G******n
发帖数: 289 | 1 你GO term给的gene list 应该是你考虑过gene length之后算出来的一个list， 所以
在GO的时候不用考虑length
TF的话，要看你用什么办法算的，如果是简单的像DAVID一样的enrichment，那也不用
考虑。其他的model需要考虑 |
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r**********e
发帖数: 587 | 2 binding site在intron的也很多啊 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 3 你做DE analysis的时候是用什么package？
如果是DESeq2或者EdgeR，默认不需要考虑gene length。因为默认是比较相对表达变化
，不依赖于gene length。control和treatment或者不同tissue的reference都是一样的
，gene length也都是一样的，所以不依赖于gene length。除非你用不同的reference。
然后GO analysis input 是DE analysis output，只分析那些DE gene，也和gene
length无关。
写到这里我又看了一下你的问题，突然明白了我以上回答答非所问。。。
你只看了某“一个”TF的binding site，然后把这一个list，没有做任何DE，直接放到
GO里了吗？如果只有一个组织，没有做DE，我不确定这样做是否正确。
如果是同一个TF，但是有两个或更多的不同组织，做了DE之后，然后把DE list放到GO
里，应该没问题，也不需要考虑gene length。理由同上。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 4 我就是先MACS算出所有的peaks，bed format，chr:start-end
然后根据这个bed去intersect hg19 gene list
这样就得到所有至少含有一个peaks的gene的list
我的目的就是想看看至少含有一个peaks的gene到底是什么category的(但就会有gene
length bias这个问题)
“考虑过gene length之后算出来的一个list”
怎么算呢？如我说的，比如gene A，这个基因里有3个binding sites，然后基因长度是
10000，然后3/10000就是这个geneA的权重score？
然后人为的设置一个cutoff？比如score排名top 100的基因筛选出来进行 GO TERM? |
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r**********e
发帖数: 587 | 5 或许我没说清楚。DE什么的我完全不懂，貌似是RNA-seq数据分析？differential
expression?（刚才查阅后才知道好像ChIP-seq也是可以用DESeq2来分析）
其实我真正研究的是某一种transposon element（只不过碰巧是某个TF ChIP-seq的
binding之一）。我其实做的事情就是根据repeatmasker，找出所有含有at least one
such transposon element的基因，把gene list直接放到GO term里去。
而我的背景list就是default的人类基因组所有的基因吧？
reference。
GO |
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c*********r
发帖数: 1312 | 6 如果是RNA-seq DE之后的GO分析我熟。像你这种的ChIP-seq之后没有做differential
expression（DE）分析的GO分析，我就不太熟悉了。如果是用来比较TFBS的“密度”或
者“浓度”，我觉得需要考虑gene length。但是具体怎么做，我不知道。
如果是做DE之后做GO，毕竟需要一个p-value的cutoff来决定你的gene list。你这种情
况你怎么确定你的gene list的？这个gene list的大小和选择标准直接关系到后面的GO
分析的结果。
one |
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r**********e
发帖数: 587 | 7 请教下，ChIP-seq之后如何做DE分析和GO分析呢？
我过去分析过一点点ChIP-seq，用的MACS，直接给peak。
GO |
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r**********e
发帖数: 587 | 9 受教了
遗憾自己一直没什么RNA-seq的训练
而现在好像bioinfor找工作好多好多都是分析RNA-seq |
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N******n
发帖数: 3003 | 10 都看几个，找几个有意义的基因就行了。
channel gene 可以先排除，第二富集的的啥？ |
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c*********r
发帖数: 1312 | 13 RNA-seq分析其实入门挺容易的，edX上的课程看看就会了。 |
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n*******9
发帖数: 234 | 14 Bioinformatician position
Hours: 35 Hrs/week
Status: One Year Contract Leading to Permanent Full Time
Qualifications:
-MSc, PhD or BSc (with significant experience) in bioinformatics, computer
science/engineering, theoretical/computational biology, or molecular biology
(with programming skills)
-In-depth knowledge of publically available genomic and biological resources
-Programming experience and web development skills in a variety of languages
/platforms (JAVA, Java Beans, netBeans, Javascript... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 17 不需要写多少“代码”，很多软件都有教程的，但是需要懂一些统计知识。会基本的R |
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i***e
发帖数: 1 | 19 I am looking for an online resource which not only lists all names and
concepts in chemistry (like a dictionary), but also gives relationships
between them (e.g., Alkanes belong to the category of organic compounds;
organic compounds belong to organic chemistry).
