发帖数: 1 | 1 最接近的 RaTG13 就是武汉病毒所的， 1月24号之前没有人知道
96%相同，还只是病毒所自己说的， 怕是有更接近的，已经被销毁了吧
习大大应该立即军管病毒所，扣留所有电脑，复制所有的文档
=======================================================
这一段中RaTG13的基因序列数据在美国 ncbi.nlm.nih.gov 数据库中查不到，所以学者
们得到的结果都是“新病毒与舟山蝙蝠SARS样病毒最接近”。谁知到武汉病毒所还有
RaTG13的数据呀。“让人很生气”。如果高福有了这个数据会不会撤稿？（注：这只是
我的一段气话。）
RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头（蝙）蝠身上获取SARS
基因序列。该序列已于昨天（1月24日）上传到GISAID.org的网站上供公众下载。 |
|
D****8
发帖数: 408 | 2 基于已知的事实，基本可以推断出美方是几年前就知道RaTG13的。
蝙蝠天然病毒株RaTG13是2013年获得的。2013年是石正丽组和纽约NGO合作的出产成果
期，年末的时候发了那篇里程碑性质的Nature论文。
RaTG13没有在2013年Nature论文里发表过，可能是投稿后的这个研究计划的follow-up
里的内容。Next Generation Sequencing测序这些是常规分析，拿到毒株测序甚至做一
些初步的分析是合情合理的。 |
|
S*******l
发帖数: 4637 | 3 拿到新病毒，设计了冠状病毒逆转录酶的primer 引物，去冷冻的野外样品里库钓能拉
出带的。
发现能拉出带的，测序，找最接近的那一株，再去测全序列。
发现这一株全序列96% match.
就是说这个野生样品一直零下八十度或液氮里存着。
这次发现接近新冠，才去库里找接近的野生型。
RatG13才出世，世人才知道还有这样一个野生冠状病毒，新冠和RatG13有共同祖先。
在此之前，病毒所根本不知道他们手里有新冠的表亲在冰柜或液氮里冻着。
新冠的源头在野外南方蝙蝠身上，有比RatG13和新冠更接近的毒株。 |
|
发帖数: 1 | 4 早上有人说，根据突变率， 2019-nCov 和 Bat-RatG13 在 25-65年前共祖。
Bat-RatG13被武毒所抓去武汉
2019-nCov 被王五抓去武汉
盹盹盹 |
|
发帖数: 1 | 5 我看到的一些细节
最初的阴谋论， 2019-nCov 和 Sars 的s 蛋白 包膜 是一样的
RatG13 的 s 蛋白包膜是不一样的
难道 是用 RatG13 和 Sars 合成的? 一只同时有两个病毒的蝠飞了? |
|
发帖数: 1 | 6 不过蝠身上有天然Sars类病毒，不一定是蝠神给染上去的
RatG13飞走后，在武汉和天然Sars类病毒的融合了 |
|
发帖数: 1 | 7 石正丽在2015年美国人合成新冠病毒SHC014的《Nature》文章中，贡献在于提供了病毒
的质粒样本。
也就是说，石就是一帮人抓蝙蝠的。
我就想知道，她是不是把RaTG13 CoV的质粒样本也给美国人了。
如果给了，相当于给了敌人屠杀鳖华的刀子。 |
|
发帖数: 1 | 8 那为什么RaTG13直到20年1月24日才测序上传数据库？
一直捂着，是为了什么？
up |
|
|
w*******s
发帖数: 285 | 10 请大家到处转载此文，一定要让国人和政府看到
---------------------------------------------
为什么说武汉肺炎投毒的可能性很高
作为一位身在他乡的武汉人，今天武汉乡亲所遭遇的灾难时时牵动我的心。我为家乡祈
祷，希望这次瘟疫早日过去，家乡的人民能够重新过上安定的生活。
但是即便灾难被我们扛过去，痛定思痛，我们要好好反思，为什么我们会遭遇这样的灾
难，是什么原因造成的。
现在网上众说纷纭，大体有三种可能性：
1.病从口入，老百姓为了吃野味，从动物身上感染上这种致命的疾病；
2.生化实验室无意中泄漏；
3.投毒；
在这里，我想分析一下各种可能性，虽然我的声音很微弱，但是还是希望能够被国家有
关部门注意到。也恳请大家读到我花了一个晚上用拇指在手机上敲出的文字后能够转发
，让更多的人看到。
先分析病从口入的可能性。坦率地讲，这种可能性最高。从古到今，几乎所有的病毒都
是从动物身上来的，埃博拉，艾滋病，非典，禽流感，等等等等。但是，要证实这种可
能，必须找到源头。有人说，源头已经找到了呀，武汉病毒所不是已经在1月23日发表
