g*********d
发帖数: 233 | 1 目前表观遗传学(Epigenetics)通常被定义为基因表达通过有丝分裂或减数分裂发生了
可遗传的改变, 而DNA 序列不发生改变[1, 2]。表观遗传学的机
制主要包括DNA 甲基化、组蛋白修饰及非编码RNA。DNA 甲基化(DNA methylation)是指
在DNA甲基转移酶(DNA-methyltransferases, DNMTs)的催化下, CpG 二核苷酸中的胞嘧
啶被选择性地添加甲基, 形成5-甲基胞嘧啶[3, 4]。DNA 甲基转移酶有两种, 其中
DNMT1 主要起维持甲基化的作用, 能使半甲基化的DNA 双链分子上与甲基胞嘧啶相对应
的胞嘧啶甲基化, 可参与DNA 复制双链中新合成链的甲基化[5]; 而DNMT3a 和DNMT3b
主要起形成甲基化的作用, 能在未发生甲基化的DNA 双链上进
行甲基化[6]。DNA 甲基化一般与基因的沉默相关,DNA 去甲基化则与基因的活化相关[7
~9]。
组蛋白修饰(Histone modifications) 是指组蛋白的基础氨基末端尾部突出于核小体,
常在转录后发生变化, 包括甲基化、乙酰化、磷酸化和泛素化等翻译后的修饰... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 2 用David
//david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp
把Drosophila, 几个candidate genes Illumina probeID 转换成 Affymetrix ID
then try piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene expression data
FTP//ftp.aarnet.edu.au/pub/bioconductor/packages/2.8/Drosophila_melanogaster.html
Reference link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20022248
key description:
>
Selective Production of 3’-UTR-Directed piRNAs
from Gonadal mRNAs
We next assayed the relationship of piRNA-producing transcripts
with Affymetrix gene exp... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 3 纯粹按照功能来划分没有意义，pleiotropy 你应该懂什么意思吧：改变一个点，牵动
一个面。细胞里无数的过程互相联系。能够影响传宗接代的通路和生化过程多了去了，
这个piRNA只是其中一个而已。
关键要看这个通路的
1） 医学意义：有没有显著的疾病跟它相关
2） 对其他细胞生理过程的意义，比如细胞程序死亡更N多生理过程是连接的，并且在
很多种其至关重要的作用。
这个piRNA充其量是细胞过程网络的边缘区域，也没有什么疾病跟它联系。所以没那么
重要。 |
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x****6
发帖数: 4339 | 4 你自己是才是一叶障目，本千少搞的是生命科学里的战斗鸡：进化生物鸡。对生命过程
的系统认识和大局观碾压生化/细胞生物鸡。
你明显没有听懂我上面关于pleiotropy的那段话。一个细胞的正常状态，是基于千千万
万的分子细胞过程的正常运作的，对于germline cell, piRNA固然抑制突变的发生而显
得重要；但是尼玛代谢就不重要了吗？细胞cycle就不重要了吗？细胞运动就不重要了
吗？
出现异常而让germline cell出问题、让男人绝后的细胞生理过程没有一万个，也特么
有 一千个。piRNA算个JB，充其量万分之一、千分之一。 |
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p***a
发帖数: 16 | 5 really?
But he discovered pirna......who told you? In which field? stem cell or
piRNA?
Please send me a message if you feel it is not convenient here. I'm also
looking for other boss in this field.
he is not nice to postdoc? push? or what...?