Wikipedia seems to a good source, but I am wondering if there are other
alternatives that have better coverage and accuracy? Any pointers are much
appreciated!!! |
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z********0
发帖数: 1 | 20 本人最近在研究ontology的毕业设计，用到是java和protege的软件！
要求用protege建一个关于旅游的本体owl，然后用myeclipse进行解析，入库，调用，
查询，还有简单推理！JSP显示！（1个用户界面，1个管理界面，可以添加本体的）
输入输出： 就是用户可以输入想旅游的地点，比如london，或是吃什么东西，住酒店
什么的，在jsp下查询，会显示相应的信息！
希望有朋友加入一起讨论研究！QQ:1065430706 |
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y********a
发帖数: 138 | 21 bioinformatics needs quite a bit molecular and cellular biology knowledge.
But most of the time we query sequence and ontology databases for biology
discussion. hehe, just because too many genes and functions to remeber.
It is also a broad field. Typically we use statistics/modeling/computation
strategies to help interpret genomic and proteomic experiments.
We do quite a bit software development too... |
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f***n
发帖数: 781 | 22 【 以下文字转载自 Sociology 讨论区 】
【 原文由 fudan 所发表 】
rt
好像有好几个 |
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k***g
发帖数: 7244 | 23 呵呵，有好多词不知道怎么翻译啊，譬如metaphysics proper等等@@ |
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k***g
发帖数: 7244 | 25 Hehe, what do you expect to know? I am interested in them as well.
Actually I've written something about those topics in this BBS, en, maybe in
History board and Thought board. I can not find them now~~ |
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k***g
发帖数: 7244 | 28 原来以前在论坛上和别人讨论的帖子，转贴在如下了。呵呵，里面的一些观点现在看来是
有缺陷的，anyway，现把这篇贴在这里，updated version以后再写吧：） |
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i**a
发帖数: 1 | 29 I am very confusing about "Ontology" and "Epistemology", "Positivism" and
"Interpretivism"
Could anyone give me some explanation, or recommande me some article (Chinese
and english)?
Thanks! |
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D******n
发帖数: 2836 | 30 u r wrong, it actually works.
1) we dont have that many fates.
2) By the obscurity nature of language, each prediction has some similarity
with the reality.
3) In reality what something is in terms of language is very obscure, and in
fact, it is usually a heirarchical ontology system. It gives rise to the di
fficulty of judging prediction for semantics. |
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s*r
发帖数: 2757 | 31 这不是很常用的over-represent的概念吗
每个gene ontology的软件都用 |
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p**********r
发帖数: 3581 | 32 朋友的startup，想找医生诊所合作，前景应该很好，但是需要一步一步做起来。
具体的技术应用：
Natural Language Processing, clinical ontology, ICD 10 CM coding, ICD 9 CM
coding, cross mapping between ICD 9 CM and ICD 10 coding, electronically
identification of clinical facts and ICD 10 CM code, ICD 9 CM code and
SNOMED CT code, big data management, and business intelligence.
不知道板上有没有感兴趣的？ |
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z****e
发帖数: 54598 | 33 我觉得data sci里面根据数据结构组织程度可以划分出很多档次
象web page这种，就近乎无结构，google就通过找到被url的次数作为reference
然后根据这个被url次数做排序，来大幅提升效率
但是医院的数据，基本上都有比较清晰的结果
就像你说的，填表，所以这个时候，统计派上用场的地方就少了
我们总结下来，这种整合可以通过拓扑也就是建立ontology来完成
无非一堆metadata之间的关系，建图，然后找路径就好了
但是最麻烦的是，如果是纯粹混乱的数据结构
就像各种web pages那种，互相之间没有url，那怎么办？
这个领域我觉得统计的用场是大大的
目前我做到的是通过一个树状结构来查找最大不同的意思酱紫 |
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z****e
发帖数: 54598 | 34 我写在一些内部交流的文章里面的
根据数据结构做一个scale
有完整的数据结构的，比如db里面的table
这种用ontology建图，然后用图论上的各种理论去优化
这是一个极端，这个极端可以通过engineering来解决
因为没有太多统计的东西，数据之间的关联很清晰，传统cs足够用
另外一个极端就是完全无结构的数据
这个时候必需用svd来挖掘出topics，然后分类
然后用language model或者是statistics model或者是svm这些
找出关联，排序，然后反馈，最好用datamart建缓冲
这样可以提升效率
这个极端统计就用得灰常多了，因为数据之间关联不清晰，需要挖掘出来
传统cs没有对付这种的经验，需要借助数学其他分支
大多数都介于两者之间，当然对于无结构数据的处理更有挑战性
或者说技术含量
这块有一个gds的说法，叫做semantic |
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l*******r
发帖数: 39279 | 35 ☆─────────────────────────────────────☆
qed (鸟瞰红尘) 于 (Tue Oct 6 00:13:58 2009, 美东) 提到:
–noun (used with a singular verb) 1. the branch of philosophy that treats
of first principles, includes ontology and cosmology, and is intimately
connected with epistemology.
2. philosophy, esp. in its more abstruse branches.
3. the underlying theoretical principles of a subject or field of inquiry.