论文，报告一种云南中华菊头蝙蝠体... 阅读全帖 |
|
c******e
发帖数: 1351 | 11 国内论坛上的千老有发帖子，看上去像回事儿，版上的内行可以鉴定一下（以下转载）：
昨晚收到的消息，中科院石正丽教授组发现武汉冠状病毒最高同源度蝙蝠亲本株，算是
重大突破，特此刊文。
中科院石正丽教授是从事国内蝙蝠冠状病毒长期研究工作的科学家，其在蝙蝠冠状病毒
领域发文权威性目前业内最高，早前SARS病毒亲本蝙蝠株溯源也是由该组最早完成的。
这次获得的蝙蝠亲本株同源性极高，DNA相似度达到96%以上，可以基本确认这次武汉冠
状病毒来源于中华果蝠，样本分离于云南，具体传播路径，宿主来源有待进一步研究，
需要对传播链条上周边所有蝙蝠及相关动物进行采样，建构完成传播链。
蛇作为中间宿主的研究因为北大组研究方法有问题，导师下了任务，我这边在重复北大
组的实验结果，扩大研究样本，近日会发布，北大组结果可能会被推翻。
接下来看文章，文章标题：
《Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia
outbreak in humans and its potential bat origin》
发表于预印本，原文链接... 阅读全帖 |
|
d*******g
发帖数: 8992 | 12 武汉病毒所是疫情源头?石正丽:阴谋论者不相信科学
2020-02-06 19:24:55 来源: 澎湃新闻
举报
12728
易信
微信
QQ空间
微博
更多
（原标题：武汉病毒所是疫情源头？无事实依据，学者呼吁不要凭空假设）
中国唯一的P4生物安全实验室所在地中科院武汉病毒研究所，近日卷入了“新冠病毒源
头”风波。
该研究所的石正丽研究员率领的团队是蝙蝠病毒研究领域的权威，也是中国SARS（严重
急性呼吸道综合征）病毒的源头攻克团队。然而，随着疫情的进展，“实验室病毒泄漏
”、“人为制造新病毒”等流言开始笼罩在武汉病毒研究所及石正丽等人身上。
2月2日下午，石正丽在朋友圈回应：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习
惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”石正丽曾经的合作伙伴、
美国非营利组织生态健康联盟（EcoHealth Alliance）疾病生态学家Peter Daszak在接
受《科学》杂志（Science）采访时也表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸
如实验室泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”，“这令人... 阅读全帖 |
|
d*******g
发帖数: 8992 | 13 要是看不懂报道的内容，那还是别传播病毒是人工编辑并从实验室泄露的谣言啦。
当然，对于独轮运，造谣是天赋人权！
----------------------
https://news.163.com/20/0206/19/F4NOA6MQ0001899N.html
武汉病毒所是疫情源头?石正丽:阴谋论者不相信科学
2020-02-06 19:24:55 来源: 澎湃新闻
举报
12728
易信
微信
QQ空间
微博
更多
（原标题：武汉病毒所是疫情源头？无事实依据，学者呼吁不要凭空假设）
中国唯一的P4生物安全实验室所在地中科院武汉病毒研究所，近日卷入了“新冠病毒源
头”风波。
该研究所的石正丽研究员率领的团队是蝙蝠病毒研究领域的权威，也是中国SARS（严重
急性呼吸道综合征）病毒的源头攻克团队。然而，随着疫情的进展，“实验室病毒泄漏
”、“人为制造新病毒”等流言开始笼罩在武汉病毒研究所及石正丽等人身上。
2月2日下午，石正丽在朋友圈回应：“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习
惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有关系。”石正丽... 阅读全帖 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 14 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13
-like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