thank you |
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d***y
发帖数: 195 | 6 Lin一直在做一种叫piwi／miwi的蛋白，
后来bartel还是hannon的组发现结合一种小RNA，就取名为了piRNA
两三年前竞争超激烈的一个领域，不过也是超狭窄的一个领域吧。
Lin 还好，不是纯RNA研究的，热了扎一下，冷了也可以退出来。
如果是看中piRNA之类的选lin，有可能错，不看好。
BIG |
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m******g
发帖数: 467 | 7 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
推荐：
1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
promiscuous / monogamous-line
higher MUP (pheromone) expression in pros-line
Male become more attractive
Difference in Mup promoter methylation level
2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
Unique library preparation strategy
Copie... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 8 基本上就是题目+bulletin point的形式吧，不要纠结我对paper的品味，呵呵。新年快
乐！
PNAS 13.12.03
推荐：
1. Reintroducing domesticated wild mice to sociality induces adaptive
transgenerational effects on MUP expression
promiscuous / monogamous-line
higher MUP (pheromone) expression in pros-line
Male become more attractive
Difference in Mup promoter methylation level
2. High-throughput DNA sequencing errors are reduced by orders of magnitude
using circle sequencing
Previously ~0.1-1x10^-2
Unique library preparation strategy
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n*******n
发帖数: 7628 | 9 （法新社柏林30日电） 德国警方表示，昨夜德国东部萨克森-安哈特（Saxony-Anhalt
）发生火车事故，1列载客的区间车与货运火车相撞，造成至少10人丧生，20多人重伤。
警方发言人在皮尔纳（Pirna）表示，事故地点在奥斯契里本（Oschersleban）附近，
靠近马德堡（Magdeburg）。
他表示，这列哈兹易北特快铁路（HarzElbeExpress）区间车行驶于马德堡与哈伯城（
Halberstadt）之间。（译者：中央社许雅筑） |
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发帖数: 1 | 10 不懂的人会说他研究stem cell，其实他是研究piRNA的，主要用果蝇germline stem
cell作为研究模型 |
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发帖数: 1 | 11 搞笑呢，11g解几个结构有piRNA pathway重要？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 12 非也，
刚狗了一下，piRNA就是在精细胞里负责抑制转座子，来保持精子细胞遗传稳定的。搜
了半天没看见跟疾病相关。
对于细胞生物学来说就是个锦上添花的话题。
跟王小东的细胞程序死亡比起来，太渺小。大致跟一一公的工作在一个意义层次。 |
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发帖数: 1 | 13 你一搞生物的居然不知道piRNA pathway的重要性？！搞生化的真是一叶障目啊 |
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发帖数: 1 | 14 无知无畏。转座子不能被抑制住，germline stem cell的基因组会遭到破坏，很多情况
下就直接不育了，还疾病个毛线。居然把细胞生物学的apoptosis跟piRNA pathway比，
你的知识面真的是博后的水平吗？ |
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发帖数: 1 | 15 laf你还好意思说自己搞进化，搞进化的不知道TE和piRNA？ |
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x****6
发帖数: 4339 | 16 你跟我来回来整了半天，除了“piRNA通路重要”这种judgement call车轱辘话以外，
没有提出任何科学内容。
还是去好好杀你的老鼠吧。 |
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A********e
发帖数: 354 | 17 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 18 现在中科院cns被拒的文章就拆开扔那了
cr现在主要是靠追热点和控制发文量来拉影响因子，已经不怎么靠review了。李党生抓
热点的眼光很准。
比方说整整一年前的那期
Jun 2014 Volume 24, Issue 6, Page 641-773
review
No receptor stands alone: IgG B-cell receptor intrinsic and extrinsic
mechanisms contribute to antibody memory
4 cites
Research article
6篇文章，总引用58
Generation of neural progenitor cells by chemical cocktails and hypoxia
Peigang,17 引用
Pachytene piRNAs instruct massive mRNA elimination during late
spermiogenesis
Liu mofang, 23 引用
Discovery of biclonal origin and a n... 阅读全帖 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 19 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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O***n
发帖数: 13127 | 20 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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l******e
发帖数: 427 | 21 he just had a cell paper talking about primer piRNA or likewise...
i was interested in his lab (to be a postdoc)... |
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K**4
发帖数: 1015 | 22 siRNA targeting exogeneous or virus genes.
miRNA targeting endogenous mRNA.
piRNA targeting transposon. |
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l*******k
发帖数: 361 | 24 As far as I remembered, it is not him that found piRNA first.
Sorry for not being able to release more info.
