e**s
发帖数: 513 | 1 令我最puzzled是，为什么在所有的eukaryotes，pcna都是low copy number.如果是
random的，那总要有高有低吧。pcna也不是dosage sensitive，难道有一个什么原因都
是low copy number么？我查过pcna在chromosome上的位置，也不是固定的。 |
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h******y
发帖数: 1374 | 2 推荐一个anti-Rabbit的ki-67或者PCNA的IF抗体？
谢谢！ |
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M*****n
发帖数: 16729 | 3 PCNA from Sigma is very strong |
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e**s
发帖数: 513 | 4 最近一直在想着个问题，想问问有没有人做pcna的。为什么这么重要的一个东西，在
genome里只有一个copy呢？ |
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z*******2
发帖数: 2643 | 7 (-)阴性是人体细胞的正常状态
(+)阳性是人体细胞的非正常状态
雌激素受体，孕激素受体， PS2蛋白,转移抑癌基因等因素呈阴性，正常。
P21 抑癌基因， PCNA周期蛋白， P53 抑癌基因， HER-2/neu基因等因素呈阳性，
非正常。
一．指导乳腺癌内分泌治疗的标志物
1．ER（雌激素受体）、PR (孕激素受体)：ER、PR的检测实现了内分泌预见性的治疗。
乳腺癌一线内分泌治疗ER、PR均阳性者有效率为60%～70%。ER阳性PR阴性或ER阴性PR阳
的乳腺癌患者有效率20%～30%；ER阴性病人有效率仅为5%左右。说明ER、PR阳性的乳腺
癌患者对内分泌治疗尤为显著。
ER、 PR不仅是一项很重要的乳腺癌内分泌治疗的预先性标志物，而且也是一项预示预
后的标志物。恶性程度较低的高分化乳腺癌组ER、PR阳性率明显高于低分化癌组；淋巴
结转移组ER、PR阳性率低于无转移组；ER、PR阴性者预后差。研究表明ER、PR均为判断
乳腺癌患者预后较好的指标。
2．AR (雄激素受体)：AR检测水平与孕酮类药物有效率呈正相关，而与PR水平无关。乳
腺癌中AR大多与ER、PR同时表达，只有少... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 8 我觉得他的文章的意思就是大部分基因的表达程度都和细胞的活跃程度有关，
所以随便乱抓几个都能看出区别来，但是和癌症的机理基本上就是打酱油的关系。
总体意思就是目前的主流方法找出来的marker不能作为推测机理的起点。
他们在faculty 1000上抱怨说他们这篇文章一共投了4年，前后被六个
顶级杂志据了（他们直接点名的几家估计是对他们态度最糟糕的，哈哈哈）
这里是他们在PLoS Comp Biol 发表的文章的摘要。
Bridging the gap between animal or in vitro models and human disease is
essential in medical research. Researchers often suggest that a biological
mechanism is relevant to human cancer from the statistical association of a
gene expression marker (a signature) of this mechanism, that was d... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 9 我觉得他的文章的意思就是大部分基因的表达程度都和细胞的活跃程度有关，
所以随便乱抓几个都能看出区别来，但是和癌症的机理基本上就是打酱油的关系。
总体意思就是目前的主流方法找出来的marker不能作为推测机理的起点。
他们在faculty 1000上抱怨说他们这篇文章一共投了4年，前后被六个
顶级杂志据了（他们直接点名的几家估计是对他们态度最糟糕的，哈哈哈）
这里是他们在PLoS Comp Biol 发表的文章的摘要。
Bridging the gap between animal or in vitro models and human disease is
essential in medical research. Researchers often suggest that a biological
mechanism is relevant to human cancer from the statistical association of a
gene expression marker (a signature) of this mechanism, that was d... 阅读全帖 |
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H*******9
发帖数: 163 | 10 1 95BAB1 Macan S 49,900.00
2 2T Jet Black Metallic 690.00
3 VF Leather Package in Black 1,740.00
4 1D6 Trailer Hitch without Tow Ball 650.00
5 1NP Wheel Center Caps with Colored Porsche Crest 185.00