的毒株，我称为H0.它跟H3相似度在99.99%以上。
4.... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 15 1. 现在在人身上的raTG13 Cov病毒 vs 蝙蝠身上所带的病毒的相似性。 根据武汉病毒
研究所的研究报告是96.2%。
2. 武汉病毒研究所从蝙蝠身上分离出来的病毒 vs 现在所传染人的raTG13 Cov病毒的
相似性。 武汉病毒和中国政府到现在都没有给出结果。
也就是，一个是直接从蝙蝠 vs 现在人身上的 raTG13 Cov对比。 另外一个是研究所的
毒株 vs 现在人身上的 raTG13 Cov对比。 如果研究所的毒株 vs 现在人身上的
raTG13 Cov对比结果一模一样。 那问题自然就不言而语了吗？ |
|
V**3
发帖数: 12756 | 16 关于 新冠病毒来源 的专业分析
新冠病毒神秘来源
Original 刘永 大卫深观察 2 days ago
随着新冠肺炎对全球的威胁与日俱增，越来越多的各国专家也对新冠病毒（2019-nCoV
或SARS-CoV-2）的来源投下更多关注的目光。本文从流行病学调查、病毒基因比对、跨
物种感染研究以及关键的“中间宿主”等领域，对新冠病毒来源进行了全景式梳理与深
度挖掘，为读者提供一个深刻而全新的视角。
一、华南海鲜市场：备受争议的“疫源地”
二、病毒学证据：武汉新冠病毒2019-nCoV的基因异样之处
三、石正丽：疑云笼罩的冠状病毒跨物种感染研究
四、穿山甲之谜：突如其来的“中间宿主”
自从武汉爆发新冠肺炎迄今，已经过去了两个月，但科学界对这个神秘的新冠状病毒“
2019-nCoV”（也叫SARS-CoV-2，本文简称新冠病毒）的认识依然十分有限。此次疫情
爆发的源头是华南海鲜市场吗？当局称新冠病毒来自原始宿主蝙蝠，华南农业大学几位
学者甚至声称他们找到了中间宿主穿山甲。但科学界对病毒基因序列的研究以及大量科
学文献的比对查证，均显示这个病毒的来源并非如此简单。
一、华南海鲜市场：备受... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 17
就是2013年，病毒所就有这个武汉肺炎病毒2019-nCoV的双胞胎姐妹病毒RaTG13了。
后来RaTG13病毒、跟湖北本地的蝙蝠病毒发生了混合，组合出新的2019-nCoV。
病毒所的病毒肯定是泄露过。
但病毒所不想背锅——因为背不起。于是就开始撒谎，带节奏，企图把锅扣在野生动物
身上。病毒所还需要解释，为什么自己很早就有了 2019-nCoV 病毒，却没对外公布。
研究员没说实话，也不敢说实话。
如果泄露的是RaTG13，病毒所责任稍微轻点，因为不是直接责任；如果泄露的是2019-
nCoV ，病毒所将有一大批人要坐牢，还要牢底坐穿。
为什么要攻击高福？因为高福的文章揭示了黑幕的一角——那就是，病毒最先的源头，
并不是海鲜市场。高福团队也犯了错，把怀疑指向了浙江舟山蝙蝠和南京的PLA医学研
究所（军方当然没干过这个事，军方对高福的无端指责很不满）。其实只要把RaTG13加
入数据库，把高福他们文章的论证重复一遍，蝙蝠和南京的PLA医学研究所自然就没了
嫌疑，而武汉病毒所将是万夫所指。 |
|
t***o
发帖数: 19256 | 18 鳖共又要甩锅抹黑美国了。说了一堆没用的，一点可信度都没有
中国又不是第一次发生病毒泄露了，有什么可能性为零的
[在 whyisthis (王千源——好想娶你做老婆@[email protected]) 的大作中提到：]
:请大家到处转载此文，一定要让国人和政府看到
:为什么说武汉肺炎投毒的可能性很高
:作为一位身在他乡的武汉人，今天武汉乡亲所遭遇的灾难时时牵动我的心。我为家乡
祈祷，希望这次瘟疫早日过去，家乡的人民能够重新过上安定的生活。
:但是即便灾难被我们扛过去，痛定思痛，我们要好好反思，为什么我们会遭遇这样的
灾难，是什么原因造成的。
:现在网上众说纷纭，大体有三种可能性：
:1.病从口入，老百姓为了吃野味，从动物身上感染上这种致命的疾病；
:在这里，我想分析一下各种可能性，虽然我的声音很微弱，但是还是希望能够被国家
有关部门注意到。也恳请大家读到我花了一个晚上用拇指在手机上敲出的文字后能够转
发，让更多的人看到。
:先分析病从口入的可能性。坦率地讲，这种可能性最高。从古到今，几乎所有的病毒
都是从动物身上来的，埃博拉，艾滋病，非典，禽流感，等等等等。但是，要证实这种... 阅读全帖 |
|
O**W