And I actually do not know how he treated people that work for him. I just refer some words from my friend. |
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p***a
发帖数: 16 | 25 thank you all the same
Why his discovery of piRNA has been written up in Science as one of the “
top 10 breakthroughs” of 2006? It is weird.
refer some words from my friend. |
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i*****l
发帖数: 51 | 26 pls get clear that piRNA was not discovered by Dr.Lin. He fellowed other BIG
guys and did similar stuff in other animal,rat? if my memory is correct |
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g*********d
发帖数: 233 | 27 The role of small non-coding RNAs in genome stability and chromatin
organization
http://jcs.biologists.org/content/123/11/1825.full
Josien C. van Wolfswinkel and René F. Ketting*
Journal of Cell Science 123, 1825-1839
© 2010. Published by The Company of Biologists Ltd
doi:10.1242/jcs.061713
Summary
Small non-coding RNAs make up much of the RNA content of a cell and have
the potential to regulate gene expression on many different levels.
Initial discoveries in the 1990s and early 21st centur... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 28 《Cell》文献翻译:基因表达的小RNA调节因子
Cell 134, 899 – 902, September 19, 2008
Joel R. Neilson and Philip A. Sharp
今年Lasker基金会承认了Victor Ambros、Gary Ruvkun和David Baulcombe在推断
小RNA分子在真核基因表达的转录后调节中所进行的开创性工作。
分子生物学是一门年轻的学科，如同充满了未开发土地的新大陆。有关小RNA在基
因调节中的作用的重要发现是这门年轻学科中还有许多未开发的重要领域的一个例证。
9月26日，几位先驱（麻州大学医学院的Victor Ambros、麻州总医院和哈佛大学医学院
的Gary Ruvkun和剑桥大学的David Bulcombe有关小RNA的发现将被授予2008年Albert
Lasker基础医学研究奖。
历史上先驱者以及他们的发现的意义通常被忽略，只是在很多年之后才被承认。
Ambros和Ruvkun所发表的描述第一个微RNA及其标靶的优秀论文（发表在高深的Cell杂
志上）被忽略了近10年。与此同时，... 阅读全帖 |
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p*****m
发帖数: 7030 | 29 倒过来走谈不上吧 线虫上一个贡献的nobel prize才不过是几年前的事情(08年martin
chalfie) 再上一个也没几年（06 Fire&Mello）。这个和E Coli是完全不一样的。。再
说近的，过去10年对小RNA的理解，从miRNA到piRNA，都是线虫+果蝇里来的；Janelia更
是卯足了劲要把fly的事情搞清楚。这两个model system的用处还远没有开发完呢 |
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a********k
发帖数: 2273 | 30 花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branches in lamellipodia. Cell. 2008 Sep
5;134(5):828-42. PubMed PMID: 18775315; PubMed Central PMCID: PMC2570342.
Cai L, Makhov AM, Bear JE. F-actin... 阅读全帖 |
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m******g
发帖数: 467 | 31 Nature 14.05.29
稍微了解一下：
1. A draft map of the human proteome
2. Mass-spectrometry-based draft of the human proteome
小知识：
1. Wild mice run for fun on wheels
2. Three known unknowns
About understanding cancer
3. Chicken project gets off the ground
4. Bacterial phylogeny structures soil resistomes across habitats
5. A single female-specific piRNA is the primary determiner of sex in the
silkworm |
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m*b
发帖数: 1421 | 32 这个是植物中特有的的，植物中的从头甲基化都是通过RdDM来进行的
动物中没有发现这个pathway，只有piRNA略微类似，但是有很大不同 |
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p*******g
发帖数: 2976 | 33 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: albertsmwk (.)(.), 信区: Biology
标 题: 第一批“青年千人计划”生物类@publication列表@
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Aug 18 15:04:16 2011, 美东)
花了一个小时，深深的鄙视一下自己的无聊行径！！
125 蔡亮 男 1980年11月 复旦大学 生命
科学 2007年12月毕业于[美国]北卡大学 [美国]加州大学旧金山分校 博士后
Cai L, Mostov K. Polarity is destiny. Cell. 2009 Nov 13;139(4):660-2. PubMed
PMID: 19914162; PubMed Central PMCID: PMC2900917.
Cai L, Makhov AM, Schafer DA, Bear JE. Coronin 1B antagonizes cortactin and
remodels Arp2/3-containing actin branche... 阅读全帖 |
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