4. (initial capital letter, italics) a treatise (4th century b.c.) by
Aristotle, dealing with first princi |
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a******c
发帖数: 1159 | 36 好的不学学白岩松
不过想想当年追求LP的时候那真是天天德里达德鲁兹ontological discourse
真怂啊 |
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s***h
发帖数: 372 | 37 这一章我们要讨论的是四世纪后基督教最主要的记号—沙漠教父。也许今日我们最何
共鸣的记号，就是沙漠的记号。在繁华的城市中不用住多久，就能体会人群中那种孤单。
沙漠可以用很多种形态表达，但城市中的沙漠可能是最突出的一种。英国诗人艾略特（T
S Elliot）在一九二四年写了一首长诗〈在荒芜之地〉（In the WasteLand），他说沙
漠不仅在南方有（他在此捐钓是撒哈拉沙漠），沙漠在地铁也有，甚至就在你身旁。这使
我们想到在交通最繁忙的时候，人们匆匆忙忙，无暇打招呼，我们事实上可以说就住在隔
阂的沙漠中。
沙漠中的「孤单」
每个人都经历过不同的沙漠，比如说孤单的沙漠。孤单在我们的生命中以许多不同的
形式出现。所谓本质的孤单（Ontological Lone-liness）就是「我不是你」。个人的特
性，成为我们彼此间疏离的原因；很多人发现，要突破你与我之间的距离非常困难。
另外一种孤单是专业上的孤单（Professional Loneliness）。有一个故事提到数年
前，有四位世界知名的数学家到加拿大的温哥华开会，他们四位原是世界上唯一能完全明
白对方的人，但事实上却非如此。我们在个 |
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e***e
发帖数: 3872 | 38 第二节 浪漫本体论
当艺术把持住了人的消逝着的流
年时，当艺术把成年时期那阳刚的毅
力与萌春年华那阴柔的娇媚结合在一
起时，当艺术以完满健动的美来表现
一位已把儿女抚养成人的母亲时，艺
术难道不是把非本质的东西——时
间，给取消了么？……完满的定在
（Dasein）也只有一刹那。在这一刹
那之中具有在整个永恒之中所具有的
东西。
谢林：《论造型艺术与自然关系》
所谓浪漫本体论，就是浪漫派的本体论（Romantic ontology）。
在诗意化的世界这一学说中，我们看到，浪漫派诗哲最终是以一个全一的本
体，一个普遍、绝对的生命的“你”为终极根据的。因而，他们面临的问题就是
如何把客观世界的不透明性和沉重性转化为透明的、轻灵的永恒。诗意化的世界
是一个理想的国度，它与给定现实有着超验的距离，就是因为诗最终是以最高的
本体——神性、大全为根据。诗意化的世界或是把它显现出来，或是象征着它，
总之，诗载人渡达超时间的彼岸的绝对。“诗的应有任务，似乎是再现永恒的、
永远重大的、普遍美的事物；但是，如果无所假托，这也没法实践。总需要 |
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c**********o
发帖数: 193 | 39 认为哲学的功用在于解释世界是 一种；源自古希腊的
本体论(Ontology)的主张。而哲学从那时起也是无所
不包的。于是就逐渐走进了死胡同。于是，笛卡尔用
认识论的观点重新塑造了哲学。哲学不是别的，只是
方法论而已。
人类社会和物质社会是觉然不同的。人可以思考，人
在思想的指导下行动。技术的进步是人类社会得以
生存发展的物质方面。但是那并不是全部。我们理解
粒子的运动，可是我们对于我们自身行为的所以如此
的原因又了解多少呢？
比较新的理论里，人类行为在语段(Discourse)中获得
意义(Meaning)。在昂格鲁-撒克逊传统中的维特根思坦
认为，这种语段中意义的获得在于作为语言构成的符
号(sign)及其于个人日常行为的交互。而 法国的解构
主义者则认为，这种获得在于符号的自身序列性和语
句的相互结构关系。这里其实可以很明显的看出昂格鲁-
撒克逊的重实际先例的传统和欧洲大陆哲学性思辩的
不同。
那么，从这里出发，对于人类行为的理解和解释以及
解释的方法是丝毫不比自然科学来得玄虚或者简单的。 |
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e***e
发帖数: 3872 | 40 【 以下文字转载自 ClassicalMusic 讨论区,原文如下 】
发信人: etude (胭脂醉), 信区: ClassicalMusic
标 题: Stravinsky-音乐的现象(VI)
发信站: The unknown SPACE (Tue Jan 11 23:46:06 2000) WWW-POST
Mr. Souvtchinsky thus presents us with two kinds of music: one
which evolves parallel to the process of ontological time, embracing
and penetrating it, inducing in the mind of the listener a feeling of
euphoria and, so to speak, of "dynamic calm." The other kind runs ahead
of, or counter to, this process. It is not self-contained in each
m |
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