发帖数: 58 | 19 以下无责任转载，请各位将军研判。本人非钱老不保证正确性
--------------------------------------
宿主目前可以看到的比较接近的是蝙蝠和穿山甲。
但这两个宿主，其身上携带的病毒，跟这次出现在人类身上的，都有着不一样的地方。
根据SZL课题组于2020年2月3日发表在Nature上的文章（2020年1月23日，该文章发表在
预印本网站BioRxiv）指出，蝙蝠冠状病毒RaTG13 （Bat CoV RaTG13）和新冠病毒在全
基因组层面的序列相同度（sequence identity，也常被称作序列一致性，但不应称作
序列相似性）高达96%。
但在关键的刺突蛋白（图中简称S）上，却又是序列相同度最低的地方，特别是刺突的
受体结合区域（receptor binding domain，简称RBD）。
目前已知的病毒中，蝙蝠冠状病毒RaTG13（上图蓝线）和新冠病毒最近，全基因组层面
的序列相同度达96%。但在关键的刺突蛋白（S）的受体结合区域，序列相同度最低（~
90%）。上图横坐标是新冠病毒基因组核酸位点编号，纵坐标是核酸序列相同度，图片
来自石Zl课题... 阅读全帖 |
|
k**********4
发帖数: 16092 | 20 “2018年时我曾判断，蝙蝠SARS样冠状病毒跨种感染将是个大概率事件，但我没想到它
就发生在2019年底，就发生在我生活的城市（武汉）。”3月9日晚，中国科学院武汉病
毒研究所研究员石正丽在《知识分子》举办的题为“知己知彼——了解新型冠状病毒”
的线上科普讲座中如是说。
石正丽，中科院新发和烈性病原与生物安全重点实验室主任、武汉病毒所新发传染
病研究中心主任、湖北省科技厅“2019新型肺炎应急科技攻关项目”应急攻关专家组组
长。新冠疫情暴发后，石正丽团队1月23日在生物学论文预印平台bioRxiv上即发表文章
“一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源”。该研究表明，新冠病毒与2003年非
典病毒（SARS-CoV）的基因序列一致性达79.5%，与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病
毒一致性高达96%，表明其自然宿主很有可能是蝙蝠。2月3日，这篇论文发表在国际顶
尖学术期刊《自然》上。但在新冠病毒肺炎疫情异常严峻的关头，石正丽及武汉病毒所
也曾多次陷入一些阴谋论性质的舆论风波中。
“每一次新发传染病爆发的时候，由于我们对新的病毒不了解，对它的致病机理不
了解，容易造成恐慌，产生各种... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 21 上面这个2017年的报道，说 2013年从云南蝙蝠发现的病毒，是不是前些天刚公布的
Bat-RatG13?
如果是Bat-RatG13， 那明显更接近这个2019年的冠状病毒，而不是SARS病毒， 说找到
SARS源头并不成立
如果不是Bat-RatG13， 那就是武汉病毒所还藏着一个非常接近SARS的病毒没有公布 |
|
发帖数: 1 | 22 http://www.caixin.com/2020-01-24/101508132.html
【财新网】（记者 徐路易 赵今朝 实习记者 黄晏浩 陈芷楠）新型冠状病毒感染的肺
炎疫情自2019年12月在武汉暴发以来，科学界对这一病毒正进行争分夺秒的研究。1月
23日，中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽团队在bioRxiv预印版平台上发表文章
“一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源”。该研究表明新型冠状病毒（nCoV-
2019）的自然宿主最有可能是蝙蝠，它与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病毒一致性高
达96%。
美国康奈尔大学医学院计算生物学一名在读博士在读完石正丽团队文章后解读说，除了
一致性，nCoV-2019与云南菊头蝠中存在的RaTG13的S基因序列长度都比其他冠状病毒要
长，两者均对“新病毒的天然宿主很可能是蝙蝠”的结论形成了有力支撑。但nCoV-
2019与RaTG13在序列上的高度相似，不能证明这一病毒在感染人类之前可能不存在中间
宿主。 |
|
w*******s
发帖数: 285 | 23 2月2日，印度研究人员于1月31日发表在bioRxiv上的有关新型冠状病毒来源于实验室的