6 2ZH Steering Wheel Heating 250.00
7 3FU Panoramic Roof System 1,670.00
8 3Y4 Sunblind for Rear Side Windows 250.00
9 7G9 Porsche Car Connect 420.00
10 7X8 ParkAssist (Front and Rear) incl. Reversing Camera 0.00
11 7Y1 Lane Change Assist (LCA) 690.00
12 9AQ 3-zone Climate Control 510.00
13 9VL BOSE&... 阅读全帖 |
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Y***o
发帖数: 4135 | 11 重新排版。。。
===========
1 95BAB1 Macan S 49,900.00
2 2T Jet Black Metallic 690.00
3 VF Leather Package in Black 1,740.00
4 1D6 Trailer Hitch without Tow Ball 650.00
5 1NP Wheel Center Caps with Colored Porsche Crest 185.00
6 2ZH Steering Wheel Heating 250.00
7 3FU Panoramic Roof System 1,670.00
8 3Y4 Sunblind for Rear Side Windows 250.00
9 7G9 Porsche Car Connect 420.00
10 7X8 ParkAssist (Front and Rear) incl. Reversing Camera 0.00
11 7Y1 Lane Change Assist (LCA) 690.00
12 9AQ 3-zone Climate Control... 阅读全帖 |
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a********k
发帖数: 2273 | 12 扫了一眼
大意应该是随便抓100个以上的基因，（包括那些发表的看了joke表达不同的，social
有问题的，皮肤细胞问题的基因）90%的可能cancer和正常细胞的表达谱就会有区别。
作者抓了几十篇paper里面报道的所谓在breast cancer里面表达有区别的基因，和他随
便抓的基因比较，只要抓到100个基因以上，两个结果就相差不显著了。
然后他看了一下发表的那些所谓marker，大部分都和cell cycle/PCNA有关，如果拿
PCNA的表达做normalization，世界清静了，cancer marker基本失效。
结论就是cancer marker就是看细胞分裂的，没啥奇怪。 |
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a********k
发帖数: 2273 | 13 扫了一眼
大意应该是随便抓100个以上的基因，（包括那些发表的看了joke表达不同的，social
有问题的，皮肤细胞问题的基因）90%的可能cancer和正常细胞的表达谱就会有区别。
作者抓了几十篇paper里面报道的所谓在breast cancer里面表达有区别的基因，和他随
便抓的基因比较，只要抓到100个基因以上，两个结果就相差不显著了。
然后他看了一下发表的那些所谓marker，大部分都和cell cycle/PCNA有关，如果拿
PCNA的表达做normalization，世界清静了，cancer marker基本失效。
结论就是cancer marker就是看细胞分裂的，没啥奇怪。 |
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h*******r
发帖数: 847 | 14 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/m/pubmed/23284890/
CDA-2, a urinary preparation, inhibits lung cancer development through the
suppression of NF-kappaB activation in myeloid cell.
Wang X, et al. PLoS One. 2012.
Show full citation
Abstract
CDA-2 (cell differentiation agent 2), a urinary preparation, has potent anti
- proliferative and pro-apoptotic properties in cancer cells. However, the
mechanisms of tumor inhibitory action of CDA-2 are far from clear, and
especially there was no report on lung canc... 阅读全帖 |
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c********m
发帖数: 11 | 16 Biophys J. 2010 Jun 16;98(12):3062-9.
Title: The mechanical properties of PCNA: implications for the loading and
function of a DNA sliding clamp.
