s******s
发帖数: 13035 | 1 嗯，life以前的历史一贯很好。
不过，上次来做报告，感觉上可以缩小well的尺寸对信噪比影响很大，不知道
解决了么，还是chip会向waffle那么大 |
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y******8
发帖数: 1764 | 2 I have to say, Life is the best on marketing, but mediocre on everything
else. |
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s******s
发帖数: 13035 | 3 btw, 理论上这种semiconductor的chip应该可以进一步设计成reusable的，
不过从商业模式上来说life应该不会做这方面的努力，多大的浪费啊 |
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y******8
发帖数: 1764 | 4 Illumina is way behind the competition. We need another serious player to
push ION on the improvement.
The good thing about ION is that reagents could be replaced by third party
products. The cost would be reduced to 20% of current price tag. In the
future, ION's profit could only come from two: chips and service. |
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c*********r
发帖数: 1312 | 5 参加了一些会议，有的实验室动辄做几十几百甚至计划做上千个样本的测序，Ion
Torrent的使用也越来越多。而且如果有好的transcriptome或者reference genome的话
，一些实验室首选Ion Torrent，速度快啊。
要是我们实验室也那么有米的话一定让老板搞一台玩儿玩儿。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 7 我没用过，但一个学生告诉我他们用自己开发的pipeline，从测序到数据分析一天就搞
定了。你该问问MedIT。^_^ |
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s******s
发帖数: 13035 | 8 大概是PCR另有机器做，省了很多cluster generation的时间，而且电信号比拍照快多了 |
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m***T
发帖数: 11058 | 9 你猜得不错,PCR由OneTouch automation来做.
多了 |
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f**********e
发帖数: 1994 | 13 "will also require the purchase of a $75,000 server for analysis."
抢钱啊 |
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A***a
发帖数: 144 | 14 Was wondering why the stock jumped. |
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P****d
发帖数: 564 | 15 Nice! When can we just spit on the chip and get our genome sequenced? |
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m***T
发帖数: 11058 | 17 哈哈，是个好主意，我这就去先注册个公司，你可不能把idea给专利了呀。 |
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b*******0
发帖数: 507 | 18 who deleted the link??? does not work...... |
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m***T
发帖数: 11058 | 20 不好意思，不是把link给delete了，而编辑贴子的时候它自动变成文本文件了，我也不
知道怎么再改回来。你可以把整个link copy/paste到notepad里然后把空格去掉后再贴
到地址栏里。知道这不是最好的办法，不知道版上有人知道如何修改并保留原贴中的
links吗？ |
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t*d
发帖数: 1290 | 22 和Illumina 将推出的新版 Hi-SEQ比，不计sequencer本省，每个 genome 测序所需的
费用相差大么？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 23 大家升级这么快，贵的机器不容易卖，除了大的sequencing center,
大家宁愿耗材贵点或者throughput低点, 可以等一年升级新产品啊
法。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 24 没算过，人家chip价格也没写。应该还是明显illumina便宜，不过一次花费高 |
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t*d
发帖数: 1290 | 25 Illumina 的股票为什么最后还涨了？
把 ILMN 和 LIFE 今天的股价走势放在一起比较做个图，图形非常有趣。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 26 一般算$1000/genome貌似不算试剂。
这个$500不知道怎么算的，不太可能算exom capture吧？
500 |
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m***T
发帖数: 11058 | 27 ILMN也有升级产品，涨一些是可以理解的.大盘涨也是因素之一，就连agilent今天还涨了呢，虽然幅度不如life和limn |
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t*d
发帖数: 1290 | 28 多谢！
原来如此啊。现在一个whole genome 用的试剂大概需要多少钱？ |
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y******8
发帖数: 1764 | 29 Illumina的最大优势是全自动的流程，MiSeq 所需的hands on时间远小于Ion PGM。另
外数据的质量也高很多。HiSeq 2500如果把cBot整合了，配上一个高速的confocal，还
是有可能再撑3年的。
Ion的pH法是把双刃剑，试剂成本应该远低于光学法，但是信号的稳定性差了两个数量
级。Ion要取胜，价格低是王道。
samples
316 |
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y******8
发帖数: 1764 | 31 Ion培训还算简单，就是操作繁琐一些. 出了问题，自己解决也还算可行。
Illumina的高自动化的代价是，一旦出了问题，你就只能call service.
目前看来，Ion出小问题的频率偏高。所以专门训练一个tech很有必要。 |
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N2
发帖数: 81 | 32 这是我看到的最有意思的有关技术的讨论.真不敢想象测序技术发展的如此的快.真到$
1000/基因组，不光临床上的应用，我看生物学科各个领域又会有深刻的变化．我看上
面的讨论大多来自专业人士，有没有在boston, 真想当面请教请教． |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 RE LD
不然KF Lee的母校 卡内基梅隆会同日宣布参与 Ion Torrent $1000 whole genome project?