论文撤稿。
相关：印度研究人员新冠病毒论文被质疑“扭曲事实” 已撤稿
此前，网上不断有各种版本的流言，或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的实
验室病毒标本泄露关联在一起。
对此，2月2日下午，中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈说：“2019新型冠状
病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，和实验室没有
关系。”
《中国科学报》记者向她本人求证此条朋友圈消息属实，并获准通过本报发布。
石正丽朋友圈截图（经本人授权发布）
同时，1月31日，《科学》也发布最新调查报道称，生物信息学家正努力用科学击败“
阴谋论”。
作为石正丽的长期合作伙伴，美国非盈利组织环保生态健康联盟疾病生态学家Peter
Daszak在接受《科学》采访时表示，每当新疾病、新病毒出现时，都会产生诸如实验室
泄漏或者生物工程制造一类的“阴谋论”。“这令人羞耻！”
中山大学医学院院长郭德银也对《中国科学报》表示：“阴谋论从来不需要提供证据，
但科学需要。”目前，基于基因组序列对病毒在进化上的分析结果，为... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 24 属实
早上有人说，根据突变率， 2019-nCov 和 Bat-RatG13 在 25-65年前共祖。
Bat-RatG13被武毒所抓去武汉
2019-nCov 被王五抓去武汉
盹盹盹 |
|
发帖数: 1 | 25 你武汉的锅，你武汉自己背。给两个关键毒源
1）Bat SARr-CoV RaTG13
2）HuB2013 KJ473814
虽然CoVZXC21 和 CoVZC45 跟你2019-nCoV有点像，有点相似，但是，我们还比不上你
的姐妹 SARr-CoV RaTG13。 |
|
发帖数: 1 | 26 我看过了。
是不同啊。
早期的表上没有武汉实验室内部的RaTG13。（如果没有这次意外的泄露，RaTG13是要发
science或者Nature的。王所长元旦致辞就提到了，“进展”、“丝带病毒”。感染了
这么多人的2019-nCoV，结构已经有人测了，正是“丝带”。）
这个比CoVZXC21 和 CoVZC45更接近武汉新冠。
武汉实验室和美国NGO合作，在不停的修改云南那次的SRAS病毒。
美国人2015年得到SHC014，能感染人的病毒，就是内嵌法改SARS得到的。
我一度怀疑这次的是CIA放的毒，后来看到了SHC014和这次新冠的比对，只有79%。 基
本就排除了SHC014。
Wuhan
and |
|
D****8
发帖数: 408 | 27 我觉得下面的几个问题挺关键的：
1. 跟2019-nCov整体基因组相似度高达95%以上的蝙蝠RaTG13天然病毒是什么时候发现
的？发现的时候有谁知道，谁参与了？
2. 蝙蝠RaTG13天然病毒可以直接感染人么？实验室有无做过对培养的人体细胞感染如
何？对小鼠呢？这个问题本质是问这个天然病毒的毒性如何，需要中间宿主么？
这两个问题都是已有答案或者很容易得到答案的。 |
|
发帖数: 1 | 28 还在SARS-Cov呢，说的是病毒所找到的 RaTG13
2019-nCoV和RaTG13相似多少？是不是2个都能有效结合ACE2，介导病毒入侵细胞？ |
|
D****8
发帖数: 408 | 29 我觉得下面的几个问题挺关键的：
1. 跟2019-nCov整体基因组相似度高达95%以上的蝙蝠RaTG13天然病毒是什么时候发现
的？发现的时候有谁知道，谁参与了？
2. 蝙蝠RaTG13天然病毒可以直接感染人么？实验室有无做过对培养的人体细胞感染如
何？对小鼠呢？这个问题本质是问这个天然病毒的毒性如何，需要中间宿主么？
这两个问题都是已有答案或者很容易得到答案的。 |
|
发帖数: 1 | 30 最接近的 RaTG13 就是武汉病毒所的， 1月24号之前没有人知道
网上搜来的
RaTG13是指2013年7月24日在云南普洱捕捉的一头雄性中华菊头（蝙）蝠身上获取SARS
基因序列。该序列已于昨天（1月24日）上传到GISAID.org的网站上供公众下载。 |
|
发帖数: 1 | 31 与是否是病毒所泄露没有任何关联。
而且首先也是把注意力放到了浙江舟山蝙蝠病毒身上。RaTG13不出之前，确实是舟山蝙
