在哪里呢？
match |
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