没有辅助Life Technologies成下一个微软 或谷哥 的可行性分析报告
卡内隆这样的ICT巨人会这么起劲吗? 注意不是一个group
是五个PI 组合作参与 Ion Torrent $1000 whole genome project
Eric Xing, Ziv Bar-Joseph, Kathryn Roeder, Russell
Schwartz and Seyoung Kim.
details please refer
Tuesday, January 10, 2012
Press Release: Carnegie Mellon Will Tap Advanced Computer Methods To Help
Doctors Make Sense of Their Patients' DNA
Ion Torrent Systems Sponsors Multi-University Research Effort
... 阅读全帖 |
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y******8
发帖数: 1764 | 35 If you have less than 4 samples per month, NGS machine will not be cheap
to own. |
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O******e
发帖数: 4845 | 36 4个样品是没有问题的。刚才去讨论了几句，看来我们是要买了。希望好用。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 37 不需要专门招人做这个，一般的tech都能胜任。大多的时间都是automation的过程，
hands-on的过程比illumina是略多些，但也不复杂。 |
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O******e
发帖数: 4845 | 38 这样最好了。
不过现在这发展势头，以后随随便便就能弄几个硬盘的数据摆在那里。分析是关键啊 |
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m***T
发帖数: 11058 | 39 等你们用了以后，来这儿谈谈体会吧，不管是正面的还是负面的都行。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 42 能不能请教一下，现在NGS 的数据分析的瓶颈在哪里？我觉得对你们生产商来说，是不
是怎么高效做序列联配，怎么在序列有一定错误率的情况下，还能快速、准确的定位序
列？
另外，你们和C&M 的合作主要在哪些方面？新闻中介绍说希望合作开发医生能用的系统
，那个太GUI 层面了，用得上 C&M 么？
多谢了先！ |
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p********t
发帖数: 3639 | 43 大多时间都automation真的就是他们的广告！
chemistry part步骤真是烦琐，因为我们的starting material很少，不是gDNA,所以先
要amplify targeted amplicons,再make template pool, 接着做fragmentation,add
adapter, PCR, 还有size selection, 每一步都要beads purification!
从FUSION PCR开始才能用one touch, 而且从one touch 到PGM都不能high high
throughput, 一天最多做两个样品，而且PGM的initiation也很花时间，做完2个样品或
者12个小时不用就要wash,所有的buffer都要求是当天新鲜配置的。
还有就是更新太快，316chip还木有用完，318又刚RELEASE了。。。。。。。。。。。。
不过结果还是不错的！ |
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y******8
发帖数: 1764 | 44 Chip更新快还好，Kit更新快才是很麻烦。
不过可以推断出来，Ion的reagent没什么高深的东西在里面。等着VWR或者NEB出替代品
吧。
。。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 45 ION的reagent应该很容易山寨，也是优势之一。人家主要就是卖Chip.
我前面提到了，这种东西我不信做不出reusable的，但是life肯定不干，
除非以后有新的盈利模式了 |
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b****r
发帖数: 17995 | 46 没有仔细研究过这几个技术，不过我们这里做临床基因诊断的最大牛最近把PCR base的
技术在临床上的应用贬得很厉害，大概意思是准确度不够，产生的bias太多 |
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b****r
发帖数: 17995 | 47 真的吗，illunima就完全不能和ION一比？ |
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b****r
发帖数: 17995 | 49 我们lab做了两轮NGS了，一次是chromosome capture，一次是exom capture，我都参与
了，基本上没有学到什么，说到底，我觉得起码在玩genome的时候搞不出什么花样，基
本什么project都是差不多的流水线，那些做bioinfo的用不了几天就把那几个有可能的
variation挑出来了。但是如果你是做机制的，去学这个bioinfo的技术我觉得其实就没
啥意义了，学了几个月把流水线掌握了，也不能比bioinformatist多分析出啥。
如果是做RNA seq和ChIP Seq的可能完全不一样，不够了解，不评论。不过总之临床上
应该最常用的还是genome seq。
我其实最近经常在想，到底现在学些什么能为将来自己的clinical genetics career最
好地服务？将来这个领域会发展成什么样子？但是NGS这个大方向是一定的。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 50 clinical genetics 必须用最成熟的东西吧。另外，需要复杂操作的东西，如果没有不
可替代的优势，就比较难上临床。mamaprint 的breast cancer array 卖得就不怎么样。 |
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