蝠病毒嫌疑最高、最相似。武汉病毒所的RaTG13一出，全部推倒重来。
舟山蝙蝠表示，我们绝对不背锅。 |
|
D****8
发帖数: 408 | 32 你的逻辑真是硬伤
如果真是研究所泄露，是研究所的责任，为了所谓的掩盖，你觉得他们是公布跟2019-
nCov有96%相似度的RaTG13好呢，还是把它藏起来？RaTG13之前是从没发表的，这次随
最近的paper才公布序列的。 |
|
发帖数: 1 | 33 RaTG13 2013年就测出来，没有对外公布，可能是想继续开发一下，按照某些id阴谋论
，用在解放台湾上面？
这次爆发了2019-nCov了， 就把最接近的RaTG13公布了
我确实有些不太理解。 |
|
发帖数: 1 | 34 如果去抓蝙蝠，一次会抓很多吧。
可能跑那(几)只，就带和 RatG13 一样或很接近的病毒。 然后和本地蝙蝠交流一下病
毒片段
: RaTG13 是 2013年从云南普洱抓的某只雄蝙蝠身上提取的类SARS病毒。
: 2013年啊。
: 要是能够不小心，早飞了。不用等到几个月前。
|
|
S*******l
发帖数: 4637 | 35 RaTG13和2019nCov在进化上分开至少25了。
跟据突变率估计，两者从共同祖先分开25-65年了。
每次出现新病毒性疾病，这种研究机构人造病毒泄露/或保存的天然病毒泄露的阴谋论
就会出现。
没什么新鲜的。
https://www.sciencemag.org/news/2020/01/mining-coronavirus-genomes-clues-
outbreak-s-origins
Mining coronavirus genomes for clues to the outbreak’s origins
By Jon CohenJan. 31, 2020 , 6:20 PM
Earlier this week, Ebright questioned the accuracy of Bedford’s calculation
that there are at least 25 years of evolutionary distance between RaTG13—
the virus held in the Wuhan virology institute—and ... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 36 早上有人说，根据突变率， 2019-nCov 和 Bat-RatG13 在 25-65年前共祖。
Bat-RatG13被武毒所抓去武汉
2019-nCov 被王五抓去武汉
盹盹盹 |
|
发帖数: 1 | 37 五毛看得懂这句话吗？
如果2019-nCoV源自实验室泄露的BatCoV RaTG13，这个泄露事件应当至少在6.6年之前
，且野外必须能够找到大量的、介于2019-nCoV和BatCoV RaTG13之间，且与2019-nCoV
具有更高相似度的病毒菌株。
有BatCoV RaTG14-20可能呢？ |
|
S*******l
发帖数: 4637 | 38 测序病毒所所有冠状病毒株，找到新冠或和新冠极其接近的病毒株。
现在那个RatG13 只有96%类似新冠，差异是1200个突变，需要至少25年变异积累才有可
能。
所以RatG13根本不可能是本次新冠的源头。
野生蝙蝠起源的SARS-Cov能在广东爆发，就没理由不能在武汉爆发。
还是爆发在野生动物交易市场，自然发生是最可能的解释。
可惜那些动物没检测病毒，只是在摊位上发现了。
各路阴谋论可以歇菜了。
那个武小华博士一看就连石的文章都没看过或根本没看懂。胡说八道来蹭热度的。 |
|
发帖数: 1 | 39 呵呵，仔细看看这篇文章，
The BatCoV RaTG13 sequence was downloaded from the GISAID BetaCov 2019–2020
repository http://www.GISAID.org.
RaTG13的序列早就在GISAID库里有了,不是才发明的。
另外还引用了一篇Science文章，
Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV)
rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination
event
D.Paraskevisa， E.G.Kostakia， G.Magiorkinisa， G.Panayiotakopoulosb， G.