m********[email protected]
Thank you very much!! |
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r***e
发帖数: 2539 | 17 是说rabbit anti ki67吗？
vector lab的rabbit monoclonal不错。
这个抗体能认识human/mouse antigen。 |
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h******y
发帖数: 1374 | 18 谢谢
请问是下面这个链接的吗？
不知道能不能用来做Immunofluorescence staining呀？ |
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r***e
发帖数: 2539 | 19 没看到你的连接。
他们只有一个兔子单抗，能做免疫荧光。 |
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w****l
发帖数: 5 | 21 Please try EPITOMICS Ki-67 rabbit monoclonal antibody, it works with human
and mouse. Really nice one for DAB staining and IF. |
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M*****n
发帖数: 16729 | 23 这个钱还是值得的。
俺们每个月都要买至少1打各种antibody, 让公司做antibody 通常是4个peptide， 外
加两个full protein, guinea pig, rabbit同时上。
现在想来给俺老板省钱是最傻的事了。买10K以下的东东丫从来不打回票。 |
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e**s
发帖数: 513 | 24 Ann Bot (2011) 107 (7): 1127-1140. doi: 10.1093/aob/mcq243
Proliferating cell nuclear antigen (PCNA): a key factor in DNA replication
and cell cycle regulation
Thanks！ |
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o**i
发帖数: 1165 | 25 2个copy啊 diploid genome里面
基因的表达量和copy number没有关系 |
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s******y
发帖数: 28562 | 27 生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。 |
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s******r
发帖数: 2876 | 28 智能设计的也可以是补丁摞补丁。
每次改一点，加一点，注销一点。
生命不是智能设计的，很多东西都是乱七八糟拼起来的，够用就好。
就像你说的那样，有些特别重要的蛋白居然只有一个拷贝，而一些乱七八糟的
东西反倒是和老军医的传单似的，拷贝贴得到处都是。
Genome 里面多拷贝的东西，要么就是进化上的意外造成的（比方说被转座子
带了过去），要么就是其实有不同功能的。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 29 如果上帝是比尔盖茨，估计就会这么搞。呵呵呵
然后在一些被注销的基因(such as the "sleeping beauty")旁边还写上一个*号加上旁批 |
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h***l
发帖数: 168 | 30 搞不懂这个问题有什么意义？
p53 还是 single copy呢。。。 |
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l***y
发帖数: 4671 | 31 有没有人做这种在进化过程中被 comment 掉后扔进素材库的 gene？觉得是
epigenetics 的一个很好的方向啊。可以用低等生物，给个合适的进化压力，看看素材
库是如何被打开和拣选的。（俺们现在是用 cancer cell，给进化压力，看 evolution
的过程。但愿俺找出来的不是 mutation 啊。。。俺还是觉得 cancer cell 不该靠掷
骰子）
我们这里有一个组在做那种发育时被表达，以后永远不会被表达的 gene/isoform，hyp
是：在发育某个时期，不同的 chromosome 间形成某种空间结构，使得分别 binding
在不同 chromosome 上的 protein 可以形成 complex，从而启动某些基因在某些起至
位置的转录。之后，这种空间三维结构不再有机会出现，相应的 gene 或者 gene 的某
些 transcript 就被安全地 lock 起来不再被表达。之所以要这么费劲地 lock，是因
为否则会有灾难性后果。但是，在某些病理条件下，这些被 lock 的 gene 又被表达了
，于是就杯具了。
这种远程空间构象导致的 e... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 32 你说的那个染色体结构的事情我也一直很好奇，关键是生物怎么知道那个地方应该去打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY protein跑过来把那个
染色体结构给打开起来）。问题是从宏观进化学上很难解释，因为那些“某某序列”一般
都不是那个基因上的编码序列，而是UTR上的，甚至是和那个基因根本就不相关。所以
生物在进化上怎么做到选择正确的地方打开的？
这个也许在比较进化学上能够得到一些线索，比方说比较一下酵母，鱼，青蛙，老鼠和人是怎么控制某个基因的
evolution
hyp
binding |
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s******y
发帖数: 28562 | 33 可能是因为拷贝的时候有很高的风险容易出错吧？对于特别重要的基因，
一旦出错就把细胞搞死了。
也许就是因为这样，那些有高拷贝的东西都是无关紧要的东西，或者是老军医的帖子（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？ |
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k****l
发帖数: 279 | 34 基因的表达量和copy number没有关系?
