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全部话题 - 话题: transfac
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a*****f
发帖数: 30
1
来自主题: Biology版 - 求问Transfac库
求问谁有Transfac的Position Weight Matrix库?直接购买太贵了,老板不肯买。
bow谢
S*********s
发帖数: 304
2
这玩意确实有很多false positive
一般不用它做discovery,只能用于验证,或者candidate approach.
流程如下:
1.如果我要找的TF,或experimentally有点hint在mouse, human,rat等都conserve
那么我就在conserved region找conserved promoter region
UCSC genome.ucsc.edu
2.还是用TESS,或者原来的Transfac
google transfac,transfac是德国哥廷根大学bioinfo系主任wingande拉了一些做
motif识别的人搞的,一般就用他们的academia version.
他们有个收费的professional version,号称有很多实验
验证过的数据,穷人没用过。
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
这个把transfac前几版本的数据库都包括了,可用。
找出一些candidate之后,再到UCSC里面去看,现有有一些Ch-IP的data available,再
筛一... 阅读全帖
z*****d
发帖数: 1
3
TRANSFAC - The Transcription Factor Database
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/
这个应该是最牛的了。
h******b
发帖数: 312
4
transfac? http://transfac.gbf.de/TRANSFAC/
can search binding site and factors that bind to the sites!


M********n
发帖数: 31
5
ENCODE这东西太general,就像一本《永乐大典》、《四库全书》
其实,没有什么novel的findings,就是编了一本dictionary,或者用他们的话说
catalog而已
ENCODE里面比较有用的,也就是他们做的TF的map吧
(请看他们paper之一:“Circuitry and Dynamics of Human TF Regulatory
Networks”)
他们用的是DNase footprinting
给我的感觉是,false positives 太多
每个cell-type多达800多万个binding sites
这不是问题,问题是,知道这些sites
本身没用,要知道什么TF bind到这些sites
最终他们还是用了TRANSFAC的数据
在TRANSFAC里有出现的binding sites留下,其他滤掉
这相当于什么都没做
f*****y
发帖数: 464
6
谢谢回复。
我用的是kyoto University的TFsearch program, 它用的是TRANSFAC的database.
我不是做transcription的,为了做个gene model的图才想看看promoter.
s*********s
发帖数: 110
7
http://www.biobase-international.com/index.php?id=transfac
www.gene-regulation.com
德国哥廷根大学生物信息学系主任 Wingender的公司
CSHL的Michael Zhang也参与了(不太sure)
业内算比较权威的
仅供参考
j****x
发帖数: 1704
8
Transfac是老牌数据库,用户很广,但是目前做的最细致的,应该算是genomatix,实
验数据结合预测分析整合的最好。一个德国公司。
http://www.genomatix.de/en/produkte/genomatix-software-suite.html
c****y
发帖数: 373
9
去TRANSFAC,用里面的工具预测
i******0
发帖数: 17
10
请问这transfac 要收钱不? 有没有free 的可用?
l**********1
发帖数: 5204
11
来自主题: Biology版 - 问个genomics和bioinformatics的问题
pls refer fresh new both papers:
a,
by Morozov VY and Ioshikhes IP. (2013).
Optimized Position Weight Matrices in Prediction of Novel Putative Binding
Sites for Transcription Factors in the Drosophila melanogaster Genome.
PLoS One. 8: e68712.
Abstract
Position weight matrices (PWMs) have become a tool of choice for the
identification of transcription factor binding sites in DNA sequences.
below ignored
In the present study, we extended this technique originally tested on
single examples of trans... 阅读全帖
E*******n
发帖数: 6
12
来自主题: Biology版 - 攒人品求bless
本人千老一枚,来美多年,实验比较坎坷,同学朋友都发CNS了,自己还在为
Circulation奋斗。最近文章修回Circulation,目前还没消息,心中忐忑,寝食不安,
特求bless,谢谢大家。此外,我实验室有分析基因promoter的软件(TRANSFAC, http://www.biobase-international.com/product/transcription-factor-binding-sites),可以预测转录因子,需要的话站内联系。
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