Sourvinosc， S.Tsiodras |
|
d*********o
发帖数: 6388 | 40 http://tech.sina.com.cn/csj/2020-02-11/doc-iimxxstf0513402.shtml
月初，一篇印度德里大学和印度理工学院研究人员联合创作的论文横空而出，指出病毒
更像“人为”而非“天然”，影射中科院武汉病毒研究所研究员石正丽团队，暗示其有
意或无意间将病毒泄露造成今天的疫情灾难。
密西根大学张阳教授团队最新研究成果证实：“人造病毒说”不成立
近日，密西根大学张阳教授领导团队开展了一项研究，系统检索对比印度学者给出的4
个来自新冠病毒的“独有”基因片段、及微生物病毒基因数据库数据的相似性。研究结
果同样发表在预印本网站bioRixv。
通过对病毒序列、结构数据库系统的分析，张阳教授团队发现印度学者所说的，来自于
艾滋病的基因片段，实际上广泛的出现在其他类型的细菌或病毒的基因上。
与包括SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-229E、HCoV-OC43及HCoV-NL63在内的6
种可以感染人类的冠状病毒，以及被广泛认为是病毒源头的蝙蝠冠状病毒（RaTG13）高
度相似。甚至部分基因片段在上述六种冠状病毒上发现了相似... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 41 1. 没有做测序对比，只是比较了基因数据库的info，没有支持起假设的实验证据。作
为一种看法，无法否定indian tech教授的质疑。
2. “SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-HKU1、HCoV-229E、HCoV-OC43及HCoV-NL63在内的6种
可以感染人类的冠状病毒，以及被广泛认为是病毒源头的蝙蝠冠状病毒（RaTG13）高度
相似。甚至部分基因片段在上述六种冠状病毒上发现了相似的同源片段。”
那相似度到底是多少？也就是应当用实验检测数据来对比印度教授所说的4个s蛋白和
HIV相同 vs 6种冠状病毒也有相同片段。
3.说蝙蝠冠状病毒（RaTG13）与sars， mers 等冠状病毒“发现了相似的同源片段。”
等于没有说，因为石正丽早在2013年，2018年的论文中就明确说明，sars-cov，mers-
cov等冠状病毒就来自蝙蝠，其实验室检测的相似度在96%-98%。 今天才这么新“发现
”，等于装模做样，假装没有看人家多少年前的paper. |
|
发帖数: 1 | 42 新型冠状病毒2019-nCov的爆发引起了人们对于此突发性公共卫生事件的高度关注。冠
状病毒的刺突糖蛋白（Spike glycoprotein, S glycoprotein）是疫苗、治疗性抗体的
研发以及临床诊断的关键靶点。
为了协助对该流行性疾病进行医学防护措施研发，2020年2月15日，美国卫生总署(NIH)
与德克萨斯大学奥斯汀分校Jason S. McLellan研究组（McLellan组在病毒结构方面做
了很多重要的工作，包括MERS等，有着丰富的经验）进行合作在预印版平台bioRxiv发
表文章Cryo-EM Structure of the 2019-nCoV Spike in the Prefusion Conformation
，利用冷冻电镜技术分析了新型冠状病毒表面S蛋白的近原子结构。另外作者们通过生
物物理以及结构方面的证据发现，SARS-CoV-2的S蛋白结合人体ACE2（宿主细胞受体血
管紧张素转化酶2）【1,2】的亲和力要远高于SARS-CoV的S蛋白，解释了新型冠状病毒
传染性之强的主要原因。
新型冠状病毒是会引发发热、严重呼吸道疾病及肺炎的人传人的病原... 阅读全帖 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 43 我读了，大体说了三点：
1. This is strong evidence that SARS-CoV-2 is not the product of genetic
engineering.
Although genomic evidence does not support the idea that SARS-CoV-2 is a
laboratory construct, it is currently impossible to prove or disprove the
other theories of its origin described here, and it is unclear whether
future data will help resolve this issue.
足够坚实的证据显示，新冠状病毒 Sars-CoV-2 不是人工制造的产品。不过，虽然基因
证据不支持Sars-Cov-2 不是实验室的产物，但现在还没有办法从理论上证实和否定它
的绝对来源，这需要其它更多的证据和资料来帮助解决这个问题。
2. Although the bat vir... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 44 @polyhedron
我有了個重大發現：所有本次新冠病毒的共祖可能早在12月之前的數月；在武漢的爆發
也許與一個蛋白突變有關。
大概說一下：還是這個网站 O网页链接 ，收集了幾十條新冠病毒的全序。网站把武漢
最大的一個星簇作爲最左，同時一般也以爲這個是時閒最早。但以我對Y染色體和線粒
體的經驗，最大的擴張處未必是最早的節點。這個其實是棵無根樹。尤其因爲病毒的演
化速率會不符合分子鐘假設，而無根樹最早分化的節點（如“Y染色體亞當”和“線粒
體夏娃”）需要通過outgroup來定根。現代人的Y染色體和線粒體可以用黑猩猩或尼安