少于一半的基因是这样的吧 |
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s******y
发帖数: 28562 | 35 他的意思是在两倍体里面本来就已经有了两个拷贝了，已经够保险了，
没有必要在其他地方再拷一个 |
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h***l
发帖数: 168 | 36 这个不光是进化方面的问题，其实也应该从分子生物学方面考虑 -- 所有染色体结构在
细胞周期过程中都是处于动态变化的（比如DNA复制过程，M期到G1早期，转录过程等等
关键点），再结合各种其他蛋白之类的动态变化，就有可能在合适的时间、合适的地点
，适当的分子（们）以合适的浓度的恰到好处的影响局部染色体的结构，进而影响其表
达水平等……
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的 |
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s******y
发帖数: 28562 | 37 问题是机体怎么知道哪个基因放在什么地方？
YY |
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z*t
发帖数: 863 | 38 我觉得是扔进素材库的gene不会 contribute to epigenetic inheretance的，因为gene
duplication是进化的动力，sunnyday老军医的帖子往往是结构相似的protein行驶着不
同的function,如果evolution选择了其中某个帖子，就一定会以稳定的形式遗传下去，
而epigenetics inheretance目前已知最多的传递代数大概是50代。这就和进化不关联
了，但这些pool里的gene对遗传稳定的物种适应环境绝对是有作用的。Cancer那个前一
段MGH不是有人找到了chromatin mediated drug resistance么？其实即使你找出
mutation可能更难。。。因为如果你想pin point mutation in cell line evolution
除非你做single cell whole genome sequncing，否则总有问题。。。
你能不能share一下那个group的信息呵呵，so intresting:)
evolution
hyp
binding |
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z*t
发帖数: 863 | 39 just a known clue，heterochromatin一般都会附着在核膜上，通过对lamin-a的pull-
down就可以知道heterochromatin在不同细胞中的动态变化，其实如果能在转录过程中
看到如DNA DSB repair中的foci，这个问题就好回答多了
打开？当然从分子生物的水平上解释我明白（就是某某序列导致某某蛋白例如著名的YY
protein跑过来把那个
一般
和人是怎么控制某个基因的 |
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s******y
发帖数: 28562 | 40 这个你说的还是分子生物水平上的答案。
我问的那个问题其实是， 有些特别重要的基因的附近的那些调节性序列，
在一开始是怎么放上去的？因为那些调节性序列和那个基因本身其实没有
直接关系的，为什么那么碰巧那个调节序列就正好放在它旁边？
莫非其实是倒过来，因为那个基因特别重要，然后系统不得不发展出一个蛋白
来设别它旁边的那个序列来控制它，然后那个序列就成了调节序列？
但是要发展出一个调节序列来不是一个特别小的工作量，那么在这个机制出现
之前整个系统岂不就是没有特别好的办法来控制它？
pull-
YY |
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l***y
发帖数: 4671 | 41 嗯，嗯，你是对的。素材库里的东西，应该通过 mutation 才能被利用。如果仅通过
epigenetic modification 就能被用上，或者就能影响到别的 gene 的 transcription
，那就不叫做素材库了。
我也很头大 cancer cell，尤其是 cancer cell line 的稳定性。哪怕 sub-cloning，
几代之后 genomics 变化也很大。。。但愿能够找到某几个关键点，然后通过 imaging
或者 FACS 的方式来做 single cell assay，证明 evolution 是有趋势和倾向性的。
gene
evolution |
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z*t
发帖数: 863 | 42 that's cool !!! I think you mean regulatory element evolution, while the
evolution goes the regulatory elements gain or lose,or have new function...
I bet it's the system, not a single regulatory element evolve, you have a
way to turn it on while you must have a way to turn it off, the only one
either have on or off way will disappear |
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e**s
发帖数: 513 | 44 这个对做copy number evolution的我来说太重要了。 |
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e**s
发帖数: 513 | 45 目前的理论好像是说，duplication的动力之一就是防备拷贝的时候出错的。至于多拷
贝的，最有名的就是ribosomal RNA gene了，官方的解释是说，没有translation的第
二轮的amplification，所以学要很多拷贝。
（病毒之类），而重要的东西很少能看到拷贝？ |
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e**s
发帖数: 513 | 46 关于表达和copy number没有关系的gene,哪里有一个这样的list么？ |
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s******y
发帖数: 28562 | 48 基因表达的量应该和promoter 的强度的关系更大。
很多非常重要的house keeping gene 其实都只有一个拷贝，比方说beta-tubulin,
alpha-tubulin. 但是它们的表达都非常强。
你说的那个 ribosomal RNA copy number 的官方解释我觉得非常牵强.
一个相关问题就是，其他RNA gene比方说tRNA 是否也是多拷贝？
我觉得更可能的是因为ribosome RNA本身是一个ribozyme, 本身就有一定
的复制功能，所以在早期的时候在基因里面大肆到处贴帖子。后来有些关键
片断缺失了，不能复制了，才安生了下来。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 49 为什么很多重要的基因只有一个拷贝，我觉得也可以从这个角度来看：
这个基因最开始出现应该是只有一个，这个单拷贝已经能够支持其行使正常的功能了。
当出现多于一个拷贝的时候，这个基因表达量的改变可能导致生物体发育出现异常，不
能稳定遗传下去。
这个假设应该可以通过一些knockin的实验来验证吧。 |
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s********9
发帖数: 132 | 50 The nuclear antigens are in nuclei. How come the immune system can recognize
a normal cell expressing this nuclear antigen (say PCNA)?
Thanks a lot. |
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