德特人來定根，而新冠病毒我自然想到用和其最接近的雲南蝙蝠冠狀病毒RaTG13來定。
結果，我發現最大的那個餅並不是樹根！眞正的樹根其實是在圖1和圖2的位置。有三個
突變，C8782T（圖3），T28144C（圖4），C24034T（圖5），RaTG13都是和圖2偏右的樣
本一致。說明整個新冠肺炎的始祖是在紅叉處（但截至目前並沒有測到過序列全同的樣
本，最少的也是差一步）。而ORF8（某個被轉錄的蛋白）上的T>C突變造成了一個絲氨
酸到亮氨酸（Ser > Leu）的殘... 阅读全帖 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 45 aa438-510序列是s蛋白中与RaTG13差异最大的区域。如果病毒所有意或者无意用RaTG13
制造了nCoV，无法解释这段区域的高突变率。现在找到了广东海关从中国和马来西亚走
私查货的活穿山甲，发现它们体内携带的冠状病毒s蛋白这段恰好跟nCoV一样。说明从
蝙蝠到穿山甲发生了重组事件。而且这个区域正好是s和ace2结合区域，这些穿山甲也
有武肺类似症状。 |
|
发帖数: 1 | 46 这相当于明着说 SARS2 来自武毒所了， 因为蝙蝠冠状病毒 RaTG13 在他们手上
=====================================================
作者还推测，单倍型 H13 和 H38 通过一个中间载体与蝙蝠冠状病毒 RaTG13 关联，这
个中间载体 mv1 可能是一个祖先单倍型，也可能来自中间宿主或者“零号病人”。 |
|
x********e
发帖数: 35261 | 47 **************************前言******************************
这个数据分析是受到华农最新文章的影响。初心是想独立验证一下华农文章里分组的合
理性已经对病毒起源演化的推论。华农文章掀起了一股“美国投毒阴谋论”。我个人立
场是，我只做数据分析并进行有限推测，如果数据不足或者采样有偏差，我倾向于等信
息更充分再更新结论。
**************************原帖******************************
我抽空利用GISAID的数据库和美国官方发言做了个比对，锁定“零号”病人。顺带证明
一下我一个月之前所说加州要沦陷的预言。再顺便评两句华农新文章的准确度。
Figure1：我把GISAID 108个病毒基因组按照divergence cluster，得到两个分型很独
特的clade。
发散状的clade对应华农的C group，树状分支的clade对应B group。每一支是一个样品
，包括107个病人样品和1个海鲜市场的环境样品。支的长度代表分化程度。注意！这图
只是按分化程度作图，并不等于中心点是“... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 48 找不到上海哪个所的文章说是云南蝙蝠，但找到武汉病毒所自己的文章
==================================
此外，石正丽等人还发现，与此前在云南中菊头蝠上检测到的蝙蝠冠状病毒RaTG13相比
较，nCoV-2019在整个基因组中与其有96.2%的一致性。 |
|
C*I
发帖数: 4736 | 49 2013年石的那篇文章，是她研究蝙蝠病毒的里程碑式的成就。 因为当时她发现了
RatTG13并成功分离出了病毒。而且很有意思的是，在研究报告中，还特别强调其研究
证实了这个病毒可以直接从蝙蝠传染给人，不需要其它中间宿体动物。这可是当年11月
份那篇nature文章的核心。 可现在回头想，当时他们说这个病毒可以直接从蝙蝠传染
给人的结论到底是怎么得出的，反正我到现在都没有想明白。估计很多人现在也想知道。
关于蝙蝠的来源，不需要有疑问。他们从13年的那篇论文开始，发表论文，接受采访，
说了7年了。就是从云南一种叫做菊头蝠的蝙蝠身上发现的。 其它的蝙蝠并没有这种病
毒。
也就是说， raTG13 Cov病毒，是石正丽发现和拥有的，现在却莫名其妙的跑出她的保
险箱到了人身上。 我们不得不满脑子疑问这问题到底出在哪里？
事实上，通过大量额阅读其研究报告和相关公开资料后，自然而然的产生了五种推理和
判断：
1. 蝙蝠飞了一只或者几只。 因为研究了7年蝙蝠，从全国各地抓了无数多的蝙蝠。这
些蝙蝠在长期饲养和实验时，跑了一只或者几只完全不是没有可能。 而这些带有原始
病毒的蝙蝠飞出去后当然就会找吃的，... 阅读全帖 |
|
发帖数: 1 | 50 一个加州理工毕业的说（引用他的话，是用来驳斥的。在没有RaTG13之前，他说的其实
有理。）
“
I performed BLASTn and Clustal alignment on the Wuhan coronavirus and cross-
annotated missing CDS regions. I found that Bat SARS-like CoVZXC21 and Bat
SARS-like CoVZC45 are the most similar coronaviruses. The sequences are
different at quite a few silent point mutations but sufficiently close (95-
93%) to indicate a lineage that has not diverged significantly- this is a
recent strain with a close common ancestor. Some regions don’t even have
sile... 阅读全帖 |
|
